单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-02	Single-cell transcriptomics reveals intratumor heterogeneity and the potential roles of cancer stem cells and myCAFs in colorectal cancer liver metastasis and recurrence 2025-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217452 PMID:39805388	研究论文	通过单细胞转录组学揭示结直肠癌肝转移和复发中的肿瘤内异质性以及癌症干细胞和肌成纤维细胞样CAFs的潜在作用	首次在单细胞分辨率下揭示结直肠癌肝转移中的癌症干细胞样细胞群与肌成纤维细胞样CAFs之间的新型细胞互作机制	未明确验证FN1-CD44和GDF15-TGFBR2配体-受体对在肝转移过程中的具体功能机制	探究结直肠癌肝转移和复发的分子机制	结直肠癌原发灶和肝转移灶的肿瘤细胞及肿瘤微环境	单细胞组学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（原发性和转移性结直肠癌组织样本）
442	2025-05-02	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	research paper	该研究探讨了甘露糖通过调节BACE1糖基化促进阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白病理的作用	揭示了甘露糖通过影响BACE1和Nicastrin的N-糖基化增强其蛋白稳定性，从而促进Aβ产生的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究甘露糖在阿尔茨海默病病理进展中的作用机制	AD小鼠模型和AD患者血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学分析	小鼠疾病模型	分子生物学数据、行为学数据	AD小鼠和AD患者血清样本（具体数量未明确说明）
443	2025-05-02	New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease 2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.30097 PMID:39812497	研究论文	本文探讨了帕金森病中细胞多样性和神经元易感性的多组学研究	利用多组学方法（包括空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学）研究帕金森病，揭示了致病机制的新见解	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究帕金森病的致病机制和开发新型治疗方法	帕金森病患者和啮齿动物模型中的神经元和胶质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观基因组学、蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
444	2025-05-02	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Feb-27, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的关键作用及其对神经元存活的保护机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后神经元保护中的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
445	2025-05-02	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	研究论文	本文提出了一种基于迁移学习和卷积自编码器的算法transCAE，用于提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	transCAE结合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效减轻批次效应	算法性能仍依赖于源数据的质量，且未提及对特定细胞类型的处理能力	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	卷积自编码器(CAE)与迁移学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
446	2025-05-02	Anxiety-like behavior and altered hippocampal activity in a transgenic mouse model of Fabry disease 2025-Feb, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106797 PMID:39788162	research paper	该研究通过转基因法布里病小鼠模型，探讨了法布里病与焦虑样行为及海马功能异常之间的关系	首次结合行为学、转录组学、功能和形态学评估，揭示了法布里病小鼠海马区神经元和非神经元细胞群的转录和功能改变与焦虑样行为的关联	研究仅使用雄性小鼠，未探讨性别差异；结果主要基于小鼠模型，人类患者中的直接应用需进一步验证	探究法布里病神经精神症状的病理机制，特别是焦虑样行为与海马功能异常的关系	转基因法布里病小鼠模型	神经科学	法布里病	行为学测试（开放场地测试、Barnes迷宫）、单细胞测序、电生理记录	转基因小鼠模型	行为数据、转录组数据、电生理数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多组学分析
447	2025-05-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术比较了北京油鸡和科宝肉鸡在沙门氏菌感染后脾脏免疫反应的差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，并比较了不同品种鸡的免疫反应差异	研究仅针对两种鸡品种，结果可能不具有普遍性	探究不同品种鸡对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	沙门氏菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞，来自两个鸡品种
448	2025-05-02	Mechanisms and strategies of immunosenescence effects on non-small cell lung cancer (NSCLC) treatment: A comprehensive analysis and future directions 2025-Feb, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.semcancer.2025.01.001 PMID:39793777	综述	本文全面分析了免疫衰老对非小细胞肺癌（NSCLC）治疗的影响机制及策略，并探讨了未来研究方向	深入探讨了免疫衰老在NSCLC中的作用机制，并提出了针对老年患者的免疫治疗优化策略	主要基于现有文献分析，缺乏实验数据验证	探讨免疫衰老对NSCLC治疗的影响及优化策略	非小细胞肺癌（NSCLC）患者，特别是老年患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序、CRISPR-Cas9	NA	文献数据	NA
449	2025-05-02	Combined analysis of bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics reveals the expression patterns of lipid metabolism and ferroptosis in the immune microenvironment of metabolic-associated fatty liver disease 2025-Feb-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123377 PMID:39793853	研究论文	通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，研究脂质代谢和铁死亡在代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）免疫微环境中的表达模式及其作用	首次整合多种测序技术揭示脂质代谢和铁死亡相关基因在MAFLD免疫微环境中的作用，并构建风险评估系统和预测模型	研究样本可能有限，且需要进一步实验验证基因功能	识别与铁死亡和脂质代谢相关的关键生物标志物，并探讨它们在MAFLD进展中的作用	代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）患者的肝脏样本	数字病理学	代谢相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学、WGCNA	预测模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
450	2025-05-02	Spatial transcriptomic characterization of a Carnegie stage 7 human embryo 2025-Feb, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01597-3 PMID:39794460	研究论文	利用空间转录组学技术分析了一个完整的人类胚胎在单细胞分辨率下的基因表达模式	首次在Carnegie第7阶段的人类胚胎中应用空间转录组学技术，揭示了中胚层亚型的早期特化和原始生殖细胞的位置	研究样本有限，仅分析了两个胚胎	增进对人类原肠胚形成阶段发育过程的理解	Carnegie第7阶段的人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学(Stereo-seq), 免疫荧光验证	NA	空间转录组数据, 图像数据	2个人类胚胎(1个用于空间转录组分析,1个用于免疫荧光验证)
451	2025-05-02	Single-cell RNA sequencing reveals intrahepatic signature related to pathobiology of duck hepatitis A virus type 3 (DHAV-3) infection 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104798 PMID:39799860	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了与鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）感染病理生物学相关的肝内特征	首次应用单细胞RNA测序技术分析DHAV-3易感和抗性鸭子的肝脏转录组，揭示了干扰素途径激活、Kupffer细胞的促炎表型及PLAC8等宿主因子在病毒感染中的作用	样本量相对较小（14只感染鸭子和4只健康对照），且仅关注了肝脏组织	解析DHAV-3感染鸭子的分子特征及其病理生物学机制	DHAV-3易感和抗性鸭子的肝脏细胞	基因组学	鸭病毒性肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	14只感染鸭子和4只健康对照鸭子的140万个肝脏细胞
452	2025-05-02	Left superior cervical ganglia lymph node mimicry and its role in rat ventricular arrhythmias following myocardial infarction 2025-Feb, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.14279 PMID:39803764	research paper	研究探讨了左颈上神经节（LSCG）在心肌梗死（MI）后心室心律失常（VAs）中的作用及其神经-心脏通讯的功能意义	揭示了LSCG在MI后心律失常和心脏炎症/功能中的参与机制，以及神经生长因子（NGF）在神经-免疫串扰中的桥梁作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究MI后LSCG对神经-心脏通讯的影响及其在心律失常中的作用	MI大鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 空间转录组学, 定量PCR, 蛋白质印迹	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	NA
453	2025-05-02	Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review 2025-Feb, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264 PMID:39805342	review	本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境（TME）研究中的应用及其最新进展	利用单细胞多组学技术，特别是单细胞转录组测序，揭示了ESCC肿瘤微环境中单个细胞的表达谱和不同肿瘤细胞群体的分子特征	NA	阐明ESCC肿瘤微环境中细胞间的复杂相互作用，为个性化治疗策略提供潜在的治疗靶点和生物标志物	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞、内皮细胞、成纤维细胞等	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	single-cell sequencing, single-cell transcriptome sequencing	NA	single-cell omics data	NA
454	2025-05-02	Specialized pericyte subtypes in the pulmonary capillaries 2025-Feb, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00349-1 PMID:39806101	research paper	该研究通过生物信息学分析和RNAscope技术，鉴定了Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并揭示了肺和心脏中两种不同的Higd1b+周细胞亚型	发现Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并生成Higd1b-CreERT2敲入小鼠系，揭示了两种功能不同的周细胞亚型	研究主要基于小鼠模型，人类周细胞的研究数据相对有限	探究周细胞在肺毛细血管中的生物学特性和功能	肺和心脏中的周细胞	细胞生物学	肺动脉高压	生物信息学分析, RNAscope, 单细胞RNA测序	Higd1b-CreERT2敲入小鼠	基因表达数据	小鼠模型和健康人肺周细胞
455	2025-05-02	Promising Nanoparticles-Based Oral Therapy for Effective Inhibition of Hepatocellular Carcinoma with Portal Vein Tumor Thrombus 2025-Jan-29, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c05798 PMID:39808085	research paper	开发了一种基于纳米颗粒的口服疗法，用于有效抑制伴有门静脉癌栓的肝细胞癌	利用CaCO@PDA纳米颗粒封装多柔比星盐酸盐和低分子量肝素，靶向肿瘤血栓微环境，提高口服给药效率	NA	开发一种方便、简单、生物安全且提高患者依从性的口服药物递送系统，用于治疗伴有门静脉癌栓的肝细胞癌	肝细胞癌（HCC）患者，特别是伴有门静脉癌栓（PVTT）的患者	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
456	2025-05-02	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	research paper	该研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中骨骼肌多胺代谢失调对肌纤维脆弱性的影响	首次通过空间转录组学数据揭示了ALS中多胺代谢失调与肌纤维脆弱性的相关性，并证明恢复多胺稳态可挽救ALS小鼠模型的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	探究ALS疾病进展中骨骼肌功能变化的分子机制	SOD1小鼠模型的骨骼肌组织	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	NA
457	2025-05-02	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	研究揭示了肠道细菌L-赖氨酸通过调节代谢和组蛋白甲基化驱动树突状细胞耐受的机制	发现了L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2在Tgfb和Stat3基因启动子上的富集，促进DC耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探索细菌代谢物如何诱导树突状细胞耐受以维持肠道免疫稳态	树突状细胞(DCs)和小鼠模型	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	使用Phgdh条件性敲除小鼠和免疫炎症疾病小鼠模型
458	2025-05-02	The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405981122 PMID:39808658	研究论文	研究染色质重塑子ADNP在神经发育障碍风险基因和新皮质神经发生中的作用	揭示了ADNP通过两步过程调控新皮质发育中上层神经元的产生，并定义了ADNP和Chd4调控的与神经发育障碍相关的风险基因网络	研究主要基于小鼠模型，人类神经发育障碍的机制可能有所不同	探究染色质重塑子ADNP在神经发育障碍中的作用机制	ADNP基因、ChAHP染色质重塑复合物、新皮质发育	神经生物学	神经发育障碍	单细胞转录组学、cut&run-seq、组织学方法	条件性突变小鼠模型	基因表达数据、染色质结合数据	NA
459	2025-05-02	High cellular plasticity state of medulloblastoma local recurrence and distant dissemination 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101914 PMID:39809264	研究论文	该研究通过单细胞/核RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和空间转录组学分析，揭示了髓母细胞瘤复发和扩散过程中的细胞多样性和遗传特征	发现了一种名为'高细胞可塑性（HCP）'的亚群，该亚群在髓母细胞瘤进展过程中出现，并与复发相关	研究主要基于临床前模型，尚未在人类临床试验中验证	理解髓母细胞瘤复发和扩散的细胞多样性、染色体改变和生物动力学	髓母细胞瘤（SHH和Group_3亚组）的局部复发和扩散病灶	数字病理学	髓母细胞瘤	sc/snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及SHH和Group_3亚组的髓母细胞瘤样本
460	2025-05-02	De novo root regeneration from leaf explant: a mechanistic review of key factors behind cell fate transition 2025-Jan-14, Planta IF:3.6Q1 DOI:10.1007/s00425-025-04616-1 PMID:39808280	综述	本文综述了从叶片外植体进行新生根再生的机制，重点探讨了细胞命运转变的关键因素	提出了更新的新生根再生模型，包括基因调控网络，并探讨了特殊细胞、活性氧、乙烯和茉莉酸在其中的作用	这些假设的特殊细胞的信号机制需要进一步研究，以完全理解新生根再生的机制	探讨新生根再生的细胞和分子框架，特别是在拟南芥叶片外植体中的应用	拟南芥叶片外植体	植物生物学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA