单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 37441 篇文献,本页显示第 441 - 460 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
441 2026-03-13
Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids
2026-Mar-02, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 本文比较了短读长和长读长单细胞测序技术在兔子精子细胞等位基因特异性表达分析中的应用 首次在兔子精子细胞中利用长读长测序技术进行等位基因特异性表达分析,并识别出与生育相关的候选基因 研究仅针对兔子精子细胞,未在其他物种或细胞类型中验证,且未来需要进一步评估基因在遗传生物控制中的适用性 识别兔子精子细胞中等位基因特异性表达的候选基因,以支持遗传生物控制应用 兔子精子细胞 单细胞测序 NA 短读长测序, 长读长测序 NA 单细胞RNA-seq数据 NA Illumina 单细胞RNA-seq NA NA
442 2026-03-13
Multi-omics profiling reveals cholic acid-mediated immunosuppression driven by peritumoral ductular reactions in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-02, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了肝细胞癌中由肿瘤周围导管反应介导的胆酸驱动的免疫抑制机制 整合人工智能病理学、单核多组学、空间转录组学和代谢组学,首次发现胆酸通过NR1H4依赖性PD1上调诱导CD8 T细胞功能障碍,并证明NR1H4抑制与抗PD1疗法在动物模型中具有协同抗肿瘤作用 研究主要基于临床样本和动物模型,人类临床试验数据尚未提供,且机制细节需进一步验证 探究肝细胞癌肿瘤周围微环境中导管反应的生物学功能及其对免疫抑制和疾病进展的影响 肝细胞癌患者的肿瘤及周围组织样本,以及小鼠模型 数字病理学 肝癌 单核多组学, 空间转录组学, 代谢组学 人工智能病理学 图像, 转录组数据, 代谢组数据 未明确指定样本数量,但涉及人类肝细胞癌组织和小鼠模型 NA 单核多组学, 空间转录组学 NA NA
443 2026-03-13
scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation
2026-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文提供了一个用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT模型进行细胞类型分类的完整端到端协议 提出了首个针对视网膜单细胞数据微调scGPT模型的完整自动化协议,实现了99.5%的F1分数,并提供命令行脚本和Jupyter Notebook简化使用流程 需要中等生物信息学知识,对Python和Linux有基本要求,主要针对视网膜数据集进行验证 开发高精度单细胞类型注释方法 视网膜单细胞RNA测序数据 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 Transformer (scGPT) 单细胞RNA测序数据 自定义视网膜数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
444 2026-03-13
Single-cell spatiotemporal transcriptomic and chromatin accessibility profiling in developing postnatal human and macaque prefrontal cortex
2026-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 本研究构建了人类和猕猴出生后前额叶皮层发育的单细胞基因表达、染色质可及性和空间转录组学比较数据库 首次在单细胞分辨率下对人类和猕猴出生后前额叶皮层发育进行多组学(基因表达、染色质可及性、空间转录组)比较分析,揭示了物种特异的发育轨迹和调控网络 研究主要关注出生后发育阶段,未涵盖胚胎期发育过程;样本来源和数量可能限制某些罕见细胞类型的发现 解析人类前额叶皮层发育的细胞和分子特征,理解人类认知能力及神经精神疾病易感性的基础 人类和猕猴出生后前额叶皮层组织 空间转录组学 神经发育障碍 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 NA 单细胞基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 人类和猕猴出生后前额叶皮层样本(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 NA NA
445 2026-03-13
CRISPRi screening in cultured human astrocytes uncovers distal enhancers controlling genes dysregulated in Alzheimer's disease
2026-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 本研究结合CRISPRi、单细胞RNA测序和机器学习,构建了人类原代星形胶质细胞中增强子-基因相互作用的资源AstroREG,并开发了预测模型EGrf 首次在人类原代星形胶质细胞中通过CRISPRi功能筛选系统鉴定增强子-基因调控关系,并利用获得的真实数据训练机器学习模型进行全基因组预测 研究仅针对人类原代星形胶质细胞这一特定细胞类型,未涵盖其他神经细胞类型 揭示远端增强子在星形胶质细胞中的功能状态及其调控的靶基因,特别是与阿尔茨海默病相关的基因 人类原代星形胶质细胞 机器学习 阿尔茨海默病 CRISPR抑制(CRISPRi)、单细胞RNA测序、机器学习 随机森林(RF) 基因表达数据 近1000个PsychENCODE增强子 NA 单细胞RNA-seq NA NA
446 2026-03-13
Neuro-epithelial circuits promote sensory convergence and intestinal immunity
2026-Mar, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究揭示了TRPV1痛觉感受器与上皮簇细胞之间的神经-上皮回路在驱动2型炎症和抗蠕虫免疫中的关键作用 首次发现TRPV1痛觉感受器通过化学感应上皮簇细胞启动组织反应级联,揭示了神经元与上皮细胞之间感觉汇聚的新机制 研究主要聚焦于肠道抗蠕虫免疫,其他屏障表面(如呼吸道)的类似机制尚未验证 探究不同类型感觉输入(上皮、神经元、免疫细胞)如何协调整合以驱动2型炎症 TRPV1痛觉感受器、肠道上皮簇细胞、蠕虫感染模型 免疫学 寄生虫感染 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
447 2026-03-13
Sarcoidosis: Disease mechanisms, diagnostic pathway and treatment
2026-Mar, Autoimmunity reviews IF:9.2Q1
综述 本文综述了结节病的疾病机制、诊断路径和治疗方法 整合了最新的免疫学研究,包括单细胞RNA测序和空间转录组学,以深入理解疾病发病机制 由于疾病罕见性、临床病程异质性以及缺乏预后生物标志物,设计和实施新疗法临床试验存在困难 探讨结节病的病因、诊断挑战和治疗策略 结节病患者及其疾病机制 数字病理学 结节病 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
448 2026-03-13
Polystyrene nanoplastics disrupt ovarian development via cytoskeletal remodeling and epigenetic reprogramming particularly in granulosa cells
2026-Mar-01, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1
研究论文 本研究通过体内外模型,系统探究了聚苯乙烯微/纳米塑料(PS-M/NPs)对青春期雌性小鼠卵巢发育和功能的影响,揭示了纳米塑料通过细胞骨架重塑和表观遗传重编程(尤其在颗粒细胞中)破坏卵巢发育的分子机制 首次在单细胞分辨率水平绘制了PS-NPs介导的卵巢毒性图谱,揭示了纳米塑料通过细胞骨架损伤和表观遗传重编程破坏生殖功能的新机制,并确定了STAT1作为关键转录调节因子 研究主要聚焦于聚苯乙烯纳米塑料对小鼠卵巢的毒性,其结论在人类或其他物种中的普适性仍需进一步验证,且环境暴露的长期效应和剂量反应关系有待更深入探究 探究微/纳米塑料对哺乳动物生殖系统(特别是卵巢发育和功能)的毒性作用及其分子机制 青春期雌性小鼠的卵巢组织及体外培养的颗粒细胞 单细胞组学 生殖系统疾病 单细胞RNA测序, ATAC-seq, RNA-seq NA 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 转录组数据 青春期雌性小鼠(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA-seq NA NA
449 2026-03-13
Single-cell transcriptomics reveals phenotypic and functional alterations of erythroid progenitor cells in tuberculosis patients
2026-Mar, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了结核病患者红细胞祖细胞的表型和功能改变 首次在单细胞分辨率下系统描绘了不同结核病阶段和不同组织区室中红细胞祖细胞的异质性,并揭示了其与免疫细胞的双向互作网络,建立了贫血、免疫调节与红细胞祖细胞生物学之间的联系 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证;样本量相对有限,特别是播散性结核病队列 探究结核病相关贫血的细胞机制,特别是红细胞祖细胞的动态变化及其与免疫系统的相互作用 健康对照、潜伏性结核感染患者、结核病患者和播散性结核病患者的PBMC,以及结核病肺组织样本 单细胞转录组学 结核病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个队列的PBMC样本及结核病肺组织样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
450 2026-03-13
Advances in predicting omics profiles from imaging data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文全面综述了利用成像数据预测分子组学(包括DNA变异、批量转录组、单细胞转录组和空间转录组)的当前方法 首次跨疾病背景和成像模态,系统性地综述了从成像数据预测多种组学谱的方法,并强调了深度学习策略的应用 作为一篇综述文章,未提出新的预测模型或方法,主要总结现有研究 探索并总结从医学成像数据直接预测分子组学谱的方法,以替代成本较高或难以实施的分子检测 医学成像数据(如组织病理学图像)与对应的分子组学数据(DNA、转录组等) 数字病理学 NA 深度学习,现代统计框架 深度学习模型(如CNN等) 图像 NA NA NA NA NA
451 2026-03-13
CBX3:IL1RN Reflects Distinct Cellular States That Defines the Clinical Outcome of Oral Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2
研究论文 本研究提出了一种基于CBX3:IL1RN表达比率的简化口腔鳞状细胞癌分类系统,用于预后预测和个性化治疗 利用基因对CBX3:IL1RN的表达比率有效捕获肿瘤分子亚型特征,简化了临床分类的复杂性 样本量相对较小(33例患者),且依赖于多个单细胞数据集的整合,可能影响结果的普适性 开发一种简化的口腔鳞状细胞癌分子亚型分类方法,以改善临床预后评估和治疗策略 口腔鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光检测 TSP算法 单细胞数据、空间转录组数据、免疫荧光图像 33例原发性口腔鳞状细胞癌患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
452 2026-03-13
Heterogeneity and Clinical Relevance of Human Adipose Stromal and Progenitor Cells
2026-Mar, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1
综述 本文综述了人类脂肪基质和祖细胞的异质性及其临床相关性,整合了单细胞转录组学等先进方法的最新发现 通过系统比较近期单细胞数据集,首次识别出至少八种不同的ASPC亚型,并关联其与代谢疾病的临床功能 不同研究间存在细胞类型检测不一致的情况,反映了生物学和方法学变异性,需要进一步验证研究 阐明脂肪基质和祖细胞的异质性及其在代谢疾病中的临床意义 人类白色脂肪组织中的脂肪基质和祖细胞 单细胞生物学 代谢疾病 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
453 2026-03-13
Mapping biology in space: from spatial transcriptomics platforms to analytical tools and databases
2026-02-28, Science bulletin IF:18.8Q1
综述 本文系统总结了空间转录组学(ST)领域的实验平台、分析工具和数据库,并介绍了新开发的集成平台SpatialToolDB 提供了截至2025年9月对77种ST技术和594种分析工具的系统性总结,并开发了持续更新的集成平台SpatialToolDB,以促进技术选择和方法比较 作为一篇综述文章,其局限性在于主要总结现有技术和方法,而非提出全新的实验或计算框架 梳理空间转录组学领域的技术发展、分析流程和工具资源,为生物医学研究提供数据驱动的基础 空间转录组学技术、分析工具及相关数据库 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
454 2026-03-13
Efficacy of transarterial chemoembolization combined with PD-1 versus PD-L1 inhibitors in mass-forming intrahepatic cholangiocarcinoma: a multicenter retrospective study
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究是一项多中心回顾性研究,旨在比较经动脉化疗栓塞术联合PD-1抑制剂与PD-L1抑制剂治疗肿块型肝内胆管癌的疗效和安全性 首次在真实世界数据中直接比较TACE联合PD-1抑制剂与PD-L1抑制剂对肿块型肝内胆管癌的疗效,并结合单细胞RNA测序和流式细胞术探索了潜在的免疫机制 研究为回顾性设计,样本量较小(50例患者),且为单中心研究,可能存在选择偏倚 评估TACE联合不同免疫检查点抑制剂在肿块型肝内胆管癌中的疗效和安全性,并探索预后相关的临床因素及联合治疗的初步免疫机制 肿块型肝内胆管癌患者 数字病理学 肝内胆管癌 单细胞RNA测序,流式细胞术 LASSO回归,Cox比例风险模型,Kaplan-Meier生存分析 临床数据,单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 50例患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
455 2026-03-13
Tumor-intrinsic B4GALNT3 expression drives a protective immune microenvironment in endometriosis-associated ovarian cancer
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过整合计算生物学方法,鉴定B4GALNT3作为子宫内膜异位症相关卵巢癌的新型保护性生物标志物,并揭示其通过驱动抗肿瘤免疫微环境改善患者生存的机制 首次发现B4GALNT3在EAOC中的亚型特异性保护作用,并通过多组学数据验证其与抗肿瘤免疫微环境的关联 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏蛋白质水平的实验验证和前瞻性临床队列验证 开发针对子宫内膜异位症相关卵巢癌的稳健、组织型特异性生物标志物,并解释其与肿瘤免疫微环境的关联 子宫内膜异位症相关卵巢癌患者组织样本及公共基因表达数据 计算生物学 卵巢癌 单细胞RNA测序,基因表达谱分析,机器学习算法,CIBERSORTx去卷积分析 机器学习算法(未指定具体模型),meta分析 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 多个GEO队列(包括GSE65986、GSE226870、GSE224334等) NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
456 2026-03-13
Causal relationship between metabolic syndrome and gastric cancer: insights from comprehensive analysis and biomarker identification
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过孟德尔随机化分析揭示了代谢综合征与胃癌之间的因果关系,并利用机器学习模型识别了四个关键特征基因作为潜在生物标志物 首次结合孟德尔随机化、加权基因共表达网络分析及113种机器学习算法组合系统评估,从复杂转录组数据中稳健识别特征基因,并整合单细胞RNA测序验证其细胞分布和免疫相关性 研究主要基于遗传关联和体外细胞系验证,缺乏大规模前瞻性临床队列数据验证特征基因的临床应用价值 探究代谢综合征与胃癌之间的因果关系并识别潜在分子生物标志物 胃癌细胞系及相关的基因表达数据 生物信息学 胃癌 孟德尔随机化、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、机器学习算法、单细胞RNA测序、定量逆转录聚合酶链反应 Stepglm[backward] + XGBoost 基因表达数据 涉及1,712个差异表达基因和1,314个模块基因,最终识别72个交叉基因 NA 单细胞RNA测序 NA NA
457 2026-03-13
Single-cell RNA sequencing identifies cancer-associated fibroblast marker genes for determining cancer subtypes in oral squamous cell carcinoma and predicting patient prognosis
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序识别口腔鳞状细胞癌中的癌症相关成纤维细胞标记基因,用于确定癌症亚型并预测患者预后 利用单细胞RNA测序数据识别CAF标记基因,构建CAF相关预后特征,并揭示CAF亚型与免疫治疗反应的关系 研究基于公共数据库的回顾性数据,缺乏外部验证队列和实验验证 识别CAF标记基因并阐明其在口腔鳞状细胞癌分型和预后预测中的作用 口腔鳞状细胞癌患者 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 LASSO Cox回归模型 基因表达数据 来自TCGA和GEO数据库的口腔鳞状细胞癌患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
458 2026-03-13
A risk score model based on glycosylation-related genes for predicting radioresistance and prognosis of lung adenocarcinoma
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究构建了一个基于糖基化相关基因的风险评分模型,用于预测肺腺癌患者的放疗抵抗和预后 首次系统性地构建了基于糖基化相关基因的风险评分模型来预测肺腺癌的放疗抵抗和预后,并通过单细胞测序和分子对接发现了维A酸作为潜在放疗增敏剂的新靶点 研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证模型的预测效能 研究糖基化相关基因在肺腺癌放疗患者中的预后特征,并构建预测模型 肺腺癌患者 生物信息学 肺癌 RNA测序,单细胞测序,分子对接,湿实验验证 LASSO回归风险评分模型 RNA测序数据,单细胞测序数据 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 NA RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
459 2026-03-13
Bioinformatics identification of adenosylhomocysteinase (AHCY) as a regulator of ferroptosis in nasopharyngeal carcinoma cells via the Hippo-Yes-associated protein (Hippo-YAP) pathway
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过生物信息学分析鉴定出AHCY基因,并发现其通过Hippo-YAP通路调控鼻咽癌细胞的铁死亡,从而促进癌细胞侵袭和迁移 首次将AHCY鉴定为通过Hippo-YAP通路调控鼻咽癌细胞铁死亡的关键基因,并揭示了其在促进癌细胞恶性进展中的新机制 研究结果主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型和临床样本的验证,需要进一步研究来确认其临床相关性 识别影响鼻咽癌恶性进展的关键基因并研究其调控机制 鼻咽癌细胞系(NPC/HK1和c666-1)及鼻咽上皮细胞系NP69 生物信息学 鼻咽癌 RNA测序、生物信息学分析、Western blot、细胞活力检测、流式细胞术、伤口愈合实验、Transwell实验、ROS检测 机器学习(用于生物信息学分析) RNA测序数据(bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq)、蛋白质表达数据、细胞功能数据 多个公共数据集(GSE53819, GSE61218, GSE64634, GSE12452, GSE102349, GSE150825),具体样本数量未在摘要中说明 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
460 2026-03-13
Exploring the lactate-metabolism related characteristics during the development of medulloblastoma through single-cell and bulk RNA-seq
2026-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过单细胞和批量RNA-seq技术,探索了髓母细胞瘤发展过程中乳酸代谢相关特征,并识别了与疾病相关的核心基因 结合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据,首次系统分析了髓母细胞瘤中乳酸代谢相关基因的异质性及其在细胞亚群中的功能差异 研究主要基于公共数据集,缺乏实验验证,且样本量有限,可能影响结果的普适性 确定乳酸代谢相关基因在髓母细胞瘤生物学机制中的作用,为临床诊断和治疗靶点提供新见解 髓母细胞瘤细胞 数字病理学 髓母细胞瘤 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq 随机森林 RNA-seq数据 基于GEO数据集GSE155446和GSE85217,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
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