单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4621	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
4622	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
4623	2025-02-27	Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway 2025-Feb-25, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13394 PMID:40007244	研究论文	本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制	揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制	牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	生物医学	牙周炎	单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC	小鼠牙周炎模型	基因表达数据，炎症反应数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型
4624	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
4625	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
4626	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
4627	2025-02-27	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	研究论文	本研究通过人源化小鼠模型，利用空间转录组学分析，揭示了HIV和结核共感染早期的转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在HIV和结核共感染的人源化小鼠模型中，使用空间转录组学技术揭示早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解HIV和结核共感染早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	人源化小鼠模型	数字病理学	结核病	空间转录组学	NA	转录组数据	人源化小鼠感染后三周的肺样本
4628	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
4629	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
4630	2025-02-27	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	本文通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中，通过单细胞RNA测序技术，揭示了皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要进一步的纵向研究来确定因果关系和机制	研究HIV感染者中皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	92名参与者进行了皮下脂肪活检用于批量RNA测序，43名参与者进行了单细胞RNA测序
4631	2025-02-27	An organotypic atlas of human vascular cells 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03376-x PMID:39566559	研究论文	本研究整合了19个人体器官和组织的单细胞转录组数据，定义了约67,000个细胞中的42种血管细胞状态，揭示了血管细胞在分子水平上的多样性和器官特异性特征	首次系统地定义了人类血管细胞的器官特异性分子特征，并揭示了血管细胞间的分子交流途径	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未完全捕捉到蛋白质水平和细胞功能的变化	揭示人类血管细胞在不同器官和组织中的分子特征和功能差异	人类血管细胞，包括内皮细胞和壁细胞	生物信息学	血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	约67,000个细胞，来自62名捐赠者
4632	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
4633	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
4634	2025-02-27	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	研究论文	本文通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并在此基础上分析了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中的上皮细胞化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），并构建了一个包含160万细胞的资源库（gutcellatlas.org），首次揭示了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	研究胃肠道组织在健康和疾病状态下的细胞组成，特别是炎症性肠道疾病中的细胞变化	健康对照和胃肠道疾病患者的单细胞RNA测序数据	基因组学	胃肠道疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本，来自189名健康对照
4635	2025-02-27	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	研究论文	本文通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了胎儿发育早期胸腺细胞成熟和选择过程的微观解剖基础	提出了胸腺的定量形态学框架——皮质-髓质轴，并应用于多模态数据，揭示了胎儿发育早期胸腺细胞成熟和选择的关键过程	研究主要集中于胎儿发育早期，未涵盖青春期胸腺退化的过程	揭示人类胸腺细胞在胎儿发育早期的空间分布和成熟过程	人类胸腺细胞，特别是胸腺上皮细胞和T细胞	数字病理学	NA	空间转录组学、高分辨率多重成像	NA	单细胞图谱、空间转录组数据、成像数据	胎儿发育早期的胸腺组织样本
4636	2025-02-27	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	本文通过多组学分析，构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成过程中的细胞状态、表观遗传过程和关键调控因子	结合转录组和表观遗传数据，揭示了胚胎骨骼中区域特异的骨祖细胞轨迹，并描述了调控网络；开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell，用于细胞簇的空间定位和多基因性状的细胞类型特异性调控网络分析	研究主要聚焦于5至11周的人类胚胎发育阶段，可能无法完全反映整个骨骼发育过程	揭示人类胚胎骨骼发育过程中的细胞命运决定机制	人类胚胎骨骼和关节发育	生物信息学	NA	转录组分析、表观遗传分析、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	约336,000个核滴
4637	2025-02-27	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究了多发性硬化症（MS）患者脑脊液和血液中的CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，揭示了MS患者脑脊液中高度扩增和激活的CD8+ T细胞的抗原特异性，并识别了EBV抗原和多个新的模拟表位	样本量相对较小，且仅针对未接受治疗的患者，可能无法全面反映所有MS患者的情况	研究多发性硬化症（MS）中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	多发性硬化症（MS）患者和对照参与者的脑脊液和血液样本	生物医学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（RNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA序列数据、T细胞受体序列数据	一组未接受治疗的MS患者和对照参与者
4638	2025-02-27	Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae546 PMID:39250728	研究论文	本文介绍了一种名为Bin2cell的工具，用于从高分辨率Visium HD数据中重建细胞	Bin2cell通过结合形态学图像分割和基因表达信息，从2微米分辨率的数据中重建细胞，提高了下游分析的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种工具以从高分辨率Visium HD数据中重建细胞，以改进单细胞和空间转录组学分析	小鼠脑组织和人类结直肠癌数据	数字病理学	结直肠癌	Visium HD平台	NA	转录组数据和形态学图像	未明确提及具体样本数量
4639	2025-02-27	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	本研究通过时间分辨单细胞RNA测序和体内功能分析，揭示了人类长期造血干细胞（LT-HSC）在体外培养中的功能丧失机制	研究发现LT-HSC在体外培养中的功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善HSC功能的策略	研究主要关注LT-HSC在体外培养中的早期适应过程，未涉及长期培养的影响	研究旨在揭示人类LT-HSC在体外培养中功能丧失的机制，并探索改善HSC功能的策略	人类长期造血干细胞（LT-HSC）	细胞生物学	NA	时间分辨单细胞RNA测序，体内功能分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4640	2025-02-27	Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043 PMID:38857990	研究论文	本研究通过建立患者来源的肠道类器官生物库，揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传失调在严重克罗恩病中的新机制	首次发现并验证了肠道上皮MHC-I的表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的关键作用，并开发了疾病预后的表观遗传分子标志物	研究主要基于体外类器官模型和小鼠模型，需要进一步在人体内验证其临床适用性	探讨肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用	168名患者的312个肠道上皮类器官（包括克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照）	数字病理学	克罗恩病	全基因组分子分析、DNA甲基化分析、批量及单细胞RNA测序、基因编辑	NA	DNA甲基化数据、RNA测序数据	168名患者的312个肠道上皮类器官