单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27703 篇文献，本页显示第 4601 - 4620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4601 | 2025-02-05 |
Characteristics of splenic PD-1+ γδT cells in Plasmodium yoelii nigeriensis infection
2024-06, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-023-09441-w
PMID:38265549
|
研究论文 | 本文研究了在Plasmodium yoelii nigeriensis感染的小鼠中，表达PD-1的γδT细胞的表型和功能特征，并探讨了其分子机制 | 首次揭示了RORα在调节PD-1表达γδT细胞中的作用，并发现RORα通过减弱NF-κB信号来调节宿主免疫反应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨PD-1在γδT细胞中的功能及其在Plasmodium yoelii nigeriensis感染中的调节机制 | Plasmodium yoelii nigeriensis感染的小鼠脾脏中的PD-1+ γδT细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞表型数据、基因表达数据 | Plasmodium yoelii nigeriensis感染的C57BL/6小鼠 |
| 4602 | 2025-02-05 |
BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk
2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.20.549951
PMID:37503097
|
研究论文 | 本文提出了一种名为BuDDI的新方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性的扰动效应 | BuDDI利用变分自编码器（VAE）学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异性和剩余变异性，从而模拟细胞类型特异性的扰动响应 | BuDDI在训练过程中未使用单细胞扰动数据，仅依赖批量数据，可能在某些复杂实验设计中存在局限性 | 研究目的是通过整合批量数据和单细胞RNA测序数据，推断细胞类型特异性的扰动效应 | 研究对象为批量数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 批量数据和单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实数据，实验设计复杂度逐渐增加 |
| 4603 | 2025-02-05 |
The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer
2024-Apr-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504
PMID:38294344
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研究论文 | 本文研究了KRAS抑制剂MRTX1133在胰腺导管腺癌（PDAC）中的疗效，并探讨了肿瘤微环境对治疗效果的影响 | 研究发现ITGB1是增强MRTX1133治疗反应的靶点，并在3D细胞培养和体内模型中验证了MRTX1133的显著疗效，揭示了KRASG12D抑制在调节肿瘤微环境中的免疫反应 | 研究主要基于细胞系和动物模型，尚未在人类临床试验中验证 | 开发新的胰腺导管腺癌治疗策略 | 胰腺导管腺癌细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型 | 肿瘤学 | 胰腺癌 | CRISPR-Cas9功能缺失筛选、单细胞测序、多光谱成像 | NA | 基因表达数据、肿瘤组织数据 | 多个PDAC细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型 |
| 4604 | 2025-02-05 |
Transcript-specific enrichment enables profiling rare cell states via scRNA-seq
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.27.587039
PMID:38586040
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PERFF-seq的可扩展检测方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来定义复杂细胞混合物中的亚群，并进行单细胞RNA测序分析 | 提出了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术和测序技术实现对特定RNA转录本定义的细胞亚群的可编程富集，解决了传统流式分选在稀有细胞状态研究中的局限性 | 需要进一步验证该方法在不同组织和细胞类型中的广泛适用性 | 开发一种可扩展的方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来富集和描述复杂细胞混合物中的稀有细胞亚群 | 免疫细胞群体和新鲜冷冻及福尔马林固定石蜡包埋的脑组织 | 单细胞基因组学 | NA | scRNA-seq, RNA Flow-FISH | NA | RNA测序数据 | 141,227个细胞和29,522个细胞核 |
| 4605 | 2024-08-07 |
Correction to: Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae155
PMID:38581651
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4606 | 2025-02-05 |
scEVOLVE: cell-type incremental annotation without forgetting for single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae039
PMID:38366803
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scEVOLVE的新方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型增量注释，旨在解决现有方法在持续知识获取方面的限制 | 首次提出并制定了一个端到端的算法框架，用于解决细胞类型增量注释这一新任务，通过对比样本回放和分区置信度最大化原则，有效缓解了灾难性遗忘问题 | 数据流样本只能观察一次，可能导致灾难性遗忘 | 开发一种能够持续增强细胞类型知识的增量注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 4607 | 2025-02-05 |
Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae063
PMID:38426323
|
研究论文 | 本文开发了一种基于实例的迁移学习框架，用于调整单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以改善空间转录组学（ST）数据的细胞类型分解 | 提出了一种新的基于实例的迁移学习框架，用于调整scRNA-seq数据以匹配ST数据的细胞类型特异性基因表达，从而减少分布差异并提高细胞类型分解的准确性 | 未提及具体局限性 | 改善空间转录组学数据的细胞类型分解 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | 迁移学习框架 | 基因表达数据 | 模拟和真实数据集 |
| 4608 | 2025-02-05 |
Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae004
PMID:38305455
|
研究论文 | 本文提出了一种新的物种无关的迁移学习方法，用于跨物种转录组数据的整合，无需依赖基因同源信息 | 提出了一种不依赖基因同源信息的跨物种知识转移方法，通过异质域适应的方式整合不同物种的数据，并识别潜在空间中影响最大的基因的功能注释 | NA | 解决跨物种转录组数据整合中的信息丢失问题，实现无需基因同源信息的跨物种知识转移 | 小鼠、斑马鱼等模型生物与人类的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 迁移学习 | 转录组数据 | 四个不同的单细胞测序数据集 |
| 4609 | 2025-02-05 |
BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae045
PMID:38385877
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为BiGATAE的双分图注意力自编码器，用于从单切片到多切片增强空间转录组数据中的空间域识别 | BiGATAE通过利用相邻组织切片的基因表达信息，扩展了现有单切片分析方法的适用性，使其能够进行多切片聚类 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和适用性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 双分图注意力自编码器（BiGATAE） | 基因表达数据 | 三个不同的数据集 |
| 4610 | 2025-02-05 |
Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae047
PMID:38388681
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，通过持续微调预训练语言模型来适应新出现的单细胞RNA测序数据 | CANAL工具结合了持续学习和预训练语言模型，解决了现有工具无法从新数据中扩展知识的问题，并有效缓解了灾难性遗忘的困境 | NA | 开发一种能够持续适应新数据的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 预训练语言模型 | RNA测序数据 | NA |
| 4611 | 2025-02-05 |
scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad523
PMID:38300515
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMMT的深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞注释、蛋白质预测和嵌入 | 提出了一种新的特征提取技术，并构建了一个基于GradNorm方法的多任务学习框架，以增强对具有挑战性的免疫细胞的识别，并通过细胞类型注释和蛋白质预测任务之间的相互促进来减少标签噪声的影响 | 未明确提及具体限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性，以促进生物学和医学研究，特别是在理解疾病进展和肿瘤微环境方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 |
| 4612 | 2025-02-05 |
From G1 to M: a comparative study of methods for identifying cell cycle phases
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad517
PMID:38261342
|
综述 | 本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中识别细胞周期阶段的不同方法，并提出了一个误差函数来评估这些方法的准确性 | 提出了一个误差函数来评估细胞周期阶段识别方法的准确性，并探讨了将具有多个已知细胞周期阶段的基准数据整合到分析中的潜在好处 | 未提及具体方法的局限性，仅强调了参考数据与目标数据集之间的兼容性对方法有效性的影响 | 比较和评估scRNA-seq数据中识别细胞周期阶段的不同方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 包含人类和小鼠数据的多个基准数据集 |
| 4613 | 2025-02-05 |
ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease
2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573893
PMID:38260408
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研究论文 | 本文研究了ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中对突触完整性的保护作用 | 通过CRISPR/Cas9基因编辑技术生成斑马鱼模型，揭示了ABCA7依赖性神经肽Y信号在维持突触完整性和星形胶质细胞增殖中的新机制 | 研究主要依赖于动物模型，人类临床数据的验证仍需进一步扩展 | 探讨ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中的作用机制 | 斑马鱼模型和人类临床数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞转录组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因表达数据、临床数据 | 斑马鱼模型和人类临床样本 |
| 4614 | 2025-02-05 |
Comprehensive analysis of disulfidptosis-related genes and the immune microenvironment in heart failure
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1516898
PMID:39897078
|
研究论文 | 本文通过生物信息学分析探讨了与二硫化物凋亡相关基因（DRGs）如何影响心力衰竭（HF）的免疫微环境 | 首次将二硫化物凋亡与心力衰竭的免疫微环境联系起来，并开发了一个基于DRGs的预测模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨二硫化物凋亡相关基因对心力衰竭免疫微环境的影响 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 |
| 4615 | 2025-02-04 |
Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin
2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022
PMID:39894688
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研究论文 | 本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）皮肤病变中的CD8+ T细胞反应，揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用 | 通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群，并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异 | 研究主要基于皮肤样本，未涉及其他器官或系统的免疫反应 | 分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制，特别是CD8+ T细胞反应 | 弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者的皮肤样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据 | dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本 |
| 4616 | 2025-02-04 |
Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal
2025-Jan-30, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2457039
PMID:39882751
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，超载（superloading）对多路复用数据的影响，特别是对T细胞受体（TCR）数据的分析 | 研究了超载对多路复用单细胞基因表达和TCR数据的影响，并提出了基于TCR配置的双重去除步骤以提高T细胞分析的准确性 | 超载可能导致高多重率和样本复杂性，影响计算分析的准确性 | 评估超载对多路复用单细胞RNA测序数据的影响，特别是对T细胞受体数据的分析 | 人类胸腺和血液样本中的T细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据和T细胞受体（TCR）数据 | 来自不同捐赠者的人类胸腺和血液样本 |
| 4617 | 2025-02-04 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634618
PMID:39896674
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ARTEMIS的生成模型，结合变分自编码器（VAE）和不平衡扩散薛定谔桥（uDSB），用于从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化 | ARTEMIS首次将VAE与uDSB结合，通过解决薛定谔桥问题重建细胞轨迹，并引入漂移函数捕捉基因表达趋势，同时使用神经网络估计单细胞沿轨迹的时间依赖性死亡率，从而恢复细胞群体变化 | ARTEMIS依赖于单细胞测序数据，而单细胞测序的高成本和破坏性限制了数据的获取，且模型在复杂生物过程中的泛化能力仍需进一步验证 | 研究目标是开发一种能够从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化的生成模型 | 研究对象包括胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的上皮-间质转化（EMT）等过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）与不平衡扩散薛定谔桥（uDSB）结合 | 时间序列单细胞数据 | 三个scRNA-seq数据集（胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的EMT） |
| 4618 | 2025-02-04 |
DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634317
PMID:39896594
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研究论文 | 本文研究了人类滋养层细胞对七种致畸病毒的反应，发现疱疹病毒诱导了DUX4刺激基因（DSGs）的表达，这些基因在滋养层细胞中具有独特的抗病毒功能 | 揭示了DUX4及其刺激基因（DSGs）在滋养层细胞中作为抗疱疹病毒防御机制的关键作用，填补了滋养层细胞对致畸病毒反应理解的空白 | 研究仅限于七种致畸病毒，且主要关注疱疹病毒，未涵盖所有可能的病毒类型 | 探讨滋养层细胞对致畸病毒的抗病毒反应机制 | 人类滋养层细胞 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类滋养层细胞器官样体 |
| 4619 | 2025-02-04 |
CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634479
PMID:39896630
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4620 | 2025-02-04 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
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研究论文 | 本研究探讨了在血管紧张素II（AngII）驱动下，近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源上的转录差异 | 揭示了在AngII诱导的胸主动脉病变前期，平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源上的转录差异较小，并发现了一个新的成纤维细胞亚群 | 研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变前期，未涉及病变后期的变化 | 探讨AngII诱导的胸主动脉病变中，不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞的转录差异 | 近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠的近端胸主动脉样本 |