单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 4701 - 4720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4701 | 2025-01-30 |
Identification of a pancreatic stellate cell gene signature and lncRNA interactions associated with type 2 diabetes progression
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1532609
PMID:39872314
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研究论文 | 本研究旨在识别2型糖尿病（T2D）胰岛细胞中特定的基因表达模式，并探索胰腺星状细胞（PSCs）通过lncRNA-mRNA相互作用调控网络在T2D进展中的潜在作用 | 发现了一个特定的基因面板（COL1A2、VCAN和SULF1），这些基因在T2D胰岛样本中持续上调，并与PSCs的激活密切相关，揭示了PSCs在T2D进展中的独特作用 | 研究主要依赖于已有的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索T2D进展中PSCs的基因表达模式和lncRNA-mRNA相互作用 | 2型糖尿病（T2D）胰岛细胞和胰腺星状细胞（PSCs） | 生物信息学 | 2型糖尿病 | bulk sequencing (bulkseq), 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | RNA测序数据 | 多个T2D和T1D的scRNAseq和bulkseq数据集 |
| 4702 | 2025-01-31 |
Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae096
PMID:39872360
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研究论文 | 本文提出了一种计算管道，用于识别双特异性抗体（bsAbs）的靶点，结合了批量RNA-seq和单细胞RNA-seq的优势，并以肝细胞癌（HCC）为例展示了该方法的实用性 | 结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq的优势，提出了一种新的计算管道，用于识别双特异性抗体的靶点，并通过空间转录组学验证了共表达对 | 单细胞RNA-seq的低覆盖率问题可能影响大规模共表达对的表征 | 识别双特异性抗体的靶点，用于癌症治疗 | 肝细胞癌（HCC） | 生物信息学 | 肝癌 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 空间转录组学 | NA | RNA-seq数据 | 39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞 |
| 4703 | 2025-01-31 |
Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935
PMID:39872529
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研究论文 | 本文通过对亚洲人群的乳腺血管肉瘤（AS-B）进行多组学特征分析，揭示了其与血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的关联 | 首次在亚洲人群中系统性地分析了乳腺血管肉瘤的分子和免疫特征，并与头颈部血管肉瘤（AS-HN）进行了比较 | 样本量较小（AS-B仅16例），且研究仅限于亚洲人群，可能限制了结果的普适性 | 研究乳腺血管肉瘤的分子和免疫特征，探索其与血管生成信号通路的关系 | 亚洲人群中的乳腺血管肉瘤患者（n=16）和头颈部血管肉瘤患者（n=104） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序（WGS）、NanoString基因表达谱分析、10x Genomics Visium空间转录组学 | NA | 基因组数据、基因表达数据、空间转录组数据 | 176例血管肉瘤患者（其中16例为乳腺血管肉瘤，104例为头颈部血管肉瘤） |
| 4704 | 2025-01-31 |
Identification and validation of BATF as a prognostic biomarker and regulator of immune cell infiltration in acute myeloid leukemia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429855
PMID:39872530
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了BATF在急性髓性白血病（AML）中的作用及其作为预后生物标志物和免疫细胞浸润调节剂的潜力 | 首次全面研究了BATF在AML中的表达及其与预后、免疫细胞浸润和药物敏感性的关系，揭示了BATF作为AML治疗靶点的潜力 | 研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证 | 探讨BATF在AML中的表达及其与预后、免疫细胞浸润和药物敏感性的关系 | 急性髓性白血病（AML）患者和细胞 | 生物信息学 | 急性髓性白血病 | RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, 流式细胞术, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的AML患者数据 |
| 4705 | 2025-01-31 |
Single-cell RNA-seq reveals immune cell heterogeneity and increased Th17 cells in human fibrotic skin diseases
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522076
PMID:39872534
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了纤维化皮肤疾病中免疫细胞的异质性，并发现Th17细胞在瘢痕疙瘩中的比例显著增加 | 首次构建了纤维化皮肤疾病的单细胞图谱，并深入探讨了Th17细胞与成纤维细胞在皮肤纤维化中的相互作用 | 研究未对所有细胞进行基因表达检测，仅富集了免疫细胞，可能遗漏其他细胞类型的信息 | 探究纤维化皮肤疾病中免疫细胞的复杂细胞景观及其在疾病发展中的作用 | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织中的CD45+免疫细胞 | 单细胞RNA测序 | 纤维化皮肤疾病 | 单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、Ki-67染色、划痕实验、实时PCR、Western blotting | NA | RNA测序数据 | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织样本 |
| 4706 | 2025-01-31 |
The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305
PMID:39872537
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性 | 首次提供了足月胎盘绒毛髓系细胞的染色质可及性图谱，并揭示了孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和功能的显著影响 | 研究样本仅来自无并发症的足月妊娠，未涵盖早产或其他妊娠并发症的情况 | 探究足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性，以及孕前肥胖对这些细胞的影响 | 人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq, CITE-seq）、染色质可及性分析（snATAC-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据 | 足月、无并发症妊娠的绒毛组织样本 |
| 4707 | 2025-01-31 |
Upregulation of interferon-γ response genes in monocytes and T cells identified by single-cell transcriptomics in patients with anti-citrullinated peptide antibody-positive early rheumatoid arthritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1439082
PMID:39877346
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了抗瓜氨酸肽抗体阳性早期类风湿性关节炎患者中单核细胞和T细胞中干扰素-γ反应基因的上调 | 首次在单细胞水平上比较了ACPA+和ACPA-早期类风湿性关节炎患者的免疫系统差异，并识别了IFITM2和IFITM3作为ACPA+ eRA的潜在关键标志物 | 样本量相对较小，且仅分析了外周血样本，未涉及关节组织 | 探讨抗瓜氨酸肽抗体阳性和阴性早期类风湿性关节炎患者免疫系统的差异 | 抗瓜氨酸肽抗体阳性和阴性早期类风湿性关节炎患者 | 单细胞转录组学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 37,318个细胞 |
| 4708 | 2025-01-30 |
Immunometabolic alterations in type 2 diabetes mellitus revealed by single-cell RNA sequencing: insights into subtypes and therapeutic targets
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1537909
PMID:39877357
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病（T2DM）中的免疫代谢改变，并探讨了其亚型和治疗靶点 | 首次使用单细胞RNA测序技术对T2DM患者的免疫细胞进行详细分析，揭示了T细胞亚群的代谢异质性，并基于代谢特征对T2DM进行了亚型分类 | 样本量相对较小，仅包括37名T2DM患者和11名健康对照 | 揭示T2DM中的免疫代谢改变，并探索其亚型和潜在治疗靶点 | 2型糖尿病患者和健康对照的外周血单核细胞（PBMCs） | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 37名T2DM患者和11名健康对照 |
| 4709 | 2025-01-31 |
Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to explore prognostic value and immune landscapes of methionine metabolism-related signature in breast cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1521269
PMID:39877420
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了乳腺癌中甲硫氨酸代谢相关特征的预后价值和免疫景观 | 首次构建并验证了基于八个甲硫氨酸相关基因的乳腺癌预后模型，并揭示了APOC1基因在调节巨噬细胞极化和乳腺癌细胞行为中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏临床样本的直接验证 | 探索甲硫氨酸代谢相关基因在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用 | 乳腺癌患者和乳腺癌细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq），批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），Cox回归 | RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的乳腺癌患者数据，以及MDA-MB-231和MDA-MB-468乳腺癌细胞系 |
| 4710 | 2025-01-31 |
Revisiting the female germline cell development
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1525729
PMID:39877734
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综述 | 本文回顾了雌性生殖细胞发育的最新进展，探讨了关键基因调控网络、表观遗传途径、细胞周期调节因子和植物激素在这一过程中的作用 | 利用先进技术如smFISH、LCM、染色质免疫沉淀/测序和CRISPR基因编辑，揭示了雌性生殖细胞发育不同阶段的机制 | NA | 探索雌性生殖细胞发育的机制 | 雌性生殖细胞 | 植物生物学 | NA | smFISH, LCM, 染色质免疫沉淀/测序, CRISPR基因编辑, 单细胞转录组/空间转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA |
| 4711 | 2025-01-30 |
MAIT Cell-Mediated Immune Mechanisms of Dialysis-Induced Peritoneal Fibrosis and Therapeutic Targeting
2025-Jan-28, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000627
PMID:39874111
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研究论文 | 本研究探讨了MAIT细胞在长期腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的免疫机制及治疗靶点 | 首次揭示了MAIT细胞通过MR1受体与间皮细胞相互作用，激活mTORC1信号通路，促进腹膜纤维化的机制，并提出了通过阻断MR1-MAIT相互作用来治疗纤维化的新策略 | 研究主要基于体外模型和Mr1基因敲除小鼠，尚未在人体临床试验中验证其治疗效果 | 探讨MAIT细胞在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点 | 长期接受腹膜透析的患者及Mr1基因敲除小鼠 | 免疫学 | 腹膜纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术 | NA | RNA测序数据、流式细胞数据 | 长期腹膜透析患者及Mr1基因敲除小鼠 |
| 4712 | 2025-01-30 |
DDO1002, an NRF2-KEAP1 inhibitor, improves hematopoietic stem cell aging and stress response
2024-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae043
PMID:39872153
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研究论文 | 本文研究了DDO1002作为NRF2-KEAP1抑制剂在改善造血干细胞衰老和应激反应中的作用 | 首次阐明了DDO1002通过激活NRF2-ARE信号通路来减少细胞内活性氧水平，从而延缓细胞衰老和改善造血功能 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨DDO1002在缓解全身照射后或衰老过程中造血功能下降的作用 | 造血干细胞（HSCs） | 生物医学 | 老年疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | 老年小鼠 |
| 4713 | 2025-01-30 |
Single-cell RNA sequencing reveals the intercellular crosstalk and the regulatory landscape of stromal cells during the whole life of the mouse ovary
2024-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae041
PMID:39872151
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠卵巢整个生命周期中基质细胞的细胞间通讯和调控景观 | 首次整合了从胚胎期到成年期的单细胞RNA测序数据，揭示了卵巢基质细胞的动态变化和细胞间通讯网络，并识别了基质细胞的起源——间充质祖细胞（CD24） | 研究主要基于小鼠模型，人类卵巢中的相关机制仍需进一步验证 | 研究卵巢基质细胞的异质性、发育轨迹及细胞间通讯网络 | 小鼠卵巢中的基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从E11.5（胚胎第11.5天）到M12（12月龄）的小鼠卵巢样本 |
| 4714 | 2025-01-30 |
Spatial multi-omics characterizes GPR35-relevant lipid metabolism signatures across liver zonation in MASLD
2024-Dec, Life metabolism
DOI:10.1093/lifemeta/loae021
PMID:39873004
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研究论文 | 本研究通过结合脂质代谢组学、空间转录组学（ST）和空间代谢组学（SM），旨在识别由GPR35调控的MASLD中不同肝脏分区的特定基因和代谢物的空间分布 | 首次在肝脏分区水平上揭示了GPR35在MASLD中的调控机制，特别是其对脂质代谢和炎症反应的影响 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨GPR35在MASLD中的调控机制及其对肝脏分区的影响 | 小鼠肝脏 | 代谢组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD） | 脂质代谢组学、空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM） | NA | 代谢物和基因表达数据 | NA |
| 4715 | 2025-01-30 |
The evolution of ovarian somatic cells characterized by transcriptome and chromatin accessibility across rodents, monkeys, and humans
2024-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae028
PMID:39872443
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子卵巢在进化过程中的保守性和差异性 | 首次通过单细胞转录组和染色质可及性联合分析，揭示了卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，并发现了跨物种的共同调控架构 | 研究主要依赖于非人类模型生物，可能无法完全反映人类卵巢的复杂性 | 研究卵巢细胞在进化过程中的分子机制变化，以理解人类卵巢生理和疾病 | 人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 人类、猴子、小鼠、大鼠和兔子的卵巢细胞样本 |
| 4716 | 2025-01-30 |
Comparative dissection of transcriptional landscapes of human iPSC-NK differentiation and NK cell development
2024-Aug, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae032
PMID:39872864
|
研究论文 | 本文通过比较分析单细胞RNA测序数据，揭示了人类iPSC-NK细胞分化和NK细胞发育过程中的关键转录因子调控网络 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了iPSC-NK细胞分化过程中缺乏的关键因子，并验证了STAT5A-iPSCs新细胞系的抗肿瘤功能 | 研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入理解iPSC-NK细胞的分化过程，以优化其生产和工程化 | 人类iPSC-NK细胞和胎儿肝脏NK细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确说明 |
| 4717 | 2025-01-30 |
Integration of single-cell transcriptome and chromatin accessibility and its application on tumor investigation
2024-Apr, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnae015
PMID:39872661
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组和染色质可及性测序方法的最新突破，并描述了整合这些单细胞测序数据的生物信息学策略及其在肿瘤研究中的应用 | 整合单细胞转录组和染色质可及性测序数据，以更深入地理解肿瘤发生和进展 | 讨论了该领域面临的挑战和预期发展，但未具体说明当前方法的局限性 | 总结单细胞测序方法的最新进展及其在肿瘤研究中的应用 | 单细胞转录组和染色质可及性测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞转录组测序, 染色质可及性测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 4718 | 2025-01-30 |
Generation of renal tubular organoids from adult SOX9+ kidney progenitor cells
2023-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnad047
PMID:39872058
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研究论文 | 本文研究了从成年SOX9+肾脏祖细胞生成肾小管类器官的能力 | 首次研究了SOX9阳性肾脏祖细胞自主生成肾脏类器官的能力，并发现其具有更强的肾小管分化潜力 | SOX9肾脏祖细胞未能分化为肾小球细胞 | 研究SOX9阳性肾脏祖细胞的分化潜力及其在生成肾小管类器官中的应用 | 小鼠和人类的SOX9肾脏祖细胞 | 生物医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的SOX9肾脏祖细胞 |
| 4719 | 2025-01-30 |
Modeling maternal cholesterol exposure reveals a reduction of neural progenitor proliferation using human cerebral organoids
2023-Apr, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac034
PMID:39872117
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研究论文 | 本文通过构建胆固醇暴露模型，利用人类多能干细胞衍生的脑类器官，揭示了母体高胆固醇暴露可能导致后代神经发育障碍的机制 | 首次使用人类多能干细胞衍生的脑类器官构建胆固醇暴露模型，揭示了高胆固醇对神经祖细胞增殖的抑制作用及其与自闭症谱系障碍（ASD）的潜在关联 | 研究主要基于体外模型，未涉及动物或人体实验，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨母体高胆固醇暴露对后代神经发育的影响及其机制 | 人类多能干细胞衍生的脑类器官 | 神经发育生物学 | 自闭症谱系障碍（ASD） | 单细胞测序 | 脑类器官模型 | 基因表达数据 | NA |
| 4720 | 2025-01-30 |
Generation of blastoids from human parthenogenetic stem cells
2023-Feb, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnad006
PMID:39872951
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研究论文 | 本文通过两步诱导协议从人类孤雌生殖干细胞生成孤雌生殖胚泡，以研究基因组印记在胚胎发育中的作用 | 首次从孤雌生殖干细胞生成孤雌生殖胚泡，为研究基因组印记提供了新模型 | 由于发育缺陷和伦理限制，对孤雌生殖胚胎发育的全面理解仍不足 | 研究基因组印记在胚胎发育中的作用及父母起源偏差对人类发育和病理机制的影响 | 孤雌生殖干细胞（hPg-ESCs）及其衍生的扩展多能干细胞（hPg-EPSCs） | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |