单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-09-30	Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.11.02.514917 PMID:40950142	研究论文	介绍Tensor-cell2cell v2计算工具，用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化	首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯，保留各模态独立性和数据结构	NA	开发能解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具	脑类器官发育过程中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学，耦合张量分量分析	张量分解模型	单细胞转录组数据	NA
442	2025-09-30	Sex-related variations in liver homeostasis and disease: From zonation dynamics to clinical implications 2025-Aug-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.007 PMID:40846185	综述	本文探讨肝脏在性别差异方面的表现，包括结构、代谢功能和疾病易感性的不同，以及分区异质性的影响	整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学等新技术，揭示与肝脏功能空间异质性一致的性别特异性基因和蛋白表达差异	NA	研究肝脏性别二态性的生物学基础及其对疾病易感性和进展的影响	人类肝脏组织及其分区（汇管区和中央静脉区）	数字病理	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学、数字孪生模型	数字孪生模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
443	2025-09-30	Single-cell transcriptomics identifies an increased Ly6G- neutrophil population and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	通过单细胞转录组学分析电子烟暴露小鼠肺部的免疫细胞变化	首次在单细胞水平揭示烟草口味电子烟引起Ly6G-中性粒细胞群体增加和T细胞毒性增强的性别特异性免疫反应	样本量较小（每组每性别n=2），仅研究急性暴露效应	确定 flavored e-cig暴露后肺部的免疫景观变化	C57BL/6J小鼠肺部细胞	免疫学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 细胞计数数据, 细胞因子/趋化因子数据	71,725个细胞，来自对照组和处理组（每组每性别2只小鼠）
444	2025-09-30	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出DeepSAS框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	开发了首个基于深度图表示学习的本征-hoc框架，能够从单细胞数据中识别稳健且具有生物学基础的衰老表型	NA	表征衰老细胞并识别相应的衰老相关基因，以增进对衰老和年龄相关疾病的理解	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞	生物信息学	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq，Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	健康眼细胞图谱和内部特发性肺纤维化数据集
445	2025-09-30	cp_measure: API-first feature extraction for image-based profiling workflows 2025-Jul-01, ArXiv PMID:41019218	研究论文	介绍cp_measure这一Python库，将CellProfiler的核心测量功能模块化为API优先的工具，用于程序化特征提取	将CellProfiler的特征提取能力转化为模块化API优先工具，实现与Python生态系统的无缝集成	NA	开发适用于机器学习工作流的自动化、可重复图像分析工具	生物图像中的细胞特征	计算生物学	NA	图像分析、特征提取	NA	图像	NA
446	2025-09-30	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究揭示了前庭毛细胞动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征	首次发现前庭动纤毛同时具备初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并证实其具有自主运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
447	2025-09-30	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观状态的演化过程	建立理论框架解释离散疾病表型为何在单细胞尺度隐藏而在聚合宏观水平显现，并利用状态转换理论揭示细胞类型特异性贡献如何调控疾病表型状态转换	NA	探索单细胞与批量转录组学中编码的癌症特异性信息内容，解析离散疾病定义状态如何从固有噪声的单细胞数据中产生	慢性髓系白血病（CML）进展过程	单细胞测序分析	慢性髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
448	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空图谱分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制	首次整合单核基因组学和空间转录组学技术，在细胞类型和脑区特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；样本量相对有限（36个小鼠大脑）	阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑（超过50万个细胞）和12个脑切片
449	2025-09-30	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5过渡的机制	首次发现p63在釉质器官发育中借用皮肤发育的Krt8-to-Krt5过渡机制，通过染色质景观重塑调控细胞分化	研究仅基于小鼠切牙模型，早期p63敲除小鼠的发育停滞限制了对其完整功能的解析	阐明p63在釉质器官细胞类型分化中的具体作用机制	小鼠切牙釉质器官上皮细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、轨迹重建、比较转录组分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	小鼠切牙样本
450	2025-09-30	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织结构	首次提供嗅球的全面分子图谱，揭示嗅觉上皮基因表达程序如何指导嗅球分子结构的形成	研究仅限于小鼠模型，未验证其他物种的适用性	探索脊椎大脑对称性组织原则在分子和细胞水平的具体表现	小鼠嗅球及其中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞	空间转录组学	NA	3D空间转录组学	NA	空间基因表达数据	近一千个分子特征不同的肾小球结构
451	2025-09-30	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应和组织保护之间的平衡功能	首次发现阴道组织NK细胞具有独特的效应和组织保护双重功能，并在稳态和感染状态下表现出不同的功能特征	NA	探索黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护中的平衡机制	人类和小鼠阴道组织中的NK细胞	免疫学	疱疹病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	人类阴道组织样本和小鼠模型
452	2025-09-30	Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332988 PMID:41004487	研究论文	通过多组学分析揭示胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型	首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用，发现新的分子亚型并建立基于机器学习的预后标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和临床意义	胃腺癌患者和细胞系	生物信息学	胃腺癌	多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、Western blot、集落形成、CCK-8、Transwell实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、临床数据	公共数据库中的胃腺癌样本（具体数量未明确说明）
453	2025-09-30	Integration of Single-Cell RNA and Bulk RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Identifies Survival-Associated Regulatory Networks in Glioblastoma 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70025 PMID:40804738	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示胶质母细胞瘤的细胞异质性并识别与生存相关的调控网络	首次结合单细胞和批量转录组数据识别生存相关细胞状态，发现由超级增强子调控的基因网络可预测患者生存和免疫治疗反应	NA	探索胶质母细胞瘤中细胞异质性和超级增强子驱动调控网络的临床意义	胶质母细胞瘤患者样本	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, CellChat分析, Scissor算法, WGCNA分析	NA	RNA测序数据	NA
454	2025-09-30	Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer 2023-11-08, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-023-00486-4 PMID:37941075	综述	本文综述了单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫治疗中的应用进展	系统总结了单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞受体设计、指导T细胞基因修饰和改进制造工艺	NA	探讨CAR-T免疫治疗在临床实践中失败的原因及单细胞分析技术的应用价值	嵌合抗原受体T细胞免疫治疗	免疫治疗	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
455	2025-09-30	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	本研究探讨了Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的效果，通过临床前模型和I期临床试验验证其抑制肿瘤生长和上皮间质转化的作用	首次报道Netrin-1在子宫内膜癌中的上调现象，并证明其阻断剂NP137能够同时诱导肿瘤消退和抑制EMT，且与标准化疗联合使用效果更佳	I期临床试验样本量较小（14例患者），需要更大规模的临床试验验证疗效	评估Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的疗效和机制	子宫内膜癌患者和小鼠模型	肿瘤学研究	子宫内膜癌	RNA-seq、空间转录组学、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据	14例晚期子宫内膜癌患者和EC小鼠模型
456	2025-09-30	Cryopreservation and post-thaw characterization of dissociated human islet cells 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0263005 PMID:35081145	研究论文	本研究优化了分离人胰岛细胞的冷冻保存方法，获得了可用于糖尿病研究的功能性细胞	开发了分级冷冻方案，首次系统评估了冷冻保存对胰岛细胞分子表型和功能特性的影响	未明确说明样本数量和具体实验重复次数	优化胰岛细胞冷冻保存方法，为糖尿病研究提供细胞来源	分离的人胰岛细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、膜片钳电生理学、冷冻保存技术	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
457	2025-09-29	Daytime SHP2 inhibitor dosing, when immune cell numbers are elevated, shrinks neurofibromas 2025-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202503359 PMID:40992926	研究论文	本研究探讨SHP2抑制剂在特定给药时间通过靶向单核细胞来源的巨噬细胞缩小神经纤维瘤的机制	发现SHP2抑制剂仅在白天给药时有效缩小肿瘤，揭示了药物疗效与髓系细胞浸润昼夜模式的关联	研究仅在动物模型中进行，尚未验证人类患者的适用性	研究SHP2抑制剂对神经纤维瘤体积和免疫微环境的影响	神经纤维瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	神经纤维瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞计数数据	NA
458	2025-09-29	Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation 2025-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20760 PMID:40439472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了苔藓样移植物抗宿主病的干扰素特征，并在小鼠模型中验证了IFNAR1抗体治疗的潜力	首次通过单细胞RNA测序揭示lGVHD皮肤的干扰素特征，并证明IFNAR1抗体可预防皮肤炎症	人类样本量较小（n=3），需要更大规模研究验证	解析苔藓样GVHD的免疫机制并评估阻断I型干扰素通路的效果	人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型	免疫学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq, bulk-RNA-Seq, 定量PCR, 微阵列数据分析	小鼠异基因移植模型	基因表达数据	人类皮肤样本：lGVHD 3例+健康对照4例（单细胞测序），lGVHD 13例+健康对照10例（PCR）；小鼠模型使用公开微阵列数据
459	2025-09-29	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Oct, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数字空间分析技术揭示了多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗获得性耐药的骨髓免疫生态系统机制	首次系统性地揭示了骨髓免疫生态系统中IFN-γ通过激活MYC调控网络诱导达雷妥尤单抗获得性耐药的新机制	样本量相对有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的免疫学机制	多发性骨髓瘤患者治疗前后的配对样本	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析，体外和体内实验	单细胞调控网络推断	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	配对治疗前后样本，4个外部验证队列（GSE24080、GSE136337、GSE57317和coMMpass）
460	2025-09-29	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Oct-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT信号通路加剧铁死亡诱导的脑损伤，从而恶化缺血性卒中	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进脑缺血再灌注损伤中的铁死亡过程	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在临床样本中验证	探究SPP1在缺血性卒中中的作用机制及其与铁死亡的关系	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	分子生物学	缺血性卒中	单细胞测序、Western blot、蛋白组学分析、免疫荧光、电子显微镜	NA	蛋白质表达数据、显微镜图像、活性氧定量数据	HT22细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）