单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 4581 - 4600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4581 | 2024-12-12 |
Gene regulatory network inference based on novel ensemble method
2024-Dec-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae036
PMID:39324652
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研究论文 | 本研究提出了一种基于13种基本分类方法和灵活神经树（FNT）的集成方法，以提高基因调控网络（GRN）的识别准确性 | 开发了一种基于基因编程变体和粒子群优化的混合进化算法来搜索最优的FNT模型，并证明了所提出的集成方法在多个数据集上优于多种现有算法 | NA | 提高基因调控网络的识别准确性 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 灵活神经树（FNT） | 基因数据 | 三个模拟数据集和三个真实单细胞RNA-seq数据集 |
| 4582 | 2024-10-26 |
Evolutionary diversity of CXCL16-CXCR6: Convergent substitutions and recurrent gene loss in sauropsids
2024-12, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-024-01357-5
PMID:39400711
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研究论文 | 研究CXCL16-CXCR6轴在脊椎动物中的进化多样性及其对宿主免疫的影响 | 首次在脊椎动物中比较了约400个CXCR6直系同源基因，发现DRF基序在不同物种中的替代和CXCR6基因在某些鸟类和爬行动物中的反复丢失 | 研究主要集中在脊椎动物，未涵盖所有物种，且对基因丢失的具体机制和免疫影响的深入研究有限 | 探讨CXCL16-CXCR6轴在脊椎动物中的进化多样性及其对宿主免疫的影响 | CXCL16-CXCR6轴在不同脊椎动物中的基因变异和进化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列 | 约400个CXCR6直系同源基因，涵盖多种脊椎动物 |
| 4583 | 2024-11-17 |
scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics
2024-Nov-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03426-0
PMID:39516853
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研究论文 | 本文开发了scDOT，结合空间转录组学和单细胞RNA测序，以提高重建单细胞分辨率空间图和识别衰老细胞的能力 | scDOT通过整合最优传输和表达解卷积，学习细胞和spots之间的非线性耦合，推断细胞位置 | NA | 提高空间转录组学数据分辨率，识别衰老细胞及其空间组织 | 衰老细胞及其在空间转录组学数据中的组织 | 空间转录组学 | NA | 最优传输 | NA | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | NA |
| 4584 | 2024-10-28 |
Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment
2024-10-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201721
PMID:39451239
|
研究论文 | 研究了衰老引起的代谢重编程如何影响肿瘤微环境（TME）以促进肿瘤发生 | 利用MMPC方法分析了衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件，揭示了衰老相关代谢重编程对肿瘤微环境的影响 | NA | 探讨衰老与代谢重编程之间的相互作用如何影响肿瘤微环境 | 衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | MMPC（Modeling Metabolic Plasticity by Pathway Pairwise Comparison） | RNA-seq数据 | 17种衰老相关癌症类型的批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据 |
| 4585 | 2024-10-28 |
Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions
2024-10-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201682
PMID:39451200
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研究论文 | 研究了早期结直肠癌相关成纤维细胞中Podoplanin的表达及其作为诊断标志物的潜力 | 首次详细研究了早期结直肠癌中Podoplanin阳性成纤维细胞的来源和功能 | 研究仅限于免疫组化和单细胞RNA测序，未涉及临床验证 | 探讨Podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为诊断标志物的潜力 | 早期结直肠癌、腺瘤、神经内分泌肿瘤及其正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 涉及多种类型的结直肠病变样本 |
| 4586 | 2024-11-02 |
WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832
PMID:38943814
|
研究论文 | 研究探讨了WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制 | 首次揭示了WIP1在肾脏中的作用及其在脓毒症相关急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制 | 研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体临床数据 | 探讨WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其调控机制 | 小鼠和人类肾2细胞 | NA | 急性肾损伤 | 单细胞测序(scRNA-seq) | NA | 蛋白质 | 小鼠和人类肾2细胞 |
| 4587 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811
PMID:38941863
|
研究论文 | 这项研究探讨了巨噬细胞亚群在卵巢癌化疗耐药中的复杂功能和机制 | 识别并分析了卵巢癌中与化疗耐药相关的15个不同巨噬细胞亚群 | 尚未提及具体的实验设计和样本代表性 | 了解巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的作用和机制 | 卵巢癌细胞中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4588 | 2024-08-27 |
Identification and validation of potential biomarkers related to oxidative stress in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152791
PMID:39180853
|
研究论文 | 本研究旨在通过生物信息学技术识别与特发性肺纤维化（IPF）中氧化应激相关的可靠诊断生物标志物 | 利用随机森林算法结合随机最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归识别诊断基因，并构建诺模图评估疾病风险 | NA | 识别与特发性肺纤维化中氧化应激相关的诊断生物标志物 | 特发性肺纤维化中的氧化应激相关基因 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 基因表达数据 | 使用GSE70866和GSE141939数据集，涉及437个氧化应激相关基因和10个差异表达的氧化应激相关基因 |
| 4589 | 2024-09-05 |
Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609013
PMID:39229208
|
研究论文 | 研究揭示了迷走TRPV1感觉神经元在调节骨髓细胞动态和保护小鼠免受流感病毒感染中的作用 | 首次阐明了迷走TRPV1感觉神经元在肺部抗病毒防御中的功能，并揭示了其在调节骨髓细胞反应和免疫病理学中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在其他物种或人体中验证这些发现 | 探讨迷走TRPV1感觉神经元在流感病毒感染中的作用及其对肺部免疫反应的影响 | 迷走TRPV1感觉神经元及其在流感病毒感染中的作用 | 免疫学 | 流感 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠 |
| 4590 | 2024-08-05 |
Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT
2024-07, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822
PMID:38852289
|
研究论文 | 本研究重新分析了一项来自PDAC的单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤及正常组织的异质性，重点关注Treg细胞及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 首次揭示了PDAC中自然Tregs与诱导Tregs的数量差异，以及它们与其他细胞类型之间的关键通信途径 | 本研究主要依赖于已有的数据集，缺乏来自临床样本的直接验证 | 研究PDAC中的调节性T细胞与其他细胞在肿瘤微环境中的交互作用 | 调节性T细胞（Tregs）及其与其他肿瘤微环境细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA数据 | NA |
| 4591 | 2024-12-08 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
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研究论文 | 研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应 | 研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本 | 揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制 | SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康人肺组织样本 |
| 4592 | 2024-08-04 |
Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae329
PMID:38975895
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性 | stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示 | 目前还未提及具体的局限性 | 优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域 | 空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系 | 数字病理学 | NA | 图对比学习 | NA | 空间转录组数据 | 覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台 |
| 4593 | 2024-08-05 |
The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients
2024-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805
PMID:38669865
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞在结直肠癌患者临床结果和免疫检查点抑制治疗中的作用 | 研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性与患者预后及免疫疗法反应之间的关系 | 研究仅基于60名结直肠癌患者的数据，样本量相对较小 | 了解肿瘤相关巨噬细胞的异质性如何影响结直肠癌的临床结果和免疫治疗指征 | 结直肠癌患者的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 60名结直肠癌患者 |
| 4594 | 2025-01-28 |
Gene regulatory patterning codes in early cell fate specification of the C. elegans embryo
2024-Jan-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.87099
PMID:38284404
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，确定了C. elegans胚胎1至102细胞阶段的转录组，揭示了119种胚胎细胞状态，并发现基因表达程序根据亚细胞谱系模块化 | 首次系统地研究了C. elegans胚胎早期和晚期原肠胚形成中间阶段的转录组，揭示了基因表达程序的模块化和同源基因调控模式的深度同源性 | 研究主要集中于C. elegans胚胎，可能不适用于其他物种 | 研究C. elegans胚胎早期细胞命运指定中的基因调控模式 | C. elegans胚胎1至102细胞阶段的细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1至102细胞阶段的C. elegans胚胎细胞 |
| 4595 | 2024-10-24 |
Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages alters the epigenetic state to determine strain specific synergistic responses to LPS
2024-Jan-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3759654/v1
PMID:38712032
|
研究论文 | 研究探讨了不同遗传背景下IL-4激活的组织驻留巨噬细胞对LPS刺激的协同反应 | 揭示了遗传变异通过改变IL-4诱导的细胞内在表观遗传重编程，导致对LPS暴露的特定品系协同反应 | NA | 研究不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞对多重刺激的整合机制 | C57BL/6和BALB/c品系的组织驻留巨噬细胞 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 混合骨髓嵌合小鼠 |
| 4596 | 2024-08-07 |
The role of T cells and shared genes in psoriasis and inflammatory bowel disease based on single-cell RNA and comprehensive analysis
2023-11, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2023.152754
PMID:37806279
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和综合分析，探讨了银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用 | 本文通过单细胞RNA分析和免疫浸润分析，发现了在疾病中显著升高的CD4 T和γδ T细胞，并确定了具有优异诊断特性的共享基因 | NA | 研究银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用及其在疾病机制中的重要性 | 银屑病和炎症性肠病中的T细胞和共享基因 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 4597 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptional gene signature analysis identifies IL-17 signaling pathway as the key pathway in sepsis
2023-11, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2023.152763
PMID:38039751
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组基因特征分析，识别出IL-17信号通路在脓毒症中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了IL-17信号通路在脓毒症中的重要作用，并验证了该通路相关基因在脓毒症患者中的上调表达 | 研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证 | 旨在识别与脓毒症临床严重程度和预后相关的关键通路，为脓毒症的诊断和治疗提供潜在的生物标志物和治疗靶点 | 健康对照人群和脓毒症患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞转录组测序 | t-SNE和UMAP降维分析 | 转录组数据 | 使用了来自脓毒症数据库GSE167363、GSE100159和GSE133822的血液样本数据 |
| 4598 | 2025-01-29 |
Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells
2022-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac002
PMID:39871934
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4599 | 2025-01-28 |
Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis
2025-Feb-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629
PMID:39603130
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研究论文 | 本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制 | 揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制 | 研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制 | 二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别 | NA | RNA测序数据、高光谱图像 | 体外和体内矽肺模型 |
| 4600 | 2025-01-28 |
Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation
2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110422
PMID:39701169
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研究论文 | 本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响 | 创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径 | 滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知 | 识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量 | 人类滑液和滑膜 | 免疫学 | 关节炎 | scRNA-seq | 体外模型 | 基因表达数据 | NA |