单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4661	2025-03-30	Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6915258 PMID:40151638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了骨肉瘤中的PANoptosis（包括细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡）景观，并开发了一个稳健的预后模型	首次在骨肉瘤中整合单细胞测序和101种机器学习算法构建预后模型，揭示了PANoptosis在肿瘤微环境中的关键作用	需要进一步临床验证模型在指导个性化治疗中的实用性	探索骨肉瘤中PANoptosis的分子特征并开发预后预测模型	骨肉瘤患者样本	数字病理	骨肉瘤	scRNA-seq, 机器学习	CoxBoost等101种算法	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE162454)的单细胞数据及TARGET和GEO数据库的批量转录组数据
4662	2025-03-30	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了超声介导的血脑屏障破坏后的急性反应，揭示了特定的转录和超微结构变化	样本量较小，仅针对复发性胶质母细胞瘤患者进行研究	探索人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
4663	2025-03-30	Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566161 PMID:38014345	research paper	本文介绍了一种名为scShift的深度可识别模型，用于解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，并展示了其在零样本表征单细胞生物状态方面的能力	开发了scShift，一个深度变分推理框架，能够有效解耦批次依赖和独立的变异，并在大规模单细胞图谱训练中展现出零样本能力	未明确提及具体限制，但可能依赖于大规模数据集的有效性和多样性	解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，实现跨数据集的生物差异识别	单细胞RNA-seq数据，特别是肺纤维化状态和COVID-19后纤维化	machine learning	lung fibrosis, COVID-19	scRNA-seq	deep variational inference framework	single-cell RNA-seq data	超过200个训练的scShift模型，涉及大规模单细胞图谱
4664	2025-03-30	STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae685 PMID:39764614	research paper	提出了一种名为STMGraph的双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	结合了双掩码机制（MASK-REMASK）和动态图注意力模型（DGAT），通过自监督更新图链接关系，生成更全面的节点表示	未明确提及具体局限性	开发一种通用的空间转录组数据分析工具，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	DGAT (dynamic graph attention model)	spatial transcriptomics data	NA
4665	2025-03-30	Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 2024-Sep, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024 PMID:39260891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析了小鼠和人类视网膜神经元中Ca2+结合蛋白亚家族（CaBPs）的基因表达谱	揭示了CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜内神经元中的表达模式，特别是发现双极细胞类型表达CaBP1、CaBP2和CaBP5的不同组合，而非单一CaBP	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究CaBPs在小鼠和人类视网膜神经元中的表达模式及其在视觉功能中的作用	小鼠和人类视网膜神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、单细胞逆转录聚合酶链反应	NA	转录组数据	小鼠和人类视网膜神经元样本
4666	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA
4667	2025-03-30	Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice 2024-03-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021583 PMID:38142410	研究论文	本研究探讨了肝巨噬细胞在镰状细胞贫血（SCA）中的作用，特别是Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群在清除ADAMTS13切割的VWF和镰状红细胞中的关键作用	首次揭示了Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群通过去唾液酸化依赖的方式清除VWF，并证实了巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应的必要性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类SCA患者中验证	阐明肝巨噬细胞在SCA病理机制中的作用及其与ADAMTS13保护效应的关系	镰状细胞贫血小鼠模型中的肝巨噬细胞	血液病学	镰状细胞贫血	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重误差稳健荧光原位杂交	小鼠疾病模型	基因表达数据、空间分布数据	未明确说明样本数量，使用SCA小鼠模型
4668	2025-03-30	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	research paper	该论文介绍了一个名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法评估单细胞RNA测序数据的轨迹推断适用性，减少了分析过程中的不确定性和决策负担	未提及具体的局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4669	2025-03-30	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症后慢性危重症患者中T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式，特别是在CD8+ T效应记忆细胞和NK细胞中的耗竭和免疫抑制特征	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的免疫系统特征	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和慢性危重症患者	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, ELISpot, 细胞因子分析, T细胞增殖实验	NA	RNA测序数据, 功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，慢性危重症患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，慢性危重症患者20人（功能验证）
4670	2025-03-30	An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 2022-04-19, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152011 PMID:35439171	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了雌激素敏感的成纤维细胞群在腹股沟疝小鼠模型中驱动腹部肌肉纤维化的机制	发现了两种可能与疝相关的新型成纤维细胞群，其中一种高表达雌激素受体-α基因（Esr1hi），另一种表达ECM改变酶（Mmp3hi），并上调促炎、促纤维化基因的表达	研究仅基于转基因小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究雌激素驱动的肌肉纤维化的细胞基础	转基因雄性小鼠（Aromhum）和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织	生物医学	腹股沟疝	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	Aromhum和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织
4671	2025-03-30	Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes 2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021 PMID:34217893	研究论文	本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSCs和iHeps中的Z突变，减少错误折叠蛋白积累和毒性	首次在AATD患者iPSCs和iHeps中应用腺嘌呤碱基编辑器纠正Z突变，并验证其减少错误折叠蛋白积累和毒性的效果	未提及长期安全性和治疗效果评估	探索碱基编辑技术在纠正AATD基因突变中的可行性和效用	AATD患者诱导多能干细胞(iPSCs)和iPSC来源的肝细胞(iHeps)	基因编辑	α-1抗胰蛋白酶缺乏症	腺嘌呤碱基编辑(ABE), 单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	患者来源的iPSCs和iHeps
4672	2025-03-30	Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia 2021-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00574-8 PMID:33239726	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹以及急性髓系白血病对其功能的影响	首次在人类骨髓中鉴定出三个NK细胞亚群，并发现AML对NK细胞功能有显著影响	研究样本可能有限，且仅关注了AML对NK细胞的影响	探究骨髓中NK细胞的分化轨迹及AML对其功能的影响	人类骨髓和脾脏中的NK细胞，以及AML患者的骨髓NK细胞	单细胞转录组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	人类骨髓和脾脏中的NK细胞样本，以及AML患者的骨髓NK细胞样本
4673	2025-03-29	Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2 2025-Mar-26, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318 PMID:40139745	研究论文	本研究探讨了白细胞源性趋化因子2（LECT2）在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调节作用及其对酒精性肝炎（AH）进展的影响	发现了LECT2通过与其相互作用蛋白PHB2结合，促进活性氧（ROS）产生，从而加剧酒精性肝损伤的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	阐明LECT2在酒精性肝炎发病机制中的作用	酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠及体外培养细胞	肝脏病理学	酒精性肝炎	RNA测序（bulk和single-cell）、基因修饰技术	基因敲除小鼠模型、过表达小鼠模型	RNA测序数据、血清和肝脏样本数据	酒精性肝炎患者样本及多组基因修饰小鼠
4674	2025-03-29	Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer 2025-Mar-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02161-7 PMID:40131644	research paper	本研究通过整合转录组和单细胞测序分析，开发了一个基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征	首次基于M2样肿瘤相关巨噬细胞相关基因构建乳腺癌预后模型，并结合单细胞转录组数据进行验证	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	乳腺癌患者和细胞系	digital pathology	breast cancer	transcriptome sequencing, scRNA-seq, qRT-PCR	RiskScore model, nomogram	gene expression data	TCGA-BRCA、GSE20685和GSE176078数据集中的样本
4675	2025-03-29	Ginsenoside Rb1 and Berberine Synergistically Protect Against Type 2 Diabetes Mellitus via GDF15/HAMP Pathway Throughout the Liver Lobules: Insights from Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Mar-25, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711 PMID:40147680	研究论文	本研究探讨了人参皂苷Rb1和小檗碱通过GDF15/HAMP通路在肝小叶中对2型糖尿病的协同保护作用	首次利用空间转录组学揭示了Rb1和BBR组合治疗在肝小叶各区域对代谢的全面调控作用，并提出了GDF15/HAMP通路作为关键机制	研究仅基于db/db小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究人参皂苷Rb1和小檗碱组合治疗对2型糖尿病的保护作用及其分子机制	db/db小鼠模型	代谢组学	2型糖尿病	空间转录组学分析	db/db小鼠模型	转录组数据	NA
4676	2025-03-29	Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation 2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008 PMID:40139307	研究论文	本研究揭示了bHLH转录因子Olig1和Olig2通过调节Bmp7表达协同调控皮质星形胶质细胞成熟的关键机制	首次发现Olig1和Olig2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来促进星形胶质细胞成熟	研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索	阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制	皮质星形胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用基因修饰小鼠模型）
4677	2025-03-29	Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study 2025-Mar-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030208 PMID:40136462	研究论文	本研究通过整合多种分析方法，探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系，并发现肝细胞生长因子（HGF）作为潜在生物标志物的重要临床意义	首次采用孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）数据的综合方法，揭示了HGF等炎症细胞因子与肺腺癌的因果关系及其在肿瘤微环境中的作用	研究未涉及具体干预措施或治疗效果的验证，且样本来源和数量未明确说明	探索炎症细胞因子与肺腺癌（LUAD）之间的因果关系及其分子机制	炎症细胞因子和肺腺癌患者	生物医学研究	肺腺癌	孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4678	2025-03-29	Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer 2025-Mar-18, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15030207 PMID:40137171	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型，并鉴定ALDH2作为预后生物标志物	首次在胰腺癌中系统研究甘油脂代谢的分子特征，并发现新的预后生物标志物ALDH2	研究结果需要更多独立队列验证，ALDH2的功能机制有待进一步研究	探索甘油脂代谢在胰腺癌中的分子特征及其临床意义	胰腺癌患者样本	癌症研究	胰腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学、脂质组学）、随机森林算法	随机森林(RF)	多组学数据（基因组、转录组、脂质组）	930例胰腺癌样本
4679	2025-03-29	K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis 2025-Mar-11, Biology DOI:10.3390/biology14030283 PMID:40136539	研究论文	本文提出了一种名为K-Volume的新型聚类算法，用于分析单细胞RNA测序数据	该算法使用由簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的标准，同时通过非线性优化优化层次结构和每层的簇数	NA	解决计算生物学中高维和结构化数据聚类的关键挑战	单细胞和多组学数据集	计算生物学	NA	scRNA-Seq	K-Volume聚类算法	单细胞RNA测序数据	NA
4680	2025-03-29	Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding 2025-Mar-06, Biology DOI:10.3390/biology14030269 PMID:40136525	research paper	该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用	首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用	样本量较小（28例患者），且为观察性研究	揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点	烧伤患者血清及体外肺组织模型	分子病理学	烧伤	scRNA-seq, 微阵列转录组分析	体外肺组织模型	转录组数据, 血清蛋白数据	28例烧伤患者