单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-08-04	Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data 2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012029 PMID:40744664	研究论文	开发了一种利用单细胞测序数据筛选肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型的集成系统	提出了一种快速组装TCR的方法，并开发了HLA敲除的HEK-293T细胞作为抗原呈递细胞，以及Jurkat NFAT-GFP报告细胞系用于筛选抗原反应性TCRs	仅在小规模HPV16特异性TCRs筛选中验证了系统效能，样本量有限	推进TCR-T免疫治疗，开发高效、可扩展的方法识别肿瘤特异性TCRs	肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型	免疫治疗	宫颈癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	来自HPV16阳性宫颈癌患者的已发表数据集
442	2025-08-04	Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis 2025-Jul-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13187-w PMID:40744980	研究论文	本文通过整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学，揭示了氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制	首次整合多种技术方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制，并发现ELANE和CCL5作为核心调控因子	研究结果需要进一步的临床验证	阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制	氢溴酸山莨菪碱及其在脓毒症中的作用靶点	网络药理学与多组学分析	脓毒症	网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟、单细胞转录组学	生存模型（AUC: 0.72-0.95）	多组学数据（转录组、蛋白质相互作用网络等）	NA
443	2025-08-04	Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus 2025-Jul-31, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01453-3 PMID:40745572	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用	首次构建了男性生殖器硬化性苔藓的全面细胞图谱，揭示了成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路与T细胞及角质形成细胞的相互作用机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步功能验证	阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和潜在组织学生物标志物	男性生殖器硬化性苔藓患者组织样本	数字病理学	皮肤病/硬化性苔藓	多组学分析（包括单细胞RNA测序和全基因组关联研究）	NA	基因组数据/转录组数据	NA
444	2025-08-04	Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02188-3 PMID:40745616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
445	2025-08-04	G protein-coupled estrogen receptor promotes human extravillous trophoblast invasion via YAP-Snail-mediated CYR61 expression 2025-Jul-29, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112033 PMID:40744331	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）通过YAP-Snail介导的CYR61表达促进人类绒毛外滋养细胞（EVT）侵袭的分子机制	发现了一个新的GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴，该轴调控EVT侵袭，并提示该通路的失调可能与子痫前期（PE）中滋养细胞侵袭缺陷有关	未明确GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴在PE患者中的具体调控机制及其临床应用潜力	探究GPER如何通过调控CYR61表达来促进EVT细胞的侵袭	人类绒毛外滋养细胞（EVT）	分子生物学	子痫前期	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	HTR-8/SVneo细胞和原代人类EVT细胞
446	2025-08-04	Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT 2025-Jul-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10624-8 PMID:40721434	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及COMT在癌症进展中的预后关联	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三种不同的成纤维细胞亚群，并发现COMT作为肿瘤微环境的关键调节因子和预后标志物	需要进一步研究验证COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用	探索前列腺癌中成纤维细胞的分子特征及COMT表达的预后意义	前列腺癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光检测	Cox回归模型	RNA测序数据, 临床数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本
447	2025-08-04	Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis 2025-Jul-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041 PMID:40721022	研究论文	本研究探讨了负压伤口治疗（NPWT）通过上调HSP90表达促进伤口血管生成的生物力学机制	揭示了GNAS/CREB1/HSP90轴在NPWT诱导的机械刺激中的作用机制，为治疗干预提供了新靶点	研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	阐明负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制	伤口血管生成过程及相关分子机制	生物医学工程	慢性伤口	单细胞测序、Ch-IP、Co-IP、分子对接	大鼠背部伤口模型	分子生物学数据	未明确说明
448	2025-08-04	Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension 2025-Jul-21, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936 PMID:40686216	研究论文	通过单细胞转录组学分析系统性硬化症相关肺动脉高压（SSc-PAH）与特发性肺动脉高压（IPAH）的肺部组织，揭示其病理生物学差异及精准靶向治疗机会	首次在单细胞水平比较SSc-PAH与IPAH的基因表达模式，发现独特的致病机制和潜在治疗靶点	样本量较小（每组仅4例），需更大规模研究验证	探究SSc-PAH与IPAH的分子差异以开发精准治疗方案	肺动脉高压患者的肺部组织（SSc-PAH、IPAH及失败供体对照）	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex平台）	Seurat（数据标准化/聚类/差异表达分析）	单细胞转录组数据	12例（4 SSc-PAH、4 IPAH、4失败供体）
449	2025-08-04	DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336 PMID:40729372	research paper	提出了一种名为DNFE的方法，用于在生物过程中检测临界点及其驱动网络	开发了基于有向网络的流熵方法（DNFE），能够处理高维小样本数据，特别是单细胞数据，并在识别临界状态和动态网络生物标志物方面表现出色	未明确提及方法的计算复杂度或在大规模数据集上的实际应用限制	识别生物过程中的临界点及其驱动网络，以预防或延迟灾难性结果	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和批量数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNFE	omics数据	六个真实数据集，包括三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集和一个血液数据集
450	2025-08-04	Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society DOI:10.18787/jr.2025.00025 PMID:40744699	研究论文	本研究分析了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征	首次详细描述了嗜酸性慢性鼻窦炎患者鼻腔CD69+ CD103- CD4+ T细胞的表型特征及其与疾病严重程度的关系	样本来源仅限于接受内窥镜鼻窦手术的患者，可能无法代表所有患者群体	阐明嗜酸性慢性鼻窦炎发病机制中组织驻留记忆T细胞的作用	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔组织和外周血样本	免疫学	慢性鼻窦炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	接受内窥镜鼻窦手术的嗜酸性慢性鼻窦炎患者样本
451	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
452	2025-08-04	Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00270.2024 PMID:39868576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T细胞的转录组差异	首次在单细胞水平揭示了肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的独特转录特征，发现了与严重哮喘相关的新通路	样本量较小（仅8名参与者），需要在更大队列中验证发现	探究肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的分子特征及其与哮喘严重程度的关系	肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名参与者（4名肥胖哮喘儿童和4名正常体重哮喘儿童）
453	2025-08-04	Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1648294 PMID:40746726	研究论文	本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在治疗鼻咽癌中的分子机制	首次采用单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术解析QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间靶向定位，并发现其通过多靶点调控发挥抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏临床疗效验证	阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制	鼻咽癌细胞及肿瘤微环境	计算药理学	鼻咽癌	网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本量（基于体外实验和计算分析）
454	2025-08-04	Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1617737 PMID:40746860	research paper	该研究探讨了epiplakin（EPPK1）在银屑病皮肤病变中的表达缺失及其在体外皮肤培养中被IFN-γ下调的机制	首次揭示了EPPK1在银屑病皮肤病变中的特异性下调及其与IFN-γ的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，未涉及大规模临床样本验证	探究EPPK1在炎症性皮肤病（特别是银屑病）中的作用及其调控机制	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮	皮肤病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光、细胞因子处理	NA	RNA测序数据、免疫染色图像	人类银屑病皮肤样本和小鼠表皮样本（具体数量未提及）
455	2025-08-04	Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592779 PMID:40747103	研究论文	本研究探讨了SUCLG2在前列腺癌中的预后意义和治疗潜力，并构建了一个基于脂质代谢的风险模型	首次从脂质代谢角度构建了前列腺癌的16基因风险模型，并验证了SUCLG2作为潜在标志物和治疗靶点的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证SUCLG2的具体作用机制	探索前列腺癌的分子发病机制并开发有效的诊断和治疗策略	前列腺癌样本和前列腺癌上皮细胞系22Rv1	数字病理学	前列腺癌	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应、免疫荧光检测	Cox比例风险回归模型、LASSO回归	RNA测序数据	497个前列腺癌样本（来自TCGA数据库）和前列腺癌细胞系
456	2025-08-04	Transcriptome combined single-cell sequencing explores molecular mechanisms of ANGPTL4 in sepsis-induced acute lung injury 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328551 PMID:40743234	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，探索ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	首次系统分析ANGPTL4在急性肺损伤进展中的时空表达模式和功能网络，并预测其与药物的相互作用	ANGPTL4与Q9BY76-Quercetin的相互作用需要进一步研究，且研究主要基于小鼠模型	阐明ANGPTL4在脓毒症诱导的急性肺损伤中的分子机制	急性肺损伤患者和小鼠模型	分子生物学	急性肺损伤	转录组测序、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的急性肺损伤患者数据和小鼠模型
457	2025-08-04	Integrating single-cell regulatory atlas and multi-omics data for differential treatment response and multimodal predictive modeling in CDK 4/6 inhibitor-treated breast cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585574 PMID:40746611	研究论文	本研究整合单细胞调控图谱和多组学数据，解码CDK4/6抑制剂耐药机制并开发预测生物标志物	首次结合单细胞RNA-seq和多组学数据构建肿瘤预后调控因子指数(TPRI)，并开发多模态预测模型	甲基化数据整合的样本量有限	解码CDK4/6抑制剂治疗反应的异质性机制并开发预测模型	HR+/HER2-乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA-seq, qPCR, 多组学分析	logistic回归	基因表达数据, miRNA数据	单细胞RNA-seq数据14例, 批量多组学数据1149例(TCGA-BRCA 1059例 + GSE186901 90例)
458	2025-08-04	"Molecular pigeon" network of lncRNA and miRNA: decoding metabolic reprogramming in patients with lung cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1578927 PMID:40746614	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）在肺癌患者代谢重编程中的关键作用，并阐明了相关的复杂lncRNA-miRNA网络	揭示了lncRNA和miRNA通过竞争性内源RNA机制在肺癌代谢重编程中的新作用，为肺癌的诊断和治疗提供了新的靶点和途径	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探讨lncRNA和miRNA在肺癌代谢重编程中的作用及其潜在的治疗和诊断价值	肺癌患者中的lncRNA和miRNA	分子生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
459	2025-08-04	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境中低水平TNFα通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞自我更新的机制	揭示了低水平TNFα通过VASN介导的糖酵解促进胶质瘤干细胞自我更新的新机制，为GBM治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索TNFα在胶质瘤微环境中对胶质瘤干细胞自我更新的调控作用	胶质瘤干细胞(GSCs)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤(GBM)	空间转录组学、免疫印迹、RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析	体外和体内模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量
460	2025-08-04	Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis 2024-Oct, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02803-7 PMID:39095528	研究论文	该研究通过整合免疫转录组学分析，识别出一种以四种趋化因子为主导的卵巢癌亚型，该亚型具有抗肿瘤免疫活性表型和良好的预后	发现了一个由四种趋化因子（CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13）组成的关键基因面板，这些趋化因子在建立活跃的T细胞浸润抗肿瘤表型中起关键作用，并引入了一种新的卵巢癌免疫分类	研究主要基于转录组数据，虽然进行了免疫组化验证，但仍需更多实验验证趋化因子的具体作用机制	探究卵巢癌中免疫活性表型与临床结果的关系，并识别新的免疫分类标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	2850个卵巢癌样本（来自19个数据集）、39个卵巢癌样本（单细胞RNA测序）、39个样本（免疫组化验证）