单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-01	LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390 PMID:39755314	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA和批量RNA测序数据集，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征，并探讨了MEG3在RA加重和逆转中的作用及机制	首次揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在RA滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨RA的发病机制及潜在治疗靶点	RA滑膜组织和滑膜成纤维细胞	分子生物学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
442	2025-05-01	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文回顾了关于小胶质细胞在阿尔茨海默病(AD)病理中反应的研究，特别是通过多种'组学'技术在小鼠模型中的应用	综合分析了多种'组学'技术在小胶质细胞表型和分子模式研究中的应用，为AD病理机制提供了新的见解	主要基于小鼠模型研究，可能无法完全反映人类AD的复杂性	阐明小胶质细胞在AD发病机制中的作用	小胶质细胞在AD中的反应	神经科学	阿尔茨海默病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学	小鼠AD模型	组学数据	NA
443	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects 2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002 PMID:39778630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢癌研究中的应用、进展及未来前景	填补了现有研究中缺乏对多篇利用scRNA-seq技术研究卵巢癌的文献进行综合比较和总结的空白	讨论了scRNA-seq在卵巢癌研究中的局限性及未来发展方向	总结和比较不同研究中使用scRNA-seq技术探索卵巢癌发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的结果	卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
444	2025-05-01	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-03, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	研究论文	本研究通过整合分析揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的新特征及其在系统性风湿病中的致病作用	首次通过单细胞RNA测序和CyTOF技术全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并揭示了其在系统性风湿病中的参与机制	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证AMB的具体功能机制	阐明AMB的生物学特征及其在系统性风湿病中的作用	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮（SLE）、类风湿关节炎（RA）和干燥综合征（SjS）患者中的变化	免疫学	系统性风湿病（包括SLE、RA和SjS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CyTOF技术、生物信息学分析	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及SLE、RA和SjS患者的血液和组织样本
445	2025-05-01	Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies 2025-Mar, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00390-4 PMID:39991096	研究论文	本研究利用多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌中的预后作用，并开发了一个预测模型以支持个性化治疗策略	首次整合多组学数据和机器学习算法，开发了Scissor+相关B细胞评分（SRBS），用于预测肺腺癌患者的预后和个性化治疗反应	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行验证，且实验验证部分仅限于LDHA基因	探索B细胞在肺腺癌预后中的作用，并开发个性化治疗策略	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的B细胞	数字病理学	肺腺癌	多组学分析（包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA和空间转录组测序）和机器学习	多种机器学习算法的集成模型	多组学数据（RNA-seq、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组）	训练集和验证集中的肺腺癌患者样本（具体数量未明确说明）
446	2025-05-01	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本研究描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，探讨了R396Q突变对正常造血功能的破坏作用	首次建立了与GATA2缺陷相关白血病进展的Gata2突变小鼠模型，揭示了该突变在造血干细胞功能和亚群分布上的特异性影响	研究仅针对R396Q这一特定突变，可能无法完全代表所有GATA2缺陷的病理机制	探究GATA2缺陷导致白血病转化的分子机制	Gata2 R396Q突变小鼠模型	血液病学	白血病	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用突变小鼠模型进行研究
447	2025-05-01	Droplet microfluidics: unveiling the hidden complexity of the human microbiome 2025-Feb-25, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00877d PMID:39775305	综述	本文综述了微滴微流控技术在人类微生物组研究中的应用及其潜力	强调了微滴微流控技术在单细胞测序、不可培养微生物的分离与培养以及微生物活动与相互作用研究中的关键作用	未具体提及该技术的局限性	探讨微滴微流控技术在微生物组研究中的应用及其对健康和疾病理解的潜在影响	人类微生物组	微生物组学	NA	微滴微流控技术、单细胞测序技术、基因组和RNA测序	NA	微生物组数据	NA
448	2025-05-01	Spatial proteomics reveals sirtuin 1 to be a determinant of T-cell infiltration in human melanoma 2025-Feb-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae433 PMID:39739311	research paper	该研究通过空间蛋白质组学技术揭示了SIRT1在人类黑色素瘤中作为T细胞浸润的决定因素	结合多种技术手段（显微镜、质谱成像、液相色谱-质谱联用及计算数据挖掘）首次系统解析了黑色素瘤中T细胞浸润区的蛋白质组特征，并发现SIRT1的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床样本验证仍需进一步开展	揭示免疫检查点抑制剂治疗反应的肿瘤微环境调控机制	人类黑色素瘤组织样本及小鼠黑色素瘤模型	digital pathology	melanoma	显微镜技术、MALDI质谱成像、LC-MS、单细胞RNA测序	小鼠同源移植模型	蛋白质组数据、转录组数据、影像数据	未明确说明人类样本量，使用两种小鼠黑色素瘤模型
449	2025-05-01	PTN secreted by cardiac fibroblasts promotes myocardial fibrosis and inflammation of pressure overload-induced hypertrophic cardiomyopathy through the PTN-SDC4 pathway 2025-Feb-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123356 PMID:39765325	研究论文	探讨心脏成纤维细胞分泌的PTN通过PTN-SDC4通路促进压力超负荷诱导的肥厚型心肌病的心肌纤维化和炎症	揭示了PTN-SDC4通路在压力超负荷诱导的肥厚型心肌病中的作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索肥厚型心肌病中心脏成纤维细胞和巨噬细胞之间的细胞间通讯网络	肥厚型心肌病小鼠模型	心血管疾病研究	肥厚型心肌病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Edu染色、transwell实验、western blot、免疫荧光实验、CCK-8、H&E染色、超声心动图	TAC小鼠模型	RNA-seq数据	GSE137167数据集中的单细胞RNA测序数据
450	2025-05-01	SPP1-mediated M2 macrophage polarization shapes the tumor microenvironment and enhances prognosis and immunotherapy guidance in nasopharyngeal carcinoma 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113944 PMID:39742726	研究论文	本研究探讨了SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用，并建立了一个基于机器学习的SPP1驱动的M2巨噬细胞特征来预测患者预后	揭示了SPP1在鼻咽癌中通过CD44/JAK2/STAT3信号通路促进M2巨噬细胞极化的机制，并建立了首个SPP1相关的M2巨噬细胞特征模型	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步临床验证	阐明SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用机制并开发预后预测工具	鼻咽癌患者样本和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习	机器学习框架	转录组数据、单细胞数据	福建肿瘤医院鼻咽癌队列、GEO数据库数据集和单细胞RNA测序数据集
451	2025-05-01	Unveiling the role of ACTL6A in uveal melanoma metastasis and immune microenvironment 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113841 PMID:39746274	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨ACTL6A在葡萄膜黑色素瘤（UM）转移和免疫微环境中的作用及其临床价值	发现ACTL6A下调与UM预后不良相关，并鉴定出一种新型免疫细胞簇与UM转移相关	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	预测和评估ACTL6A在UM预后和发展中的可能机制和临床价值	葡萄膜黑色素瘤（UM）	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq、QUANTISEQ、MCP-counter	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和8个GSE数据库的数据
452	2025-05-01	Shared chemoresistance genes in ESCC and cervical Cancer: Insights from pharmacogenomics and Mendelian randomization 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113933 PMID:39755112	研究论文	通过药物基因组学和孟德尔随机化方法，研究食管鳞状细胞癌和宫颈癌中共有的化疗耐药基因	利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，首次发现CD8+T效应记忆细胞在两种癌症化疗耐药中的关键作用，并鉴定出三个与耐药相关的基因	研究主要基于遗传学分析，需要进一步的实验验证这些基因在临床治疗中的具体作用机制	探索食管鳞状细胞癌和宫颈癌中共有的化疗耐药机制	食管鳞状细胞癌(ESCC)和宫颈癌患者	药物基因组学	食管鳞状细胞癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), MTT实验, 免疫组化	Wald比率法, 逆方差加权法, MR-Egger, 加权中位数分析	基因表达数据, 基因组关联研究数据	多个队列的耐药样本
453	2025-05-01	Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma 2025-Feb, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101119 PMID:39733690	研究论文	比较中枢神经系统内外大B细胞淋巴瘤在转录和遗传特征上的差异	通过单细胞RNA测序和全外显子测序，揭示了PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群和突变特征，以及免疫抑制性肿瘤微环境	样本量相对较小（93例患者），且未涉及功能实验验证发现的分子机制	探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点	PCNS-DLBCL、SCNS-DLBCL和ecDLBCL患者的肿瘤样本	肿瘤基因组学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	转录组数据、基因组数据	93例患者肿瘤样本
454	2025-05-01	KLF2-dependent transcriptional regulation safeguards the heart against pathological hypertrophy 2025-Feb, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.12.010 PMID:39733990	research paper	该研究揭示了转录因子KLF2在心肌细胞生物学中的保护作用，特别是在心脏肥大过程中的负调控作用	首次证明KLF2作为心脏肥大的负调控因子，并揭示了辛伐他汀通过提升KLF2表达缓解心肌细胞肥大的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外心肌细胞模型，人类心脏肥大的直接证据尚需进一步研究	探索KLF2在心肌细胞生物学中的作用及其在心脏肥大中的调控机制	成年人类心脏心肌细胞、C57BL/6J小鼠、新生大鼠心室肌细胞和人胚胎干细胞衍生的心肌细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、RNA-seq、CUT&Tag分析	NA	RNA测序数据、基因表达数据	多种心肌细胞模型及小鼠模型
455	2025-05-01	Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150 PMID:39736395	研究论文	开发了一种名为'IHC/LCM-Seq'的空间转录组学方法，用于免疫组化检测的神经元	使用铝试剂和聚乙烯磺酸作为创新的RNA保存策略，保持RNA在4%甲醛固定脑切片中的完整性	NA	开发一种高灵敏度和准确性的批量测序方法，用于表征免疫组化标记神经元的转录组景观	免疫组化检测的神经元，特别是调节生殖的促性腺激素释放激素（GnRH）神经元	空间转录组学	NA	激光捕获显微切割（LCM），NextSeq Illumina平台测序	NA	RNA测序数据	成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元
456	2025-05-01	Sex-dependent molecular landscape of Alzheimer's disease revealed by large-scale single-cell transcriptomics 2025-Feb, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14476 PMID:39737748	研究论文	通过大规模单细胞转录组学揭示阿尔茨海默病的性别依赖性分子特征	揭示了阿尔茨海默病中性别特异的基因表达模式、通路改变和细胞间通讯变化，强调了性别特异性研究的重要性	研究仅关注了前额叶皮层，未涵盖其他脑区	探究阿尔茨海默病中性别差异的分子机制	人类前额叶皮层的单细胞转录组数据	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大规模样本（具体数量未提及）
457	2025-05-01	Aldehyde Dehydrogenase 2 Lactylation Aggravates Mitochondrial Dysfunction by Disrupting PHB2 Mediated Mitophagy in Acute Kidney Injury 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411943 PMID:39737891	研究论文	本文研究了醛脱氢酶2（ALDH2）乳酰化在急性肾损伤（AKI）中通过破坏PHB2介导的线粒体自噬加重线粒体功能障碍的机制	首次揭示了ALDH2乳酰化在AKI中的作用机制，并提出了通过上调SIRT3调节ALDH2乳酰化作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和HK-2细胞系，尚未在更广泛的临床样本中验证	探究ALDH2乳酰化在AKI中的作用及其分子机制	AKI患者和小鼠的肾组织、HK-2细胞系	分子生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序、免疫沉淀-质谱分析	NA	分子生物学数据	AKI患者和小鼠的肾组织样本、HK-2细胞系
458	2025-05-01	Inhibition of CDH11 Activates cGAS-STING by Stimulating Branched Chain Amino Acid Catabolism and Mitigates Lung Metastasis of Adenoid Cystic Carcinoma 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408751 PMID:39739317	research paper	该研究揭示了CDH11通过干扰支链氨基酸代谢促进腺样囊性癌肺转移的机制，并发现塞来昔布及其衍生物作为CDH11抑制剂可激活cGAS-STING通路抑制肺转移	首次发现CDH11通过调控支链氨基酸代谢影响腺样囊性癌肺转移，并验证塞来昔布作为CDH11抑制剂的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究腺样囊性癌肺转移的分子机制并开发靶向治疗方案	唾液腺腺样囊性癌(SACC)及其肺转移灶	肿瘤学	腺样囊性癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NOD-SCID小鼠模型	基因表达数据、体内实验数据	未明确说明样本数量（含体外细胞实验和NOD-SCID小鼠模型）
459	2025-05-01	A Distinguished Roadmap of Fibroblast Senescence in Predicting Immunotherapy Response and Prognosis Across Human Cancers 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406624 PMID:39739618	research paper	该研究通过全面的泛癌单细胞RNA测序分析，揭示了成纤维细胞在肿瘤相关细胞群中表现出最显著的细胞衰老水平，并开发了一种与促肿瘤信号通路和免疫失调相关的成纤维细胞衰老转录组特征（FSS）	开发了FSS特征，利用机器学习框架在预测免疫检查点抑制剂（ICI）反应和生存结果方面表现出卓越的准确性，并发现CDC6作为泛癌ICI反应和预后分层的关键生物标志物	虽然研究结果具有潜在转化价值，但临床验证仍不明确	探索细胞衰老与肿瘤对免疫检查点抑制剂抵抗之间的关系，并开发预测模型	泛癌中的成纤维细胞和肿瘤微环境	digital pathology	human cancers	scRNA-seq, CRISPR/Cas9	machine learning (ML)	RNA-seq data	多个验证、测试和内部队列
460	2025-05-01	Tertiary Lymphoid Structures are Linked to Enhanced Antitumor Immunity and Better Prognosis in Muscle-Invasive Bladder Cancer 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410998 PMID:39739621	研究论文	本研究探讨了三淋巴结构（TLS）在肌层浸润性膀胱癌（MIBC）中的预后价值及其免疫机制	首次在MIBC中系统研究TLS与预后的关联，揭示CXCL13-CXCR5轴驱动TLS形成的机制，并开发了TLS特异性基因标志物	样本来源和数量未明确说明，机制研究主要基于观察性数据	阐明TLS在MIBC中的免疫调节作用和临床预后价值	肌层浸润性膀胱癌患者样本	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、免疫组化	NA	多组学数据（转录组、空间转录组、蛋白质组）	未明确说明