单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31365 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-09-20 |
Imputing abundance of over 2,500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Sep-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.08.006
PMID:39243755
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研究论文 | 提出一种名为SPIDER的零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组数据中大规模预测表面蛋白丰度 | 开发了上下文无关的零样本深度集成方法，能够预测超过2,500种表面蛋白，并在多种背景下表现出更好的泛化能力 | NA | 从单细胞转录组数据预测表面蛋白丰度，以支持药物靶点识别和细胞身份标记 | 单细胞表面蛋白 | 机器学习 | 肝细胞癌, 结直肠癌 | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | 深度集成模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 442 | 2025-09-20 |
Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics
2024-Aug, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2024-100067
PMID:39149129
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析慢性乙型肝炎患者肝活检样本，揭示HBV与HDV或HIV共感染下的肝内转录景观和免疫特征 | 首次应用NanoString GeoMx平台对HBV共感染肝组织进行空间转录组分析，识别出与感染类型相关的特异性转录特征和细胞群变化 | 样本量较小（仅3例初治患者），属于原理验证性研究 | 评估空间转录组学在表征HBV共感染肝内生物学过程的应用价值 | 慢性HBV感染患者的肝活检样本（包括HDV或HIV共感染） | 空间转录组学 | 病毒性肝炎 | NanoString GeoMx数字空间分析，人类全转录组图谱检测 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 空间转录组数据，FFPE组织切片 | 3例未治疗的慢性HBV合并HDV或HIV感染患者 |
| 443 | 2025-09-20 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
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研究论文 | 开发并应用T-CellAnnoTator（TCAT）流程对T细胞进行单细胞注释，以量化其基因表达程序 | 提出TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，揭示46个可重复的T细胞功能程序，包括新发现的激活状态 | NA | 改进T细胞特征描述方法，解决传统分类无法反映单细胞测序显示的连续状态问题 | T细胞及其亚群、激活状态和功能 | 生物信息学 | 传染病（Covid-19）和癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 来自700名个体、38种组织、5种疾病背景的1,700,000个T细胞 |
| 444 | 2024-08-07 |
Identification of TIMPs signatures in Randall plaque from single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) analysis
2024-01-16, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01296-0
PMID:38225514
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 445 | 2025-09-20 |
Anterior Pituitary Transcriptomics Following a High-Fat Diet: Impact of Oxidative Stress on Cell Metabolism
2023-12-23, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad191
PMID:38103263
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研究论文 | 研究高脂饮食对小鼠垂体转录组的影响，特别关注氧化应激对细胞代谢的作用 | 首次使用单细胞RNA测序分析揭示性别差异在垂体对肥胖应激响应中的关键作用，并识别出雌性中最易受损的垂体细胞群体 | 研究仅使用FVB.129P小鼠模型，结果可能不直接适用于其他物种或品系 | 探究肥胖引起的氧化应激对垂体功能的影响及性别特异性差异 | 雌性和雄性FVB.129P小鼠 | 转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 转录组数据 | 多组FVB.129P小鼠（具体数量未明确说明），实验周期10-15周 |
| 446 | 2025-09-20 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-11-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药（ETR）的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以探索潜在治疗靶点 | 首次通过长期雌激素剥夺（LTED）模型揭示HER2+/ER+乳腺癌内分泌耐药的不同表型，并发现脂代谢重编程和铁死亡通路作为新型治疗脆弱点 | 研究基于体外细胞模型，尚未进行体内或临床验证 | 识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药机制并探索联合治疗策略 | HER2+/ER+乳腺癌细胞系（BT-474和MDA-MB-361）及其LTED衍生耐药株 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序、生长测定、PAM50分型 | 体外细胞模型 | 基因组数据、转录组数据、细胞表型数据 | 两种乳腺癌细胞系及其LTED衍生株（BT474 LTED和MM361 LTED） |
| 447 | 2025-09-20 |
Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases
2023-Oct, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2023-100020
PMID:38074919
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综述 | 本文概述了慢性肝病（包括酒精性肝病、非酒精性脂肪肝和肝癌）的发病机制研究进展及治疗靶点 | 聚焦非编码RNA、自噬、肝外信号传导和巨噬细胞等新兴机制，并探讨单细胞RNA测序技术在肝病研究中的应用 | 基于会议内容总结，未提出原始实验数据或临床验证结果 | 深入理解慢性肝病的发病机制并探索潜在治疗靶点 | 酒精性肝病(ALD)、非酒精性脂肪肝(NAFLD)和肝癌 | 肝病学 | 慢性肝病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 448 | 2025-09-20 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.554116
PMID:37662291
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药（ETR）的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以探索潜在的治疗脆弱性 | 首次通过两种不同表型的ETR模型揭示脂质代谢重编程和铁死亡途径是HER2+/ER+乳腺癌的新治疗靶点 | 研究基于体外细胞模型，尚未进行体内或临床验证 | 识别内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌的分子脆弱性 | BT-474和MDA-MB-361乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺（LTED）衍生株 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序、生长测定、PAM50分子分型 | 体外细胞模型 | 基因组数据、转录组数据、表型数据 | 两种乳腺癌细胞系（BT-474和MDA-MB-361）及其LTED变异株 |
| 449 | 2025-09-20 |
Cellular Atlas of Senescent Lineages in Radiation- or Immunotherapy-Induced Lung Injury by Single-Cell RNA-Sequencing Analysis
2023-08-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.02.005
PMID:36792015
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示放疗或免疫疗法诱导肺损伤中衰老细胞谱系的细胞图谱 | 首次系统识别了肺损伤中30种细胞亚群，并发现衰老样成纤维细胞通过单核因子信号驱动病理重塑 | 研究基于小鼠模型和有限人类细胞系数据，人类体内验证尚不充分 | 阐明免疫疗法和放疗诱导肺损伤的共同病理机制 | C57/BL6小鼠肺组织、人类和小鼠细胞系及公共肺纤维化数据集 | 单细胞基因组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Seurat分析流程、Cellchat、Monocol、SCENIC | NA | 单细胞转录组数据、组织染色数据 | 75,396个细胞（来自小鼠肺组织），涵盖多个时间点（7/30/60天） |
| 450 | 2025-09-20 |
CCL5-producing migratory dendritic cells guide CCR5+ monocytes into the draining lymph nodes
2023-06-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20222129
PMID:36946983
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研究论文 | 本研究揭示了迁移性树突状细胞通过产生CCL5引导CCR5+单核细胞进入引流淋巴结的机制 | 发现单核细胞通过CCR5受体而非CCR7依赖的途径进入淋巴结，并明确迁移性cDCs分泌CCL5在这一过程中的引导作用 | NA | 探究单核细胞进入引流淋巴结的分子机制 | 树突状细胞、单核细胞、淋巴结免疫微环境 | 免疫学 | NA | scRNA-seq、嵌合体小鼠模型 | NA | 基因表达数据、细胞迁移数据 | 使用多种基因缺陷小鼠模型（Ccl5-/-, Ccr2-/-, Ccr5-/-, Ccr7-/-, Batf3-/-） |
| 451 | 2025-09-20 |
Diagnostic Evidence GAuge of Single cells (DEGAS): a flexible deep transfer learning framework for prioritizing cells in relation to disease
2022-02-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01012-2
PMID:35105355
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研究论文 | 提出DEGAS框架，通过深度迁移学习将疾病信息从患者迁移到细胞，以关联细胞与疾病属性 | 引入'印象'概念作为可迁移信息，实现从患者到细胞的疾病属性关联，框架具有高度灵活性和广泛适用性 | NA | 开发深度迁移学习框架，优先筛选与疾病相关的细胞 | 单细胞和患者批量组织转录组数据 | 机器学习 | 多形性胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序、批量组织转录组测序 | 深度迁移学习 | 转录组数据 | 十个不同的单细胞和患者批量组织转录组数据集 |
| 452 | 2025-09-19 |
IV Immunoglobulin Is Associated With Epigenetic, Ribosomal, and Immune Changes in Pediatric Acute-Onset Neuropsychiatric Syndrome
2025-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200467
PMID:40953324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了IV免疫球蛋白对儿童急性发作性神经精神综合征（PANS）患者外周免疫细胞基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示IVIg治疗对PANS患者表观遗传、核糖体和免疫通路的调控作用，并提出PANS可能是一种表观遗传免疫性脑部疾病 | 样本量较小（5例患者和4例对照），且为开放标签设计，缺乏随机对照 | 研究IV免疫球蛋白对PANS患者细胞特异性基因表达的影响，验证神经免疫假说 | 5名PANS患儿和4名健康对照儿童的外周免疫细胞 | 免疫学 | 儿童神经精神疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 5名PANS患者（中位年龄8岁）和4名对照（中位年龄13.5岁），共测序144,470个细胞 |
| 453 | 2025-09-19 |
Chd4 remodels chromatin to control retinal cell type specification and lineage termination
2025-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204697
PMID:40905097
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除Chd4基因，探讨其在视网膜细胞类型时序性分化及谱系终止中的染色质重塑作用 | 首次揭示Chd4通过限制基因组可及性来抑制祖细胞身份并促进分化，明确了其在谱系终止阶段而非早期时序转换中的特异性功能 | 研究局限于小鼠视网膜模型，未涉及其他神经发育系统或人类细胞验证 | 阐明染色质重塑因子Chd4在神经祖细胞时序性分化中的调控机制 | 小鼠视网膜神经祖细胞及其分化的视网膜神经节细胞、无长突细胞、视杆细胞和Müller胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 条件性基因敲除、CUT&RUN-seq、ATAC-seq、单细胞转录组测序 | NA | 基因组可及性数据、转录组数据 | Chd4条件性敲除小鼠模型及对照组的视网膜组织样本 |
| 454 | 2025-09-19 |
APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model
2025-Oct, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03036-7
PMID:40307424
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研究论文 | 本研究通过临床前模型证明APOE缺失可抑制淀粉样蛋白驱动的tau病理和神经退行性变 | 首次在ATN模型中揭示APOE缺失通过阻止致密核心斑块形成和抑制小胶质细胞转化来阻断AD病理进展 | 研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化需进一步验证 | 探究APOE在淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变中的作用机制 | 5xFAD与TauP301S杂交小鼠构建的ATN模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 组织染色（W02, ThioS） | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 组织病理学数据 | 转基因小鼠模型，具体数量未明确说明 |
| 455 | 2025-09-19 |
Functional defects in FOXG1 variants predict the severity of brain anomalies in FOXG1 syndrome
2025-Oct, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03077-y
PMID:40524015
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研究论文 | 本研究通过分析FOXG1基因变异的功能缺陷与大脑异常严重程度之间的关联，开发了一种预测FOXG1综合征严重程度的分层方法 | 结合蛋白表达、COUP-TFI抑制能力和神经元迁移实验，首次建立了FOXG1综合征患者严重程度的预测范式 | 样本量较小（14例），结果可能需要更大规模研究验证 | 探究FOXG1基因变异如何影响其功能特性，并建立基因型-表型关联预测模型 | 14名携带FOXG1变异的个体及小鼠胚胎大脑 | 神经发育疾病研究 | 神经发育障碍 | 荧光素酶报告实验、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、子宫内电穿孔（IUE） | NA | 基因测序数据、蛋白表达数据、影像数据 | 14名FOXG1变异个体 |
| 456 | 2025-09-19 |
Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions
2025-Oct, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6457
PMID:40778592
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研究论文 | 利用空间转录组学技术探索存档FFPE样本中的神经母细胞瘤微环境，揭示新型旁分泌相互作用 | 首次在存档FFPE样本中应用空间转录组学，发现未分化癌细胞与巨噬细胞间的CCL18-PITPNM3信号轴，以及肾上腺皮质样基质细胞与癌细胞之间的ALKAL2-ALK/NRTN-RET新型旁分泌相互作用 | 研究仅基于两名患者的样本，样本量有限 | 解析高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境空间异质性和局部信号动态 | 未经治疗和化疗治疗的高风险神经母细胞瘤患者存档FFPE组织 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 两名患者的存档FFPE组织样本 |
| 457 | 2025-09-19 |
The immune landscape of pediatric (extra)cranial solid tumors: A systematic review and integration of immunohistochemistry and single-cell RNA sequencing data
2025-Oct-01, European journal of cancer (Oxford, England : 1990)
DOI:10.1016/j.ejca.2025.115708
PMID:40857838
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系统综述 | 通过整合免疫组化和单细胞RNA测序数据，系统分析儿童（颅外）实体瘤的免疫微环境特征 | 首次系统整合IHC和sc/snSeq数据，构建儿童肿瘤免疫图谱并开发公开可用的交互式热图工具 | 分析方法存在异质性，部分肿瘤类型样本量有限 | 揭示儿童实体瘤的独特免疫景观以指导免疫治疗策略开发 | 儿童颅内外实体瘤（35种肿瘤类型） | 肿瘤免疫学 | 儿童实体瘤（包括脑瘤和软组织肉瘤等） | 免疫组化(IHC), 单细胞/单核RNA测序(sc/snSeq) | NA | 分子生物学数据（基因表达）、蛋白质表达数据 | 47项IHC研究（2187个肿瘤样本），26项sc/snSeq研究（272个肿瘤样本） |
| 458 | 2025-09-19 |
Expression and Clinical Implications of LAG-3 in Small Cell Lung Cancer
2025-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502183R
PMID:40960909
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研究论文 | 本研究评估了LAG-3在小细胞肺癌中的表达及其作为免疫治疗生物标志物的潜力 | 首次系统评估28种免疫检查点分子在SCLC中的表达，发现LAG-3表达最高且与预后正相关 | NA | 探索PD-L1之外可能适用于免疫检查点抑制剂的分子标志物 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 微阵列, scRNA-seq, 免疫组化 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 多个公共数据集和内部数据集（包括CCLE、IMpower133等） |
| 459 | 2025-09-19 |
Screening and Validation of Genes Associated With Lysosomal-Dependent Cell Death in Colorectal Cancer
2025-Sep-18, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70024
PMID:40964747
|
研究论文 | 本研究通过筛选与溶酶体依赖性细胞死亡相关的基因，构建结直肠癌的风险模型和预后生物标志物 | 首次将溶酶体依赖性细胞死亡相关基因与结直肠癌预后关联，并构建包含ATP6V0A4、CLU和IL13RA2的多基因风险模型 | NA | 识别结直肠癌的潜在治疗靶点和预后指标 | 结直肠癌患者和正常样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞测序, Cox回归分析, LASSO分析 | Cox风险比例模型 | 基因表达数据 | TCGA-CRC和GSE17538数据集中的结直肠癌样本及临床样本 |
| 460 | 2025-09-19 |
Spatial transcriptomics of intraductal carcinoma of the prostate
2025-Sep-18, Histopathology
IF:3.9Q1
DOI:10.1111/his.15551
PMID:40964799
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研究论文 | 利用空间转录组学技术研究前列腺导管内癌的基因表达和拷贝数变异特征 | 首次应用Visium空间基因表达平台分析IDC-P的转录组和CNV模式，揭示其与常规腺癌的生物学差异及潜在分子多样性 | 样本量较小（n=6），需谨慎解读结果并在更大队列中进一步验证 | 表征前列腺导管内癌（IDC-P）的分子特征及其与预后的关系 | 前列腺导管内癌（IDC-P）组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | Visium空间基因表达平台，主成分分析，差异基因表达分析，InferCNV分析 | NA | 空间转录组数据，基因表达数据，拷贝数变异数据 | 6例前列腺癌患者样本 |