单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4581	2025-02-05	Integrated Multi-omics Data Analysis and In Vitro Validation Reveal the Crucial Role of Glycogen Metabolism in Gastric Cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104424 PMID:39895799	研究论文	本研究旨在探讨胃癌中的糖原代谢，并开发基于糖原的风险评分模型以预测胃癌预后	首次整合多组学数据分析和体外验证，揭示了糖原代谢在胃癌中的关键作用，并开发了一个新的糖原风险评分模型	研究中使用的数据集主要来自公开数据库，可能缺乏某些特定人群的代表性	研究胃癌中的糖原代谢及其对预后的影响	胃癌患者及其相关数据	生物信息学	胃癌	ssGSEA方法、共识聚类分析、单细胞测序	糖原风险评分模型	基因表达数据、单细胞测序数据	33种肿瘤类型的患者表达谱、4个胃癌批量测序数据集、1个单细胞测序数据集、IMvigor210免疫治疗队列
4582	2025-02-05	Crotonylation-Related Prognostic Model of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S493800 PMID:39895826	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了crotonylation相关基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用，并构建了预后模型	首次在ESCC中研究了crotonylation相关基因的作用，并利用单细胞测序分析评估了细胞通讯和伪时间动态	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探讨crotonylation相关基因在ESCC中的作用及其预后价值	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	转录组分析、单细胞测序分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个ESCC数据集，包含24个crotonylation相关基因
4583	2025-02-05	Sonic hedgehog medulloblastoma cells in co-culture with cerebellar organoids converge towards in vivo malignant cell states 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae218 PMID:39896075	研究论文	本研究通过将Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞与小脑类器官共培养，探讨了非恶性肿瘤微环境对SHH-MB细胞表型特性的影响	开发了一种新型的体外SHH-MB模型，揭示了微环境对肿瘤细胞状态的非细胞自主性诱导作用	研究仅基于两种SHH-MB细胞系，可能无法完全代表所有SHH-MB亚型的特性	识别由非恶性肿瘤微环境驱动的SHH-MB细胞表型特性	Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两种SHH-MB细胞系与小脑类器官共培养
4584	2025-02-05	Single-cell analysis reveals islet autoantigen's immune activation in type 1 diabetes patients 2025-Jan, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-86 PMID:39896168	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，全面检测了1型糖尿病患者外周血单核细胞在GAD、IA-2和胰岛素抗原重叠肽刺激下的基因表达和T细胞受体库	首次在单细胞水平上揭示了1型糖尿病患者胰岛自身抗原的免疫激活机制，并发现了T细胞受体β链在特定配对中的单克隆增加	样本量较小，仅包括20名男性患者，且仅对其中4名进行了BD Rhapsody系统分析	研究1型糖尿病的发病机制，寻找潜在的治疗靶点	1型糖尿病患者的外周血单核细胞	单细胞测序	1型糖尿病	单细胞测序，T细胞受体库分析	NA	单细胞基因表达数据，T细胞受体序列数据	20名男性1型糖尿病患者，其中4名进行了BD Rhapsody系统分析
4585	2025-02-05	CLEC11A-Driven Molecular Mechanisms in Intervertebral Disc Degeneration: A Comprehensive Multi-Omics Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505296 PMID:39897524	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CLEC11A在椎间盘退变（IVDD）中的分子机制	结合MR、转录组测序和单细胞转录组学，首次揭示了CLEC11A通过调控炎症介质ARTN和血清代谢物在IVDD中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	揭示IVDD的遗传发病机制和关键驱动因素	椎间盘退变（IVDD）	生物信息学	椎间盘退变	MR、转录组测序、单细胞转录组学	NA	基因表达数据、单细胞数据	NA
4586	2025-02-05	NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells 2024-Dec-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014 PMID:39733935	研究论文	本文研究了NFATc1在过敏性接触性皮炎中的作用，特别是其对IL-17产生的CD8 T细胞的影响	揭示了NFATc1在调控CD8 T细胞向Tc17细胞分化中的关键作用，并提出了NFATc1作为减轻CD8 T细胞介导的过敏反应的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨NFATc1在过敏性接触性皮炎中的分子机制	小鼠模型中的CD8 T细胞	免疫学	过敏性接触性皮炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	Nfatc1xCd4-cre小鼠和野生型小鼠
4587	2025-02-05	Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01794-1 PMID:39496796	研究论文	本研究通过深度单细胞RNA测序技术探索人类体感神经元的分子基础，揭示了16种神经元类型及其功能特性	首次对人类背根神经节（DRG）神经元进行单细胞RNA测序，揭示了人类特有的神经元类型及其温度感知特性	技术难度导致样本获取和处理存在挑战，可能影响结果的广泛适用性	探索人类体感神经元的分子基础及其功能特性	人类背根神经节（DRG）神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、RNAscope原位杂交	NA	RNA测序数据	多个人类DRG神经元样本
4588	2025-02-05	Development of a deep learning-based 1D convolutional neural network model for cross-species natural killer T cell identification using peripheral blood mononuclear cell single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, Veterinary world IF:1.7Q2 DOI:10.14202/vetworld.2024.2846-2857 PMID:39897371	研究论文	本研究开发了一种基于一维卷积神经网络（1DCNN）的模型，用于跨物种识别自然杀伤T细胞（NKT细胞），并利用外周血单核细胞（PBMC）的单细胞RNA测序数据进行验证	首次应用1DCNN模型进行跨物种NKT细胞识别，并成功识别了人类、犬类和猪类PBMC中的NKT细胞	需要进一步研究验证这些发现，并且模型在其他细胞类型识别中的应用尚未验证	开发一种用于跨物种NKT细胞识别的深度学习模型	人类、犬类和猪类的外周血单核细胞（PBMC）	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	1DCNN	RNA测序数据	人类、犬类和猪类的PBMC数据集
4589	2025-02-05	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.603613 PMID:39091762	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了库蚊中肠在西尼罗河病毒感染期间的细胞类型及其对病毒的易感性	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了特定细胞类型对西尼罗河病毒感染的增强或限制作用	未在全中肠水平检测到显著的西尼罗河病毒感染诱导的典型蚊虫抗病毒免疫基因上调	研究库蚊中肠在西尼罗河病毒感染期间的细胞类型及其对病毒的易感性	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4590	2025-02-05	Graph contrastive learning of subcellular-resolution spatial transcriptomics improves cell type annotation and reveals critical molecular pathways 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf020 PMID:39883515	研究论文	本文介绍了一种名为Focus的半监督图对比学习方法，用于改进基于成像的空间转录组学（iST）中的细胞类型注释，并揭示关键的分子通路	首次明确建模RNA的亚细胞分布和社区结构，以改进细胞类型注释，并在多个空间转录组学平台上显著优于现有算法	当前方法主要依赖于基因表达信息，而忽略了RNA在细胞内的空间分布	改进细胞类型注释并揭示细胞类型特有的亚细胞调控机制	基于成像的空间转录组学（iST）数据	数字病理学	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	图对比学习	空间转录组学数据	NA
4591	2025-02-05	Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09509-1 PMID:39073709	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞（Treg）在药物诱导的过敏反应中的异质性及其关键免疫调节作用	首次揭示了FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3过表达可减轻过敏反应	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的异质性及其免疫调节作用	FOXP3+ Treg细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	转录组数据	NA
4592	2025-02-05	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者中特定免疫细胞群与临床特征之间的关联	研究主要基于外周血和滑液样本，可能无法全面反映所有类风湿性关节炎患者的免疫状态	探究类风湿性关节炎患者的免疫环境及其与临床特征的关系	类风湿性关节炎患者的外周血单核细胞和滑液样本	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
4593	2025-02-05	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了结直肠癌（CRC）中的基因表达和免疫特征，揭示了肿瘤微环境中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫激活的关联	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫细胞信号网络的相互作用	样本量较小（30对CRC和正常组织），可能限制了结果的普适性	研究结直肠癌中基因表达和免疫特征，特别是T细胞受体克隆型在肿瘤微环境中的作用	结直肠癌患者及其匹配的正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据和T细胞受体序列数据	30对结直肠癌和正常组织样本
4594	2025-02-05	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文提供了一个详细的协议，用于从人类胃肌层分离单个免疫细胞，以进行单细胞分析	提出了一个详细的协议，专门用于从人类胃肌层分离免疫细胞，并进行单细胞RNA测序分析	未提及样本量或具体实验结果	研究胃肌层免疫细胞的多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层的免疫细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未提及具体样本量
4595	2025-02-05	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	本文探讨了ABCA7基因在阿尔茨海默病（AD）中的功能，特别是其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的作用	首次使用CRISPR-Cas9技术生成abca7基因敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7通过神经肽Y（NPY）依赖的BDNF/NGFR信号通路在AD中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元，可能无法完全反映人类AD的复杂性	探讨ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能及其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的机制	斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9基因编辑技术、单细胞转录组学	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
4596	2025-02-05	An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer 2024-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02761-0 PMID:38997406	研究论文	本研究通过分析前列腺癌中的内皮细胞异质性，构建了一个与复发相关的18基因内皮细胞特征，用于预测肿瘤进展和去势抵抗	首次构建了一个与前列腺癌复发相关的18基因内皮细胞特征，并验证了其在预测肿瘤复发和去势抵抗中的独立预测能力	研究依赖于多个转录组数据集，但未涉及更大规模的临床验证	探索内皮细胞异质性在前列腺癌复发和去势抵抗中的预后和治疗意义	前列腺癌患者的内皮细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量转录组分析	机器学习算法（11种）	RNA测序数据	8个批量转录组数据集和4个单细胞RNA测序数据集
4597	2025-02-05	Probing Dermal Immunity to Mycobacteria through a Controlled Human Infection Model 2024-09-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2400053 PMID:39283647	研究论文	本文通过控制性人类感染模型探讨了皮肤对分枝杆菌的免疫反应	首次在未接触过M. bovis卡介苗的人群中，通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术揭示了非免疫细胞在皮肤免疫反应中的潜在作用	样本量较小（10名参与者），且未观察到治疗组之间的差异	提高对皮肤免疫反应的理解，以启发新的治疗方法	10名接受M. bovis卡介苗皮内注射的参与者	免疫学	分枝杆菌感染	流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	血液样本、皮肤活检样本	10名参与者
4598	2025-02-05	Bioinformatics analysis of the tumor microenvironment in melanoma - Constructing a prognostic model based on CD8+ T cell-related genes: An observational study 2024-Aug-09, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038924 PMID:39121331	研究论文	本研究旨在探索黑色素瘤肿瘤微环境，并通过关注CD8+ T细胞相关基因构建预后模型	利用单细胞测序数据和多种生物信息学工具，构建了一个基于CD8+ T细胞相关基因的黑色素瘤预后模型，并通过多组学和免疫浸润分析验证了模型的有效性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	构建黑色素瘤的预后模型，并探索其肿瘤微环境	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序、COX回归分析、LASSO回归分析、多组学分析	预后模型	单细胞测序数据、多组学数据	GSE65904和GSE35640数据集
4599	2025-02-05	Exploit Spatially Resolved Transcriptomic Data to Infer Cellular Features from Pathology Imaging Data 2024-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.05.606654 PMID:39149252	研究论文	本文提出了一种利用空间分辨转录组数据标注病理图像的新方法，并开发了一个名为STpath的迁移学习神经网络模型，用于预测细胞类型比例或分类肿瘤微环境	创新性地利用配对的转录组数据来标注病理图像，并开发了STpath模型，该模型在有限的训练数据下表现出色	模型在训练数据有限的情况下表现良好，但可能仍需更多数据以进一步提升性能	旨在通过深度学习模型从病理图像中提取有意义的特征，以辅助病理学家进行诊断	乳腺癌数据集中的病理图像和空间分辨转录组数据	数字病理学	乳腺癌	空间分辨转录组学	迁移学习神经网络模型（STpath）	图像和转录组数据	三个不同的乳腺癌数据集
4600	2025-02-05	Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex 2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546949 PMID:39071320	研究论文	本文提出了一种使用空间转录组数据识别组织中空间同质区域（SHRs）的方法，并展示了该方法在多种组织类型中寻找SHRs的高效性和有效性	创新点在于开发了一个名为concordex的工具，该工具基于k近邻（kNN）图分析，能够有效识别空间同质区域，并可用于非空间转录组数据的分析	未明确提及具体局限性	研究目的是开发一种方法，用于识别组织中空间同质区域	研究对象是组织中的空间同质区域	数字病理学	NA	空间转录组学	kNN图分析	空间转录组数据	NA