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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4601 | 2025-10-06 |
Epithelial Endoplasmic Reticulum Stress Enhances the Risk of Muc5b-associated Lung Fibrosis
2023-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0252OC
PMID:36108173
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研究论文 | 本研究探讨了MUC5B过表达如何通过内质网应激途径加剧肺纤维化,并发现ISRIB药物可逆转这一过程 | 首次揭示MUC5B通过内质网应激途径促进肺纤维化的分子机制,并证明ISRIB可逆转该过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MUC5B相关肺纤维化的分子机制及潜在治疗策略 | 小鼠模型和人类IPF患者组织样本 | 分子病理学 | 肺纤维化 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4602 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy
2025-Sep-05, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867
PMID:40543740
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态在心脏肥大早期炎症损伤中的作用 | 首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞的特异状态,并揭示转录因子ZEB2通过调控Unc93b1促进巨噬细胞炎症激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究巨噬细胞在心脏肥大早期炎症反应中的调控机制 | 横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型心脏组织中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 差异表达分析, 调控网络分析, 轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 25,328个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4603 | 2025-10-06 |
Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534
PMID:40527241
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研究论文 | 本研究开发了一种将单细胞RNA测序数据转换为图像表示的方法,用于构建组织特异性炎症衰老时钟 | 首次提出将scRNA-seq数据转换为语义上有意义的图像表示(genomap),通过空间编码转录组相互作用来揭示衰老相关的相互作用模式变化 | 未在文中明确说明具体的研究局限性 | 识别精确的免疫遗传衰老标志物并构建组织特异性炎症衰老时钟 | 衰老过程中的基因-基因相互作用模式和转录组相互作用 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 图像表示学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4604 | 2025-10-06 |
Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653
PMID:40543274
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞的代谢相关特征及其预后价值 | 首次发现CAF_6成纤维细胞亚群与胃癌患者不良预后显著相关,并构建了具有强预后相关性的代谢相关特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索胃癌中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性,开发预后预测模型 | 胃癌患者样本数据 | 机器学习 | 胃癌 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序 | 机器学习组合策略 | 基因表达数据 | GSE15459、GSE26253、GSE183904和TCGA-STAD数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
4605 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662
PMID:40580616
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研究论文 | 通过单细胞多组学测序揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,识别出胃峡部干细胞在胃癌背景下的三种不同状态,并重建了胃癌细胞的谱系轨迹 | NA | 探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹 | 胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本 | 单细胞多组学 | 胃癌 | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
4606 | 2025-10-06 |
Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice
2025-Jul-05, Lung
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s00408-025-00829-z
PMID:40616692
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研究论文 | 本研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的保护作用机制 | 首次揭示Cmpk2通过STING依赖性机制增强中性粒细胞吞噬功能并减轻肺部炎症的新功能 | 研究主要基于动物模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明Cmpk2在急性肺损伤中的保护机制 | Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本 | 病理生理学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析 | NA | 基因表达数据、病理图像、细胞计数数据 | 小鼠模型、斑马鱼胚胎及ARDS患者单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4607 | 2025-10-06 |
Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke
2025-Jul-05, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-25-00016
PMID:40618255
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综述 | 本文综述了天然产物通过调节线粒体功能障碍治疗脑卒中的机制与策略 | 系统总结了天然产物通过多靶点调控线粒体功能障碍(包括生物合成、动力学平衡、自噬、凋亡机制、氧化应激调节和线粒体转运)发挥神经保护作用的新机制 | 成分复杂性导致标准化困难、跨区域临床数据不足、缺乏长期安全性评估 | 探讨天然产物通过调节线粒体功能障碍治疗脑卒中的机制和策略 | 天然产物(如虫草素、红花黄色素A、人参皂苷Rb3等)及其对线粒体功能的调节作用 | NA | 脑卒中 | 单细胞测序、类器官模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4608 | 2025-10-06 |
Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model
2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02063-3
PMID:40615895
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研究论文 | 本研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中促进炎症的机制 | 首次揭示软脑膜成纤维细胞被招募至低髓鞘化皮层并与脑巨噬细胞建立稳定相互作用,驱动慢性炎症 | 研究基于特定基因敲除小鼠模型,在人类疾病中的直接适用性需进一步验证 | 阐明难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制 | Pdgfra条件性敲除的 neonatal 小鼠大脑皮层 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 基因修饰 neonatal 小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4609 | 2025-10-06 |
Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease
2025-Jul-04, Respiratory investigation
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008
PMID:40617174
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,发现表达IL-32的CD4+ T细胞是系统性硬化症伴间质性肺病中的潜在致病亚群 | 首次在SSc-ILD中鉴定出IL32高表达的CD4+ T细胞亚群,并揭示其在疾病发病机制中的关键作用 | 需要进一步研究来探索IL-32的治疗潜力及其具体作用机制 | 表征SSc-ILD中CD4+ T细胞亚群的异常细胞因子产生 | 系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 系统性硬化症伴间质性肺病 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例SSc和11例健康对照肺活检样本, 18例SSc-ILD和16例健康对照外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
4610 | 2025-10-06 |
Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection
2025-Jul-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013
PMID:40513559
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研究论文 | 本研究利用长期培养的器官芯片模型研究人类气道黏膜下腺体在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性 | 首次分别建立表面气道上皮和黏膜下腺体器官芯片模型,发现CD13/ANPEP特异性标记SMG分泌细胞及其对冠状病毒的易感性 | 研究仅限于体外器官芯片模型,需进一步体内验证 | 研究呼吸道炎症和感染的病理生理机制 | 人类气道表面气道上皮和黏膜下腺体 | 单细胞生物学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | 器官芯片 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4611 | 2025-10-06 |
Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling
2025-Jul-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03643-1
PMID:40611203
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研究论文 | 提出Ensemblex框架,通过集成四种算法实现高精度单细胞RNA测序样本解复用 | 开发了基于准确度加权的集成遗传解复用框架,显著提升高度多重化实验中的样本识别精度 | NA | 解决单细胞RNA测序中样本多重化后的供体识别问题 | 计算和实验混合的单细胞RNA测序样本 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4612 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
2025-Jul-03, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018
PMID:40617259
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研究论文 | 本研究通过克隆追踪和单细胞空间转录组学揭示了肝细胞时空动态对肝脏异质性的塑造及其对体内基因工程的影响 | 发现新生肝脏中15-20%的克隆性肝细胞产生90%以上成年组织,并鉴定出支持克隆性肝细胞和造血祖细胞增殖的组织微环境 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类肝脏中验证 | 探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响 | 不同年龄阶段的小鼠肝脏 | 空间转录组学 | 肝脏疾病 | 克隆追踪, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 不同年龄的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4613 | 2025-10-06 |
An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis
2025-Jul-02, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03306-6
PMID:40604997
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研究论文 | 本研究开发了一种口服可用的BRD4抑制剂,用于治疗博来霉素诱导的肺纤维化 | 首次设计并验证了口服可用的BRD4抑制剂ZL0969在肺纤维化模型中的治疗效果 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 研究BRD4信号在肺纤维化发病机制中的作用 | C57BL6小鼠和人类IPF样本 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类IPF样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4614 | 2025-10-06 |
Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61375-z
PMID:40593761
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研究论文 | 通过系统比较十种化学转化方法在单细胞RNA测序中的表现,为代谢RNA标记技术提供选择指导 | 首次对代谢RNA标记技术中的化学方法进行系统性基准测试,并确定了最优的on-beads方法 | 研究主要基于Drop-seq平台,对其他平台的适用性需要进一步验证 | 评估不同代谢RNA标记化学方法在单细胞RNA测序中的性能表现 | 52,529个测试细胞和9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 52,529个测试细胞 + 9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 多个商业平台 | 单细胞RNA测序 | Drop-seq | Drop-seq平台及两种具有更高捕获效率的商业平台 |
4615 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06241-0
PMID:40594834
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的紊乱 | 首次在多种癌症肝转移模型中系统揭示CD8 NKT样细胞、γδT细胞与NK细胞通过CD48-CD244和TNF-TNFR信号通路相互作用的分子机制 | 研究样本类型和数量有限,未进行功能验证实验 | 解析肝转移癌中NK细胞与T细胞的相互作用网络及其功能意义 | 鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移组织及癌旁组织 | 单细胞组学 | 肝转移癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种癌症类型的肝转移和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4616 | 2025-10-06 |
Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60882-3
PMID:40595535
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研究论文 | 开发了一种名为空间FFPE-ATAC-seq的新方法,用于在原位分析福尔马林固定石蜡包埋组织中的染色质可及性 | 克服了福尔马林诱导交联的挑战,首次实现了在存档FFPE组织中进行高分辨率染色质可及性的空间分析 | 未明确说明样本数量的具体限制和技术应用的广泛性 | 开发能够分析FFPE样本染色质可及性的空间表观基因组学工具 | 小鼠和人类组织(包括脑组织、胸腺和黑色素瘤) | 表观基因组学 | 黑色素瘤 | ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 空间表观基因组数据,基因表达数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 空间染色质可及性分析,单细胞RNA-seq | NA | 空间FFPE-ATAC-seq |
4617 | 2025-10-06 |
Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09071-2
PMID:40468066
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示Y染色体丢失在癌细胞和T细胞中的共存现象及其对患者预后的影响 | 首次建立免疫细胞Y染色体丢失与恶性细胞Y染色体丢失之间的关联模型,发现上皮细胞和T细胞同时发生Y染色体丢失的患者预后最差 | 研究基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证机制 | 探究Y染色体丢失在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其临床意义 | 29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据,以及自体移植和同系小鼠模型 | 癌症基因组学 | 上皮癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 29种人类肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4618 | 2025-10-06 |
Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma
2025-May-29, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024781
PMID:39912779
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学发现线粒体酪蛋白水解蛋白酶CLPP在多发性骨髓瘤中的过度表达及其作为治疗靶点的重要性 | 首次发现CLPP在多发性骨髓瘤进展中的关键作用,并证明其抑制剂可克服常规和新型药物耐药性 | NA | 探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点 | CD138+肿瘤性浆细胞与正常浆细胞的比较 | 单细胞转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4619 | 2025-10-06 |
Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data
2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009
PMID:39963994
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研究论文 | 开发了一个用于评估基于参考的去卷积方法的综合工具包Deconer | 首次提供了针对基于参考的去卷积方法的全面评估工具包,包含多种模拟和真实基因表达数据集 | NA | 评估和比较基于参考的细胞类型去卷积方法 | 16种基于参考的去卷积方法 | 生物信息学 | NA | 基因表达数据分析 | NA | 基因表达数据,包括bulk测序数据和单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4620 | 2025-10-06 |
B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates
2024-07-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022717
PMID:38558106
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研究论文 | 本研究首次全面鉴定并分析了B细胞靶向CAR T细胞治疗后CD8+ CARneg旁观者T细胞的激活机制及其抗白血病作用 | 首次发现CAR T细胞治疗可激活CD8+ CARneg旁观者T细胞,并揭示其通过T细胞受体非依赖性机制杀伤白血病细胞 | 样本量有限,机制研究仍需进一步验证 | 探究B细胞靶向CAR T细胞治疗中旁观者T细胞的激活机制及其在抗肿瘤反应中的作用 | 非人灵长类动物和患者来源的T细胞 | 免疫治疗 | B细胞恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 非人灵长类模型和临床试验NCT03369353患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |