单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-03	Spatiotemporal landscape of kidney in a mouse model of hyperuricemia at single-cell level 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401801RR PMID:39817712	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学和空间代谢组学技术，研究了高尿酸血症肾病小鼠模型的时空图谱	首次在高尿酸血症肾病中应用单细胞和空间组学技术，发现了与尿酸排泄相关的核糖体和代谢途径等新靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索高尿酸血症肾病的病理生理过程和潜在治疗靶点	尿酸氧化酶敲除小鼠模型的肾脏组织	空间组学	肾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学	尿酸氧化酶敲除小鼠模型	单细胞RNA序列、空间转录组、蛋白质组和代谢组数据	NA
442	2025-05-03	Differential transcriptomic profiling of lipid metabolism and collagen remodeling in fast- and slow-twitch skeletal muscles in aging 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402294R PMID:39831549	research paper	该研究通过比较分析快肌和慢肌在衰老过程中的差异，揭示了脂质代谢和胶原重塑的转录组学特征	整合了小鼠批量RNA测序和人类单细胞RNA测序数据，提供了跨物种的比较分析，揭示了衰老过程中快肌和慢肌的分子变化	研究仅基于20个月大的小鼠，未涵盖更广泛的年龄范围，且人类数据来源于单细胞RNA测序，样本量有限	探究衰老对快肌和慢肌结构和功能的影响，特别是脂质代谢和胶原重塑的分子机制	20个月大的小鼠的快肌和慢肌，以及人类单细胞RNA测序数据	转录组学	衰老相关疾病	bulk RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20个月大的小鼠的快肌和慢肌样本，以及人类单细胞RNA测序数据集
443	2025-05-03	TRAF6 promotes abdominal aortic aneurysm development by activating macrophage pyroptosis via the NLRP3/Caspase1/GSDMD pathway 2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402873R PMID:39831511	研究论文	本研究探讨了TRAF6在腹主动脉瘤(AAA)形成中的作用及其机制，发现TRAF6通过NLRP3/Caspase1/GSDMD信号通路调节巨噬细胞焦亡，从而促进AAA的发展	首次揭示了TRAF6通过NLRP3/Caspase1/GSDMD信号通路调节巨噬细胞焦亡在AAA发展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究TRAF6在腹主动脉瘤形成中的作用机制	腹主动脉瘤(AAA)患者组织和弹性蛋白酶诱导的C57BL/6小鼠	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	人类AAA组织和弹性蛋白酶诱导的C57BL/6小鼠
444	2025-05-03	The GhANT-GoPGF module regulates pigment gland development in cotton leaves 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115112 PMID:39721026	research paper	研究揭示了GhANT-GoPGF模块在棉花叶片色素腺体发育中的调控作用	首次发现GhANT作为GoPGF的上游结合蛋白，调控棉花色素腺体的组织特异性形态发生	研究主要关注棉花叶片色素腺体，对其他组织或植物的适用性尚需验证	探究棉花色素腺体发育的分子调控机制	棉花色素腺体细胞（PGCs）	植物分子生物学	NA	酵母单杂交测序、单细胞RNA测序、CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据	NA
445	2025-05-03	Cross-species comparative single-cell transcriptomics highlights the molecular evolution and genetic basis of male infertility 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115118 PMID:39739532	研究论文	通过跨物种比较单细胞转录组学，研究雄性不育的分子进化和遗传基础	首次比较人类、小鼠和果蝇睾丸的单细胞RNA测序数据，识别出参与精子发生的关键保守基因，并通过基因敲除实验验证了三个基因的功能保守性	研究仅涉及三种模式生物，可能无法完全代表所有物种的精子发生机制	探索强选择压力下精子发生的遗传基础	人类、小鼠和果蝇的睾丸细胞	单细胞转录组学	雄性不育	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	人类、小鼠和果蝇的睾丸单细胞数据，涉及20个候选基因的敲除实验
446	2025-05-03	Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175 PMID:39792551	研究论文	研究通过双光子钙成像和空间转录组学技术，探讨了海马旁回皮层在任务学习中的转录决定因素及表征漂移现象	揭示了由即刻早期基因定义的跨亚型网络在刺激-结果关联形成中的作用，以及脑源性神经营养因子在该过程中的关键调控功能	研究仅聚焦于海马旁回皮层，未涉及其他可能参与学习记忆的脑区	阐明目标导向学习中表征漂移的分子机制及其对学习记忆的影响	海马旁回皮层的兴奋性和抑制性神经元亚型	神经科学	NA	双光子钙成像, 空间转录组学	NA	钙成像数据, 基因表达数据	未明确说明实验动物数量
447	2025-05-03	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌的转录失调模式和细胞状态	揭示了肿瘤和血管中保守的转录失调模式及其上游调控因子，描述了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，并鉴定了具有预后意义的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中的转录程序及其对肿瘤进展和治疗抵抗的影响	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	digital pathology	kidney cancer	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	75 multi-regional biopsies from kidney tumors and normal kidney
448	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	research paper	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于准确分类多种单细胞模态数据中的细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的基于标记的多模态分类方法，能够识别不易分辨的免疫细胞亚群并揭示亚群标记	未提及具体的技术限制或应用范围限制	开发一种能够整合多种单细胞模态数据的细胞类型分类方法	免疫细胞亚群	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分选的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集
449	2025-05-03	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	research paper	研究通过3D培养中前神经转录因子刺激人类视网膜再生能力	在更完整的视网膜环境中改进Müller胶质细胞重编程策略，并证明成人MG能生成新神经元	2D培养中的神经发生效果有限，新生儿神经元分析受限	探索视网膜退行性疾病的再生医学方法	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体传递构建体、免疫组化、单细胞RNA测序、电生理学	NA	生物组织	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜样本
450	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading 2025-Jan-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05572-x PMID:39833543	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了后肢卸载大鼠颈动脉和股动脉的细胞图谱，揭示了血管重塑过程中的细胞异质性和基因表达变化	首次构建了后肢卸载大鼠传导动脉的细胞图谱，发现了血管重塑过程中特定细胞亚群和转录因子的作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究微重力模拟条件下血管重塑的细胞和分子机制	后肢卸载大鼠的颈动脉和股动脉	单细胞组学	血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	后肢卸载3个月的大鼠动脉组织
451	2025-05-03	Fibrocyte enrichment and myofibroblastic adaptation causes nucleus pulposus fibrosis and associates with disc degeneration severity 2025-Jan-20, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00372-2 PMID:39828732	研究论文	该研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，探讨了人类退行性髓核样本中的细胞异质性和成纤维细胞样实体，揭示了髓核纤维化与椎间盘退变严重程度的关系	首次发现髓核退变严重程度与纤维细胞表型富集相关，并证实了髓系来源的纤维细胞在髓核纤维化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，临床转化应用仍需进一步验证	探究椎间盘退变过程中髓核纤维化的细胞机制	人类退行性髓核样本和小鼠椎间盘退变模型	单细胞测序分析	椎间盘退变	单细胞RNA测序	CD11b-DTR小鼠模型	单细胞转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集（具体数量未明确说明）
452	2025-05-03	Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56135-y PMID:39833151	研究论文	本研究通过组织学和单细胞RNA测序技术，探讨了袖状胃切除术后人类胃上皮的可塑性变化	首次在分子和细胞水平揭示了袖状胃切除术引起的胃上皮重塑现象，并发现胃泌素通过非线性比例积分控制机制维持pH稳态	研究样本仅包含12名女性患者，样本量较小且缺乏性别对照	探究袖状胃切除术对胃上皮细胞组成和功能的影响机制	接受袖状胃切除术患者的胃上皮细胞	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序、组织学分析、数学建模	非线性比例积分控制模型	基因表达数据、组织学数据	12名女性患者
453	2025-05-03	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢重编程	研究仅聚焦于棉花，结果可能无法直接推广到其他植物物种	解析棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢调控机制	棉花体细胞胚胎	植物分子生物学	NA	scRNA-seq, ST, SM	NA	基因表达数据, 代谢组数据	未明确说明样本数量
454	2025-05-03	Polycystin-1 regulates tendon-derived mesenchymal stem cells fate and matrix organization in heterotopic ossification 2025-Jan-20, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00392-y PMID:39833160	研究论文	研究探讨了机械蛋白Polycystin-1（PC1，Pkd1）如何通过调控CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞（TDMSCs）的命运和细胞外基质（ECM）组织来影响异位骨化（HO）的进展	揭示了CTSK谱系TDMSCs是HO中成骨细胞和成纤维细胞的主要来源，并通过PC1-TAZ信号轴调控细胞命运和ECM组织	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究机械应力如何通过PC1-TAZ信号轴调控TDMSCs的命运和ECM组织，从而影响HO的进展	CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞（TDMSCs）	细胞生物学	异位骨化	单细胞RNA测序分析、谱系追踪小鼠模型	小鼠模型	基因表达数据、细胞图像	NA
455	2025-05-03	Benchmarking cell type annotation methods for 10x Xenium spatial transcriptomics data 2025-Jan-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06044-0 PMID:39833693	研究论文	本文比较了五种基于参考的细胞类型注释方法在10x Xenium空间转录组数据上的性能	首次系统评估了基于参考的细胞类型注释工具在成像空间转录组数据上的表现	研究仅针对人类乳腺癌Xenium数据，未涵盖其他疾病或平台	评估不同细胞类型注释方法在空间转录组数据上的适用性	10x Xenium平台的人类乳腺癌空间转录组数据	空间转录组学	乳腺癌	10x Xenium空间转录组技术	SingleR, Azimuth, RCTD, scPred, scmapCell	空间转录组数据	NA
456	2025-05-03	A practical guide for choosing an optimal spatial transcriptomics technology from seven major commercially available options 2025-Jan-20, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11235-3 PMID:39833687	review	本文分析和比较了七种主要商业可用的空间转录组技术，以帮助研究人员根据其特定研究目标选择最合适的平台	提供了针对七种商业空间转录组技术的详细比较和选择指南	仅涵盖商业可用技术，可能未包括所有最新或实验性技术	帮助研究人员选择最适合其需求的空间转录组技术	七种商业可用的空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	RNA分子空间分布数据	NA
457	2025-05-03	Desmoglein-2 was a novel cancer-associated fibroblasts-related biomarker for oral squamous cell carcinoma 2025-Jan-20, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05284-5 PMID:39833796	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，识别出口腔鳞状细胞癌(OSCC)中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的生物标志物DSG2，并评估其预后价值	首次将DSG2鉴定为OSCC中CAFs相关的预后生物标志物，并揭示其与免疫治疗反应的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探索OSCC中CAFs相关的生物标志物及其临床意义	口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者样本	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、qPCR、western blot	Cox回归分析、受试者工作特征(ROC)分析	基因表达数据	未明确说明
458	2025-05-03	Gene function revealed at the moment of stochastic gene silencing 2025-Jan-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07530-0 PMID:39828795	research paper	介绍了一种名为scSGS的新方法，利用单细胞基因表达的自然变异性来解析基因功能	提出scSGS方法，通过分类转录活跃和沉默的细胞样本，识别差异表达基因来推断目标基因功能，避免了基因敲除和扰动研究中的生存偏差	NA	开发一种高效的方法来预测基因功能，减少基因功能研究中转基因动物的使用	基因表达和功能	genomics	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
459	2025-05-03	Intercellular TIMP-1-CD63 signaling directs the evolution of immune escape and metastasis in KRAS-mutated pancreatic cancer cells 2025-Jan-18, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02207-4 PMID:39825392	research paper	研究揭示了KRAS突变的胰腺癌细胞通过TIMP-1-CD63信号通路逃避免疫清除和促进转移的机制	发现了早期浸润巨噬细胞通过TIMP-1-CD63信号维持ERKactiveDUSP2low癌细胞群的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证有限	探究KRAS突变上皮细胞获得免疫逃逸和转移能力的机制	KRAS突变的胰腺导管腺癌细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、数字空间转录组分析	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	人类和小鼠原代胰腺癌细胞系、临床PDAC样本
460	2025-05-03	Cortisol regulates neonatal lung development via Smoothened 2025-Jan-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03104-0 PMID:39827090	研究论文	研究揭示了皮质醇通过竞争性结合Smoothened（SMO）的富含半胱氨酸结构域（CRD）来调节胆固醇对SMO的刺激，从而调控新生小鼠肺成熟的新机制	首次发现皮质醇通过竞争性结合SMO的CRD结构域抑制Shh/SMO信号通路的激活，进而调控肺成纤维细胞的增殖和肺发育	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明皮质醇在新生儿肺发育中的保护机制	新生小鼠肺组织	分子生物学	新生儿呼吸窘迫综合征（NRDS）	分子对接模拟（Autodock）、体外结合实验、CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq、FISH	基因编辑小鼠模型（Smoa/a）	分子相互作用数据、基因表达数据、形态学数据	基因编辑小鼠模型及对照组的肺组织样本