单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4601	2025-01-28	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号在肾小球巨噬细胞中的作用，特别是通过促进IL-1β的产生和C3的裂解与沉积来加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未涉及人类样本	探讨TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应对肾小球肾炎进展的影响	NZBWF1小鼠	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NZBWF1小鼠
4602	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
4603	2025-01-28	High-Viability Circulating Tumor Cells Sorting From Whole Blood at Single Cell Level Using Laser-Induced Forward Transfer-Assisted Microfiltration 2025-Jan-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414195 PMID:39868845	研究论文	本研究开发了一种激光诱导前向转移辅助微滤系统（LIFT-AMFS），用于从全血中高效分离和分子分析循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了一种新型的LIFT-AMFS系统，通过双步微滤器（DSMF）实现高存活率的CTCs分离和单细胞水平的高效捕获	未提及具体局限性	提高循环肿瘤细胞（CTCs）的分离效率和存活率，以支持下游分子分析和个性化治疗	循环肿瘤细胞（CTCs）	生物医学工程	肿瘤	激光诱导前向转移（LIFT）、微滤技术、RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量
4604	2025-01-28	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	本文通过一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19疫苗接种对78名无症状感染者的T细胞和抗体反应的长期影响	研究发现，尽管抗体滴度随每次加强针逐渐增加并稳定，T细胞反应迅速达到平台期并保持稳定，且约30%的参与者显示出对非Spike抗原的CD4+ T细胞反应	研究仅限于无症状感染者，未涵盖有症状感染者的免疫反应	探讨多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名无症状感染者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名无症状感染者
4605	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
4606	2025-01-28	Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics 2024-Dec-18, Brain structure & function IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00429-024-02865-6 PMID:39692769	研究论文	本文通过空间转录组学技术揭示了人类胎儿大脑皮层早期发育中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异	首次在转录组水平上深入研究了人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域的细胞结构特征，并保留了空间信息	研究仅关注了15个孕周后的胎儿大脑发育，未涵盖其他关键发育阶段	探讨人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异及其分子机制	人类胎儿额叶的背侧和眶基底区域	空间转录组学	NA	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NA	基因表达数据	15个孕周后的胎儿大脑样本
4607	2025-01-28	Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis 2024-Dec-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	研究论文	本研究探讨了膝关节骨关节炎（OA）患者滑膜先天免疫细胞耗竭与更严重疼痛之间的关联	首次揭示了滑膜先天免疫调节细胞在OA疼痛中的作用，特别是免疫调节性巨噬细胞的耗竭和功能障碍与更严重疼痛的关联	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序部分仅涉及8名患者	识别与膝关节OA患者更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制	122名轻度至重度膝关节OA疼痛患者的滑膜组织活检	生物医学研究	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织活检、转录组数据、蛋白质组数据	122名患者（其中32名用于空间转录组学和蛋白质组学分析，8名用于单细胞RNA测序）
4608	2025-01-28	Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007 PMID:39395421	研究论文	本文研究了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）中髓系细胞的作用及其受组蛋白突变影响的转录特征	揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤中的肿瘤促进作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗机会	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其受组蛋白突变影响的机制	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）和弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	肿瘤学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类pHGG样本
4609	2025-01-28	Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004 PMID:39476842	研究论文	本文探讨了mRNA多聚腺苷化和N6-甲基腺苷（m6A）修饰如何维持抗体分泌细胞（ASCs）中IgG1抗体的产生	揭示了m6A修饰和YTHDF1在维持IgG1抗体转录本稳态中的新机制	研究主要基于小鼠模型和系统性红斑狼疮患者，可能不适用于其他疾病或物种	研究RNA转录后修饰对抗体稳态的影响	抗体分泌细胞（ASCs）和IgG1抗体	分子生物学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型
4610	2025-01-28	Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade 2024-Nov-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012 PMID:39423817	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药的机制，并探讨了CTLA4阻断在克服TKI耐药中的潜力	研究发现TKI治疗提高了T细胞中免疫检查点CTLA4的表达，揭示了肿瘤源性HMGB1在TKI响应中的免疫调节作用，并展示了CTLA4阻断与TKI联合治疗在TKI耐药模型中的增强效果	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨肺癌脑转移中TKI耐药的机制，并寻找克服耐药的治疗策略	肺癌脑转移患者和小鼠模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多样遗传背景和TKI治疗历史的肺癌脑转移样本
4611	2025-01-28	Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants 2024-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181561 PMID:39329745	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物科学中的应用，并探讨了其潜力和挑战	首次全面回顾了scRNA-seq在植物科学中的研究进展，并提出了五个数据库以帮助识别不同细胞类型的表达标记基因	scRNA-seq在植物科学中的全部潜力尚未完全阐明，且存在一些潜在问题和挑战	探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用，并为未来研究提供理论基础	植物组织，特别是模式植物、作物和木材	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4612	2025-01-28	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	研究论文	本文介绍了一种新型的非侵入性小鼠模型，用于研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了该模型在发育延迟和运动缺陷方面的表现，以及单核细胞中炎症通路的激活	该模型首次将妊娠晚期的母体免疫激活（MIA）与出生后的缺氧相结合，模拟HIE的发病机制，并揭示了微胶质细胞中炎症基因的上调	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，且HIE在临床上具有异质性，导致人类中的结果多种多样	研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE）的发病机制及其对发育和运动功能的影响	小鼠模型	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
4613	2025-01-28	Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency 2024-09-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181529 PMID:39329713	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序和批量RNA测序数据整合，揭示了外周血γδ T细胞的表型和分子特征，并发现了一个与潜伏性结核感染相关的CD81bright γδ T细胞群体	首次在大规模结核病数据集中通过单细胞分辨率进行深度免疫分析，发现了一个独特的CD81bright γδ T细胞群体，并揭示了其在免疫信号传导和免疫反应调节中的特殊作用	研究主要集中在外周血γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的γδ T细胞	探索γδ T细胞在结核病保护或疾病进展中的作用	外周血γδ T细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	大规模结核病数据集
4614	2025-01-28	Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer 2024-09-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181518 PMID:39329702	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，探讨了乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯	首次通过整合分析和单细胞RNA测序数据，全面描述了乳腺癌肿瘤微环境的组成和动态相互作用，并揭示了免疫浸润程度与临床结果之间的关联	研究结果主要基于RNA测序数据，未涉及其他类型的数据验证	探讨乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯，以提供患者分层的预后信息	乳腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4615	2025-01-28	Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis 2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560183 PMID:37873090	研究论文	本研究旨在识别滑液中的常驻滑膜巨噬细胞（RSM），并展示其迁移能力及可能引发慢性炎症反应的功能变化	首次在滑液中识别出RSM，并通过单细胞RNA测序揭示了这些细胞与CD56+细胞毒性树突状细胞和IDO+ M2巨噬细胞的转录相关性	研究样本量有限，且主要依赖于体外实验验证	探讨RSM在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用	人类患者，特别是表现为未分化关节炎的患者	免疫学	关节炎	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	细胞数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及多临床环境下的患者
4616	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4617	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
4618	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
4619	2025-01-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-Jan-25, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	本文介绍了HemaScope，一个专门用于分析造血细胞单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的生物信息学工具包	HemaScope工具包结合了scRNA-seq和ST技术的优势，提供了模块化设计，能够处理造血细胞的特异性特征，如谱系归属评估、细胞周期预测和标记基因收集	未明确提及具体限制	开发一个用户友好的工具包，用于分析造血细胞的单细胞和空间转录组学数据	造血细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	案例研究中使用了人类骨髓细胞图谱、小鼠急性髓性白血病细胞、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤的微环境
4620	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞