单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4641	2025-01-31	mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective 2025-Jan-28, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00431-24 PMID:39660837	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用，特别是如何通过单细胞研究揭示细菌在生态系统层面的作用	介绍了两种新的单细胞RNA测序技术，这些技术为研究细菌单细胞在生态系统中的作用提供了新方法	NA	探讨单细胞RNA测序技术如何帮助理解细菌单细胞在生态系统中的作用	细菌单细胞	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4642	2025-01-31	Single-cell transcriptomics identify a novel macrophage population associated with bone invasion in pituitary neuroendocrine tumors 2025-Jan-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03296-9 PMID:39865310	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（BI PitNETs）相关的巨噬细胞亚群，并揭示了其在促进骨侵袭中的关键作用	识别了一种新型的TNF-α+ TAM巨噬细胞亚群，并阐明了其通过IL34/CSF1R轴促进骨侵袭的机制	样本量相对较小，仅包括10例骨侵袭性PitNETs和5例非骨侵袭性PitNETs	揭示骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤微环境变化及其促进骨侵袭的机制	骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（BI PitNETs）和非骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（Non-BI PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例（10例骨侵袭性PitNETs和5例非骨侵袭性PitNETs）
4643	2025-01-28	To describe the subsets of malignant epithelial cells in gastric cancer, their developmental trajectories and drug resistance characteristics 2025-Jan-27, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01715-5 PMID:39869282	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胃癌样本中的细胞亚群，揭示了恶性上皮细胞的发育轨迹和耐药特性	通过单细胞RNA测序技术，首次在胃癌中识别了32个不同的细胞簇和10种主要细胞类型，并构建了预后风险评分模型	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究胃癌的细胞和分子异质性，探索潜在的治疗靶点和生物标志物	胃癌样本中的262,532个细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）	预后风险评分模型	RNA测序数据	262,532个细胞
4644	2025-01-31	Combined PARP14 inhibition and PD-1 blockade promotes cytotoxic T cell quiescence and modulates macrophage polarization in relapsed melanoma 2025-Jan-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010683 PMID:39870492	研究论文	本文探讨了PARP14抑制与PD-1阻断联合治疗在复发性黑色素瘤中的应用，通过调节T细胞静止和巨噬细胞极化来增强治疗效果	首次结合PARP14抑制与PD-1阻断，揭示了其对T细胞静止和巨噬细胞极化的影响，并提出了一种新的治疗策略以克服免疫检查点抑制剂的耐药性	尽管增强了免疫反应，肿瘤细胞仍通过激活替代的免疫逃逸途径产生适应性耐药	研究PARP14抑制与PD-1阻断联合治疗在复发性黑色素瘤中的效果及其机制	复发性黑色素瘤患者及临床前模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4645	2025-01-31	STAIG: Spatial transcriptomics analysis via image-aided graph contrastive learning for domain exploration and alignment-free integration 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56276-0 PMID:39870633	研究论文	本文提出了一种名为STAIG的深度学习模型，用于整合基因表达、空间坐标和组织学图像，以精确研究空间域	STAIG模型通过图对比学习结合高性能特征提取，能够无需预对齐整合组织切片并去除批次效应，且适用于多种平台的数据	未明确提及具体局限性	研究空间转录组学，以探索细胞结构和相互作用	基因表达、空间坐标和组织学图像	数字病理学	肿瘤微环境	图对比学习	深度学习模型	基因表达数据、空间坐标数据、组织学图像	未明确提及样本数量
4646	2025-01-29	Monocytes serve as Shiga toxin carriers during the development of hemolytic uremic syndrome 2025-Jan-27, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00689-8 PMID:39871175	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4647	2025-01-31	Wnt signalling facilitates neuronal differentiation of cochlear Frizzled10-positive cells in mouse cochlea via glypican 6 modulation 2025-Jan-27, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02039-9 PMID:39871249	研究论文	本研究揭示了小鼠耳蜗中Frizzled10阳性细胞在Wnt信号通路和glypican 6调控下促进神经元分化的机制	首次识别出Frizzled10阳性细胞作为耳蜗胶质细胞的一个重要亚群，并揭示了其在神经元分化中的关键作用及Wnt信号通路的调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索耳蜗Frizzled10阳性细胞的神经元分化机制及其在听觉神经再生中的潜在应用	小鼠耳蜗中的Frizzled10阳性细胞	神经科学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠耳蜗组织
4648	2025-01-31	HMOX1 as a potential drug target for upper and lower airway diseases: insights from multi-omics analysis 2025-Jan-27, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03124-w PMID:39871287	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HMOX1作为上呼吸道和下呼吸道疾病潜在药物靶点的可能性	首次通过双向双样本孟德尔随机化分析揭示了HMOX1与上呼吸道和下呼吸道疾病之间的负向因果关系，并通过单细胞RNA测序确定了HMOX1在M2巨噬细胞中的定位	未进行临床试验验证，仅通过分子对接预测了潜在的治疗药物	探索HMOX1在上呼吸道和下呼吸道疾病中的作用及其作为药物靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）、过敏性鼻炎（AR）和哮喘（AS）	生物信息学	呼吸道疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析（GSEA）、随机森林算法、双向双样本孟德尔随机化分析（TwoSampleMR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	随机森林（RF）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确样本数量，使用了Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中的数据和单细胞RNA测序数据
4649	2025-01-31	Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06147-5 PMID:39871323	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了系统性红斑狼疮（SLE）背景下肠道上皮免疫微环境的失调	首次在系统性红斑狼疮背景下，通过单细胞RNA测序技术详细描绘了肠道上皮免疫和结构细胞的相互作用及其变化	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚需进一步研究	探讨系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调及其在疾病发病机制中的作用	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量聚合酶链反应（qPCR），流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞
4650	2025-01-31	Tumor-associated-fibrosis and active collagen-CD44 axis characterize a poor-prognosis subtype of gastric cancer and contribute to tumor immunosuppression 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06070-9 PMID:39871345	研究论文	本研究通过分析胃癌样本，发现了一种与纤维化相关且预后不良的胃癌亚型，揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的关键作用	首次识别出一种与纤维化相关的胃癌亚型，并揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的核心机制	研究主要基于TCGA和GEO数据库，缺乏实验验证，且样本量有限	探索胃癌中肿瘤相关纤维化的机制及其对免疫治疗的影响	胃癌样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间分析、CellChat分析、共定位分析	NA	RNA测序数据、GWAS数据	375个胃癌样本（TCGA）、15个胃癌样本（GEO）、19个免疫治疗队列、2个GWAS数据集
4651	2025-01-31	Fetal fibroblast heterogeneity defines dermal architecture during human embryonic skin development 2025-Jan-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.12.027 PMID:39880186	研究论文	本研究通过分析人类胎儿皮肤中的成纤维细胞异质性，揭示了不同发育阶段的成纤维细胞群体及其动态相互作用	首次通过单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术，揭示了人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在发育过程中的空间分布和动态变化	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	研究人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在皮肤发育过程中的作用	人类胎儿皮肤中的成纤维细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 单分子荧光原位杂交	NA	RNA测序数据, 空间分布数据	8和16孕周的人类胎儿皮肤样本
4652	2025-01-31	Intratumor heterogeneity of HPV integration in HPV-associated head and neck cancer 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56150-z PMID:39865078	研究论文	本文研究了HPV相关头颈癌中HPV整合的肿瘤内异质性	揭示了HPV整合的肿瘤内异质性，发现了四种HPV物理状态，并指出至少49%的肿瘤在没有整合的情况下进展	样本量相对较小，仅51个肿瘤	探讨HPV在头颈鳞状细胞癌中的整合机制及其对肿瘤发展的影响	HPV阳性头颈鳞状细胞癌（HPV HNSCC）	基因组学	头颈癌	全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序，免疫组织化学	NA	基因组数据，RNA数据	51个肿瘤样本
4653	2025-01-31	Statistical identification of cell type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56280-4 PMID:39865128	研究论文	本文介绍了一种名为Celina的统计方法，用于系统检测细胞类型特异性空间变异基因（ct-SVGs）	Celina方法利用空间变化系数模型，准确捕捉每个基因在组织位置上的空间表达模式，确保有效的I型错误控制和高功率	NA	识别空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	空间转录组学数据	生物信息学	肺癌, 肾癌, 阿尔茨海默病	空间转录组学	空间变化系数模型	空间转录组学数据	五个真实数据集
4654	2025-01-31	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages determines strain-specific synergistic responses to LPS epigenetically 2025-Jan-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56379-8 PMID:39863579	研究论文	本文研究了不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞（TRMs）对IL-4激活和LPS暴露的协同反应	揭示了C57BL/6和BALB/c小鼠TRMs在IL-4激活和LPS暴露下的表观遗传重编程差异及其对协同反应的遗传背景依赖性	研究仅限于雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs，未涉及其他组织或性别差异	探讨遗传背景如何影响组织驻留巨噬细胞对多种刺激的整合反应	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔组织驻留巨噬细胞（TRMs）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs
4655	2025-01-28	Reverse-engineering the FLT3-PI3K/AKT axis to enhance TILs function and improve prognosis in ovarian and cervical cancers 2025-Jan-25, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01592-8 PMID:39863894	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，探索了卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的关键调节作用	首次提供了FLT3在卵巢癌和宫颈癌中免疫调节作用的空间解析证据，将其定位为有前景的免疫治疗靶点	研究中涉及的样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探索卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的作用	卵巢癌和宫颈癌	数字病理学	卵巢癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	Seurat, Harmony	RNA测序数据, 空间数据	NA
4656	2025-01-31	Single-cell RNA-seq analysis reveals microenvironmental infiltration of myeloid cells and pancreatic prognostic markers in PDAC 2025-Jan-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01830-x PMID:39847195	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中髓系细胞的微环境浸润及其预后标志物	首次在单细胞水平上分析了PDAC中髓系细胞的异质性，并构建了一个8基因风险模型，用于预测生存结果和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究PDAC中髓系细胞的异质性及其对治疗反应和预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集变异分析（GSVA），CIBERSORT，LASSO分析，Cox分析	8基因风险模型	RNA测序数据	来自Tumor Immune Single-cell Hub、TCGA和GEO数据库的样本
4657	2025-01-25	A Functional Variant rs2122031 in ATG7 Is Associated with the Risk of Radiation Pneumonitis 2025-Jan-23, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0238OC PMID:39847703	研究论文	本研究探讨了自噬相关基因的功能性遗传变异与放射性肺炎（RP）风险之间的关系	首次发现ATG7基因的功能性变异rs2122031与放射性肺炎风险降低相关，并揭示了ATG7在放射性肺炎中的潜在干预作用	样本量较小（301名患者），且仅研究了5个自噬相关基因的13个SNPs，可能未涵盖所有相关遗传变异	研究自噬相关基因的遗传变异是否与放射性肺炎风险相关	301名接受放疗的患者	遗传学	放射性肺炎	MassArray、Sanger测序、qRT-PCR、免疫组化分析、单细胞RNA测序	NA	基因型数据、表达数据、影像数据	301名患者
4658	2025-01-31	From Genes to Clinical Practice: Exploring the Genomic Underpinnings of Endometrial Cancer 2025-Jan-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020320 PMID:39858102	综述	本文探讨了子宫内膜癌（EC）的基因组基础，从基因到临床实践的转化	整合了单细胞基因组学和空间转录组学等多组学技术，提供了识别新型生物标志物和治疗靶点的全面视角	患者反应存在变异性，基因组数据整合到临床工作流程中仍存在挑战，以及伦理考虑	探索子宫内膜癌的基因组基础，以改善诊断、治疗和患者预后	子宫内膜癌（EC）	基因组学	子宫内膜癌	单细胞基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据	NA
4659	2025-01-31	Integrative Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies a Macrophage-Related Prognostic Signature for Predicting Prognosis and Therapy Responses in Colorectal Cancer 2025-Jan-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020811 PMID:39859524	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，并构建了一个由15个具有预后价值的巨噬细胞相关基因组成的预后标志物（MRPS），用于预测结直肠癌患者的预后和治疗反应	整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个新的巨噬细胞相关预后标志物（MRPS），并验证了其在多个数据集中的预测性能，同时揭示了其在巨噬细胞分化中的潜在作用	研究未明确说明样本的具体来源和数量，且未进行大规模临床试验验证MRPS的临床应用效果	识别与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，构建预后标志物以预测患者预后和治疗反应	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	机器学习框架	RNA测序数据	NA
4660	2025-01-31	Novel Assignment of Gene Markers to Hematological and Immune Cells Based on Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020805 PMID:39859519	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，研究了人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并开发了一种优化的计算工作流程来分析大规模单细胞RNA测序数据集	开发了一种优化的计算工作流程，用于分析大规模单细胞RNA测序数据集，并提出了新的基因标记来区分特定的细胞类型	未提及具体的研究局限性	研究人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并找到最佳的基因标记来定义每个细胞群体	骨髓和外周血中的不同细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林（Random Forest）	单细胞RNA测序数据	分析了三个不同的单细胞数据集