本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4601 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing of facial adipose tissue unveils FKBP5 as a therapeutic target for facial infiltrating lipomatosis
2024-07-18, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03835-9
PMID:39020442
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示面部浸润性脂肪增多症中FKBP5作为治疗靶点的作用机制 | 首次在单细胞水平解析面部脂肪组织的细胞图谱,发现FIL患者FAP细胞中FKBP5特异性高表达并证实其通过PI3K-AKT通路调控脂肪生成 | 样本量有限,具体PIK3CA变异与FKBP5表达关联的分子机制仍需深入探索 | 探究面部浸润性脂肪增多症的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 面部脂肪组织中的基质血管组分(SVF)和纤维脂肪生成前体细胞(FAPs) | 单细胞生物学 | 面部浸润性脂肪增多症 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | FIL患者和非FIL个体的面部脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4602 | 2025-10-06 |
Decoding cellular plasticity and niche regulation of limbal stem cells during corneal wound healing
2024-07-06, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03816-y
PMID:38971839
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了角膜缘干细胞在角膜伤口愈合过程中的分子特征和细胞命运 | 首次在单细胞水平定义了LSCs的分子特征,发现了转录因子Creb5在损伤反应中的关键作用,并鉴定出Arg1+巨噬细胞通过分泌OSM促进伤口愈合的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类组织中验证 | 探索角膜缘干细胞及其微环境细胞在角膜损伤修复中的分子和功能响应机制 | 正常小鼠和角膜上皮缺损模型小鼠的角膜组织 | 单细胞生物学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,基因敲低实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠角膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4603 | 2025-10-06 |
DPSCs regulate epithelial-T cell interactions in oral submucous fibrosis
2024-04-23, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03720-5
PMID:38650025
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示口腔黏膜下纤维化中上皮细胞与T细胞的相互作用机制,并探索牙髓干细胞治疗潜力 | 发现具有促炎促纤维化功能的独特上皮细胞亚群Epi1.2,揭示MIF-CD74和CXCR4介导的上皮-T细胞相互作用机制,首次系统评估DPSCs治疗OSF的效果 | OSF致病机制尚未完全阐明,DPSCs临床应用效果需进一步验证 | 探索口腔黏膜下纤维化的致病机制并开发新的治疗策略 | 口腔黏膜组织、牙髓干细胞、动物模型 | 单细胞生物学 | 口腔黏膜下纤维化 | 单细胞RNA测序、组织染色、免疫组化、扫描电镜、原子力显微镜 | 动物模型 | 单细胞转录组数据、组织图像数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4604 | 2025-10-06 |
An integrated toolkit for human microglia functional genomics
2024-04-10, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03700-9
PMID:38600587
|
研究论文 | 开发用于人类小胶质细胞功能基因组学的集成工具包,包括优化的iPSC分化方案和多组学分析平台 | 建立简化的两步20天分化流程,整合CRISPR-ON/OFF时序控制系统,并提供在线多组学数据比较平台 | 未提及与现有方法的直接比较数据,长期功能稳定性需要进一步验证 | 开发高效的人类小胶质细胞功能基因组学研究工具 | 人类iPSC衍生的小胶质细胞(iMG) | 功能基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, ATAC-Seq, 蛋白质组学, CRISPR-Cas9 | CRISPR-ON/OFF系统 | 转录组, 表观基因组, 蛋白质组, 功能测试数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 多组学分析 | NA | 在线可搜索平台(https://sherlab.shinyapps.io/IPSC-derived-Microglia/) |
4605 | 2025-10-06 |
Improved therapeutic consistency and efficacy of CD317+ MSCs through stabilizing TSG6 by PTX3
2024-03-27, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03706-3
PMID:38539221
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CD317+ MSC亚群具有增强的免疫抑制活性,其比例与MSC治疗效果一致性密切相关 | 首次揭示CD317+ MSC亚群通过PTX3稳定TSG6蛋白的机制改善治疗一致性 | 未明确PTX3稳定TSG6的具体分子机制 | 研究MSC异质性和治疗不一致性的原因及解决方案 | 人间充质干细胞(MSCs)及其CD317+亚群 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同批次培养基扩增的MSCs | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4606 | 2025-10-06 |
Short cell cycle duration is a phenotype of human epidermal stem cells
2024-03-13, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03670-y
PMID:38475896
|
研究论文 | 本研究通过活细胞成像和单细胞RNA测序发现人类表皮干细胞具有较短的细胞周期持续时间 | 挑战了干细胞分裂缓慢的传统观点,发现表皮干细胞比更分化的祖细胞具有更短的细胞周期 | 研究仅限于体外培养的人类角质形成细胞,未涉及体内环境验证 | 探究人类表皮干细胞的细胞周期特征和增殖行为 | 人类角质形成细胞,包括干细胞和祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 活细胞成像,单细胞RNA测序 | NA | 图像数据,基因表达数据 | 原代培养的人类角质形成细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4607 | 2025-10-06 |
Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome
2024-Feb-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3946910/v1
PMID:38463959
|
研究论文 | 本研究探讨了血小板生成素模拟物通过调节骨髓血管和基质微环境促进造血系统恢复以缓解急性放射综合征的机制 | 首次阐明TPOm通过调控骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞再生的作用机制,并发现其能提升VEGF-C水平和增强间充质干细胞胶原蛋白表达 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 研究血小板生成素模拟物在急性放射综合征治疗中对骨髓微环境的调节作用 | C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞、血管内皮细胞和间充质基质细胞 | 放射医学 | 急性放射综合征 | 流式细胞术、全组织块共聚焦显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据、生存数据 | 9-14周龄C57BL/6J小鼠,在多个时间点(第4、7、10、14、18、21天)采集骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4608 | 2025-10-06 |
Epithelial Endoplasmic Reticulum Stress Enhances the Risk of Muc5b-associated Lung Fibrosis
2023-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0252OC
PMID:36108173
|
研究论文 | 本研究探讨了MUC5B过表达如何通过内质网应激途径加剧肺纤维化,并发现ISRIB药物可逆转这一过程 | 首次揭示MUC5B通过内质网应激途径促进肺纤维化的分子机制,并证明ISRIB可逆转该过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MUC5B相关肺纤维化的分子机制及潜在治疗策略 | 小鼠模型和人类IPF患者组织样本 | 分子病理学 | 肺纤维化 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4609 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy
2025-Sep-05, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867
PMID:40543740
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态在心脏肥大早期炎症损伤中的作用 | 首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞的特异状态,并揭示转录因子ZEB2通过调控Unc93b1促进巨噬细胞炎症激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究巨噬细胞在心脏肥大早期炎症反应中的调控机制 | 横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型心脏组织中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 差异表达分析, 调控网络分析, 轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 25,328个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4610 | 2025-10-06 |
Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534
PMID:40527241
|
研究论文 | 本研究开发了一种将单细胞RNA测序数据转换为图像表示的方法,用于构建组织特异性炎症衰老时钟 | 首次提出将scRNA-seq数据转换为语义上有意义的图像表示(genomap),通过空间编码转录组相互作用来揭示衰老相关的相互作用模式变化 | 未在文中明确说明具体的研究局限性 | 识别精确的免疫遗传衰老标志物并构建组织特异性炎症衰老时钟 | 衰老过程中的基因-基因相互作用模式和转录组相互作用 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 图像表示学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4611 | 2025-10-06 |
Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653
PMID:40543274
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞的代谢相关特征及其预后价值 | 首次发现CAF_6成纤维细胞亚群与胃癌患者不良预后显著相关,并构建了具有强预后相关性的代谢相关特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索胃癌中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性,开发预后预测模型 | 胃癌患者样本数据 | 机器学习 | 胃癌 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序 | 机器学习组合策略 | 基因表达数据 | GSE15459、GSE26253、GSE183904和TCGA-STAD数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
4612 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662
PMID:40580616
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,识别出胃峡部干细胞在胃癌背景下的三种不同状态,并重建了胃癌细胞的谱系轨迹 | NA | 探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹 | 胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本 | 单细胞多组学 | 胃癌 | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
4613 | 2025-10-06 |
Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice
2025-Jul-05, Lung
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s00408-025-00829-z
PMID:40616692
|
研究论文 | 本研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的保护作用机制 | 首次揭示Cmpk2通过STING依赖性机制增强中性粒细胞吞噬功能并减轻肺部炎症的新功能 | 研究主要基于动物模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明Cmpk2在急性肺损伤中的保护机制 | Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本 | 病理生理学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析 | NA | 基因表达数据、病理图像、细胞计数数据 | 小鼠模型、斑马鱼胚胎及ARDS患者单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4614 | 2025-10-06 |
Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke
2025-Jul-05, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016
PMID:40618255
|
综述 | 本文综述了天然产物通过调节线粒体功能障碍治疗脑卒中的机制与策略 | 系统总结了天然产物通过多靶点调控线粒体功能障碍(包括生物合成、动力学平衡、自噬、凋亡机制、氧化应激调节和线粒体转运)发挥神经保护作用的新机制 | 成分复杂性导致标准化困难、跨区域临床数据不足、缺乏长期安全性评估 | 探讨天然产物通过调节线粒体功能障碍治疗脑卒中的机制和策略 | 天然产物(如虫草素、红花黄色素A、人参皂苷Rb3等)及其对线粒体功能的调节作用 | NA | 脑卒中 | 单细胞测序、类器官模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4615 | 2025-10-06 |
Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model
2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02063-3
PMID:40615895
|
研究论文 | 本研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中促进炎症的机制 | 首次揭示软脑膜成纤维细胞被招募至低髓鞘化皮层并与脑巨噬细胞建立稳定相互作用,驱动慢性炎症 | 研究基于特定基因敲除小鼠模型,在人类疾病中的直接适用性需进一步验证 | 阐明难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制 | Pdgfra条件性敲除的 neonatal 小鼠大脑皮层 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 基因修饰 neonatal 小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4616 | 2025-10-06 |
Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease
2025-Jul-04, Respiratory investigation
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008
PMID:40617174
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,发现表达IL-32的CD4+ T细胞是系统性硬化症伴间质性肺病中的潜在致病亚群 | 首次在SSc-ILD中鉴定出IL32高表达的CD4+ T细胞亚群,并揭示其在疾病发病机制中的关键作用 | 需要进一步研究来探索IL-32的治疗潜力及其具体作用机制 | 表征SSc-ILD中CD4+ T细胞亚群的异常细胞因子产生 | 系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 系统性硬化症伴间质性肺病 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例SSc和11例健康对照肺活检样本, 18例SSc-ILD和16例健康对照外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
4617 | 2025-10-06 |
Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection
2025-Jul-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013
PMID:40513559
|
研究论文 | 本研究利用长期培养的器官芯片模型研究人类气道黏膜下腺体在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性 | 首次分别建立表面气道上皮和黏膜下腺体器官芯片模型,发现CD13/ANPEP特异性标记SMG分泌细胞及其对冠状病毒的易感性 | 研究仅限于体外器官芯片模型,需进一步体内验证 | 研究呼吸道炎症和感染的病理生理机制 | 人类气道表面气道上皮和黏膜下腺体 | 单细胞生物学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | 器官芯片 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4618 | 2025-10-06 |
Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling
2025-Jul-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03643-1
PMID:40611203
|
研究论文 | 提出Ensemblex框架,通过集成四种算法实现高精度单细胞RNA测序样本解复用 | 开发了基于准确度加权的集成遗传解复用框架,显著提升高度多重化实验中的样本识别精度 | NA | 解决单细胞RNA测序中样本多重化后的供体识别问题 | 计算和实验混合的单细胞RNA测序样本 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4619 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
2025-Jul-03, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018
PMID:40617259
|
研究论文 | 本研究通过克隆追踪和单细胞空间转录组学揭示了肝细胞时空动态对肝脏异质性的塑造及其对体内基因工程的影响 | 发现新生肝脏中15-20%的克隆性肝细胞产生90%以上成年组织,并鉴定出支持克隆性肝细胞和造血祖细胞增殖的组织微环境 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类肝脏中验证 | 探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响 | 不同年龄阶段的小鼠肝脏 | 空间转录组学 | 肝脏疾病 | 克隆追踪, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 不同年龄的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4620 | 2025-10-06 |
An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis
2025-Jul-02, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03306-6
PMID:40604997
|
研究论文 | 本研究开发了一种口服可用的BRD4抑制剂,用于治疗博来霉素诱导的肺纤维化 | 首次设计并验证了口服可用的BRD4抑制剂ZL0969在肺纤维化模型中的治疗效果 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 研究BRD4信号在肺纤维化发病机制中的作用 | C57BL6小鼠和人类IPF样本 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类IPF样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |