单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-01-24	Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications 2024-Jan-22, Advanced materials technologies IF:6.4Q1 DOI:10.1002/admt.202301155 PMID:38645306	研究论文	本文介绍了一种磁化水凝胶珠的简单方法，以提高单细胞基因组学中的分池方法的自动化程度	开发了磁化水凝胶珠的方法，提高了纯化过程的产量和洗涤效率，并实现了分池方法的自动化	未提及具体的技术局限或实验中的挑战	提高单细胞基因组学中分池方法的自动化程度	水凝胶珠	基因组学	NA	BAG-Seq工作流程	NA	基因组数据	NA
4702	2025-01-24	Spatiotemporal modulation of growth factors directs the generation of multilineage mouse embryonic stem cell-derived mammary organoids 2024-Jan-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.003 PMID:38159568	研究论文	本文通过定向分化小鼠胚胎干细胞（mESCs），报告了多谱系ESC来源的乳腺类器官（MEMOs）的生成	通过顺序激活BMP4和PTHrP并抑制HH信号，诱导真皮间充质转化为乳腺特异性间充质，生成多谱系乳腺类器官	NA	研究乳腺类器官的生成及其在再生医学和疾病建模中的应用	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4703	2025-01-24	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulation in murine bone development 2024-Jan-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.11.029 PMID:38141609	研究论文	本文研究了YAP和TAZ在小鼠骨骼发育过程中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及机械调节	揭示了YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中协调成骨前体细胞动员与血管生成及机械调节的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨YAP和TAZ在骨骼发育中的作用机制	小鼠胚胎骨骼发育中的成骨前体细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎骨骼样本
4704	2025-01-24	The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1497312 PMID:39839650	研究论文	本研究探讨了溶酶体相关基因（LAGs）在肺腺癌（LUAD）中的预后和肿瘤微环境影响	构建了一个包含七个关键LAGs的风险特征，用于预测LUAD患者的预后状态，并通过单细胞测序和体外实验验证了CTSH在LUAD中的功能	研究主要依赖于公开的RNA-seq数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的预后和肿瘤微环境影响	肺腺癌（LUAD）患者	生物信息学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO的肺腺癌RNA-seq数据
4705	2025-01-24	Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1469955 PMID:39839668	研究论文	本文介绍了一种用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的醋酸-甲醇高盐解离方法（ACME HS），并与其他方法进行了比较	首次将醋酸-甲醇解离方法优化应用于人类内分泌组织样本，并引入高盐洗涤缓冲液以稳定RNA并防止RNase再激活	NA	开发一种适用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的解离方法，以保留细胞形态和RNA完整性	冷冻人体组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组数据	41个组织样本
4706	2025-01-24	Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050 PMID:39840076	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索了三种自身免疫性疾病（多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎）之间的共享基因特征和机制	结合单细胞RNA测序技术，识别了三种自身免疫性疾病之间的共享基因，并提出了潜在的早期诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究三种自身免疫性疾病之间的共享基因特征，寻找早期诊断的生物标志物	多发性硬化症（MS）、系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的MS、SLE和RA患者数据，以及小鼠模型和临床样本
4707	2025-01-24	Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development 2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2307451120 PMID:37523539	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNAseq）数据集生成预测性细胞类型特异性split-GAL4试剂的高效管道（scMarco），用于发育过程中的细胞类型特异性标记	利用现有的发育单细胞RNA测序数据集选择split-GAL4的基因对，提供了一种高效且预测性的管道（scMarco），基于原生基因调控元件在发育的任何时间生成细胞类型特异性的split-GAL4系	需要大量时间和资源筛选增强子表达模式的组合	生成细胞类型特异性工具，用于发育过程中不同细胞类型的靶向操作	发育中的视觉系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
4708	2025-01-24	Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis 2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546848 PMID:37425692	研究论文	本文利用高复杂度单细胞空间转录组学和解剖学方法，研究了人类胰腺癌中多细胞邻域和细胞间相互作用的重塑，特别是与特定恶性亚型和新辅助化疗/放疗相关的重塑	开发了SCOTIA（空间约束最优运输交互分析），这是一种包含空间距离和配体-受体基因表达成本函数的最优运输模型，用于揭示治疗响应中的配体-受体相互作用变化	研究结果需要进一步验证，特别是在其他类型的癌症和疾病中的应用	研究胰腺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用的重塑及其对治疗响应的影响	人类胰腺癌中的多细胞邻域和细胞间相互作用	数字病理学	胰腺癌	高复杂度单细胞空间转录组学	最优运输模型（SCOTIA）	单细胞空间转录组数据	NA
4709	2025-01-23	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	研究论文	本文提出了一种自适应归一化程序，用于在噪声数据矩阵中检测和恢复低秩信号，特别是在异方差噪声情况下	提出了一种基于Dyson方程的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵中行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确提及具体局限性	解决在异方差噪声情况下低秩信号的检测和恢复问题	噪声数据矩阵中的低秩信号	机器学习	NA	随机矩阵理论	NA	矩阵数据	NA
4710	2025-01-23	Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis 2025-Feb, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14093 PMID:39695834	综述	本文综述了单细胞基因组学技术在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用	结合单细胞RNA测序（scRNAseq）与动物模型，揭示牙周炎和种植体周围炎的细胞异质性和特定细胞作用，克服了批量RNA测序的局限性	NA	整合单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎的动物模型，以促进对这些疾病发病机制的理解和精准治疗的发展	牙周炎和种植体周围炎的动物模型	基因组学	牙周炎, 种植体周围炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4711	2025-01-23	Mechanistic study of the regulation of mitochondrial function by the GPNMB/Nrf2/NF-κB signaling pathway mediated by Quzhi Tang to alleviate chondrocyte senescence 2025-Jan-31, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2024.119165 PMID:39617085	研究论文	本研究探讨了祛脂汤（QZT）通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路来修复线粒体损伤和改善软骨细胞衰老的机制	首次结合单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学和免疫学方法，揭示了GPNMB在软骨细胞衰老中的关键作用，并阐明了QZT通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨祛脂汤（QZT）在治疗膝骨关节炎（KOA）中的潜在药物机制，特别是其对软骨细胞衰老的调节作用	小鼠软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学、免疫学方法	NA	转录组数据、组织病理学数据	小鼠软骨组织
4712	2025-01-23	The Expression of the LDLR, LDLRAP1, and PCSK9 Genes has Prognostic Significance in Triple-negative Breast Cancer 2025-Jan-20, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291217241219055416 PMID:39838687	研究论文	本研究探讨了胆固醇摄取基因在预测乳腺癌患者生存率中的预后意义	首次系统评估了胆固醇摄取基因在不同乳腺癌亚型中的表达差异及其预后意义	未对HER2阳性亚型的预后预测基因进行深入分析	确定胆固醇摄取基因在乳腺癌患者总体生存率中的预后意义，并评估这种意义在不同乳腺癌亚型中的差异	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	mRNA测序	DESeq2, Fisher's test	mRNA测序数据	来自癌症基因组图谱（TCGA）门户的肿瘤样本
4713	2025-01-23	TLR7/8/9 agonists and low-dose cisplatin synergistically promotes tertiary lymphatic structure formation and antitumor immunity 2025-Jan-19, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-024-01055-z PMID:39827246	研究论文	本文探讨了一种新型组合疗法，通过低剂量局部顺铂与TLR7/8/9激动剂（CR108）联合使用，促进三级淋巴结构形成并增强抗肿瘤免疫反应	创新点在于结合低剂量顺铂和CR108，显著增强抗肿瘤反应，促进三级淋巴结构形成，并揭示其作为功能性抗肿瘤效应T细胞库的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究目的是开发一种新型组合疗法，以增强原位疫苗接种的抗肿瘤效果	研究对象为小鼠模型中的4T1和B16肿瘤	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序分析	NA	NA	小鼠模型中的4T1和B16肿瘤
4714	2025-01-23	Analysis of cellular NO-GC expression in the murine heart and lineage determination in angiotensin II-induced fibrosis 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111615 PMID:39829679	研究论文	本文研究了NO敏感鸟苷酸环化酶（NO-GC）在健康和纤维化小鼠心肌中的细胞表达，并探讨了其在心脏纤维化中的作用	首次描述了NO-GC在健康和纤维化心肌中的细胞表达模式，并揭示了其在心脏纤维化中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中进行验证	探讨NO-GC在不同心脏细胞类型中的表达及其在心脏纤维化中的作用	小鼠心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠心肌组织样本
4715	2025-01-23	Potent human antibodies against SpA5 identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111627 PMID:39834865	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA和VDJ测序技术，从64名接种重组五组分疫苗的志愿者中快速鉴定了针对SpA5的人类抗体	利用高通量单细胞测序技术快速筛选出高效抗体，并结合Alphafold2和分子对接方法预测和验证潜在表位	研究样本量较小，仅涉及64名志愿者	解决抗生素耐药性问题，筛选高效抗体以预防耐药菌感染	64名接种重组五组分疫苗的志愿者的记忆B细胞	生物医学	抗生素耐药性感染	高通量单细胞RNA测序、VDJ测序、Alphafold2、分子对接	NA	单细胞RNA测序数据、VDJ测序数据	64名志愿者的记忆B细胞
4716	2025-01-23	BMP6, a potential biomarker of inflammatory fibrosis and promising protective factor for dilated cardiomyopathy 2025-Jan-15, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-025-01062-9 PMID:39825396	研究论文	本文探讨了BMP6作为炎症性纤维化的潜在生物标志物及其在扩张型心肌病（DCM）中的保护作用	通过Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、孟德尔随机化分析和动物模型构建，首次揭示了BMP6在DCM中的特异性表达及其抗纤维化作用	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证BMP6的治疗效果	识别和验证DCM心衰的潜在特异性标志物和干预靶点	扩张型心肌病（DCM）患者的心脏组织和动物模型	心血管疾病	扩张型心肌病	Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化分析, 动物模型构建, BMP6敲低	NA	RNA-seq数据	NA
4717	2025-01-23	The role of cell cycle-related genes in the tumorigenesis of adrenal and thyroid neuroendocrine tumors 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41457 PMID:39834406	综述	本文综述了肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤中细胞周期相关基因的作用及其在肿瘤发生、进展和转移中的分子机制	总结了当前单细胞RNA测序研究，突出了细胞周期相关基因作为治疗靶点和肿瘤类型或侵袭性判断组件的潜力	关于这些主题的信息仍然有限，需要进一步研究以探索这些肿瘤的调控机制	理解肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤的分子机制和细胞周期相关基因的作用	神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌和嗜铬细胞瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4718	2025-01-23	Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements 2025-01-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025 PMID:39731911	研究论文	本文通过跨物种分析胸腺模拟细胞，揭示了其进化上的古老起源以及保守和物种特异性元素	首次对人类和小鼠的胸腺模拟细胞进行单细胞RNA测序，并整合了斑马鱼的数据，揭示了物种间的保守性和特异性	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本仅来自儿科供体，可能限制了结果的普适性	研究胸腺模拟细胞的进化起源及其在自身免疫中的潜在作用	人类、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类儿科供体的胸腺模拟细胞样本
4719	2025-01-23	Integrative Analyses of Single-Cell RNA-Sequencing and Bulk RNA-Sequencing Reveal Prognostic Markers of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients with Cardiogenic Shock Receiving Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Support Collected before Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Establishment 2025-Jan-14, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.4c07339 PMID:39829552	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序的综合分析，揭示了在接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的急性心源性休克患者中，外周血单核细胞的预后标志物	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，分析了急性心源性休克患者在接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持前的外周血单核细胞，发现了与不良预后相关的B细胞和NK/NKT细胞亚群及其高表达的HSPA1B基因	研究依赖于公共数据库中的数据，且样本量有限，可能影响结果的普遍性	探索外周血单核细胞在急性心源性休克患者中的预后标志物	接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的急性心源性休克患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Seurat，limma	RNA测序数据	从基因表达综合数据库获取的急性心源性休克患者的外周血单核细胞数据
4720	2025-01-23	Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.571168 PMID:38168363	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守氨基酸域的方法，用于在批量和单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列，从而能够检测覆盖超过10万种病毒物种的RNA病毒	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码跟踪保持单细胞分辨率	高效准确地检测病毒感染，以了解其对人类健康的影响并做出准确预测以限制不良影响，如未来的流行病	病毒序列和宿主基因表达	生物信息学	传染病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据