单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-09-11	ZEB1 promotes chemo-immune resistance in pancreatic cancer models by downregulating chromatin acetylation of CXCL16 2025-Sep-09, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI195970 PMID:40924501	研究论文	本研究揭示转录因子ZEB1通过下调CXCL16的染色质乙酰化驱动胰腺癌化疗免疫抵抗	首次发现ZEB1通过表观遗传机制调控CXCL16表达，并揭示其通过招募GZMA+CD8+ T细胞和减少SPP1分泌双重机制影响免疫微环境	研究主要基于临床前模型（类器官、异种移植等），人类临床应用效果仍需验证	探究胰腺癌化疗免疫抵抗的表观遗传调控机制	胰腺癌模型（包括患者来源类器官、异种移植模型和原位模型）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学、表观遗传学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	患者来源模型（具体数量未明确说明）
442	2025-09-11	Tumor microenvironment differences between diagnostic and relapsed classic Hodgkin lymphoma revealed by scRNA-seq 2025-Sep-09, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2025017107 PMID:40924921	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示经典霍奇金淋巴瘤诊断与复发阶段肿瘤微环境的差异，特别是早期复发中幼稚B细胞的作用	首次发现早期复发CHL中富含表达免疫抑制基因LGALS9的幼稚B细胞，并揭示其与Tregs的相互作用在免疫抑制微环境形成中的关键作用	样本量有限，需进一步验证功能性机制	探究经典霍奇金淋巴瘤复发过程中肿瘤微环境的变化机制	配对的诊断和复发经典霍奇金淋巴瘤样本	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	scRNA-seq, 成像质谱流式技术, 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据	配对诊断与复发样本（具体数量未明确说明），含独立验证队列
443	2025-09-11	Type 1 regulatory cells suppress T-cell cytotoxicity to alleviate liver injury during acute hepatitis B virus infection in mice 2025-Sep-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf229 PMID:40925590	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示1型调节性细胞（Tr1）在急性HBV感染中通过调节T细胞毒性减轻肝脏免疫病理损伤的作用机制	首次发现Tr1细胞通过IL-10依赖机制抑制T细胞毒性，在清除病毒的同时保护肝脏免受免疫损伤	研究基于小鼠模型，人体适用性需进一步验证	阐明急性HBV感染期间调节T细胞反应以避免免疫病理损伤的机制	HBV感染小鼠模型的肝脏免疫细胞	免疫学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞因子中和实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HBV感染小鼠模型（具体数量未明确说明）
444	2025-09-11	Cancer-associated fibroblast marker signatures and stromal composition in usual interstitial pneumonia-associated lung adenocarcinoma: an analysis using a proteomic-immunohistochemical approach 2025-Sep-09, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04254-8 PMID:40926109	研究论文	本研究通过蛋白质组学和免疫组化方法分析UIP相关肺腺癌的癌症相关成纤维细胞标志物和基质组成	首次在UIP相关肺腺癌中发现ACAN和HAPLN1等新型基质蛋白的表达特征，并结合单细胞RNA测序数据进行验证	样本量较小（仅32例），且为回顾性研究	表征UIP相关肺腺癌的肿瘤微环境特征，重点关注癌症相关成纤维细胞和基质组成	肺腺癌患者组织样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）	数字病理学	肺癌	免疫组化、蛋白质组学分析、激光显微切割、单细胞RNA测序	NA	组织图像、蛋白质组数据、RNA测序数据	32例肺腺癌样本（16例伴UIP，16例不伴UIP）
445	2025-09-11	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Sep-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	本研究通过跨物种空间多组学分析，揭示了IPMN相关胰腺癌中长链硫酸酯富集作为可操作的代谢脆弱性	首次发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮选择性富集，并证明UGT8抑制可通过神经酰胺介导的线粒体自噬和凋亡通路发挥抗癌作用	样本量较小（n=23），主要依赖小鼠模型验证机制，临床转化潜力需进一步评估	揭示IPMN恶性进展为胰腺导管腺癌（PDAC）的生化与分子驱动机制	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢研究	胰腺癌	MALDI质谱成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9、siRNA、药理学抑制	NA	空间代谢组数据、空间转录组数据、功能实验数据	23例人类组织样本及小鼠模型组织
446	2025-09-11	Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer 2025-Sep-08, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010 PMID:40925179	研究论文	整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术，研究土壤污染物通过关键分子靶点DNMT1和mTOR影响前列腺癌的机制	首次结合网络毒理学、101种机器学习算法和单细胞测序，系统揭示土壤污染物与前列腺癌的分子关联	研究主要基于计算和数据库分析，实验验证部分有限	探究土壤污染物促进前列腺癌发展的分子机制	前列腺癌（PRAD）及相关分子靶点	生物信息学	前列腺癌	网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习	多种机器学习算法（未指定具体模型）	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞表达数据	分析10种土壤污染物，识别242个潜在靶点和26个风险分子
447	2025-09-11	The ferroptosis-associated gene TIMP1 facilitates skin scar formation through the interaction with CST3 in fibroblasts 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115496 PMID:40925202	研究论文	本研究揭示铁死亡相关基因TIMP1通过与CST3相互作用促进皮肤瘢痕形成的分子机制	首次发现TIMP1通过调控铁死亡过程促进成纤维细胞分化，并构建了'成纤维细胞-巨噬细胞'双向调控网络	NA	探究皮肤瘢痕形成的调控机制并寻找潜在治疗靶点	人皮肤成纤维细胞和巨噬细胞	分子生物学	皮肤瘢痕	Bulk-RNA seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外共培养实验	NA	RNA测序数据, 细胞实验数据	NA
448	2025-09-11	Repurposing zafirlukast confers renal protection in ischemia-reperfusion injury via suppressing macrophage METosis 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115459 PMID:40925201	研究论文	本研究重新利用哮喘药物zafirlukast（ZFK）在小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型中显示肾脏保护作用，通过抑制巨噬细胞METosis机制	首次证明ZFK通过靶向抑制巨噬细胞胞外诱捕网形成（METosis）来保护肾脏免受缺血再灌注损伤，并揭示其通过CysLT1R拮抗作用下调PAD4和CitH3表达的新机制	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证；未详细探讨长期用药安全性	开发更安全的移植后急性肾损伤治疗药物，替代具有肾毒性的他克莫司	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型，巨噬细胞	肾脏病学	急性肾损伤	RNA测序，免疫荧光，流式细胞术，单细胞转录组学	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明），Tabula Muris和人类数据库单细胞数据
449	2025-09-11	TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples 2025-Sep-08, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101394 PMID:40925368	研究论文	提出一种自监督卷积神经网络TissueMosaic，用于从空间转录组数据中识别组织架构模式并关联基因表达	通过自监督学习发现组织架构模式，并创新性地将其与基因表达关联，提升空间差异表达分析的信噪比	NA	开发计算方法来链接细胞状态与微环境，并跨样本比较这些关系	多样本空间转录组数据集	数字病理学	NA	空间转录组学	CNN	空间基因表达数据	NA
450	2025-09-11	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中通过促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化来调控骨再生的机制	首次揭示Piezo1在骨感染微环境中介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞间串扰的新作用机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和骨再生障碍的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠模型、人类骨组织样本及小鼠细胞系
451	2025-09-11	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及其在恶性胶质瘤免疫治疗中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬胶质瘤细胞的巨噬细胞存在转录异质性，并发现联合治疗可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证	阐明放疗与CD47阻断联合治疗对巨噬细胞吞噬功能和激活状态的调控机制	人源和小鼠胶质瘤细胞系、外周血单核细胞来源及骨髓来源巨噬细胞	肿瘤免疫学	恶性胶质瘤（包括弥漫中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位移植和同系小鼠模型	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	多个人源和小鼠胶质瘤细胞系，以及小鼠模型（具体数量未明确说明）
452	2025-09-11	Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response 2025-Sep-05, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733 PMID:40914542	研究论文	本研究通过机器学习构建了一个基于肠胶质细胞相关基因的预后模型，用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应	首次整合肠胶质细胞(EGC)和结直肠癌相关基因表达，利用随机森林算法构建预后模型，并揭示其与免疫微环境和治疗反应的关联	需要进一步验证才能应用于临床	开发和验证一个预后模型来预测结直肠癌患者的生存、复发、转移和治疗反应	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	RSF随机森林	基因表达数据	NA
453	2025-09-11	Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids 2025-Sep-02, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109763 PMID:40914107	研究论文	使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质（PFAS）对肝脏健康的影响	首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中结合单细胞RNA测序和脂质染色，揭示PFAS的化合物和性别特异性肝毒性机制	研究仅使用体外模型，未进行体内验证；浓度固定为20µM，可能无法反映真实环境暴露水平	阐明不同PFAS化合物导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制	多供体人类肝脏球体模型（包含多种细胞类型）	毒理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脂质染色	NA	基因表达数据、成像数据	多供体人类肝脏球体（具体数量未明确说明）
454	2025-09-11	Single-cell analysis of Barrett's esophagus and carcinoma reveals cell types conferring risk via genetic predisposition 2025-Sep-02, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100980 PMID:40925382	研究论文	通过单细胞RNA测序分析巴雷特食管和食管腺癌，揭示遗传易感性相关的风险细胞类型	首次整合单细胞RNA测序与全基因组关联数据，识别特定细胞类型及过程在疾病发展中的作用	NA	确定巴雷特食管和食管腺癌的细胞类型特异性遗传风险及相关细胞过程	巴雷特食管、食管腺癌及配对正常组织	单细胞组学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
455	2025-09-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Sep, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能表现	首次系统评估MGI Tech平台在异质性癌症样本单细胞RNA测序中的应用效果	仅基于三个癌症样本进行分析，样本规模有限	验证不同测序平台对单细胞转录组分析结果的影响	人类癌症样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	三个人类癌症样本
456	2025-09-11	Genetics of Congenital Heart Disease: A Narrative Review of Challenges and Strategies in Identifying Novel Genes 2025-Sep, Cureus DOI:10.7759/cureus.91674 PMID:40917916	综述	本文概述了先天性心脏病遗传学研究的进展，重点讨论了新技术在识别新基因及临床转化中的应用与挑战	整合了下一代测序、表观遗传修饰及iPSC等前沿技术，提出多学科协作推动基因组数据向临床个性化诊疗转化的策略	未涉及具体实验数据验证，主要基于文献综述，缺乏原创性研究支撑	探讨先天性心脏病遗传机制，促进基因组发现向临床风险预测和治疗指导的转化	先天性心脏病患者及其遗传变异	基因组学	先天性心脏病	NGS, 单细胞测序, iPSC技术	NA	基因组数据	NA
457	2025-09-11	Inherent single-cell heterogeneity of the transcriptional response to hypoxia in cancer cells 2025-Sep, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaf021 PMID:40918648	研究论文	本研究探讨了癌细胞在缺氧条件下转录反应的固有单细胞异质性，特别是HIF通路的响应差异	首次在相同培养条件下揭示癌细胞HIF反应的固有单细胞异质性，发现HIF-2靶基因mRNA的异质性尤为显著且独立于克隆变异	研究主要基于体外细胞系实验，未涉及体内肿瘤微环境的复杂性	阐明癌细胞在缺氧条件下转录反应的单细胞水平异质性及其机制	非克隆细胞系和多克隆衍生物，包括HIF-1α或HIF-2α敲除细胞	癌症生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因敲除技术	NA	单细胞转录组数据	多个非克隆细胞系和克隆衍生物（具体数量未明确说明）
458	2025-09-11	Less is more: improving cell-type identification with augmentation-free single-cell RNA-Seq contrastive learning 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf437 PMID:40794574	研究论文	提出一种无需数据增强的单细胞RNA测序对比学习算法AF-RCL，用于提升细胞类型识别性能	简化传统数据增强操作并采用新型对比学习损失函数，实现无需增强的对比学习框架	NA	改进单细胞RNA测序中的细胞类型识别任务	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, 对比学习	对比学习模型	基因表达数据	NA
459	2025-09-11	Mitigation of multi-scale biases in cell-type deconvolution for spatially resolved transcriptomics using HarmoDecon 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf451 PMID:40796171	研究论文	提出一种名为HarmoDecon的半监督深度学习模型，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积，以缓解多尺度偏差	首次同时解决细胞类型反卷积在spot级别、样本级别和跨平台数据分布偏移三个尺度的偏差问题	NA	开发高精度的空间细胞类型反卷积方法，提升空间转录组数据分析质量	空间转录组数据点（spots）和单细胞RNA测序参考数据	空间转录组学	乳腺癌	scRNA-seq, SRT（空间分辨转录组学）	半监督深度学习，高斯混合图卷积网络	基因表达数据，空间转录组数据	使用STARmap、osmFISH和10x Visium数据集进行验证，包括人类乳腺癌样本
460	2025-09-11	Unveiling the role of STAT1-activated macrophages in abdominal aortic aneurysm: Insights from scRNA-seq and prognostic signature development 2025-Sep, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107528 PMID:40803394	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示STAT1激活的巨噬细胞在腹主动脉瘤中的作用，并开发预后基因标记	首次发现STAT1通路介导M1和M2巨噬细胞间增强的细胞通讯，并构建了十个基因的炎症标记用于AAA预后预测	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分	探究腹主动脉瘤发病机制并开发预后预测工具	腹主动脉瘤小鼠模型和健康对照	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, Western blotting, real-time PCR	NA	单细胞RNA测序数据	三个AAA小鼠模型和两个健康对照