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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4621 | 2025-10-06 |
Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61375-z
PMID:40593761
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研究论文 | 通过系统比较十种化学转化方法在单细胞RNA测序中的表现,为代谢RNA标记技术提供选择指导 | 首次对代谢RNA标记技术中的化学方法进行系统性基准测试,并确定了最优的on-beads方法 | 研究主要基于Drop-seq平台,对其他平台的适用性需要进一步验证 | 评估不同代谢RNA标记化学方法在单细胞RNA测序中的性能表现 | 52,529个测试细胞和9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 52,529个测试细胞 + 9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 多个商业平台 | 单细胞RNA测序 | Drop-seq | Drop-seq平台及两种具有更高捕获效率的商业平台 |
4622 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06241-0
PMID:40594834
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的紊乱 | 首次在多种癌症肝转移模型中系统揭示CD8 NKT样细胞、γδT细胞与NK细胞通过CD48-CD244和TNF-TNFR信号通路相互作用的分子机制 | 研究样本类型和数量有限,未进行功能验证实验 | 解析肝转移癌中NK细胞与T细胞的相互作用网络及其功能意义 | 鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移组织及癌旁组织 | 单细胞组学 | 肝转移癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种癌症类型的肝转移和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4623 | 2025-10-06 |
Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60882-3
PMID:40595535
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研究论文 | 开发了一种名为空间FFPE-ATAC-seq的新方法,用于在原位分析福尔马林固定石蜡包埋组织中的染色质可及性 | 克服了福尔马林诱导交联的挑战,首次实现了在存档FFPE组织中进行高分辨率染色质可及性的空间分析 | 未明确说明样本数量的具体限制和技术应用的广泛性 | 开发能够分析FFPE样本染色质可及性的空间表观基因组学工具 | 小鼠和人类组织(包括脑组织、胸腺和黑色素瘤) | 表观基因组学 | 黑色素瘤 | ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 空间表观基因组数据,基因表达数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 空间染色质可及性分析,单细胞RNA-seq | NA | 空间FFPE-ATAC-seq |
4624 | 2025-10-06 |
Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09071-2
PMID:40468066
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示Y染色体丢失在癌细胞和T细胞中的共存现象及其对患者预后的影响 | 首次建立免疫细胞Y染色体丢失与恶性细胞Y染色体丢失之间的关联模型,发现上皮细胞和T细胞同时发生Y染色体丢失的患者预后最差 | 研究基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证机制 | 探究Y染色体丢失在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其临床意义 | 29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据,以及自体移植和同系小鼠模型 | 癌症基因组学 | 上皮癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 29种人类肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4625 | 2025-10-06 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学发现线粒体酪蛋白水解蛋白酶CLPP在多发性骨髓瘤中的过度表达及其作为治疗靶点的重要性 | 首次发现CLPP在多发性骨髓瘤进展中的关键作用,并证明其抑制剂可克服常规和新型药物耐药性 | NA | 探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点 | CD138+肿瘤性浆细胞与正常浆细胞的比较 | 单细胞转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4626 | 2025-10-06 |
Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data
2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009
PMID:39963994
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研究论文 | 开发了一个用于评估基于参考的去卷积方法的综合工具包Deconer | 首次提供了针对基于参考的去卷积方法的全面评估工具包,包含多种模拟和真实基因表达数据集 | NA | 评估和比较基于参考的细胞类型去卷积方法 | 16种基于参考的去卷积方法 | 生物信息学 | NA | 基因表达数据分析 | NA | 基因表达数据,包括bulk测序数据和单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4627 | 2025-10-06 |
B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates
2024-07-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022717
PMID:38558106
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研究论文 | 本研究首次全面鉴定并分析了B细胞靶向CAR T细胞治疗后CD8+ CARneg旁观者T细胞的激活机制及其抗白血病作用 | 首次发现CAR T细胞治疗可激活CD8+ CARneg旁观者T细胞,并揭示其通过T细胞受体非依赖性机制杀伤白血病细胞 | 样本量有限,机制研究仍需进一步验证 | 探究B细胞靶向CAR T细胞治疗中旁观者T细胞的激活机制及其在抗肿瘤反应中的作用 | 非人灵长类动物和患者来源的T细胞 | 免疫治疗 | B细胞恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 非人灵长类模型和临床试验NCT03369353患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4628 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals the expansion and diversity of T cell subsets in the bone marrow microenvironment of chronic myeloid leukemia
2025-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101626
PMID:40612663
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示慢性髓系白血病骨髓微环境中T细胞亚群的扩增和多样性变化 | 首次在单细胞水平系统解析CML患者骨髓T细胞图谱,发现CD8终末效应T细胞的独特特征及其与微环境细胞的相互作用 | 样本量有限,未涉及治疗前后动态变化分析 | 解析慢性髓系白血病骨髓免疫微环境中T细胞的改变特征 | 慢性髓系白血病患者的骨髓T细胞 | 单细胞组学 | 慢性髓系白血病 | 单细胞测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据,T细胞受体序列数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞TCR-seq | NA | NA |
4629 | 2025-10-06 |
Exploring the untapped potential of single-cell and spatial omics in plant biology
2025-Aug, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70220
PMID:40398874
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综述 | 探讨单细胞和空间组学技术在植物生物学中的潜力和应用 | 系统总结植物生物学中单细胞和空间组学技术的创新应用,并指出多组学、谱系追踪等新兴技术的未开发潜力 | 存在植物特异性技术障碍(如细胞壁复杂性、抗体资源有限)和资源可用性限制 | 推动单细胞和空间组学技术在植物研究中的应用与发展 | 植物生物学研究,重点关注模型植物物种 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组分析、染色质可及性分析、空间转录组学、多组学、谱系追踪、分子记录 | NA | 转录组数据、染色质可及性数据、空间分布数据 | 多个模型植物物种 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
4630 | 2025-10-06 |
Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112841
PMID:40612505
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研究论文 | 本研究通过多种巨噬细胞耗竭方法发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的关键作用 | 首次鉴定出F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞亚群在异位钙化中的特异性增加,并揭示内皮-间质转化(EndoMT)是异位钙化的关键贡献者 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和间质祖细胞 | 分子生物学 | 肌肉疾病 | 单细胞测序、谱系追踪、巨噬细胞耗竭 | NA | 单细胞测序数据、组织学数据 | 使用notexin和BaCl注射的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4631 | 2025-07-06 |
Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis
2025-Jul-04, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-025-00851-6
PMID:40615732
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4632 | 2025-10-06 |
N6-methyladenosine-mediated upregulation of MANF promotes ER stress resistance in renal cell carcinoma
2025-Jul-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07798-4
PMID:40603319
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研究论文 | 本研究揭示了m6A修饰通过上调MANF促进肾细胞癌内质网应激抵抗的新机制 | 首次发现m6A去甲基化酶ALKBH5通过降低MANF mRNA的m6A修饰,减少RNA降解并增加MANF蛋白表达,从而增强肾细胞癌的内质网应激抵抗能力 | NA | 探索肾细胞癌治疗抵抗的新机制和潜在治疗策略 | 肾细胞癌及其前体细胞近端小管细胞 | 癌症生物学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4633 | 2025-10-06 |
Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment
2025-Jul-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61397-7
PMID:40603284
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研究论文 | 本研究揭示了Gasdermin D在辐射诱导肝病中通过促进趋化因子分泌和中性粒细胞募集加重疾病进程的机制 | 首次发现GSDMD在辐射诱导肝病中的关键作用,阐明其通过STAT5A-CXCL1轴招募中性粒细胞的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究GSDMD在辐射诱导肝病发病机制中的作用 | 小鼠模型和细胞模型 | 分子病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,流式细胞分选 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞图像数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4634 | 2025-10-06 |
AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5
2025-Jul-02, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07773-z
PMID:40603306
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研究论文 | 本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌放疗抵抗的新机制 | 首次发现AKR1C3通过结合HSPA5并抑制TRIM21介导的泛素化降解来稳定GPX4,从而抑制铁死亡并增强放疗抵抗 | 研究主要基于体外模型和患者来源类器官,需要进一步体内验证 | 探索食管腺癌放疗抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 食管腺癌细胞和患者来源类器官 | 癌症生物学 | 食管癌 | RNA-seq, scRNA-seq, C11-Bodipy染色, 透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 脂质ROS水平数据, 超微结构图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4635 | 2025-10-06 |
scICE: enhancing clustering reliability and efficiency of scRNA-seq data with multi-cluster label consistency evaluation
2025-Jul-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60702-8
PMID:40603842
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研究论文 | 开发了一种名为scICE的单细胞RNA测序数据聚类一致性评估方法,显著提高了聚类分析的可靠性和效率 | 提出了多聚类标签一致性评估方法,相比传统共识聚类方法速度提升高达30倍,并能有效识别一致聚类结果 | 未明确说明方法在超大规模数据集(如超过10万个细胞)上的性能表现 | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的可靠性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 单细胞基因表达数据 | 48个真实和模拟单细胞RNA测序数据集,部分包含超过10,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4636 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing to identify an Immunogenic cell death related prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Jul-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08602-1
PMID:40604056
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在肝内胆管癌中鉴定免疫原性细胞死亡相关预后标志物 | 首次在肝内胆管癌中基于单细胞RNA测序数据建立免疫原性细胞死亡相关基因的预后特征 | 样本量相对有限,仅包含8名患者的单细胞数据 | 探索免疫原性细胞死亡相关基因对肝内胆管癌进展和患者预后的影响 | 肝内胆管癌患者组织和正常组织 | 单细胞转录组学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, UMAP, CytoTRACE, Monocle2, CellChat | 单细胞转录组数据 | 8名肝内胆管癌患者的30,485个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4637 | 2025-10-06 |
Machine learning-based integration identifies plasma cells-related gene signature ST6GAL1 in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Jul-02, BMC pulmonary medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1186/s12890-025-03696-9
PMID:40604645
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法构建了浆细胞相关基因标志物,并鉴定ST6GAL1作为特发性肺纤维化的潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序结合机器学习方法系统筛选浆细胞相关基因,构建了具有预后价值的基因标志物 | 研究结果需要在更大样本中验证,且ST6GAL1作为治疗靶点的有效性需进一步实验证实 | 系统探索与特发性肺纤维化预后相关的浆细胞相关基因 | 特发性肺纤维化患者和博来霉素损伤小鼠模型 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 网络药理学分析 | 机器学习集成方法 | RNA测序数据, 微阵列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4638 | 2025-10-06 |
Association between periodontitis and blood lipid levels: a cross-sectional study
2025-Jul-02, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-025-06341-3
PMID:40604728
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研究论文 | 本研究通过横断面调查和单细胞RNA测序分析探讨了血脂水平与牙周炎之间的关联及其细胞分子机制 | 首次结合大规模人群调查和单细胞RNA测序技术揭示肥大细胞通过脂质代谢和炎症信号通路调控成纤维细胞活动的机制 | 横断面研究设计无法确定因果关系,研究结果需要进一步的前瞻性研究验证 | 研究血脂水平与牙周炎的相关性及其潜在的细胞分子机制 | 来自2009-2014年国家健康与营养调查的5,342名参与者及其牙周组织样本 | 医学研究 | 牙周病 | 单细胞RNA测序, 细胞代谢通路分析, CellChat细胞通讯分析 | 逻辑回归分析, 亚组分析 | 临床检测数据, 基因表达数据 | 5,342名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4639 | 2025-10-06 |
GADD45GIP1 promotes osteosarcoma progression by modulating RPL35 ubiquitination and alleviating endoplasmic reticulum stress via the PERK/eIF2α pathway
2025-Jul-02, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03866-z
PMID:40604925
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研究论文 | 本研究揭示GADD45GIP1通过调控RPL35泛素化并激活PERK/eIF2α通路缓解内质网应激,从而促进骨肉瘤进展的分子机制 | 首次发现GADD45GIP1在骨肉瘤中高表达并通过调控RPL35泛素化影响内质网应激的新机制 | 样本量相对有限(41例正常组织和67例肿瘤组织),需要更大规模研究验证 | 探究GADD45GIP1在骨肉瘤进展中的分子机制及其治疗潜力 | 骨肉瘤细胞系和临床组织样本 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫共沉淀, 液相色谱-串联质谱 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 41例正常组织和67例肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4640 | 2025-10-06 |
The role of B12 deficiency and methionine synthase in methionine-dependent cancer cells
2025-Jul-02, Cancer & metabolism
IF:6.0Q1
DOI:10.1186/s40170-025-00405-2
PMID:40605016
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研究论文 | 本研究揭示了癌细胞甲硫氨酸依赖性的机制,发现维生素B12缺乏导致甲硫氨酸合酶活性降低是主要原因 | 首次证实甲硫氨酸依赖性由B12缺乏导致的MTR活性降低引起,并通过表达B12非依赖性甲硫氨酸合酶实现功能挽救 | 研究仅限于体外培养的癌细胞系,尚未在体内模型或临床样本中验证 | 探究癌细胞甲硫氨酸依赖性的分子机制 | 癌细胞系 | 癌症代谢 | 癌症 | 单细胞RNA测序,同位素稀释,代谢通量分析 | NA | 基因表达数据,代谢物数据 | 多种癌细胞系 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |