单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 4681 - 4700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4681 | 2025-10-06 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61149-7
PMID:40593827
|
研究论文 | 提出了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞转录组数据中细胞间通讯诱导的信号通路串扰 | 首次从信号通路串扰角度系统分析细胞间通讯，引入信号保真度和特异性两个关键指标，并采用超图学习方法编码调控通路中的高阶关系 | NA | 研究细胞间通讯过程中不同配体-受体对激活通路之间的串扰效应 | 细胞间通讯调控网络中的受体、转录因子和靶基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 超图学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4682 | 2025-10-06 |
Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60899-8
PMID:40595539
|
研究论文 | 提出通过二值化单细胞RNA-seq数据并与单细胞ATAC-seq数据直接拼接的方法进行多组学整合分析 | 首次证明二值化基因表达数据与标准scATAC-seq数据直接拼接后进行整合聚类的有效性，无需将scATAC-seq数据转换为基因活性分数 | 仅适用于配对多组学技术收集的数据，方法在非配对数据中的效果未经验证 | 开发单细胞多组学数据整合分析方法 | 单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 多组学技术 | TF-IDF, 奇异值分解(LSI) | 基因表达数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4683 | 2025-10-06 |
Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds
2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-025-00421-2
PMID:40595820
|
研究论文 | 本研究开发了一种可调节明胶和硫酸软骨素比例的大孔微带支架，通过调控免疫-干细胞相互作用促进骨再生 | 首次利用可调比例的大孔微带支架增强免疫-干细胞相互作用，实现无外源生长因子或细胞的快速内源性骨再生 | 仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中验证，尚未进行临床研究 | 通过调控免疫-干细胞相互作用促进骨再生 | 巨噬细胞和间充质干细胞 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序，CellChat分析 | 3D共培养模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠临界尺寸骨缺损模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4684 | 2025-10-06 |
The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages
2025-Jun-27, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661
PMID:40582585
|
研究论文 | 本研究揭示了NF-κB/LY6E信号轴通过响应巨噬细胞与口腔鳞癌细胞的相互作用促进癌症干性的机制 | 首次发现LY6E是NF-κB驱动的增强子调控基因，并阐明巨噬细胞通过TNFα激活NF-κB/LY6E轴促进口腔鳞癌干性的新机制 | 未明确LY6E在其它类型癌症干性中的作用，且临床样本验证不足 | 探索调控口腔鳞癌干性的肿瘤-免疫细胞相互作用关键信号轴 | 口腔鳞状细胞癌细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞癌 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE分析 | 单细胞RNA测序数据 | GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4685 | 2025-10-06 |
Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188543
PMID:40359016
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现多发性硬化症早期活动与TBX21+CD21loCXCR3+ B细胞扩增相关，其表型类似于EB病毒诱导的B细胞 | 首次将EBV相关的非典型B细胞表型与多发性硬化症早期活动相关联，并发现这类细胞具有独特的炎症因子表达特征 | 未检测到EBV直接感染非典型B细胞，且样本量相对有限 | 探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的作用 | 早期多发性硬化症患者的外周B细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据,蛋白质表达数据 | 免疫耐受网络STAyCIS试验中纵向收集的早期多发性硬化症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4686 | 2025-10-06 |
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2025-Jun-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1
PMID:40585272
|
研究论文 | 开发了一种三组分肿瘤球模型，模拟高级别浆液性卵巢癌的肿瘤微环境 | 创建了包含癌细胞、间充质干细胞和巨噬细胞的异质性三维肿瘤球模型，重现了HGSC的关键临床表型 | 模型中使用的是细胞系而非原代肿瘤细胞，可能无法完全代表患者肿瘤的异质性 | 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对治疗反应的影响 | 高级别浆液性卵巢癌细胞(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)、原代间充质干细胞、U937来源的M2样巨噬细胞 | 肿瘤生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 侵袭实验, 迁移实验 | 三维肿瘤球模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 多种细胞系组成的肿瘤球模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4687 | 2025-10-06 |
Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08973-5
PMID:40335697
|
研究论文 | 本研究利用单细胞技术揭示了髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件是晚期亚克隆事件 | 首次在单细胞水平揭示髓母细胞瘤中大规模染色体畸变与单基因致癌事件在肿瘤发生发展中的时序关系 | 研究样本量有限，仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6改变的特定亚型 | 解析髓母细胞瘤肿瘤异质性和致癌基因畸变在肿瘤进化中的作用 | 3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | 群体遗传学模型 | 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤队列 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4688 | 2025-10-06 |
High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation
2025-May-29, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041
PMID:40449655
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了人类面部皮脂腺高分辨率空间图谱并解析了皮脂细胞分化过程 | 首次报道了人类皮脂腺的分子标记基因，识别了皮脂细胞分化的4个不同阶段及其特征基因签名 | 主要基于人类样本研究，与小鼠模型研究的可比性有限 | 深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制 | 人类面部皮脂腺 | 空间转录组学 | 痤疮 | Stereo-seq空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重误差鲁棒FISH | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4689 | 2025-10-06 |
Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement
2025-May-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv1159
PMID:40378222
|
研究论文 | 本研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了幼虫前端（反口端）的细胞类型特征及牛磺酸在调控幼虫附着过程中的作用 | 首次整合多种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，发现反口端特化细胞类型中牛磺酸摄取和分解代谢基因的表达模式，并证实外源性牛磺酸抑制幼虫附着 | 研究仅涉及三种刺胞动物物种，可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性 | 阐明刺胞动物幼虫附着的细胞和分子调控机制 | 水母Clytia和两种珊瑚的浮浪幼虫 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 三种刺胞动物物种的浮浪幼虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4690 | 2025-10-06 |
Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement
2025-May, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-025-01581-3
PMID:39893595
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析正畸牙齿移动过程中牙周韧带对机械刺激的响应机制 | 首次在单细胞水平揭示Mkx转录因子在牙周韧带机械传导中的特异性表达模式和保护作用 | 研究主要基于大鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明机械刺激下牙周韧带的基因表达变化和细胞群体动态 | 野生型大鼠牙周韧带细胞和人类牙周韧带细胞 | 单细胞基因组学 | 口腔正畸 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 大鼠PDL在0天、1周和2周时间点的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4691 | 2025-10-06 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1
PMID:39989953
|
研究论文 | 本研究评估了基因型分型解复用方法在单核多组学实验中对环境RNA/DNA污染的敏感性 | 开发了ambisim基因型感知读取水平模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据 | 研究主要基于模拟数据，虽然验证了两个真实数据集，但样本数量有限 | 评估不同解复用方法在单核多组学测序实验中对环境污染的鲁棒性 | 单核RNA-seq和ATAC-seq数据 | 单细胞测序分析 | NA | 单核多组学测序，基因型分型解复用 | NA | 单细胞多组学测序数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 | NA | 单核多组学，单核RNA-seq，单核ATAC-seq | NA | NA |
| 4692 | 2025-10-06 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636969
PMID:39975005
|
研究论文 | 本研究评估了基因分型解复用方法在单核多组学实验中对环境RNA/DNA污染的敏感性 | 开发了ambisim基因分型感知读取水平模拟器，可灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据 | 方法在不同数据集和模式间的一致性存在差异，需要改进对环境材料的建模 | 评估基因分型解复用方法在单核多组学实验中的性能表现 | 单核RNA-seq和ATAC-seq数据 | 单细胞测序分析 | NA | 单核多组学测序，基因分型解复用 | ambisim模拟器 | 单核RNA-seq和ATAC-seq测序数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 | NA | 单核多组学测序 | NA | NA |
| 4693 | 2025-10-06 |
Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1600546
PMID:40612108
|
研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序技术鉴定与肝细胞癌上皮-间质转化和失巢凋亡相关的预后生物标志物 | 首次整合EMT相关基因和失巢凋亡相关基因，结合单细胞RNA测序技术识别肝细胞癌的新型生物标志物 | 研究主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 探索EMT相关基因和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的作用机制并识别预后生物标志物 | 肝细胞癌患者样本和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，差异表达分析，WGCNA，RT-qPCR | 风险模型，列线图 | 转录组数据，单细胞测序数据 | TCGA-HCC，ICGC-LIPI-JP和GSE149614数据集中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4694 | 2025-10-06 |
Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1597086
PMID:40612351
|
综述 | 全面探讨口腔鳞状细胞癌生物标志物检测技术的最新进展与应用前景 | 系统整合单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感技术和人工智能等新兴技术在口腔癌生物标志物检测中的创新应用 | 存在临床验证空白、实施成本高和分析复杂性等可扩展性障碍 | 评估新兴检测技术在口腔鳞状细胞癌早期诊断中的应用潜力 | 口腔鳞状细胞癌生物标志物检测技术 | 数字病理 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 纳米孔测序, 生物传感技术, 人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4695 | 2025-10-06 |
A novel, rapid, and practical prognostic model for sepsis patients based on dysregulated immune cell lactylation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1625311
PMID:40612938
|
研究论文 | 本研究基于免疫细胞乳酸化修饰开发了一种新型脓毒症预后模型 | 首次系统表征脓毒症乳酸化动态变化模式，并基于乳酸化相关枢纽基因构建预后预测模型 | 单中心前瞻性队列样本量有限(N=51)，需要更大规模多中心验证 | 探索脓毒症进程中乳酸化动态变化并开发基于乳酸化的预后预测模型 | 脓毒症患者和THP-1单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序，机器学习，伪时间轨迹重建，体外实验 | 机器学习算法，预后预测模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据 | 外部转录组数据集和51例前瞻性单中心脓毒症患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4696 | 2025-10-06 |
Applications and Prospects of Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Cervical Cancer
2025, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/bmri/1532745
PMID:40612935
|
综述 | 总结单细胞RNA测序和空间转录组学在宫颈癌研究中的应用进展与前景 | 整合两种新兴技术（scRNA-seq和ST）在宫颈癌研究中的协同应用，弥补各自技术局限性 | 作为综述文章，不涉及原始实验数据，主要基于现有文献总结 | 探讨scRNA-seq和ST技术在宫颈癌研究中的应用价值和发展前景 | 宫颈癌肿瘤异质性、肿瘤微环境、进化轨迹和治疗靶点 | 数字病理 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4697 | 2025-10-06 |
Bridging aging, immunity, and atherosclerosis: novel insights into senescence-related genes
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1557266
PMID:40612944
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，探索衰老相关基因在动脉粥样硬化中的作用机制 | 首次系统识别了89个关键衰老相关基因，并发现PDLIM1、PARP14和SEL1L3作为动脉粥样硬化诊断生物标志物，揭示了它们在巨噬细胞分化中的阶段特异性表达模式 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证 | 探索衰老、免疫与动脉粥样硬化之间的关联，寻找可靠的诊断生物标志物 | 人类组织样本和ApoE-/-动脉粥样硬化小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序，单细胞RNA测序，免疫荧光 | LASSO，SVM，RF | 基因表达数据，单细胞数据 | 来自GEO数据库的人类组织数据 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4698 | 2025-10-06 |
Single-cell atlas of human skin implicates APOE pro-inflammatory signaling in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591944
PMID:40612951
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类皮肤细胞图谱，揭示APOE信号通路在糖尿病足溃疡中的促炎作用 | 首次在糖尿病足溃疡中发现过度表达APOE的独特成纤维细胞亚群，并证明其通过FGF信号通路和药物代谢-细胞色素P450途径促进纤维化和炎症 | 样本量有限，需要更大规模研究验证；机制研究主要基于体外实验，需要更多体内实验证实 | 探究糖尿病足溃疡的发病机制和细胞分子基础 | 人类皮肤组织样本，特别是糖尿病足溃疡患者的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学染色，体外实验 | NA | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | 未明确说明具体样本数量的人类皮肤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4699 | 2025-10-06 |
Identification of a novel de novo mutation in SOX4 for syndromic tooth agenesis
2024-04-30, Clinical oral investigations
IF:3.1Q1
DOI:10.1007/s00784-024-05659-6
PMID:38684576
|
研究论文 | 本研究通过全外显子测序在Coffin-Siris综合征患者中发现了一个新的SOX4基因从头突变，并探索了其在综合征性牙齿缺失中的作用机制 | 首次报道SOX4错义突变导致综合征性牙齿缺失，通过单细胞RNA测序和WGCNA分析验证了SOX4在牙齿发育中的关键作用 | 研究仅基于单个患者病例，样本量有限，需要更多病例验证 | 识别导致综合征性牙齿缺失的致病突变并探索其调控机制 | Coffin-Siris综合征患者和小鼠牙齿发育模型 | 遗传学 | Coffin-Siris综合征 | 全外显子测序, Sanger测序, 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, WGCNA分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 1名中国CSS患者和小鼠牙齿发育样本 | NA | 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4700 | 2025-10-06 |
Microglial intervention in ischemic stroke: Roles and intervention strategies
2026-Feb-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166
PMID:39995094
|
综述 | 探讨小胶质细胞在缺血性脑卒中中的双重作用及潜在干预策略 | 系统阐述小胶质细胞动态极化状态的关键调控通路，并提出结合传统药物与单细胞测序等新兴技术的治疗策略 | NA | 研究小胶质细胞在缺血性脑卒中中的作用机制和干预方法 | 小胶质细胞及其在脑卒中中的功能状态 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq,spatial transcriptomics | NA | NA |