单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-06-02	CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning 2024-May-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1 PMID:38826463	研究论文	提出了一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以克服传统特征降维方法的局限性	通过结合代表正常组织的背景数据集，增强了在代表癌前组织的目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集共享的显性共同模式的影响	NA	改进空间转录组数据的特征表示方法，以更好地识别生物相关特征	小鼠癌前肺组织样本的空间转录组数据	生物信息学	肺癌	空间转录组学	图对比学习	空间转录组数据	NA
442	2025-06-02	Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection 2022-12-20, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02446-22 PMID:36255240	research paper	该研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）如何利用caspase活性抑制cGAS DNA传感器，从而阻断I型干扰素（IFN）的抗病毒反应	发现了caspase活性在KSHV裂解复制过程中抑制cGAS的新机制，并通过单细胞RNA测序揭示了极少数IFN-β产生细胞介导的强效抗病毒状态	对caspase如何拮抗KSHV感染期间的IFN信号传导机制理解仍不充分	探究KSHV感染中caspase调节cGAS/STING通路及I型IFN信号的分子机制	卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）感染的细胞	病毒免疫学	卡波西肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
443	2025-06-02	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠不同解剖区域、发育阶段和脑病理类型中的小胶质细胞，并对多发性硬化症患者的小胶质细胞进行了转录组学表征	首次在多发性硬化症患者中进行了小胶质细胞的转录组学表征，并发现了物种间表型保守的小胶质细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本仅涉及多发性硬化症患者	探索小胶质细胞在脑发育和疾病中的时空异质性	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
444	2025-06-01	IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Sep, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867 PMID:40381971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，鉴定出与特发性肺纤维化(IPF)密切相关的四个枢纽基因，并确认IGFBP7作为一种新型生物标志物，揭示了其与TGF-β1信号通路的正反馈循环在IPF发病机制中的作用	首次发现IGFBP7作为IPF的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1信号通路形成的正反馈循环机制	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要进一步临床验证	探索IPF的新型生物标志物以改善诊断和治疗策略	特发性肺纤维化(IPF)患者样本和细胞模型	生物医学研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 双免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	公共数据集分析（具体数量未明确说明）
445	2025-06-01	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-Jul, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	综述	本文综述了单细胞RNA测序在癌症免疫检查点阻断治疗中的应用，揭示了肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术高分辨率描绘了免疫检查点之间的功能相互作用，识别了新的免疫检查点作为潜在治疗靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断治疗的疗效差异机制及潜在新靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
446	2025-06-01	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-Jul, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在乳腺癌中的研究进展，特别是Snail1作为关键预后生物标志物的作用	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有预后潜力	主要基于已有研究和患者样本的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在乳腺癌中的异质性及其预后价值，特别是Snail1的作用	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的CAFs	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
447	2025-06-01	Prediction of Clinically Significant Prostate Cancer by a Specific Collagen-related Transcriptome, Proteome, and Urinome Signature 2025-Jun, European urology oncology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.euo.2024.05.014 PMID:38851995	研究论文	通过胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组特征预测临床显著性前列腺癌	研究发现胶原相关基因和蛋白质在前列腺癌中的差异表达，并建立了基于胶原的机器学习模型，其预测性能优于PSA和年龄，与mpMRI相当	研究的回顾性性质是一个限制	分析胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组变化以检测临床显著性前列腺癌	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习模型	转录组数据, 蛋白质组数据, 尿液组数据	转录组(n=1393), 蛋白质组(n=104), 尿液组(n=923)
448	2025-06-01	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	research paper	该研究揭示了表观遗传调节因子CBX5在肺纤维化中的作用，通过调控成纤维细胞的代谢重编程来抑制纤维化	首次发现CBX5在肺纤维化中通过调控代谢重编程维持成纤维细胞的持续激活状态	研究主要基于体外和动物模型，临床转化仍需进一步验证	探究表观遗传调控在肺纤维化发病机制中的作用	肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)组织	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组化、RNA测序分析	NA	基因表达数据、组织样本	NA
449	2025-06-01	Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study 2025-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01030-9 PMID:39714755	研究论文	通过整合生物信息学分析和临床队列研究，构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类系统	首次定义了44个与Treg状态相关的预后基因，并构建了RCC-TSC分类系统，揭示了高免疫浸润肾细胞癌亚型的预后和治疗意义	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证	探索调节性T细胞与肾细胞癌异质性的关系，并建立预后分类系统	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化染色	monocle2伪时间分析、多变量Cox比例风险回归分析	RNA-seq数据、临床数据	TCGA-KIRC队列的537个RNA-seq样本和新华队列的370例肾肿瘤患者
450	2025-06-01	ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy 2025-Jun, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001 PMID:40058167	research paper	本研究探讨了ENPP1在膀胱癌中的表达及其对肿瘤进展、凋亡和免疫微环境的影响	首次系统研究了ENPP1在膀胱癌中的作用机制，并发现其与免疫抑制、药物耐药性和不良预后的关联	样本量相对较小（36例患者），且主要基于体外细胞实验和生物信息学分析	探索ENPP1在膀胱癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌组织和细胞系	肿瘤学	膀胱癌	RT-qPCR、Western blotting、免疫组化、scRNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-BLCA和GEO数据集中的膀胱癌样本，以及36例本地临床膀胱癌患者样本
451	2025-06-01	Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis 2025-Jun, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.1197 PMID:40062629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肉芽肿性多血管炎(GPA)患者近端气道黏膜的细胞组成，揭示了GPA风险基因在免疫细胞中的定位及其独特的炎症T细胞亚群	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析GPA气道疾病的细胞组成，并发现GPA特有的CD4-/CD8-炎症T细胞亚群	研究样本量较小(n=9 GPA患者)，且为单中心研究	阐明GPA近端气道疾病的细胞组成和发病机制	肉芽肿性多血管炎(GPA)患者的近端气道黏膜组织	数字病理学	肉芽肿性多血管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Monocle 3(用于伪时间分析)	RNA测序数据	GPA患者9例，特发性声门下狭窄(iSGS)7例，插管后近端狭窄(PIPS)5例，对照10例
452	2025-06-01	Bioinformatics identification of shared signaling pathways and core targets linking Benzo[a]pyrene exposure to HCC progression 2025-06, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154129 PMID:40174762	研究论文	本研究通过生物信息学方法探索苯并[a]芘(BaP)在肝癌进展中的潜在分子机制	首次通过综合数据库分析和分子对接技术，识别了BaP与肝癌相关的核心靶点及其作用通路	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索环境污染物BaP在肝癌进展中的分子机制	苯并[a]芘(BaP)与肝癌的关联机制	生物信息学	肝癌	生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质互作数据	从多个数据库获取的数据，具体样本量未明确说明
453	2025-06-01	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Jun, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，发现NOTCH1突变可作为预测食管鳞状细胞癌患者使用tislelizumab治疗长期生存的潜在生物标志物	首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗的生存益处相关联，并通过单细胞RNA测序揭示了Notch1缺陷如何增强肿瘤微环境的免疫激活	研究样本来自特定的临床试验（RATIONALE-302），可能限制了结果的普遍适用性	探索和验证能够预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	genomic and transcriptomic data	RATIONALE-302研究中的样本
454	2025-06-01	Alterations in genomic features and the tumour immune microenvironment predict immunotherapy outcomes in advanced biliary tract cancer patients 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03011-7 PMID:40211026	研究论文	本研究构建了一个多维策略，用于预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	通过整合基因组特征、肿瘤免疫微环境和单细胞转录组数据，开发了一个新的预测模型（EM-CXCL10），其预测性能优于传统的肿瘤突变负荷（TMB）和突变评分	样本量较小（60例患者），且仅部分患者接受了基因测序和细胞因子检测	预测晚期胆道癌患者对免疫治疗的反应	晚期胆道癌患者	肿瘤免疫学	胆道癌	520基因面板测序、多重循环细胞因子检测、单细胞转录组测序	LASSO算法、Cox回归模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	60例晚期胆道癌患者（30例基因测序，50例细胞因子检测）
455	2025-06-01	Alternative splicing in autism spectrum disorder: Recent insights from mechanisms to therapy 2025-Jun, Asian journal of psychiatry IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.ajp.2025.104501 PMID:40273800	review	本文综述了自闭症谱系障碍(ASD)中可变剪接(AS)的最新研究进展，从机制到治疗	强调了异常剪接事件及其调节因子在ASD发病机制中的作用，并探讨了新兴技术在AS研究中的应用	NA	理解ASD中异常剪接的机制及其功能后果，以揭示该疾病的分子基础并促进治疗策略的开发	自闭症谱系障碍(ASD)中的可变剪接(AS)机制	自然语言处理	自闭症谱系障碍	长读长测序、单细胞测序、空间转录组学和CRISPR-Cas系统	NA	RNA数据	NA
456	2025-06-01	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal unique subpopulations of infiltrating macrophages and dendritic cells following AKI 2025-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00059.2025 PMID:40331777	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了急性肾损伤后浸润的巨噬细胞和树突状细胞的独特亚群	结合单细胞RNA测序、空间转录组学和CITE测序技术，首次全面描述了急性肾损伤后肾脏浸润巨噬细胞和树突状细胞的时空及转录特征	研究仅关注了缺血再灌注损伤模型，未涉及其他类型的肾损伤	阐明急性肾损伤后肾脏浸润免疫细胞的动态变化特征	肾脏浸润巨噬细胞(KIMs)和肾脏树突状细胞(KDCs)	单细胞组学	急性肾损伤	scRNAseq, 空间转录组学, CITE测序	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	NA
457	2025-06-01	Identification and regulation of EMT cells in vivo by laser stimulation 2025-Jun, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0268350 PMID:40438388	research paper	本研究通过激光刺激方法探究PLCG2在上皮-间质转化(EMT)细胞中的作用及其调控机制	首次使用飞秒激光扫描光刺激方法激活细胞内钙信号并诱导PLCG2上调，揭示了PLCG2在EMT调控中的直接作用	PLCG2抑制剂对转移性细胞无显著影响，其作用机制仍需进一步研究	探究PLCG2在上皮-间质转化(EMT)和肿瘤发展中的调控作用	前列腺癌PC3细胞及皮下肿瘤模型	肿瘤生物学	前列腺癌	飞秒激光扫描光刺激、单细胞RNA测序	皮下肿瘤模型	基因表达数据	NA
458	2025-06-01	Unravelling heart failure cellular signalling heterogeneity with spatial transcriptomics 2025-May-30, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf311 PMID:40444774	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
459	2025-06-01	DiSC: a Statistical Tool for Fast Differential Expression Analysis of Individual-level Single-cell RNA-seq Data 2025-May-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	研究论文	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征并联合测试它们与感兴趣变量的关联，使用灵活的置换测试框架控制假发现率，具有高统计功效和计算效率	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其稳健的测试框架也可应用于其他类型的单细胞数据	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据	NA
460	2025-06-01	An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation 2025-May-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024 PMID:40220755	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了拟南芥的单核转录组图谱，揭示了叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性协调机制	首次构建了拟南芥跨20个组织的百万级单核转录组图谱，开发了单细胞分辨率叶片衰老量化指标，系统性解析了碳氮分配模式	研究主要基于拟南芥模型，结论在其它植物中的普适性有待验证	解析植物叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性调控机制	拟南芥20个组织的1,000,000+细胞核	植物分子生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 加权基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据	超过100万个细胞核，覆盖20个组织多个发育阶段