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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4641 | 2025-10-06 |
CircERC1 facilitates chemoresistance through inhibiting pyroptosis and remodeling extracellular matrix in pancreatic cancer
2025-Jul-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02385-9
PMID:40605033
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研究论文 | 本研究揭示了环状RNA circERC1通过抑制细胞焦亡和重塑细胞外基质促进胰腺癌化疗耐药的新机制 | 首次发现circERC1作为外泌体包装的环状RNA在胰腺癌化疗耐药中的关键作用机制,揭示了其通过hnRNPA1-PKM2-NLRP3信号轴抑制细胞焦亡的新通路 | 研究主要基于体外和动物实验,需要进一步临床验证;机制研究虽深入但可能还存在其他未知调控途径 | 探索胰腺癌化疗耐药的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 胰腺导管腺癌(PDAC)组织、癌细胞系、肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | circRNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA pull-down、质谱分析、RNA免疫共沉淀、Co-IP、EdU、集落形成、SRB活力测定、transwell、PET-CT、免疫组化、双荧光素酶报告基因检测 | NA | RNA测序数据、蛋白质印迹数据、细胞功能实验数据、影像学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,circRNA测序 | NA | NA |
4642 | 2025-10-06 |
Investigating the potential role of EIF2S2 in OSCC progression through comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation
2025-Jul-02, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02830-x
PMID:40605071
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证探讨EIF2S2在口腔鳞状细胞癌进展中的潜在作用 | 首次系统研究EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与免疫微环境、突变负荷和免疫治疗疗效的关联 | 样本量有限,需要更大规模的研究验证结果 | 探索EIF2S2在口腔鳞状细胞癌中的表达模式及其临床意义 | 口腔鳞状细胞癌组织样本 | 生物信息学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 免疫评分, 药物敏感性评估, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4643 | 2025-10-06 |
Identification of parthanatos-related molecular subtypes and development of prognostic risk models in ovarian cancer based on multi-omics analysis
2025-Jul-02, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-025-01726-y
PMID:40605104
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研究论文 | 本研究通过多组学分析识别卵巢癌中与parthanatos相关的分子亚型并开发预后风险模型 | 首次在卵巢癌中系统研究parthanatos相关基因的预后价值,并构建具有临床适用性的风险模型 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证仅针对单个基因TGFBI | 探索parthanatos在卵巢癌中的预后意义并开发风险预测模型 | 卵巢癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,qRT-PCR,western blotting,集落形成实验,Transwell迁移实验 | 预后风险模型 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
4644 | 2025-10-06 |
Iterative clustering algorithm G-DESC-E and pan-cancer key gene analysis based on single-cell sequencing data
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf288
PMID:40608007
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研究论文 | 提出G-DESC-E迭代聚类算法并应用于单细胞测序数据的泛癌关键基因分析 | 首次将单细胞测序技术应用于泛癌分析领域的关键基因研究,提出结合网格划分、异常值过滤和Louvain预筛选的G-DESC-E聚类算法 | NA | 开发改进的单细胞数据聚类算法并识别与癌症发生发展相关的关键基因 | 单细胞测序数据中的基因表达谱和癌症亚型 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 单细胞测序 | G-DESC-E聚类算法(基于网格划分和Louvain算法) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4645 | 2025-10-06 |
Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality
2025-Jul, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027
PMID:39181199
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了I型干扰素在疟疾感染中的双重作用机制及SOCS1的调控功能 | 首次采用比较研究方法分析两种疟原虫模型,揭示I型干扰素反应的时相依赖性双重功能及SOCS1通过负反馈和前馈环路调控机制 | 研究仅针对两种特定疟原虫模型,结果可能不适用于所有疟疾感染情况 | 阐明I型干扰素在疟疾感染中的矛盾作用机制及SOCS1的调控角色 | 疟原虫感染模型(P. yoelii 17XL和P. berghei ANKA)及宿主免疫反应 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,功能缺失实验,数学模型 | 数学模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4646 | 2025-10-06 |
Integrated ultrasensitive metabolomics and single-cell transcriptomics identify crucial regulators of sheep oocyte maturation and early embryo development in vitro
2025-Jul, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.08.040
PMID:39233000
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研究论文 | 本研究通过超灵敏代谢组学和单细胞转录组学整合分析,鉴定出促进绵羊卵母细胞成熟和早期胚胎发育的关键代谢物 | 首次将超灵敏代谢组学与单细胞转录组学相结合,在微量样本中识别体外培养系统缺失的关键代谢物 | 研究仅针对绵羊模型,结果在其他物种中的适用性需要进一步验证 | 提高绵羊卵母细胞的发育能力,改善体外培养系统 | 绵羊卵母细胞和早期胚胎 | 单细胞组学 | 生殖发育 | 超灵敏代谢组学, 单细胞RNA-seq | NA | 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | 微量卵母细胞和胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
4647 | 2025-10-06 |
Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501112
PMID:40171827
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研究论文 | 本研究揭示了钙蛋白酶-2通过调控内皮细胞粘着斑蛋白导致胸主动脉夹层的分子机制 | 首次发现Calpain-2通过切割talin1和促进Itgav组装破坏内皮细胞粘着斑,是TAD的早期病理标志和驱动因素 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究胸主动脉夹层发病的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 胸主动脉夹层患者样本和β-氨基丙腈诱导的小鼠模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 患者单细胞RNA测序数据和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4648 | 2025-10-06 |
scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500870
PMID:40317650
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研究论文 | 介绍了一个名为scCompass的集成多物种单细胞RNA测序数据库,旨在为AI模型训练提供标准化数据资源 | 开发了首个大规模、多物种、模型友好的单细胞数据集成数据库,应用标准化数据预处理并识别稳定表达基因和器官特异性表达基因 | NA | 解决单细胞数据处理的标准化问题,为AI模型训练提供高质量数据资源 | 13个物种的近1.05亿个单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 单细胞基础模型 | 单细胞转录组数据 | 近1.05亿个单细胞,涵盖13个物种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4649 | 2025-10-06 |
Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417593
PMID:40433880
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研究论文 | 开发了一种机器学习工具TMEclassifier,用于对肿瘤微环境进行分类并指导个性化免疫治疗 | 首次开发了能够将肿瘤微环境分为三种明确亚型的机器学习分类器,并验证了其在不同队列中的预测能力 | 需要在前瞻性临床试验中进一步验证分类器的临床应用价值 | 解决肿瘤微环境异质性难题,开发个性化免疫治疗策略 | 癌症患者样本和体内小鼠模型 | 机器学习 | 癌症 | RNA测序 | 机器学习分类器 | RNA测序数据 | 前瞻性胃癌队列(TIMES-001)和其他多种队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4650 | 2025-10-06 |
Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61044-1
PMID:40593691
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元与跟随神经元存在转录差异,并揭示视黄酸信号调控先驱神经元轴突靶向的机制 | 首次证明先驱神经元与跟随神经元是转录不同的细胞群体,并发现视黄酸信号下调对先驱神经元轴突正确靶向的关键作用 | 研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经系统,尚未验证在其他神经系统中是否具有普适性 | 探究先驱神经元与跟随神经元的转录差异及其轴突靶向的调控机制 | 斑马鱼后侧线感觉神经元 | 神经发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼后侧线感觉神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4651 | 2025-10-06 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61149-7
PMID:40593827
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研究论文 | 提出了一种基于机器学习的SigXTalk方法,用于分析单细胞转录组数据中细胞间通讯诱导的信号通路串扰 | 首次从信号通路串扰角度系统分析细胞间通讯,引入信号保真度和特异性两个关键指标,并采用超图学习方法编码调控通路中的高阶关系 | NA | 研究细胞间通讯过程中不同配体-受体对激活通路之间的串扰效应 | 细胞间通讯调控网络中的受体、转录因子和靶基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 超图学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4652 | 2025-10-06 |
Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60899-8
PMID:40595539
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研究论文 | 提出通过二值化单细胞RNA-seq数据并与单细胞ATAC-seq数据直接拼接的方法进行多组学整合分析 | 首次证明二值化基因表达数据与标准scATAC-seq数据直接拼接后进行整合聚类的有效性,无需将scATAC-seq数据转换为基因活性分数 | 仅适用于配对多组学技术收集的数据,方法在非配对数据中的效果未经验证 | 开发单细胞多组学数据整合分析方法 | 单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 多组学技术 | TF-IDF, 奇异值分解(LSI) | 基因表达数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
4653 | 2025-10-06 |
Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds
2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-025-00421-2
PMID:40595820
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研究论文 | 本研究开发了一种可调节明胶和硫酸软骨素比例的大孔微带支架,通过调控免疫-干细胞相互作用促进骨再生 | 首次利用可调比例的大孔微带支架增强免疫-干细胞相互作用,实现无外源生长因子或细胞的快速内源性骨再生 | 仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中验证,尚未进行临床研究 | 通过调控免疫-干细胞相互作用促进骨再生 | 巨噬细胞和间充质干细胞 | 组织工程 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序,CellChat分析 | 3D共培养模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠临界尺寸骨缺损模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4654 | 2025-10-06 |
Distinct follicular T cell subsets regulate lymphoma progression and outcomes
2025-Jul-01, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.013
PMID:40614737
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了滤泡性淋巴瘤中转录和空间特征不同的非T滤泡辅助T细胞亚群及其对疾病进展和预后的影响 | 首次系统识别了滤泡性淋巴瘤中转录和空间特征不同的非Tfh滤泡T细胞亚群,并证明这些亚群具有增强的抗肿瘤特性且能独立于现有预后标志物对FL预后进行分层 | 非Tfh滤泡T细胞亚群在FL中的具体作用机制仍需进一步验证 | 探索滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其在疾病进展和预后中的作用 | 滤泡性淋巴瘤患者的滤泡T细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴瘤 | 多组学分析, 单细胞测序, 空间转录组学, 多重蛋白分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4655 | 2025-10-06 |
The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages
2025-Jun-27, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661
PMID:40582585
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研究论文 | 本研究揭示了NF-κB/LY6E信号轴通过响应巨噬细胞与口腔鳞癌细胞的相互作用促进癌症干性的机制 | 首次发现LY6E是NF-κB驱动的增强子调控基因,并阐明巨噬细胞通过TNFα激活NF-κB/LY6E轴促进口腔鳞癌干性的新机制 | 未明确LY6E在其它类型癌症干性中的作用,且临床样本验证不足 | 探索调控口腔鳞癌干性的肿瘤-免疫细胞相互作用关键信号轴 | 口腔鳞状细胞癌细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞癌 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE分析 | 单细胞RNA测序数据 | GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4656 | 2025-10-06 |
Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188543
PMID:40359016
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现多发性硬化症早期活动与TBX21+CD21loCXCR3+ B细胞扩增相关,其表型类似于EB病毒诱导的B细胞 | 首次将EBV相关的非典型B细胞表型与多发性硬化症早期活动相关联,并发现这类细胞具有独特的炎症因子表达特征 | 未检测到EBV直接感染非典型B细胞,且样本量相对有限 | 探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的作用 | 早期多发性硬化症患者的外周B细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据,蛋白质表达数据 | 免疫耐受网络STAyCIS试验中纵向收集的早期多发性硬化症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4657 | 2025-10-06 |
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2025-Jun-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1
PMID:40585272
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研究论文 | 开发了一种三组分肿瘤球模型,模拟高级别浆液性卵巢癌的肿瘤微环境 | 创建了包含癌细胞、间充质干细胞和巨噬细胞的异质性三维肿瘤球模型,重现了HGSC的关键临床表型 | 模型中使用的是细胞系而非原代肿瘤细胞,可能无法完全代表患者肿瘤的异质性 | 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对治疗反应的影响 | 高级别浆液性卵巢癌细胞(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)、原代间充质干细胞、U937来源的M2样巨噬细胞 | 肿瘤生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 侵袭实验, 迁移实验 | 三维肿瘤球模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 多种细胞系组成的肿瘤球模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4658 | 2025-10-06 |
Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08973-5
PMID:40335697
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研究论文 | 本研究利用单细胞技术揭示了髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件,而单基因致癌事件是晚期亚克隆事件 | 首次在单细胞水平揭示髓母细胞瘤中大规模染色体畸变与单基因致癌事件在肿瘤发生发展中的时序关系 | 研究样本量有限,仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6改变的特定亚型 | 解析髓母细胞瘤肿瘤异质性和致癌基因畸变在肿瘤进化中的作用 | 3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | 群体遗传学模型 | 单细胞测序数据, 空间转录组数据 | 一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤队列 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4659 | 2025-10-06 |
High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation
2025-May-29, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041
PMID:40449655
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,绘制了人类面部皮脂腺高分辨率空间图谱并解析了皮脂细胞分化过程 | 首次报道了人类皮脂腺的分子标记基因,识别了皮脂细胞分化的4个不同阶段及其特征基因签名 | 主要基于人类样本研究,与小鼠模型研究的可比性有限 | 深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制 | 人类面部皮脂腺 | 空间转录组学 | 痤疮 | Stereo-seq空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重误差鲁棒FISH | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4660 | 2025-10-06 |
Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement
2025-May-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv1159
PMID:40378222
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研究论文 | 本研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据,揭示了幼虫前端(反口端)的细胞类型特征及牛磺酸在调控幼虫附着过程中的作用 | 首次整合多种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据,发现反口端特化细胞类型中牛磺酸摄取和分解代谢基因的表达模式,并证实外源性牛磺酸抑制幼虫附着 | 研究仅涉及三种刺胞动物物种,可能无法完全代表整个刺胞动物门的多样性 | 阐明刺胞动物幼虫附着的细胞和分子调控机制 | 水母Clytia和两种珊瑚的浮浪幼虫 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 三种刺胞动物物种的浮浪幼虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |