单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-18	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座元件(TEs)来源的读数映射到独特的基因组位点	CELLO-seq通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现了对长读的错误校正，从而能够高保真地将表达数据映射到高度序列相似的年轻TEs以及基因和TE异构体	需要具备分子生物学和转录组分析经验的用户，且从细胞分离到定量需要一周时间完成	开发一种能够高保真映射转座元件(TEs)表达数据到独特基因组位点的单细胞长读RNA测序方法	转座元件(TEs)和基因在单细胞中的表达	基因组学	NA	长读RNA测序(CELLO-seq)	NA	RNA序列数据	NA
442	2025-07-18	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	探讨全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	首次在单细胞分辨率下研究WGD对卵巢癌的影响，并开发了新的WGD时序分析方法doubleTime	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型	理解WGD在卵巢癌发展和免疫逃逸中的作用	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
443	2025-07-18	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）的选择性和协同药物组合	利用单细胞转录组学和单药响应谱，结合机器学习，个性化预测针对治疗耐药性癌细胞的药物组合	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要更大规模的验证	改善复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	机器学习	急性髓系白血病	单细胞转录组学	机器学习	转录组数据	临床试验样本（具体数量未提及）
444	2025-07-18	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs）与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的关联	首次揭示了IFN-HEVs在肿瘤TLS形成中的作用，并开发了预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的CTRscore评分系统	研究主要聚焦于鼻咽癌，其他癌症类型中IFN-HEVs的作用尚不明确	探究肿瘤TLS形成的驱动因素及其在免疫治疗中的作用	鼻咽癌患者样本	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、单细胞测序	NA	转录组数据	三个独立的鼻咽癌队列
445	2025-07-18	Cardiolipin-mimic lipid nanoparticles without antibody modification delivered senolytic in vivo CAR-T therapy for inflamm-aging 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102209 PMID:40602406	研究论文	本研究开发了一种基于mRNA的体内CAR-T细胞疗法，使用模拟心磷脂的脂质纳米颗粒递送senolytic药物，无需抗体修饰	首次发现心磷脂类似物二磷酰胺脂质可提高T细胞转染效率，无需靶向配体，并利用PL40脂质纳米颗粒递送靶向uPAR的CAR mRNA	未明确说明该疗法的长期安全性和潜在副作用	开发更高效的体内CAR-T细胞疗法以治疗衰老相关炎症性疾病	T细胞、衰老相关炎症性疾病（如肝纤维化和类风湿性关节炎）	生物医学工程	类风湿性关节炎、肝纤维化	mRNA递送技术、单细胞测序、scFv人源化筛选	NA	实验数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及体外和体内实验
446	2025-07-18	Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08385-1 PMID:40659881	research paper	本研究通过小鼠模型探讨CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	首次使用CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型揭示CAPZA2在神经发育中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明CAPZA2基因在神经发育障碍中的分子机制	CAPZA2杂合敲除(CAPZA2)和点突变(CAPZA2)小鼠模型	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠基因编辑模型	基因表达数据、行为学数据、形态学数据	未明确说明具体数量，使用CAPZA2和CAPZA2两种基因编辑小鼠品系
447	2025-07-18	Blocking calcium-MYC regulatory axis inhibits early dedifferentiation of chondrocytes and contributes to cartilage regeneration 2025-Jul-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04483-3 PMID:40660304	研究论文	本研究通过单细胞测序和转座酶可及染色质测序技术，揭示了软骨细胞体外扩增过程中的去分化现象及其机制，并提出了通过抑制钙-MYC调控轴来优化软骨再生系统的新策略	首次发现钙内流增加与软骨细胞早期去分化密切相关，并证实抑制钙信号可逆转细胞表型并促进软骨再生	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证钙-MYC调控轴的作用	阐明软骨细胞去分化机制并优化软骨再生系统	耳廓软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	不同传代次数的软骨细胞(P3和P6)
448	2025-07-18	In-depth patient-specific analysis of tumor heterogeneity in melanoma brain metastasis: Insights from spatial transcriptomics and multi-region bulk sequencing 2025-Jul-15, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102468 PMID:40669378	研究论文	本研究通过多组学方法对黑色素瘤脑转移患者的肿瘤异质性进行了深入分析	整合空间转录组学与多区域批量外显子组、蛋白质组和转录组分析，揭示了患者特异性免疫细胞浸润和肿瘤异质性	样本量较小（仅4例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索黑色素瘤脑转移的分子和细胞特征，以指导有效治疗策略的开发	黑色素瘤脑转移患者的肿瘤组织	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学、批量外显子组测序、蛋白质组分析、转录组分析	NA	空间转录组数据、外显子组数据、蛋白质组数据、转录组数据	4例患者样本
449	2025-07-18	Exploring the Role of Cuproptosis-related Genes in Acute Myeloid Leukemia Through WGCNA, Single-cell Sequencing and Experiments 2025-Jul-15, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673363210250618120652 PMID:40671235	研究论文	本研究通过WGCNA、单细胞测序和实验探索铜死亡相关基因在急性髓系白血病(AML)中的作用	首次系统研究铜死亡在AML中的作用，并鉴定出TLR4和NCF2等新型生物标志物	样本量相对有限(151例AML患者和70例健康对照)，且机制研究仍需进一步验证	探索铜死亡在AML发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者和THP-1细胞系	生物信息学与肿瘤学	急性髓系白血病	RNA-seq、单细胞RNA测序、WGCNA、CIBERSORT、ssGSEA、RT-qPCR	NA	基因表达数据	151例AML患者和70例健康对照的RNA-seq数据，以及10例AML患者的单细胞RNA-seq数据
450	2025-07-18	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究不同癌症谱系和亚群中细胞状态和组成的特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的共同特征和脑转移相关的免疫抑制微环境	样本量虽较前增加但仍有限，且未涉及治疗干预后的动态变化	探究跨癌种的脑转移生物学特征和共享依赖性	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	癌症基因组学	脑转移癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	219个样本（108 BrM + 111 PT）
451	2025-07-18	ZEB2 is a master switch controlling the tumor-associated macrophage program 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.021 PMID:40215981	研究论文	该研究通过整合人类肿瘤单细胞RNA测序数据和CRISPR筛选，构建了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的调控网络，并发现ZEB2是TAM程序的主调控因子	使用深度生成模型构建基因扰动网络，首次将ZEB2鉴定为TAM程序的主调控因子，并展示其在肿瘤免疫逃避中的关键作用	研究主要基于人类肿瘤的scRNA-seq数据，可能需要在更多肿瘤类型中进行验证	探索肿瘤相关巨噬细胞的调控机制及其在肿瘤免疫逃避中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其调控网络	肿瘤免疫学	癌症	scRNA-seq, CRISPR筛选	深度生成模型	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤样本（具体数量未提及）
452	2025-07-18	Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies 2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01792-y PMID:40658117	研究论文	探索SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力，通过多数据库分析和体外研究提供见解	首次揭示SERTAD4在乳腺癌中的上调表达及其与预后的关联，并探索其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌组织和细胞	癌症研究	乳腺癌	siRNA敲低、分子对接、Co-IP	NA	基因表达数据、临床样本数据、单细胞测序数据	来自多个数据库的乳腺癌样本数据及临床乳腺癌标本
453	2025-07-18	Human adipose-derived mesenchymal stem cell-derived exosomes induce epithelial remodeling and anti-scar healing revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03548-y PMID:40660260	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了人类脂肪源性间充质干细胞外泌体(hADSC-Exos)如何诱导上皮重塑和无疤痕愈合	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了hADSC-Exos通过调节上皮细胞和成纤维细胞促进无疤痕愈合的分子机制，并发现14-3-3 zeta-YES-associated protein-Hippo信号通路在抑制伤口纤维化中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hADSC-Exos促进无疤痕伤口愈合的分子机制	野生型和hADSC-Exos处理的小鼠伤口组织	干细胞治疗	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	术后14天的野生型和hADSC-Exos处理小鼠样本
454	2025-07-18	Targeted Inhibition of cGAS/STING signaling induced by aberrant R-Loops in the nucleus pulposus to alleviate cellular senescence and intervertebral disc degeneration 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03579-5 PMID:40660286	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq数据分析，揭示了异常R-Loops积累如何通过激活cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老和椎间盘退变，并开发了一种靶向纳米递送平台用于治疗	首次发现R-Loops通过cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老的机制，并开发了靶向ERCC5的纳米递送治疗平台	研究主要基于大鼠穿刺模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索椎间盘退变的分子机制并开发靶向治疗策略	髓核细胞(NPCs)和椎间盘退变(IVDD)大鼠模型	分子生物学与纳米医学	椎间盘退变	单细胞RNA-seq、纳米递送技术	大鼠穿刺模型	基因表达数据	NA
455	2025-07-18	DnaK of Parvimonas micra extracellular vesicles interacts with the host fibroblasts BAG3-IKK-γ axis to accelerate TNF-α secretion in oral lichen planus 2025-Jul-14, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02151-5 PMID:40660385	研究论文	本研究揭示了Parvimonas micra及其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴在口腔扁平苔藓中抑制自噬并促进TNF-α分泌的机制	首次发现Parvimonas micra是口腔扁平苔藓的关键病原体，并阐明其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴调控自噬和TNF-α分泌的分子机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏更深入的体内功能验证	探究口腔扁平苔藓的发病机制	口腔扁平苔藓患者的口腔微生物群和成纤维细胞	微生物学与免疫学	口腔扁平苔藓	微生物组分析、单细胞RNA测序、网络分析、随机森林分析、NetShift分析	NA	微生物组数据、单细胞RNA测序数据	非糜烂型/糜烂型口腔扁平苔藓患者和健康个体的颊黏膜、唇黏膜、舌背和唾液样本
456	2025-07-18	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜的细胞状态，为视网膜研究提供了新的参考资源	首次生成了活体人类视网膜的单细胞转录组参考图谱，并对比了活体与死后组织的转录动态差异	样本量相对有限（9个未冷冻样本），且死后样本采集时间窗口较窄（6小时内）	建立人类视网膜细胞类型和状态的单细胞参考图谱	人类视网膜组织（活体和早期死后）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq, 10x Genomics 3' RNA-seq, scVI, RNA velocity, CellChat	scVI（单细胞变分推断模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体和4个死后样本）
457	2025-07-18	Resolving Microenvironment Complexity and Cellular Heterogeneity in Osteoarthritis via Spatial Transcriptomics 2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007 PMID:40669534	综述	本文探讨了空间转录组学在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用	利用空间转录组学技术揭示骨关节炎中分区基因表达模式、致病细胞状态及细胞间相互作用	当前技术存在局限性，需要与其他组学和成像模式整合	探索空间转录组学在骨关节炎研究中的应用及其潜力	骨关节炎中的关键关节区域（软骨、滑膜、软骨下骨和关节周围组织）	数字病理学	骨关节炎	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
458	2025-07-18	Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in Chinese population 2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032 PMID:40669566	研究论文	该研究通过全基因组关联研究(GWAS)在中国人群中发现了与慢性鼻窦炎(CRS)风险相关的遗传变异rs61731397-C，并揭示了其通过下调OR2A25表达影响鼻黏膜免疫反应的潜在机制	首次在中国人群中发现OR2A25基因的rs61731397-C变异与CRS风险显著相关，并通过功能实验证明该变异通过降低OR2A25蛋白稳定性影响免疫反应	研究样本仅来自中国人群，结果可能不适用于其他族群；OR2A25在CRS中的具体作用机制仍需进一步研究	鉴定中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其潜在机制	中国人群中的慢性鼻窦炎患者	遗传学	慢性鼻窦炎	GWAS、scRNA-seq、Western blot	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	基于昆山的人群队列和北京的临床队列
459	2025-07-18	Large-scale proteomics analysis identifies plasma protein biomarkers and potential therapeutic targets for rheumatoid arthritis: A prospective study in UK Biobank 2025-Jul-14, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117593 PMID:40669587	研究论文	该研究通过大规模蛋白质组学分析，识别了类风湿性关节炎的血浆蛋白生物标志物和潜在治疗靶点	整合了蛋白质组学、全基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序数据，系统评估了与RA风险相关的蛋白质，并确定了新的治疗靶点	预测模型的AUC值为0.74，性能中等，且预测窗口为5年	识别类风湿性关节炎的生物标志物和潜在治疗靶点	706名RA患者和1410名对照	蛋白质组学	类风湿性关节炎	蛋白质组学、GWAS、单细胞RNA测序	XGBoost	血浆蛋白质数据	706名RA患者和1410名对照
460	2025-07-18	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-Jul-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03494-4 PMID:40653490	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化，揭示了细胞亚群的差异	研究仅比较了年轻和中老年两个年龄组，未涵盖更广泛的年龄范围	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、行为数据、组织病理数据	年轻和中老年小鼠各一组(具体数量未说明)