单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-11	Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences 2025-May-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02013-z PMID:40336141	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中不同细胞类型和性别的转录组变化，揭示了tauopathy中性别特异性和年龄依赖性的分子机制	首次在THY-Tau22小鼠模型中系统研究了性别特异性和性别二态性转录组变化，并揭示了这些变化在年龄增长过程中的演变规律	研究仅基于小鼠模型，虽然与人类AD数据进行了比较，但仍需进一步验证这些发现在人类中的适用性	理解AD相关tauopathy中性别特异性和性别二态性转录组变化的细胞类型特异性和年龄依赖性	THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	THY-Tau22小鼠模型	转录组数据	17月龄和7月龄的THY-Tau22和野生型小鼠皮质组织
442	2025-05-11	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出了一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过四个主要计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和去卷积）推算单细胞基因表达轨迹，为研究异质性刺激响应提供新工具	未提及方法在特定数据集上的性能限制或适用范围限制	开发从破坏性单细胞测序数据中重建基因表达动态变化轨迹的计算方法	时间序列单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	NA
443	2025-05-11	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-May-07, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在小胶质细胞介导的神经炎症和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Plxdc2在缺血性脑损伤中小胶质细胞功能调节的作用	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV过表达, 慢病毒干扰	NA	基因表达数据	NA
444	2025-05-11	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	研究论文	研究NOTCH2信号在软骨细胞中对炎症反应和骨关节炎发病机制的影响	揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞转录组和细胞群体，影响炎症反应和骨关节炎相关基因的表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究NOTCH2信号如何改变软骨细胞的转录组和细胞群体	小鼠的软骨细胞，特别是带有NOTCH2功能获得性突变的细胞	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因表达数据	两种功能获得性小鼠模型的软骨细胞
445	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-May-07, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）研究中揭示细胞异质性的重要发现	利用scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验设计和样本量的详细分析	探讨scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化研究中的应用及其对疾病机制的深入理解	非疾病和动脉粥样硬化主动脉中的主要细胞群体及其异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	小鼠和人体组织
446	2025-05-11	Piezo1 Regulates Fibrocartilage Stem Cell in Cartilage Growth and Osteoarthritis 2025-May-07, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	研究论文	研究Piezo1在软骨生长和骨关节炎中对纤维软骨干细胞的调节作用	揭示了Piezo1作为机械敏感离子通道在颞下颌关节发育和骨关节炎中的关键作用，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和转化仍需进一步验证	探究Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的功能	人类颞下颌关节样本和小鼠模型	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 条件性敲除小鼠模型, 组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件性敲除小鼠	基因表达数据, 组织学图像	人类颞下颌关节样本和小鼠模型（具体数量未提及）
447	2025-05-11	Decoding the Resistin-CAP1 Pathway in Intermediate Monocytes Mediating Liver Allograft Rejection 2025-May-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组技术，揭示了中间单核细胞通过Resistin-CAP1通路在肝移植排斥反应中的关键作用	首次应用空间转录组学分析肝移植中的免疫细胞空间分布，并发现中间单核细胞通过Resistin-CAP1信号轴在T细胞介导的急性排斥反应中的关键作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肝移植排斥反应的新免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	肝移植排斥反应	单细胞RNA测序, 空间转录组, 流式细胞术, 纳米金技术	动物模型(大鼠)	基因表达数据, 空间分布数据	24个大鼠移植肝脏和PBMCs样本
448	2025-05-11	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-May-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	research paper	该研究通过空间转录组学技术，对Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎进行了详细的空间分析，并构建了3D模型，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次对CS9人类胚胎进行空间转录组学分析，构建了3D模型，并识别了多种细胞类型及发育轨迹，包括后脑发育的两条不同路径、中脑-后脑边界的峡部组织者等	研究仅基于一个CS9胚胎的75个横断面，样本量较小，可能无法完全代表所有CS9胚胎的多样性	研究早期人类胚胎发育过程中的转录组和空间复杂性，以理解身体计划的形成	Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个CS9人类胚胎的75个横断面
449	2025-05-11	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-May-02, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，揭示了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次结合单细胞转录组学和代谢组学技术，系统研究了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征和功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型的验证	探索ASRGL1在鼻咽癌发生发展中的分子机制及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1和公开数据集GSE150430	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430和C666-1细胞系
450	2025-05-11	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-May-02, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	通过空间免疫分析和多组学分析，研究人类和小鼠肺腺癌前体的免疫微环境变化，提出TIM-3作为潜在干预靶点	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了其在早期干预中的潜在作用	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅涉及5种	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及前体组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析	小鼠模型	空间免疫数据、转录组数据	114例人类肺腺癌及前体样本，5种小鼠模型
451	2025-05-11	Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach 2025-May, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412 PMID:39993547	研究论文	通过多组学方法探索肠道微生物群、免疫细胞与骨质疏松症之间的因果关系	整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了肠道微生物群通过免疫细胞调节影响骨质疏松症的新机制	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的实验验证	探索骨质疏松症的分子机制，寻找新的治疗靶点	肠道微生物群、免疫细胞和骨质疏松症	生物信息学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank和芬兰队列的数据
452	2025-05-11	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究抗体介导的排斥反应中肾小球中心的分子特征	首次在抗体介导的排斥反应中实现肾小球特异性转录组的空间定位，并揭示足细胞在急性排斥反应中的脆弱性	研究仅基于单个患者的样本，结果需要更大样本量验证	探究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检组织	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	来自1名患者的4个活检样本（治疗前、治疗中和治疗后）
453	2025-05-11	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	research paper	本文提出了一种名为ScPace的新型时间戳校准模型，用于处理带噪声标记的时间序列单细胞RNA测序数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的去噪样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	开发一种有效的时间戳校准方法，以提高时间序列单细胞RNA测序数据分析的准确性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ScPace	基因表达数据	模拟和真实时间序列单细胞RNA测序数据集
454	2025-05-11	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-05, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究FMDV感染对小鼠记忆免疫反应的影响	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析FMDV感染对小鼠T和B细胞亚群的影响，揭示了FMDV通过影响Fos相关基因来调控记忆细胞功能的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠脾脏细胞
455	2025-05-11	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统综述了类器官技术在精准医学中的应用，从实验室研究到临床实践的转化过程	强调了类器官技术在个性化医疗中的多面应用，包括药物效力和毒性筛选、疾病发病机制研究以及患者定制诊断	存在标准化、血管化和伦理问题等挑战	推动精准医学的发展，从分子层面到患者特异性治疗	类器官技术及其在精准医学中的应用	生物技术	肿瘤	3D培养系统、CRISPR功能筛选	NA	NA	NA
456	2025-05-11	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性地分析敲除小鼠品系的眼部表型，识别出与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	发现了12个与角膜生物学相关的新基因，这些基因可能成为治疗人类角膜疾病的潜在靶点	研究结果基于小鼠模型，需要在人类中进行进一步验证	探究导致小鼠晚期角膜营养不良的基因，并评估其在人类角膜疾病中的潜在作用	8901个敲除小鼠品系的数据，重点关注49周龄以上的小鼠	遗传学	角膜营养不良	基因敲除、单细胞转录组学、蛋白互作分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	8901个敲除小鼠品系
457	2025-05-11	Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy 2025-Apr-28, Journal of cardiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.jjcc.2025.04.008 PMID:40306461	研究论文	本研究结合转录组学和孟德尔随机化分析，探索线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因（MPTDN-RGs）与肥厚型心肌病（HCM）的关联	首次通过结合转录组学和孟德尔随机化分析，识别出与HCM中MPTDN相关的新基因ITGB2和STAT3	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探索MPTDN-RGs在HCM中的作用及其潜在治疗靶点	肥厚型心肌病（HCM）患者及相关基因	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, mRNA-seq, 孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE36961、GSE141910、GSE174691）
458	2025-05-11	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Apr-28, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析对乙酰氨基酚处理小鼠的肝脏再生过程，发现两种不同的再生细胞群	发现两种截然不同的再生细胞群在同一再生过程中同时出现，并揭示了它们在细胞形态、分化、定位、增殖速率和信号响应方面的显著差异	研究仅基于公开数据，未进行实验验证，且仅使用小鼠模型，可能不完全适用于人类临床情况	探究急性肝损伤中肝脏再生的机制	乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程	生物医学研究	肝损伤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开数据集中的小鼠样本（具体数量未提及）
459	2025-05-11	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1 PMID:40321761	研究论文	开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染并揭示神经干细胞的过早分化	首次开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染引起的脑损伤	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其临床转化潜力	建立一个可靠且具有临床转化潜力的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染	人源化小鼠模型和寨卡病毒感染后的脑损伤	传染病模型	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
460	2025-05-11	CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study 2025-Apr-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292 PMID:40007380	研究论文	本研究通过实验和生物信息学方法，探讨了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2途径加剧脓毒症肺损伤的机制	首次揭示了CD177+中性粒细胞在脓毒症肺损伤中的主导作用及其通过NETs/AIM2途径的机制，并发现褪黑激素的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明脓毒症诱导的急性肺损伤的免疫细胞异质性和关键机制	脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型	免疫学与分子生物学	脓毒症与急性肺损伤	单细胞测序与分子生物学实验方法	Cecal Ligation and Puncture (CLP)小鼠模型	基因表达数据与实验数据	未明确提及样本数量，但使用了CLP小鼠模型