单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-01-31	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的丢失事件问题	CCI方法通过基因采样子集进行聚类，并利用相似细胞的信息来插补基因表达水平，提高了下游分析的性能	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下缺乏鲁棒性	解决scRNA-seq数据中的丢失事件问题，提高数据插补的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	scRNA-seq	共识聚类	基因表达数据	NA
4702	2025-01-31	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本文通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，该机制由一个顺式调控元件决定	揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，并确定了一个关键的顺式调控元件	研究主要集中于Capsella果实，可能不适用于其他植物或器官的形态发生	研究Capsella果实形状决定的分子机制	Capsella果实	植物生物学	NA	全器官活细胞成像, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	图像, RNA序列数据	NA
4703	2025-01-31	Ex Vivo Regional Gene Therapy Compared to Recombinant BMP-2 for the Treatment of Critical-Size Bone Defects: An In Vivo Single-Cell RNA-Sequencing Study 2025-Jan-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010029 PMID:39851303	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了区域基因治疗与重组BMP-2在治疗临界大小骨缺损中的效果	首次使用单细胞RNA测序技术分析了区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的细胞和转录机制差异	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	比较区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的效果及其机制	六只大鼠的临界大小股骨缺损	数字病理	骨缺损	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	六只大鼠，每组2393个过滤细胞
4704	2025-01-31	The Prognostic Significance of TRs in Hepatocellular Carcinoma: Insights from TCGA and GEO Databases 2025, Biomarker insights IF:3.4Q2 DOI:10.1177/11772719251315321 PMID:39866810	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验研究，探讨了甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	首次结合TCGA和GEO数据库，通过Kaplan-Meier分析、Cox回归和逻辑回归分析，发现THRB低表达与HCC患者总体生存率降低显著相关，并通过功能实验验证了THRB在抑制HCC细胞增殖和迁移中的作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且实验部分未详细说明样本来源和数量	探讨甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	Kaplan-Meier分析、Cox回归分析、逻辑回归分析、伤口愈合实验、CCK-8实验、Transwell迁移实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
4705	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Cellular Heterogeneity from Deep Fascia in Necrotizing Fasciitis Patients 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496650 PMID:39867946	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性	首次报道了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性，并发现了与抗感染相关的关键细胞亚群和蛋白质	样本量较小（NF组3例，对照组4例），可能需要更大规模的研究来验证结果	研究坏死性筋膜炎患者深筋膜中细胞的变化及其在抗感染中的作用	坏死性筋膜炎患者和健康志愿者的深筋膜样本	数字病理学	坏死性筋膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重染色、多光谱成像和免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	NF组3例，对照组4例
4706	2025-01-28	Single-cell transcriptomics identifies the common perturbations of monocyte/macrophage lineage cells in inflammaging of bone marrow 2025-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.09.013 PMID:39868348	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，识别了骨髓炎症衰老中单核/巨噬细胞系的共同扰动	首次在多种衰老和炎症小鼠模型中，通过scRNA-Seq技术揭示了单核/巨噬细胞系通过App-Cd74轴激活的共同病理途径	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探讨骨髓炎症衰老中是否存在共同的病理途径	骨髓中的单核/巨噬细胞系	生物信息学	老年病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	多种小鼠模型（TERCko/ko、5×FAD、Dmp1 Cre -DTA ki/wt、高脂饮食喂养小鼠、腰椎5神经压迫小鼠）
4707	2025-01-31	Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage 2025-Jan, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70041 PMID:39868438	研究论文	本研究探讨了骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）通过细胞外囊泡（EVs）增强小胶质细胞吞噬能力，促进脑出血后血肿清除的机制	揭示了BMDMs通过EVs传递ARG1增强小胶质细胞吞噬能力的新机制，为脑出血治疗提供了新的治疗靶点	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证	研究脑出血后小胶质细胞吞噬能力的调控机制	骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和小胶质细胞	生物医学	脑出血	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、RNA测序数据	NA
4708	2025-01-31	Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70377 PMID:39868675	研究论文	本文结合机器学习和单细胞RNA测序技术探索了胶质瘤肿瘤微环境，并通过全基因组关联研究和孟德尔随机化方法发现了影响癌症和心血管疾病结果的TME元素相关遗传变异	利用机器学习技术分析高维数据，获得新的分子亚型和生物标志物，揭示了TME中的潜在血管生成和免疫原性特征，为精准肿瘤学治疗提供信息	NA	探索胶质瘤肿瘤微环境，识别影响癌症和心血管疾病结果的遗传变异，并发现新的分子亚型和生物标志物	胶质瘤肿瘤微环境（TME）	机器学习	胶质瘤, 心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 全基因组关联研究（GWAS）, 孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	NA
4709	2025-01-31	Identifying Key Biomarkers Related to Immune Response in the Progression of Diabetic Kidney Disease: Mendelian Randomization Combined With Comprehensive Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482047 PMID:39871959	研究论文	本研究通过孟德尔随机化结合转录组学和单细胞测序分析，识别了与糖尿病肾病（DKD）进展相关的关键免疫反应生物标志物	结合孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序分析，识别了与DKD进展相关的关键基因，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需进一步在人类样本中验证	识别DKD发病和进展中的关键基因，并探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病肾病（DKD）患者和小鼠模型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化、转录组学分析、单细胞测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据、单细胞数据	DKD小鼠模型
4710	2025-01-31	Tumour heterogeneity and personalized treatment screening based on single-cell transcriptomics 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.12.020 PMID:39877290	研究论文	本文基于单细胞转录组学数据，研究了肿瘤异质性及其对个性化治疗的影响	通过整合多种生物信息学分析，构建了多种癌症的肿瘤细胞异质性蓝图，并识别了肿瘤细胞亚群特异性生物标志物和潜在治疗药物	研究仅基于五种癌症的单细胞转录组数据集，样本类型和数量有限	探索肿瘤细胞异质性在单细胞水平上的生物学差异，并为个性化治疗提供新的见解	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌和肝癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	五种癌症的单细胞转录组数据集
4711	2025-01-31	Transcriptional Profiling of Testis Development in Pre-Sexually-Mature Hezuo Pig 2024-Dec-29, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47010010 PMID:39852125	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对合作猪（HZP）青春期前一个月龄的睾丸进行了转录组分析，揭示了不同细胞类型在精子发生过程中的转录变化	首次在合作猪中应用单细胞RNA测序技术，揭示了睾丸发育过程中不同细胞类型的转录变化，为理解精子发生和睾丸细胞生物学提供了新的见解	研究仅针对一个月龄的合作猪睾丸，未涵盖更广泛的发育阶段或不同品种的猪	探索合作猪青春期前睾丸发育过程中的细胞类型和转录变化	合作猪（HZP）一个月龄的睾丸	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	14,276个细胞
4712	2025-01-31	Application of Spatial Transcriptomics in Digestive System Tumors 2024-Dec-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15010021 PMID:39858416	综述	本文综述了空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用，包括其在揭示肿瘤空间结构、异质性、肿瘤微环境及细胞间相互作用方面的作用，以及在诊断、预后和治疗中的应用	结合空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-seq）、人工智能和机器学习在消化系统癌症研究中的重要性	技术挑战和应用前景仍需进一步探讨	探讨空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其前景	消化系统肿瘤	数字病理学	消化系统肿瘤	空间转录组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4713	2025-01-31	SSL5-AnxA5 Fusion Protein Constructed Based on Human Atherosclerotic Plaque scRNA-Seq Data Preventing the Binding of Apoptotic Endothelial Cells, Platelets, and Inflammatory Cells 2024-Dec-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010008 PMID:39857592	研究论文	本文基于人类动脉粥样硬化斑块的单细胞RNA测序数据，构建了SSL5-AnxA5融合蛋白，用于防止凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞的结合	通过单细胞测序分析，识别了SAP和ACS患者斑块中annexin V和P-selectin糖蛋白配体1通路的显著变化，并构建了SSL5-AnxA5融合蛋白，展示了其在防止细胞间相互作用中的潜力	NA	研究SSL5-AnxA5融合蛋白在防止动脉粥样硬化斑块破裂后局部炎症中的作用	凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、PCR、Western blot、流式细胞术、免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	SAP和ACS患者的斑块样本
4714	2025-01-31	Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury 2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00250.2024 PMID:39320093	研究论文	本文研究了1型糖尿病（T1DM）对COVID-19肺炎严重程度的影响，通过小鼠模型发现高血糖小鼠表现出更严重的肺损伤和免疫反应受损	引入了一种新技术，用于将高度固定的组织消化成单细胞悬液，适用于流式细胞术分析，并揭示了T1DM小鼠肺部T细胞募集减少和炎症性巨噬细胞的特征	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类数据，且样本量未明确说明	评估1型糖尿病是否加剧COVID-19肺炎的严重程度，并探索其潜在机制	野生型小鼠感染小鼠适应的SARS-CoV-2病毒	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术	小鼠模型	转录组数据、流式细胞数据	NA
4715	2025-01-31	Deciphering cell states and the cellular ecosystem to improve risk stratification in acute myeloid leukemia 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf028 PMID:39865982	研究论文	本文通过构建急性髓性白血病（AML）单细胞转录组图谱，提出sciNMF工作流程，系统解析细胞异质性，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	提出了sciNMF工作流程，识别了26种与临床变量、突变和预后相关的白血病和免疫细胞状态，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	NA	提高急性髓性白血病（AML）的风险分层精度	急性髓性白血病（AML）患者	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	sciNMF	单细胞转录组数据	公共RNA-seq队列
4716	2025-01-31	A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08002-x PMID:39415002	研究论文	本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，揭示了非免疫细胞与免疫细胞之间的相互作用在皮肤形态发生中的关键作用	首次构建了产前人类皮肤的多组学参考图谱，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的非传统功能	皮肤器官模型缺乏免疫细胞，且内皮细胞异质性和数量显著减少	研究产前人类皮肤的形态发生机制，特别是免疫细胞在其中的作用	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型	生物医学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	皮肤器官模型（SkO）	单细胞和空间转录组数据	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型
4717	2025-01-31	Construction and Validation of a Novel T/NK-Cell Prognostic Signature for Pancreatic Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Nov, Cancer investigation IF:1.8Q3 DOI:10.1080/07357907.2024.2424328 PMID:39523741	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，构建并验证了一种新的胰腺癌T/NK细胞预后特征模型	首次利用单细胞RNA测序技术，识别出胰腺癌原发肿瘤与肝转移之间的T/NK细胞亚群差异，并构建了基于6个特定基因的预后模型	样本量较小，仅包括3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织	研究胰腺癌原发肿瘤与转移肿瘤之间的差异，并构建预后模型	胰腺癌患者的原发和转移肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	3名胰腺癌患者的配对原发和转移肿瘤组织
4718	2025-01-31	Scoping Review: Methods and Applications of Spatial Transcriptomics in Tumor Research 2024-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16173100 PMID:39272958	综述	本文综述了空间转录组学（ST）在肿瘤研究中的方法和应用，总结了当前的方法、趋势和数据分析技术	总结了空间转录组学在肿瘤研究中的最新进展和应用，提出了提高研究可重复性和可靠性的建议	近一半的研究缺乏全面的数据处理协议，影响了其可重复性	探讨空间转录组学在肿瘤研究中的挑战和实际应用	肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、单细胞测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组织化学数据	分析了41篇截至2023年底发表的文章和公共数据仓库
4719	2025-01-31	Delving deeper into the mechanisms fundamental to HIV-associated immunopathology using single-cell sequencing techniques: A scoping review of current literature 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35856 PMID:39224354	综述	本文通过综述14篇已发表的HIV相关单细胞RNA测序研究，探讨了HIV感染和发病机制的潜在机制，并探索了HIV疾病进展和抗病毒治疗的潜在候选生物标志物	利用单细胞RNA测序技术深入探讨HIV相关免疫病理学的基本机制，识别特定细胞类型的转录变化，作为HIV疾病监测和治疗靶向的潜在生物标志物	综述文章，未进行新的实验研究，依赖于已有文献的分析	探讨HIV感染和发病机制的潜在机制，并探索HIV疾病进展和抗病毒治疗的潜在候选生物标志物	HIV感染者	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14篇已发表的研究
4720	2025-01-29	Molecular dynamics of chemotactic signalling orchestrates dental pulp stem cell fibrosis during aging 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1530644 PMID:39866843	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了衰老过程中牙髓纤维化的分子机制，特别是Ccrl2巨噬细胞在早期衰老阶段的脆弱性	发现了RARRES2/CCRL2/CMKLR1轴在牙髓纤维化中的作用，为针对巨噬细胞和调节免疫微环境的治疗策略提供了新视角	研究主要基于单细胞转录组分析，需要进一步的体内实验验证	揭示衰老过程中牙髓纤维化的分子机制	牙髓干细胞和巨噬细胞	分子生物学	牙髓疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	包括自有和公开数据集中的样本