单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4681	2025-01-22	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	研究论文	本文通过对小鼠和人类前列腺单细胞转录组的元分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用单细胞RNA测序技术，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并揭示了前列腺癌中的细胞异质性和可塑性	研究主要依赖于已发表和新生成的单细胞RNA测序数据集，可能存在数据质量和一致性的限制	研究前列腺组织在正常状态、退化、再生和癌症中的细胞状态和可塑性	小鼠和人类前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	多个已发表和新生成的单细胞RNA测序数据集
4682	2025-01-22	An exhausted-like microglial population accumulates in aged and APOE4 genotype Alzheimer's brains 2024-01-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.12.001 PMID:38159571	研究论文	本文研究了晚期阿尔茨海默病（AD）的主要风险因素——高龄和APOE4基因变异如何改变神经免疫功能，并识别出一种在AD环境中可能代表炎症小胶质细胞耗竭状态的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体	通过整合纵向单细胞图谱和转录组及染色质可及性分析，识别出与年龄和APOE4负担增加相关的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体，并在人类AD患者大脑中检测到类似群体	研究主要基于AD模型小鼠，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨高龄和APOE4基因变异如何影响神经免疫功能，并识别与AD相关的特定小胶质细胞群体	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑免疫细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组分析、染色质可及性分析、多重空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑样本
4683	2025-01-22	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	通过单细胞RNA测序和定制多重染色技术，利用同一病灶的纵向采样优势，揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的免疫效应机制	研究样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，定制多重染色	NA	RNA测序数据，染色数据	三名头颈部鳞状细胞癌患者
4684	2025-01-22	Proximal immune-epithelial progenitor interactions drive chronic tissue sequelae post COVID-19 2023-Nov-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3587418/v1 PMID:38077031	研究论文	本文研究了COVID-19后急性后遗症（PASC）的长期生理后果，特别是呼吸系统PASC的病理生理机制	通过空间转录组学和成像技术，发现了免疫细胞与上皮祖细胞之间的失调近端相互作用，这在呼吸系统PASC中独特存在，而在急性COVID-19或特发性肺纤维化（IPF）中不存在	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨COVID-19后急性后遗症（PASC）的病理生理机制，特别是呼吸系统PASC的驱动因素	PASC患者的肺功能异常和/或病毒感染介导的肺纤维化	病理生理学	COVID-19后遗症	空间转录组学、成像技术	小鼠模型	转录组数据、图像数据	三个独立的PASC患者临床队列
4685	2025-01-22	Distinct human Langerhans cell subsets orchestrate reciprocal functions and require different developmental regulation 2021-10-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.012 PMID:34508661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，识别了人类皮肤表皮中两种稳态（LC1和LC2）和两种激活的Langerhans细胞（LCs）亚群，并揭示了它们在发育调控和功能上的差异	首次在人类皮肤中识别出两种稳态和两种激活的LCs亚群，并揭示了EGR1和Notch信号通路在LC1和LC2分化中的关键作用	研究主要基于体外培养的HSC-LCs，可能不完全反映体内LCs的行为	探索人类皮肤中Langerhans细胞的异质性及其功能差异	人类皮肤表皮中的Langerhans细胞和由CD34造血干细胞衍生的LCs	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	人类皮肤表皮样本和CD34造血干细胞衍生的LCs
4686	2025-01-21	Smooth muscle cell-specific CD47 deletion suppresses atherosclerosis 2025-Jan-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123315 PMID:39675550	研究论文	本研究探讨了平滑肌细胞（SMC）中CD47的激活通过TSP1在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用	研究发现Cd47在动脉粥样硬化动脉中的表型调节SMCs中上调，并且SMC特异性Cd47缺失可减轻动脉粥样硬化	研究中未观察到SMC限制性Cd47缺陷小鼠在体重增加、肝脏和脂肪组织质量、血浆总胆固醇和空腹血糖方面的显著差异	研究SMC CD47激活在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用	平滑肌细胞（SMC）和动脉粥样硬化	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子生物学技术、免疫组织学方法	细胞特异性敲除小鼠	基因表达数据、组织样本	人类动脉粥样硬化血管组织和VSMCs、小鼠模型
4687	2025-01-21	Human-Mouse Chimeric Brain Models to Study Human Glial-Neuronal and Macroglial-Microglial Interactions 2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.03.601990 PMID:39005270	研究论文	本文介绍了一种通过移植人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的神经细胞生成的人鼠嵌合脑模型，用于研究人类神经细胞的发育和功能	创新性地使用共移植方法生成包含人类小胶质细胞、大胶质细胞和神经元的人鼠嵌合脑模型，并通过超分辨率成像和单细胞RNA测序技术揭示了神经元与胶质细胞之间的动态相互作用	模型依赖于小鼠宿主环境，可能不完全模拟人类大脑的复杂性	研究人类神经细胞在体内的发育和功能，特别是胶质细胞与神经元之间的相互作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的神经细胞	神经科学	神经系统疾病	超分辨率成像、3D重建技术、单细胞RNA测序	人鼠嵌合脑模型	图像、基因表达数据	NA
4688	2025-01-21	TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400023 PMID:38828688	研究论文	本文揭示了表观遗传调节因子TRIM24在胶质瘤进展中的作用，特别是其与HRas突变共同驱动胶质瘤向类上皮性胶质母细胞瘤（Ep-GBM）转变的机制	首次发现TRIM24通过与HRas突变协同作用，通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs，促进胶质瘤向Ep-GBM样肿瘤的转变	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩展	探讨TRIM24在胶质瘤进展中的分子机制及其潜在治疗策略	胶质瘤细胞、人类神经干细胞（hNSCs）、临床Ep-GBM样本	分子生物学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	临床Ep-GBM样本及体外实验模型
4689	2025-01-21	ARID1B maintains mesenchymal stem cell quiescence via inhibition of BCL11B-mediated non-canonical Activin signaling 2024-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48285-2 PMID:38816354	研究论文	本文探讨了ARID1B在间充质干细胞（MSCs）静息状态维持中的作用及其机制	揭示了ARID1B通过抑制BCL11B介导的非经典Activin信号通路来维持MSCs静息状态的新机制	研究主要基于小鼠切牙模型，尚未在人类细胞中验证	研究ARID1B在间充质干细胞静息状态维持中的作用及其分子机制	小鼠切牙模型中的GLI1+间充质干细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	小鼠切牙模型中的间充质干细胞
4690	2025-01-21	Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 (TREM2) regulates phagocytosis in glioblastoma 2024-05-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad257 PMID:38237157	研究论文	本文研究了髓系细胞表达的触发受体2（TREM2）在胶质母细胞瘤中的吞噬作用调控机制	揭示了TREM2在胶质母细胞瘤中的吞噬作用而非免疫抑制功能，并提出了其作为脑肿瘤潜在治疗策略的可能性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探讨TREM2在胶质母细胞瘤免疫病理和进展中的作用	胶质母细胞瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠胶质瘤模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
4691	2024-08-13	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveal that Oncofetal Reprogramming of Fibroblasts Is Associated with Malignant Degeneration of Burn Scar 2025-Feb, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.07.022 PMID:39128494	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4692	2025-01-20	Real-world effectiveness and safety of oral azvudine versus nirmatrelvir‒ritonavir (Paxlovid) in hospitalized patients with COVID-19: a multicenter, retrospective, cohort study 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02126-w PMID:39819859	研究论文	本研究比较了阿兹夫定与奈玛特韦-利托那韦（Paxlovid）在住院COVID-19患者中的疗效和安全性	首次在真实世界中大规模比较阿兹夫定与Paxlovid的疗效和安全性，并发现阿兹夫定在降低全因死亡风险方面优于Paxlovid，且对恶性肿瘤患者有额外益处	研究为回顾性队列研究，可能存在选择偏倚，且未进行随机对照试验	评估阿兹夫定与Paxlovid在住院COVID-19患者中的疗效和安全性	住院的COVID-19患者	临床医学	COVID-19	单细胞RNA测序	Cox回归模型	临床数据	40,876名住院患者
4693	2025-01-20	Innovative treatment of age-related hearing loss using MSCs and EVs with Apelin 2025-Jan-17, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09988-4 PMID:39820591	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，探索了间充质干细胞（MSCs）作为治疗年龄相关性听力损失（ARHL）的可行性	首次展示了MSCs分化为内耳细胞亚群（特别是毛细胞）的能力，并通过细胞外囊泡（EVs）传递Apelin促进M2巨噬细胞极化	研究主要基于体外实验和老年小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索MSCs及其衍生的EVs在治疗年龄相关性听力损失中的潜力	年龄相关性听力损失（ARHL）	再生医学	老年疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	老年小鼠模型
4694	2025-01-20	An atlas of neuropathic pain-associated molecular pathological characteristics in the mouse spinal cord 2025-Jan-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07506-0 PMID:39820760	研究论文	本研究整合了空间转录组学、单核RNA测序和大体积RNA测序，揭示了神经病理性疼痛（NP）条件下小鼠脊髓的区域病理异质性	首次系统地展示了DRG神经元与SC背角神经元和胶质细胞之间的“交叉组学”，揭示了NP条件下的通信模式变化	对NP相关的SC空间分子处理景观及DRG神经元与SC细胞之间的非突触相互作用的理解仍有限	解码NP的分子病理机制的空间和细胞异质性，为设计治疗靶点提供基础	小鼠脊髓	神经科学	神经病理性疼痛	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）、大体积RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	NP小鼠和假手术小鼠的脊髓样本
4695	2025-01-20	Enhancing single-cell transcriptomics using interposed anchor oligonucleotide sequences 2025-Jan-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07474-5 PMID:39819888	研究论文	本文提出了一种改进的单细胞转录组学技术，通过在条形码和唯一分子标识符（UMI）之间插入锚定寡核苷酸序列，显著减少了因合成错误而丢弃的读数	创新点在于引入了锚定寡核苷酸序列，优化了寡核苷酸捕获设计，从而提高了单细胞测序分析的基因表达谱准确性	未明确提及研究的局限性	研究目的是提高单细胞转录组学技术的准确性和效率	研究对象是单细胞转录组学中的寡核苷酸捕获设计	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及样本数量
4696	2025-01-20	The Human Microglia Atlas (HuMicA) unravels changes in disease-associated microglia subsets across neurodegenerative conditions 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56124-1 PMID:39820004	研究论文	本文通过整合19个单核RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集，构建了人类大脑免疫细胞图谱（HuMicA），揭示了在多种神经退行性疾病中与疾病相关的微胶质细胞亚型的变化	首次构建了包含多种神经退行性疾病的人类微胶质细胞图谱，并识别了四种与疾病相关的微胶质细胞亚型和疾病炎症性巨噬细胞	研究主要基于RNA-seq数据，可能缺乏蛋白质水平的功能验证	研究神经退行性疾病中微胶质细胞的变化及其在疾病发展中的作用	阿尔茨海默病、自闭症谱系障碍、癫痫、多发性硬化症、路易体病、COVID-19患者及健康对照的脑组织样本	生物信息学	神经退行性疾病	单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	241个样本，包含90,716个核/细胞
4697	2025-01-20	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular reprogramming and changes of immune cell subsets following tetramethylpyrazine treatment in LPS-induced acute lung injury 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18772 PMID:39822976	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了四甲基吡嗪（TMP）在LPS诱导的急性肺损伤（ALI）中的细胞重编程和免疫细胞亚群变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析TMP对ALI模型肺组织微环境的动态变化及其对细胞亚型、差异基因表达和转录因子调控的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证TMP的效果	探讨TMP在ALI治疗中的潜在机制及其对肺微环境的影响	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型
4698	2025-01-20	Analysis of the effect of ALA-PDT on macrophages in footpad model of mice infected with Fonsecaea monophora based on single-cell sequencing 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2024-1132 PMID:39822988	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	首次使用单细胞测序技术研究ALA-PDT对巨噬细胞免疫反应的影响，揭示了治疗后巨噬细胞抗原识别相关基因表达上调的机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中的巨噬细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠足垫模型
4699	2025-01-20	Cellular Senescence Genes as Cutting-Edge Signatures for Abdominal Aortic Aneurysm Diagnosis: Potential for Innovative Therapeutic Interventions 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70323 PMID:39823264	研究论文	本研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）发展相关的细胞衰老基因，并评估其作为治疗靶点的潜力	通过机器学习算法识别出关键基因ETS1和ITPR3，并验证了它们在AAA诊断中的潜力	研究主要基于基因表达数据，需要进一步实验验证这些基因在AAA中的具体作用机制	探索细胞衰老基因在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、WB、IF、RT-qPCR	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	429个差异表达基因（DEGs）和867个细胞衰老相关基因（SRGs）
4700	2025-01-20	Single-cell RNA sequencing reveals the diversity of the immunological landscape response to genital herpes 2024-Dec, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2024.10.003 PMID:39426602	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了生殖器疱疹（GH）患者免疫景观的多样性及其对HSV-2感染的反应	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了GH患者的免疫细胞多样性及其在HSV-2感染和复发中的反应	研究主要依赖于外周血样本，可能无法完全代表局部感染部位的免疫反应	探讨HSV-2感染和复发的机制，特别是免疫细胞在其中的作用	健康个体和复发性GH患者的免疫细胞	生物信息学	生殖器疱疹	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），ELISA	NA	RNA序列数据	健康个体和复发性GH患者的外周血样本