单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-09-06	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚	探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
442	2025-09-06	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律	NA	揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
443	2025-09-06	Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10524 PMID:40893145	研究论文	通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群	发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱	样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析	探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用	单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本
444	2025-09-06	Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446 PMID:40895534	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制	首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略	小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系	分子病理学	急性肾损伤	scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据	小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明）
445	2025-09-06	Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523019 PMID:40896540	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物	首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型	CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库	阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物	脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest）	集成学习模型	基因表达数据	380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本
446	2025-09-06	Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133 PMID:40909286	correction	对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
447	2025-09-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限	揭示人类海马体的细胞类型分子特征和空间组织结构	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成年神经典型捐赠者的海马体组织切片
448	2025-09-06	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康与动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切力的转录组响应，揭示动脉粥样斑块中保护性因子KLK10与剪切力信号解耦的机制	首次发现动脉粥样硬化病变中生理剪切力与保护性因子KLK10的表达解耦，并鉴定出疾病状态下内皮细胞亚群的炎症和凋亡特征	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究动脉粥样硬化动脉对生理剪切力保护性效应的响应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食模型）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）
449	2025-09-06	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-09-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡（disulfidptosis）机制与缺血性脑卒中研究结合，并利用多算法机器学习模型和单细胞通讯网络分析揭示基因与免疫微环境的相互作用	研究主要基于公共数据库和体外模型，缺乏大规模临床样本验证	探究二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用及免疫关联	缺血性脑卒中患者外周血样本、体外氧糖剥夺（OGD）模型小胶质细胞	生物信息学与计算生物学	缺血性脑卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO/随机森林/SVM-RFE）、氧糖剥夺模型	LASSO, Random Forest, SVM-RFE, 诺莫图预测模型	基因表达数据、单细胞测序数据	GEO数据库中缺血性脑卒中患者外周血样本（未明确数量）及体外细胞模型
450	2025-09-06	Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage 2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024 PMID:38414241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示肝星状细胞在损伤后向间皮细胞样状态逆转的过程，并发现靶向Osr1可减轻肝纤维化	首次发现肝星状细胞在损伤后发生间质-间皮转化（MMT），并鉴定出关键转录因子Osr1调控这一过程	研究主要基于小鼠NASH模型，人类临床相关性需进一步验证	探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找治疗靶点	肝星状细胞（HSCs）及其转化产生的损伤相关中间细胞（DIHMs）	数字病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体内谱系追踪，双重组酶系统	NA	基因表达数据	NASH模型小鼠（具体数量未在摘要中说明）
451	2025-09-06	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024, BMC methods DOI:10.1186/s44330-024-00015-2 PMID:40893796	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction指标，显著提升紧密相关细胞类型的标记基因选择性能	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型身份的最大分类精度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据集（人脑、肾脏和肺）
452	2025-09-06	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法发现SLC6A12和SLC19A1作为人脑周细胞的新标志物，并验证其抗体在FFPE组织中的适用性	在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）的探索性样本中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠脑部不同区域的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组化	NA	单细胞转录组数据、蛋白质数据、图像数据	人和小鼠多个脑区域样本及多器官（脑、肾、肺、肝、肌肉）FFPE组织样本
453	2025-09-06	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境	提出基于局部子图的图神经网络方法，捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用，相比基于细胞类型局部组成的深度学习方法显著提升预测准确性	NA	识别与癌症复发和患者生存相关的空间模式	人类头颈癌和结直肠癌组织样本	数字病理	癌症	40-plex免疫荧光成像	图神经网络（GNN）	空间蛋白质谱图像数据	NA
454	2025-09-06	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本研究揭示了JAG1-NOTCH4机械感应通路通过调节内皮细胞异质性促进动脉粥样硬化的机制	首次发现JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并证明其通过调控内皮细胞亚群促进动脉粥样硬化	NA	探究紊乱血流通过JAG1-NOTCH4信号通路促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和小鼠动脉、培养的人冠状动脉内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、光片成像	NA	基因表达数据、成像数据	多种动物模型和细胞培养样本
455	2025-09-06	MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data 2015-Dec-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0844-5 PMID:26653891	研究论文	提出一种针对单细胞RNA测序数据的灵活统计框架MAST，用于评估转录变化和表征异质性	采用两部分广义线性模型处理双峰表达数据，并引入细胞检测率作为混杂变异调整因子	NA	解决单细胞转录组数据中的随机丢失和双峰分布问题，提供更准确的差异表达分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	广义线性模型(GLM)	基因表达数据	NA
456	2025-09-05	Emerging molecular targets in deep vein thrombosis: from inflammation to coagulation 2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2025.2548735 PMID:40898418	综述	本文综述了深静脉血栓形成中连接炎症与凝血途径的新兴分子靶点	聚焦于免疫血栓形成机制，系统整合了NETs、PAD4、P-selectin等新型分子靶点及其交叉调控网络	临床转化面临物种差异、脱靶效应及免疫防御平衡等挑战	探索深静脉血栓的新型治疗靶点以开发出血风险更低的疗法	中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）、PAD4、P-选择素等分子靶点	分子病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
457	2025-09-05	A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis 2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241873 PMID:40900124	研究论文	通过跨物种单细胞分析比较人类和小鼠狼疮性肾炎中的肾内髓系细胞，鉴定保守的疾病相关巨噬细胞	首次建立人类与小鼠肾内髓系细胞图谱，发现跨物种保守的疾病相关单核/巨噬细胞亚群及其基因表达特征	研究基于155例患者和四种小鼠模型，样本量和模型多样性可能存在限制	探索狼疮性肾炎中髓系细胞的病理机制及小鼠模型对人类疾病的转化价值	人类狼疮性肾炎患者和小鼠模型的肾内髓系细胞	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞测序、空间转录组学、功能研究	NA	单细胞数据、空间转录数据	155例狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型
458	2025-09-05	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文探讨选择性剪接作为慢性肾病新型致病机制的调控作用及治疗潜力	首次系统阐述选择性剪接在慢性肾病中的致病机制，并提出靶向剪接的治疗新策略	需进一步研究剪接动态变化及其调控因子在疾病中的具体功能贡献	阐明选择性剪接与慢性肾病之间的功能联系	肾小管上皮细胞及剪接异构体	病理机制研究	慢性肾病	单细胞测序	NA	基因组数据	全球超过10%人口（流行病学数据）
459	2025-09-05	N-glycosylation stabilized TNFAIP6 promotes ovarian cancer metastasis by activating the PI3K-AKT signaling pathway 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112013 PMID:40701312	研究论文	本研究揭示N-糖基化稳定的TNFAIP6通过激活PI3K-AKT信号通路促进卵巢癌转移	首次发现N-糖基化通过抑制泛素化降解稳定TNFAIP6蛋白，并阐明其通过PI3K/AKT通路调控EMT和免疫抑制微环境的新机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化价值需进一步验证	阐明卵巢癌转移的分子机制并寻找治疗靶点	卵巢癌细胞系、动物模型及临床样本数据	癌症生物学	卵巢癌	RNA-seq, scRNA-seq, Western blot, 免疫荧光, 慢病毒敲低/过表达, Co-IP, 计算反卷积算法	NA	基因组数据、蛋白质数据、临床预后数据	TCGA和GEO数据库的多组学数据，具体样本量未明确说明
460	2025-09-05	A STAT1-GBP3-STING positive feedback loop governs inflammation, oxidative stress, and DNA damage to trigger acute aortic dissection 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112015 PMID:40714274	研究论文	本研究揭示了STAT1-GBP3-STING正反馈环路在急性主动脉夹层中调控炎症、氧化应激和DNA损伤的分子机制	首次发现STAT1-GBP3-STING正反馈环路是连接炎症、氧化应激和DNA损伤的核心机制，并验证STAT1抑制剂Fludarabine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明急性主动脉夹层的分子发病机制并探索潜在治疗靶点	小鼠主动脉夹层模型、IFN-γ刺激的血管平滑肌细胞和人升主动脉组织	分子病理学	心血管疾病	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序, ROS染色, ChIP-PCR, CoIP分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质互作数据	小鼠主动脉夹层模型和人类主动脉组织（具体数量未明确说明）