单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-22	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响，揭示了ESR1+ luminal上皮细胞的增强及其在5α还原酶抑制剂(5ARI)耐药机制中的作用	发现了SRD5A2缺失下ESR1 LE2细胞比例增加及其增殖表型，提出了前列腺生长的替代途径	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索SRD5A2缺失对前列腺细胞组成和功能的影响，以及5ARI的作用机制	小鼠前列腺细胞和人类前列腺活检组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
442	2025-07-22	A count-based model for delineating cell-cell interactions in spatial transcriptomics data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae219 PMID:38940134	研究论文	介绍了一种基于计数的模型Copulacci，用于从空间转录组学数据中推断细胞间相互作用	使用高斯copula模型来模拟低转录本计数下配体与受体表达之间的依赖关系，优于现有的基于Spearman和Pearson相关系数的方法	未明确提及具体局限性，但可能受限于空间转录组数据的低转录本计数问题	开发一种新方法以更准确地从空间转录组数据中推断细胞间相互作用	空间转录组学数据中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学(SRT)	高斯copula模型	空间转录组数据	多个真实SRT数据集（未明确具体数量）
443	2025-07-22	Joint inference of cell lineage and mitochondrial evolution from single-cell sequencing data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae231 PMID:38940122	研究论文	本文提出了一种从单细胞测序数据中联合推断细胞谱系和线粒体进化的方法	首次将线粒体克隆树与细胞谱系树的一致性约束纳入模型，解决了现有方法未考虑线粒体异质性的问题	方法性能依赖于单细胞测序数据的质量，且计算复杂度较高	开发能够准确推断细胞谱系和线粒体进化关系的新算法	单细胞测序数据中的线粒体突变模式	计算生物学	胃癌	单细胞全基因组测序	混合整数线性规划	基因组测序数据	5220个胃癌细胞系细胞
444	2025-07-22	Single-Cell RNA Sequencing of Mutant Whole Mouse Embryos: From the Epiblast to the End of Gastrulation 2024-Jun-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66866 PMID:38949298	研究论文	本文设计了一个稳健的流程，用于对小鼠胚胎从E6.5到E8天进行单细胞和细胞核分析，覆盖原肠胚形成过程	提出了一种针对突变胚胎的单细胞分析方法，克服了基因分型、定时妊娠等技术限制	方法依赖于同步妊娠和特定基因型胚胎的获取，可能在实际应用中存在一定限制	研究突变如何影响原肠胚形成阶段的细胞景观	小鼠突变胚胎(E6.5-E8天)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及E6.5-E8天的小鼠胚胎
445	2025-07-22	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	research paper	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类流程，用于自动化细胞标记	SIMS在小型训练集（<3,500个细胞）和不同样本中均能实现高精度的细胞分类，并能准确预测发育中大脑的神经元亚型	NA	开发一种高效且可扩展的单细胞RNA测序分析工具，用于细胞类型分类	单细胞RNA测序数据集，包括大脑和皮质类器官的细胞	machine learning	NA	single-cell RNA sequencing	deep learning	RNA sequencing data	小型训练集（<3,500个细胞）和不同样本
446	2025-07-22	KLF4 in smooth muscle cell-derived progenitor cells is essential for angiotensin II-induced cardiac inflammation and fibrosis 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597485 PMID:38895472	研究论文	本研究揭示了KLF4在血管平滑肌细胞衍生的祖细胞中对血管紧张素II诱导的心脏炎症和纤维化的关键作用	发现了KLF4不仅维持AdvSca1-SM细胞的干性，还协调其对促纤维化刺激的反应，并可能作为心脏纤维化的治疗靶点	KLF4调节AdvSca1-SM表型的分子机制仍不明确	探讨KLF4在AdvSca1-SM细胞对血管紧张素II诱导的心脏纤维化反应中的作用	血管平滑肌细胞衍生的祖细胞（AdvSca1-SM细胞）	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
447	2025-07-22	Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance 2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.26.593976 PMID:38853977	研究论文	该研究发现了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，并揭示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	首次鉴定了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，揭示了这些表位来源于种子储存蛋白，并展示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探索食物抗原如何通过调节性T细胞在肠道中引发免疫耐受	玉米、小麦和大豆中的T细胞表位及其特异性T细胞	免疫学	食物过敏	表达克隆、MHC四聚体技术、RNA测序	NA	分子生物学数据、RNA测序数据	小鼠模型中的T细胞
448	2025-07-22	Batf3+ DCs and the 4-1BB/4-1BBL axis are required at the effector phase in the tumor microenvironment for PD-1/PD-L1 blockade efficacy 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114141 PMID:38656869	研究论文	本文揭示了Batf3谱系树突状细胞（DCs）及其4-1BB/4-1BBL轴在肿瘤微环境（TME）中对PD-1/PD-L1阻断疗效的关键作用	首次明确了Batf3谱系DCs在TME中通过4-1BBL提供正向共刺激信号，促进CD8 T细胞功能恢复和肿瘤消退的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类肿瘤样本，需要更大规模的临床验证	阐明PD-1/PD-L1阻断治疗中TME内T细胞再激活的细胞信号来源	Batf3谱系树突状细胞、CD8 T细胞和4-1BB/4-1BBL轴	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、基因靶向小鼠、阻断抗体研究、免疫荧光和空间转录组学	NA	流式细胞数据、基因表达数据、空间转录组数据和免疫荧光图像	基因靶向小鼠模型和人类肿瘤样本（具体数量未明确说明）
449	2025-07-22	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	设计了一个基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，针对患者来源的异种移植(PDX)癌症样本进行了优化	开发了一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，支持双参考基因组输入和独立图像分析	仅在四个黑色素瘤PDX样本上展示了管道的实用性，样本量较小	优化患者来源的异种移植(PDX)癌症样本的空间转录组和H&E图像数据处理	患者来源的异种移植(PDX)癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组测序, H&E染色	Nextflow DSL2	空间转录组数据, H&E图像	四个黑色素瘤PDX样本
450	2025-07-22	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	研究论文	该研究开发了一个名为DeCAF的单样本分类器，用于分类临床上的限制性和允许性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，并在多种肿瘤类型中验证其临床相关性	将单细胞RNA测序衍生的CAF亚群特异性标记基因转化为批量RNA测序数据，开发了DeCAF分类器，并在多种肿瘤类型中验证其临床适用性	研究仅验证了四种肿瘤类型(胰腺导管腺癌、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌)，其他肿瘤类型的适用性尚不明确	开发一个能够分类癌症相关成纤维细胞亚型的工具，并验证其临床相关性	癌症相关成纤维细胞(CAF)亚群	生物信息学	胰腺癌,间皮瘤,膀胱癌,肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNAseq),批量RNA测序(bulk RNAseq)	单样本分类器(DeCAF)	RNA测序数据	19个独立的批量转录组数据集(涵盖四种肿瘤类型)
451	2025-07-22	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	本研究通过遗传和转录组学分析，探讨结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系	首次通过整合DNA和RNA测序数据，结合单细胞RNA-seq和全基因组关联研究，揭示了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	样本量相对有限（404例），且仅针对结肠组织进行分析	揭示结肠憩室病的遗传和细胞机制及其与其他胃肠道疾病的关联	404例结肠憩室病患者（172例）和对照者（232例）的结肠组织	遗传学与转录组学	结肠憩室病	DNA测序、RNA测序、单细胞RNA-seq、全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）	多基因风险评分（PRS）	基因组和转录组数据	404例（172例患者和232例对照）
452	2025-07-22	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞分析对比了人类外周动脉和静脉在细胞水平上的差异，重点关注具有重塑潜能的细胞群体	首次在单细胞水平上系统比较了动脉和静脉的细胞组成和转录程序差异，揭示了静脉成纤维细胞在血管重塑中的独特作用	样本量相对有限（30名器官捐赠者），且仅研究了上肢血管	探究动脉和静脉在疾病发生和损伤反应中差异的生物学基础	人类外周动脉（肱动脉）和静脉（贵要静脉/头静脉）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学图像	30名器官捐赠者的上肢动脉和静脉样本
453	2025-07-22	A Mettl16/m6A/mybl2b/Igf2bp1 axis ensures cell cycle progression of embryonic hematopoietic stem and progenitor cells 2024-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00082-9 PMID:38605226	research paper	本研究揭示了METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎造血干细胞和祖细胞（HSPCs）细胞周期进程中的关键作用	首次发现METTL16通过m6A修饰调控mybl2b mRNA稳定性，进而影响HSPCs的G1/S期进程，并证明该轴在人类中保守	研究主要基于斑马鱼模型，人类细胞中的验证数据有限	阐明METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎发育早期HSPCs细胞周期调控中的作用机制	斑马鱼和人类的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼基因敲除模型	RNA测序数据	NA
454	2025-07-22	Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47399-x PMID:38670944	研究论文	本研究通过精细定位分析，结合东亚和欧洲后裔的大规模GWAS数据，鉴定了136个潜在的结直肠癌易感基因	发现了56个之前未报告的结直肠癌易感基因，并揭示了与结直肠癌风险相关的新通路	研究依赖于已有的GWAS数据，可能未覆盖所有潜在的遗传变异	精细定位已知的结直肠癌风险位点，鉴定因果变异和目标基因	100,204例结直肠癌患者和154,587例对照的GWAS数据，以及来自1,299和321个体的结直肠组织特异性转录组和甲基化数据	基因组学	结直肠癌	GWAS, cis-eQTL/mQTL分析, 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	254,791名东亚和欧洲后裔（100,204例患者和154,587例对照），以及1,299和321个体的组织特异性数据
455	2025-07-22	Single cell analysis reveals the roles and regulatory mechanisms of type-I interferons in Parkinson's disease 2024-04-02, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01590-1 PMID:38566100	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了I型干扰素在帕金森病中的角色及其调控机制	首次在单细胞水平上系统描述了I型干扰素在不同细胞类型中的特征及其在帕金森病中的调控机制，并鉴定出转录因子NFATc2作为关键调控因子	样本量相对较小(5例PD患者和6例健康对照)，且主要基于生物信息学分析，部分机制需进一步实验验证	探究I型干扰素在帕金森病神经炎症中的具体作用机制	帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据，MPTP诱导的PD小鼠模型，MPP诱导的BV2细胞模型	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，AUCell评分，monocle轨迹分析，SCENIC分析	MPTP诱导的PD小鼠模型，MPP诱导的BV2细胞模型	单细胞RNA测序数据	5例PD患者和6例健康对照的39,024个单细胞RNA测序结果
456	2025-07-22	Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae186 PMID:38579257	research paper	介绍了一种名为RegionalST的计算方法，用于分析空间转录组数据中的样本内异质性	首次提出了一种能够量化细胞类型混合与相互作用、识别感兴趣子区域并进行跨区域细胞类型特异性差异分析的计算方法	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发计算工具以解决空间转录组数据分析中的跨区域信息利用问题	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
457	2025-07-22	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572 PMID:38015751	研究论文	通过单细胞RNA测序分析患者髓源性抑制细胞及其对布鲁顿酪氨酸激酶抑制的反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析BTK抑制剂ibrutinib对不同癌症患者MDSC基因表达的影响	研究仅针对有限数量的癌症类型（乳腺癌、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌）	研究BTK抑制剂ibrutinib对MDSC基因表达的影响及其在免疫检查点治疗中的作用	髓源性抑制细胞（MDSC）	生物医学	癌症（乳腺癌、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的MDSC样本
458	2025-07-22	Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937 PMID:38269588	研究论文	研究脂蛋白(a)中的二酰基甘油和溶血磷脂酸对单核细胞炎症的影响	首次发现脂蛋白(a)中的二酰基甘油和溶血磷脂酸在单核细胞炎症中的作用，并揭示了其通过NLRP3炎症小体的部分机制	样本量较小（高Lp(a)组12人，低/正常组13人），且为体外实验，需进一步体内验证	探索脂蛋白(a)中除氧化磷脂外其他促炎介质的致动脉粥样硬化作用	人类单核细胞、动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	非靶向脂质组学、RNA测序、ELISA、Western blot、跨内皮迁移实验、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	脂质组学数据、基因表达数据、蛋白质数据	25人（高Lp(a)组12人，低/正常组13人）+动脉粥样硬化斑块样本
459	2025-07-22	Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation 2024-03, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2023.122460 PMID:38246018	研究论文	本文展示了生物工程水凝胶如何通过识别关键基质参数显著提高患者来源肿瘤切片（PDTS）的体外存活率，相较于传统培养系统	利用生物工程水凝胶增强PDTS的存活率，并保持肿瘤微环境中细胞-细胞通信网络，包括免疫检查点配体-受体相互作用	研究主要针对头颈癌患者，可能不适用于其他类型的癌症	提高患者来源肿瘤切片的体外存活率，以更好地评估药物效果	患者来源的肿瘤切片（PDTS）	生物医学工程	头颈癌	单细胞RNA测序、高维流式细胞术	NA	分子读数、细胞群数据	患者来源的肿瘤切片（具体数量未提及）
460	2025-07-22	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	该研究探讨了运动如何通过激活代谢转导酶SCD1来促进血管保护性代谢物的产生，从而减轻血管炎症反应	揭示了运动通过增加内皮SCD1表达，催化抗炎脂质代谢物OA和PA，减轻NF-κB介导的炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究运动对血管保护的代谢转导机制	野生型小鼠和SCD1缺失小鼠	心血管疾病	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量