单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-23	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	研究论文	本文研究了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌（LUSC）中如何促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制	揭示了TMPRSS11B在促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制中的作用，并提出了其作为LUSC治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌肿瘤微环境和免疫系统中的作用	肺鳞状细胞癌（LUSC）	肿瘤学	肺癌	RNA FISH分析、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像和代谢物分析	NA	基因表达数据、代谢物数据、成像数据	免疫活性小鼠模型和SNL模型
442	2025-07-23	EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646515 PMID:40236070	research paper	该研究揭示了ecDNA扩增通过结构变异产生致癌基因融合转录本的机制，特别是PVT1基因的5'区域作为致癌基因mRNA稳定剂的作用	首次发现ecDNA的结构变异导致基因融合，特别是PVT1基因5'区域与致癌基因的融合，并通过与SRSF1蛋白的相互作用增强RNA稳定性	研究主要关注PVT1基因的融合机制，可能未涵盖其他ecDNA介导的致癌机制	探究ecDNA扩增在癌症中的驱动机制及其对致癌基因表达的影响	人类癌症中的ecDNA扩增及其产生的基因融合	癌症基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
443	2025-07-23	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646444 PMID:40236172	research paper	该研究探讨了阿片受体如何调节CLA-ACC回路中的谷氨酸能信号传导	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的差异化调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究阿片受体对CLA-ACC神经回路中兴奋性突触传递的调节机制	小鼠的CLA-ACC神经回路	神经科学	NA	空间转录组学、切片电生理学、光遗传学、药理学方法	NA	电生理数据	小鼠样本（具体数量未提及）
444	2025-07-23	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	研究论文	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的脱靶探针结合问题，并开发了OPT软件工具来识别脱靶结合	开发了Off-target Probe Tracker (OPT)软件工具来识别脱靶探针结合，并验证了其对空间转录组数据准确性的影响	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的280个基因，可能不适用于其他基因面板	评估空间转录组技术中探针特异性对基因表达谱准确性的影响	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的探针	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组技术，单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	280个基因的面板，使用先前发表的Xenium乳腺癌数据集进行验证
445	2025-07-23	Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear 2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO DOI:10.1007/s10162-025-00980-7 PMID:40080263	research paper	本研究探讨了小鼠内耳中上皮和非上皮间充质细胞之间的信号传导及其在耳石器发育中的作用	揭示了新生小鼠耳石器中上皮和非上皮细胞群之间通过TGFβ和多效蛋白途径的定量信号传导	研究仅聚焦于出生后第4天和第6天的小鼠耳石器，可能无法完全代表整个发育过程	探索内耳非上皮间充质细胞与感觉上皮的相互作用及其在耳石器发育中的角色	新生小鼠耳石器中的上皮和非上皮细胞群	neuroscience	NA	Smart-seq2单细胞RNA测序、免疫组织化学、定量多重原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据、图像数据	955个细胞（来自出生后第4天和第6天的小鼠耳石器）
446	2025-07-23	The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth 2025-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01938-6 PMID:40140531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	首次结合单细胞RNA测序与谱系追踪技术，重建了拟南芥根次生生长过程中细胞类型的发育轨迹，发现了20种不同的细胞类型或状态，其中许多是先前未被描述的	研究仅针对拟南芥根，可能不适用于其他植物或组织	探究拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	拟南芥根的薄壁细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序分析、谱系追踪	NA	RNA测序数据	93个报告基因系
447	2025-07-23	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠品系，并首次在单细胞水平上揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的增殖和分化能力	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠品系在不同年龄阶段的OPCs
448	2025-07-23	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的关键作用	首次发现非表皮残留细胞(RECs)通过转分化形成表皮细胞的三个阶段，并鉴定出转录因子MYB74在该过程中的核心调控作用	未明确比较这种新生表皮机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制及其生物学意义	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞(RECs)	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为拟南芥脱落区细胞
449	2025-07-23	Integrated single-cell and spatial analysis identifies context-dependent myeloid-T cell interactions in head and neck cancer immune checkpoint blockade response 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.24.644582 PMID:40196610	研究论文	通过整合单细胞和空间分析，识别头颈癌免疫检查点阻断反应中依赖于上下文的髓系-T细胞相互作用	结合10X Visium和Nanostring CosMx空间组学技术，首次系统评估了头颈癌免疫检查点阻断治疗中免疫细胞类型的空间相互作用	研究样本量相对有限（26名患者的单细胞数据和8名患者的空间RNA-Seq数据）	阐明头颈癌免疫检查点阻断治疗反应的免疫细胞空间相互作用机制	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者肿瘤微环境中的免疫细胞	空间组学	头颈癌	scRNA-Seq, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间RNA测序数据	26名患者的522,399个单细胞数据，8名接受ICB治疗患者的空间RNA-Seq数据
450	2025-07-23	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645108 PMID:40196489	研究论文	该研究通过全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序，揭示了RSV感染和旁观者激活细胞的宿主决定因素和转录组特征	结合CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术，首次系统性地比较了RSV感染细胞与旁观者激活细胞的转录差异，并鉴定了多个对病毒感染关键的宿主因子	研究主要基于体外实验，未涉及动物模型或临床样本验证	阐明RSV感染的宿主依赖因素和转录组特征	RSV感染的细胞和未感染的旁观者细胞	病毒学	呼吸道合胞病毒感染	全基因组CRISPR敲除筛选，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
451	2025-07-23	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585428 PMID:38562769	research paper	该研究通过整合空间组学技术，揭示了黑人美国人和白人美国人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次使用成像质谱流式和空间转录组学多组学方法，比较分析了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体	探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的潜在生物学机制	自我认同为黑人美国人(BA)和白人美国人(WA)的三阴性乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	imaging mass cytometry, spatial transcriptomics	NA	spatial omics data	BA和WA TNBC患者样本(具体数量未明确说明)
452	2025-07-23	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	research paper	该研究开发了一种微流控平台，通过体外对抗性形态发生素梯度对人类内胚层细胞进行前后模式化	利用广泛可用的微流控设备，将hPSC衍生的内胚层细胞暴露于前后信号对抗梯度中，实现了空间模式化培养	研究未涉及体内环境验证，可能无法完全模拟自然发育过程	探索形态发生素梯度如何空间模式化组织，加速空间模式化组织的生产	hPSC衍生的内胚层细胞	developmental biology	NA	微流控技术, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
453	2025-07-23	Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112031 PMID:40104055	研究论文	通过单细胞转录组学分析肥胖雌性小鼠中β细胞扩增的机制	揭示了Xbp1和Myc在缓解未折叠蛋白反应并刺激β细胞增殖中的协调转录机制	研究仅针对雌性小鼠，未涉及雄性或其他物种	探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制	雌性小鼠的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞转录组学	KO小鼠模型	转录组数据	雌性KO小鼠的胰岛
454	2025-07-23	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过种群动态模型揭示了髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖偏倚	首次定量评估了造血干细胞分化偏倚对髓系偏倚的贡献，并发现早期髓系祖细胞增殖的增加是另一个关键机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的所有复杂性	探究髓系偏倚的潜在机制，特别是在衰老和慢性炎症背景下	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	生物医学研究	髓系肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微分方程模型	微分方程模型	基因表达数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者的HSPCs
455	2025-07-23	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	研究探讨了乳腺浸润性小叶癌(ILC)中DNA损伤检查点中介蛋白1(MDC1)的共调节活性与DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联	发现了MDC1在ILC细胞中独特的共调节ER活性，并揭示了其与同源重组(HR)功能障碍的新型关联，这种HR功能障碍不同于经典的'BRCAness'状态	研究主要基于体外实验和异种移植模型，需要更多临床数据验证	阐明ILC中MDC1的双重功能及其治疗潜力	乳腺浸润性小叶癌(ILC)细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、异种移植模型	NA	转录组数据、功能实验数据	多个ILC异种移植模型
456	2025-07-23	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	引入了虚拟颜色的概念，将参考基因组划分为重叠的固定最大范围的bin，作为伪对齐算法中的不同颜色	未提及具体的技术限制或应用场景的限制	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组数据	NA
457	2025-07-23	Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415557122 PMID:40009641	研究论文	本研究探讨了利用辐射诱导的多能状态和腺苷酸环化酶激活剂forskolin联合治疗胶质母细胞瘤的潜在效果	首次提出利用辐射诱导的细胞可塑性联合forskolin促进胶质母细胞瘤细胞分化，为临床治疗提供新思路	研究主要在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索胶质母细胞瘤的新型联合治疗方法	胶质母细胞瘤细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠模型(同源和PDOX模型)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外细胞实验和两种小鼠模型
458	2025-07-23	Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02080-x PMID:39901013	研究论文	利用基于图像的空间转录组学技术，分析了35个独特肺部的160万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	采用创新的细胞不可知分析方法，识别了PF中出现的细胞类型及其空间定位，并定义了控制和PF肺部中分子定义的空间生态位多样性	研究样本量相对有限（35个肺部），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探究肺纤维化中远端肺重塑的分子机制和空间背景	35个独特肺部的160万个细胞	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学	机器学习	空间基因表达数据	35个肺部样本（160万个细胞）
459	2025-07-23	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	本文提出了一种名为Crescendo的算法，用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以提高基因表达模式的可视化和检测	Crescendo算法能够在基因表达水平上校正批次效应，支持跨多个样本的基因表达模式准确可视化，并增强了基因共定位和配体-受体相互作用的检测能力	NA	改进单细胞空间转录组数据的批次效应校正方法，以提升基因表达模式的可视化和检测	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序技术	Crescendo算法	基因表达数据	三个数据集，涵盖17万至700万个单细胞
460	2025-07-23	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可减少慢性肺移植功能障碍（CLAD）中的组织驻留记忆T细胞积累	首次揭示了NKG2D在CLAD中作为治疗靶点的潜力，并证实了其对CD8+ TRM积累的调控作用	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探索CLAD的潜在治疗靶点	肺移植后的慢性肺功能障碍（CLAD）患者和小鼠模型	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序, TCR测序	小鼠原位肺移植模型	基因表达数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞