单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-16	CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54354-3 PMID:39632829	research paper	该研究通过筛选小分子抑制剂库，发现CDK9是皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)生长的驱动因子，并揭示了CDK9通过招募E3连接酶HUWE1促进RARα降解的机制	发现CDK9在CTCL生长中的关键作用，并首次揭示CDK9通过HUWE1介导RARα降解的分子机制，提出CDK9-PROTAC与ATRA联合治疗的新策略	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探索CTCL的靶向治疗新方法	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA-seq、PROTAC技术	小鼠异种移植模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外细胞和小鼠模型
442	2025-05-16	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的集成平台，能够从同一单细胞中同时进行转录组和蛋白质组的全局分析	开发了nanoSPLITS技术，实现了单细胞水平上转录组和蛋白质组的并行测量，并能够将转录组数据映射到现有的大规模单细胞RNA测序参考数据库	NA	通过单细胞多组学技术深入了解基因调控网络、细胞多样性和时间动态	单细胞（包括人类胰岛原代细胞）	单细胞多组学	NA	RNA测序和质谱蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
443	2025-05-16	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	research paper	该研究通过果蝇FlyWire大脑连接组，绘制了动物昼夜节律时钟的全面连接图谱，揭示了额外的背侧时钟神经元和新的间接光输入路径	发现果蝇昼夜节律网络包含约240个神经元而非150个，揭示了广泛的网络内对侧突触连接和新的间接光输入路径，以及时钟调节下行神经元的路径	NA	理解多样化的节律性生理和行为如何被协调	果蝇昼夜节律时钟的突触连接组	神经科学	NA	FlyWire大脑连接组分析、单细胞转录组学、受体定位	NA	连接组数据、转录组数据	约240个神经元
444	2025-05-16	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率空间转录组学与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间生态位对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的生态位相互作用，这些相互作用控制着组织发育和稳态中的细胞状态变化，例如预测了库普弗细胞与邻近星状细胞之间的反馈机制	现有计算方法在捕捉同一生态位内个体细胞类型间串扰驱动的细胞状态变化方面能力有限	理解细胞状态在发育、稳态和疾病中的调控机制	小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏数据	生物信息学	NA	单细胞分辨率空间转录组学、单细胞RNA测序	NiCo	空间转录组数据、RNA测序数据	NA
445	2025-05-16	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统（IcNS）的分子、细胞和功能异质性	揭示了IcNS中神经元类型的多样性，并鉴定出具有类似中枢模式发生器网络中起搏/节律生成神经元特性的神经元亚群	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索心内神经系统的组织结构和功能，及其在心脏节律调控中的作用	斑马鱼心内神经系统（IcNS）	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	分子数据、细胞数据、功能数据	NA
446	2025-05-16	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-12-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究揭示了表观遗传调节因子PHF16在小鼠肠道上皮稳态恢复中的双重功能	发现PHF16通过HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化诱导RAR/RXR靶基因，同时通过CDC73的泛素化抑制YAP/TAZ活性，从而恢复肠道上皮稳态	研究仅限于小鼠模型，未在人类肠道组织中进行验证	探究PHF16在肠道上皮损伤后稳态恢复中的作用机制	小鼠肠道干细胞和再生干细胞	表观遗传学	肠道疾病	scRNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了Phf16小鼠和肠道类器官
447	2025-05-16	Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412120121 PMID:39541355	research paper	该研究探讨了Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导的I型干扰素反应网络增强抗肿瘤效果的机制	揭示了Th1细胞在肿瘤微环境中的分化轨迹及其通过IFN-γ上调IRF7促进I型干扰素反应网络的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索CD4 T细胞亚群在癌症免疫治疗中的作用机制	Th17来源的Th1细胞及其抗肿瘤反应	免疫学	实体恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
448	2025-05-16	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	研究胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态下DNA甲基化记忆对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在没有致癌基因突变的情况下，ADM过渡状态细胞如何通过DNA甲基化记忆影响Kras下游信号通路	研究主要关注ADM过渡状态，未涉及其他可能的致癌机制	探讨ADM过渡状态下DNA甲基化记忆对胰腺癌发生的影响	胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态细胞	癌症研究	胰腺导管腺癌（PDAC）	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及ADM细胞
449	2025-05-16	The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency 2024-10-08, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01610-0 PMID:39380002	研究论文	研究评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的治疗效果及其机制	首次评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的差异效果，并提出了针对KMT2Ar AML的新治疗策略	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	评估KAT6A靶向治疗策略对KAT6A和KMT2A重排AML的治疗潜力	KAT6A和KMT2A重排AML细胞系、小鼠模型及原代患者AML细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病(AML)	流式细胞术、集落形成实验、shRNA敲低、CRISPR敲除、bulk和单细胞RNA-seq、ChIP-seq	小鼠KAT6A遗传模型和KMT2A::MLLT3 AML模型	分子生物学数据、转录组数据	人类AML细胞系和原代患者AML细胞
450	2025-05-16	c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages 2024-09-12, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01605-x PMID:39267119	research paper	该研究报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬活性的功能性巨噬细胞的新方法	首次证明仅c-Myc单独表达就足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞，为抗癌免疫治疗提供了新的细胞来源	研究未涉及长期安全性和稳定性评估，且未在更多肿瘤模型中验证疗效	开发一种高效获取功能性巨噬细胞的新方法，用于抗癌免疫治疗	成纤维细胞和重编程后的巨噬细胞	细胞重编程	白血病、乳腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据	涉及白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型
451	2025-05-16	Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae098 PMID:40162103	研究论文	评估在FFPE乳腺组织中进行细胞类型反卷积的方法，并应用于良性乳腺疾病	构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据，测试了多种反卷积方法，并发现深度学习为基础的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最优	FFPE伪影显著影响了反卷积方法的性能，RMSE在0.04到0.17之间	优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略	乳腺组织，特别是良性乳腺疾病	数字病理学	乳腺疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	深度学习（Scaden）	RNA-seq数据	62例RNA-seq良性乳腺疾病队列
452	2025-05-16	Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications 2024-08-24, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01596-9 PMID:39182134	review	本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用	探讨了空间多组学技术在解决单细胞测序空间信息丢失问题上的创新，以及其在揭示空间异质性、构建空间图谱和解码肿瘤免疫学中的空间串扰方面的贡献	NA	回顾多组学技术的当前进展，特别是其在过去十年中的演变和精进，包括通量、分辨率、模态整合和准确性的提升	基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表观基因组的整合分析	生物信息学	癌症	空间多组学技术	NA	多组学数据	NA
453	2025-05-16	A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas 2024-08-20, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01598-7 PMID:39164791	research paper	该研究通过单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构图谱	揭示了骨肉瘤的细胞亚群特征、功能状态及其与化疗的关系，并发现了一个与化疗耐药相关的独特空间生态位	NA	深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为靶向治疗提供基础	人类骨肉瘤	digital pathology	osteosarcoma	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
454	2025-05-16	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-07-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动态和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接评估慢性HIV感染相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），可能影响结果的普遍性	研究免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴（PTMs）	病毒学	HIV/AIDS, COVID-19	单细胞RNA测序	非人灵长类动物模型	基因表达数据	两只SIV感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照
455	2025-05-16	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了慢性病毒感染中记忆B细胞的一个独特亚群，该亚群富含干扰素刺激基因，并探讨了干扰素受体阻断对记忆B细胞表观遗传和表型的影响	发现了慢性病毒感染中一个富含干扰素刺激基因的记忆B细胞新亚群，并证明早期干扰素受体阻断可以改变记忆B细胞的表观遗传特征和表型	研究显示感染4周后的记忆B细胞对干预措施具有抵抗性，暗示存在关键的时间窗口限制	探究慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中的差异	免疫学	慢性病毒感染	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
456	2025-05-16	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	提出了一种利用机器学习分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组协议	整合单细胞RNA测序数据，使用机器学习识别与免疫细胞浸润相关的基因，并探索这些基因在预后中的影响	未提及具体样本量或实验验证结果	分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组变化，寻找潜在药物靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	癌症	scRNA-seq, 微阵列, bulk RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
457	2025-05-16	Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development 2023-12-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012 PMID:37972593	研究论文	研究转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用	揭示了NFYa在调控心脏代谢和增殖中的节点作用，以及其与辅因子SP2在转录水平上激活相关基因的新机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究NFYa在胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控机制	小鼠胎儿心脏中的心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	空间转录组分析和单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
458	2025-05-16	Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695 PMID:37925632	研究论文	本文提出了一种从人类胃黏膜中分离印戒细胞的高活力悬浮液方案	提供了一种新的高活力印戒细胞悬浮液制备协议，适用于多种后续应用如免疫组化染色、流式细胞术和单细胞测序	未提及该方案在临床样本中的验证效果或适用范围	开发一种从胃黏膜组织中分离印戒细胞的标准化流程	人类胃黏膜组织中的印戒细胞	数字病理学	胃癌	免疫组化染色、流式细胞术、单细胞测序	NA	组织样本	未明确说明样本数量
459	2025-05-16	Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617 PMID:37742175	研究论文	提出一种将多个小鼠大脑切片合并到单个空间转录组学载玻片上的协议	通过将不同大脑的海马区冷冻切片合并成单个冷冻块，减少了所需试剂的数量	NA	提高空间转录组学分析的样本处理效率并降低成本	小鼠大脑海马区切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间标记	多个小鼠大脑切片
460	2025-05-16	Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686 PMID:37925636	研究论文	本文提出了一种从全层肠道组织切除中分离单细胞的方案，用于单细胞RNA测序	开发了一种从全层肠道组织中分离单细胞的详细方案，包括预处理标本、分离固有层和肌肉层、红细胞裂解等步骤	未提及该方案的适用性限制或潜在问题	开发一种从全层肠道组织中分离单细胞的标准化方案	全层肠道组织切除样本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序, 10× Chromium平台	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量