单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-06-24	Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo 2025-Jun-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf041 PMID:39888372	research paper	该研究通过单细胞多组学方法分析了非节段性白癜风患者外周血单个核细胞的转录组和染色质可及性，揭示了系统性免疫失调的机制	首次对非节段性白癜风患者外周血单个核细胞进行单细胞多组学研究，整合了转录组和染色质可及性数据，揭示了系统性免疫失调的新机制	样本量相对较小（NSV患者11例，健康对照5例），虽然通过流式细胞术在扩展队列中进行了验证，但可能影响结果的普遍性	研究非节段性白癜风患者外周免疫细胞的系统性免疫失调机制	非节段性白癜风患者和健康对照者的外周血单个核细胞	digital pathology	autoimmune disease	scRNAseq, scATACseq, spectral flow cytometry	NA	single-cell transcriptomic data, chromatin accessibility data	初始队列：NSV患者11例，健康对照5例；验证队列：NSV患者16例，健康对照9例
442	2025-06-24	Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy 2025-Jun-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02567-w PMID:40537472	research paper	该研究建立了一种具有干细胞特性的结直肠癌细胞系衍生的类器官模型，用于模拟新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态	通过单细胞RNA测序分析揭示了非循环细胞中的不同状态和动态变化，并识别了高表达蛋白质翻译相关基因RPL17和EEF1G的亚群	研究仅基于患者来源的细胞系建立的类器官模型，可能无法完全反映临床实际情况	探索针对耐受药物的残留癌细胞的独特治疗靶点	结直肠癌细胞系衍生的类器官模型	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	organoid model	RNA-seq data	患者来源的细胞系
443	2025-06-24	NAT10 regulates tumor progression and immune microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma via the N4-acetylated LAMB3-mediated FAK/ERK pathway 2025-Jun-20, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70045 PMID:40540648	研究论文	本研究探讨了NAT10在胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤进展和免疫微环境调控作用及其机制	首次揭示了NAT10通过N4-乙酰化修饰LAMB3激活FAK/ERK通路调控PDAC肿瘤进展和免疫微环境的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明NAT10在PDAC肿瘤恶性和肿瘤微环境中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和细胞系	肿瘤免疫学	胰腺癌	乙酰化RNA免疫沉淀、定量PCR、RNA免疫沉淀、Western blotting、单细胞RNA测序、多重免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质数据、免疫细胞表型数据	PDAC组织和细胞系，小鼠模型
444	2025-06-24	Quantitative measurement of phenotype dynamics during cancer drug resistance evolution using genetic barcoding 2025-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59479-7 PMID:40541962	research paper	提出了一种数学框架，通过遗传谱系追踪和种群大小数据推断癌症耐药性动态，无需直接测量耐药表型	开发了一个无需直接测量耐药表型的数学框架，能够准确推断耐药性动态	未提及具体局限性	理解癌症耐药性机制	结直肠癌细胞系SW620和HCT116	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, scDNA-seq	mathematical framework	genetic lineage tracing, population size data	结直肠癌细胞系SW620和HCT116
445	2025-06-24	ISCU-p53 axis orchestrates macrophage polarization to dictate immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07787-7 PMID:40541964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境中的免疫异质性，并探讨了ISCU-p53轴在调控巨噬细胞极化及免疫治疗反应中的作用	首次发现ISCU通过p53依赖性方式促进M2巨噬细胞极化，并揭示了其在调节肿瘤微环境免疫抑制中的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内外实验验证	探索ESCC肿瘤微环境中免疫异质性的分子机制，并寻找改善免疫治疗效果的潜在靶点	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受PD-1抑制剂治疗的部分缓解（PR）、疾病稳定（SD）患者及未接受术前治疗的手术患者的肿瘤样本
446	2025-06-24	The critical role of PDGFRa + Sca1 + fibroblasts in angiogenesis and vascular repair in the corpus cavernosum 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04434-y PMID:40542354	research paper	该研究探讨了PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞在阴茎海绵体血管生成和修复中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别并验证了PDGFRa + Sca1 + 成纤维细胞在血管生成和内皮细胞/平滑肌细胞分化中的功能	研究仅基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探索成纤维细胞在勃起功能障碍发病机制中的作用	糖尿病诱导和神经损伤诱导的勃起功能障碍动物模型	digital pathology	erectile dysfunction	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据	未明确说明样本数量（使用动物模型）
447	2025-06-24	Human induced neural progenitor cells generated from three-dimensional aggregate-based culture significantly improve post-stroke recovery in tMCAO mice 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04433-z PMID:40542444	研究论文	开发了一种基于3D聚集体培养的高效诱导神经祖细胞(iNPCs)生产方法，并验证其在改善中风后恢复中的治疗潜力	开发了可扩展、稳定且高效的3D聚集体培养方法，避免了有害的细胞解离和重铺过程，并首次通过单细胞RNA测序探索了iNPC亚群的多效性治疗潜力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发更高效的iNPC生产方法并验证其在缺血性中风治疗中的潜力	诱导多能干细胞(iPSC)来源的神经祖细胞(iNPCs)和tMCAO小鼠模型	再生医学	缺血性脑卒中	3D聚集体培养、单细胞RNA测序	tMCAO小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	3个iPSC细胞系产生的iNPCs
448	2025-06-24	Integrating multi-omics data to optimize immunotherapy in endometrial cancer: a comprehensive study 2025-Jun-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02978-2 PMID:40540226	research paper	该研究通过整合多组学数据，探索影响子宫内膜癌患者免疫治疗反应的因素，并优化免疫治疗策略	结合多组学数据和多种计算框架，识别了与免疫治疗反应相关的基因组变异和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	优化子宫内膜癌的免疫治疗策略	子宫内膜癌患者	digital pathology	endometrial cancer	multi-omics data analysis, scRNA-seq, somatic mutation and CNV analysis	TIDE, EaSIeR, ImmunoPhenoScore, ESTIMATE, TIMER, EPIC, Scissor	multi-omics data, bulk and single-cell RNA sequencing data	来自公开数据库的子宫内膜癌患者数据
449	2025-06-24	NDRG1-Driven Lactate Accumulation Promotes Lung Adenocarcinoma Progression Through the Induction of an Immunosuppressive Microenvironment 2025-Jun-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501238 PMID:40539245	研究论文	研究揭示了NDRG1通过促进乳酸积累诱导免疫抑制微环境，从而推动肺腺癌进展的机制	首次发现NDRG1通过稳定LDHA促进乳酸积累，进而诱导免疫抑制微环境，并证实其可作为免疫治疗的新靶点	研究主要基于临床前模型和回顾性临床数据，需要进一步的前瞻性临床试验验证	探究NDRG1在肺腺癌进展中的作用机制及其作为免疫治疗靶点的潜力	肺腺癌患者的肿瘤组织、免疫细胞和临床数据	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据、临床数据	30例LUAD样本的scRNA-seq数据、29,863例患者和55,586例对照的GWAS数据、220例LUAD患者的临床数据
450	2025-06-24	A Nano-Electro-Platform Enabling Evolutionary Screening and Remodeling of Tumor Cells for Metastasis Inhibition 2025-Jun-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507684 PMID:40539389	研究论文	介绍了一种纳米电平台，用于筛选和重塑肿瘤细胞以抑制转移	开发了一种非侵入性筛选高侵袭性肿瘤细胞亚群的方法，并利用纳米孔聚焦电场对细胞进行基因重塑，生成具有增强靶向和治疗能力的细胞外囊泡	研究仅在肺癌转移模型中进行验证，未涉及其他癌症类型	开发一种有效抑制肿瘤转移的策略	高侵袭性肿瘤细胞亚群	纳米技术	肺癌	单细胞测序、纳米孔聚焦电场	NA	NA	NA
451	2025-06-24	SGCD: High-Resolution Spatial Domain Characterization via Data Interpolation and Cell-Type Deconvolution 2025-Jun-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506176 PMID:40539696	研究论文	提出了一种基于数据插值和细胞类型反卷积的新方法SGCD，用于高分辨率组织空间域的表征	SGCD通过插值技术估计细胞间基因表达数据，并利用反卷积提取细胞类型信息，结合基因表达、细胞类型和空间位置数据，通过图对比学习精确划分复杂空间域	NA	解决传统空间域识别方法在低分辨率空间转录组数据中忽略关键信息的问题，提高空间域识别的准确性和细节	组织空间域	空间转录组学	胰腺导管腺癌, 乳腺癌	数据插值, 细胞类型反卷积, 图对比学习	SGCD	基因表达数据, 细胞类型数据, 空间位置数据	多个公开数据集（包括人类背外侧前额叶皮层、小鼠大脑、胰腺导管腺癌和乳腺癌）
452	2025-06-24	High glucose burden disrupts the glucose responsiveness of human pancreatic beta cells encapsulated in alginate fibers during Long-Term culture 2025-Jun-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149639 PMID:40544971	research paper	研究高葡萄糖负荷下人类胰腺β细胞在藻酸盐纤维中长期培养时葡萄糖响应性的破坏机制	使用藻酸盐封装技术长期培养人类胰岛细胞，并通过RNA测序和单细胞RNA测序鉴定与β细胞功能障碍相关的候选基因	研究仅基于体外培养模型，可能无法完全反映体内情况	探究高葡萄糖负荷对人类胰腺β细胞葡萄糖响应性的影响及其分子机制	人类胰岛细胞	细胞生物学	糖尿病	RNA测序, 单细胞RNA测序	体外培养模型	基因表达数据	两个不同批次的人类胰岛细胞培养样本
453	2025-06-24	Hepatocyte ApoJ accelerates injury-induced liver fibrosis by activation STAT3 through Ranbp2 mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	research paper	研究探讨了肝细胞ApoJ通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制	揭示了ApoJ通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3，进而促进肝纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的转化需进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何调控STAT3通路以激活肝星状细胞（HSCs）的旁分泌信号	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型	小鼠模型	基因表达数据	肝纤维化小鼠模型和肝硬化患者的单细胞RNA测序数据
454	2025-06-24	Insights into tissue- and cell type-specific effects of Grb10 on pig skeletal muscle growth by multi-omics analysis 2025-Jun-20, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2910-7 PMID:40545505	研究论文	通过多组学分析揭示Grb10在猪骨骼肌生长中的组织和细胞类型特异性效应	结合基因组学、转录组学、表观基因组学和单细胞转录组学，首次在肥胖和瘦肉型猪中鉴定出GRB10的特异性及其转录因子KLF15的肌肉特异性启动子	研究主要聚焦于猪模型，人类中的保守性验证尚不充分	探究GRB10在肌肉生长调控中的关键作用及其在肥胖和瘦肉型猪中的差异	肥胖和瘦肉型猪的骨骼肌组织及细胞	基因组学与生物信息学	肥胖	基因组学、转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、双荧光素酶报告实验、染色质免疫沉淀（ChIP）	NA	基因组数据、转录组数据、表观基因组数据、单细胞RNA测序数据	肥胖和瘦肉型猪的骨骼肌组织及细胞样本
455	2025-06-24	Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae 2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adu8249 PMID:40536976	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，比较了秀丽隐杆线虫和布里格斯线虫在胚胎发育过程中基因表达模式的进化约束	利用两种线虫的保守不变胚胎谱系，系统性地比较了跨物种细胞类型基因表达的进化差异	研究仅针对两种线虫，可能无法完全代表其他物种的基因表达进化模式	探究胚胎发育过程中基因表达模式进化的约束机制	秀丽隐杆线虫(C. elegans)和布里格斯线虫(C. briggsae)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两种线虫的胚胎细胞
456	2025-06-24	Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth 2025-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07768-w PMID:40537499	研究论文	本研究探讨了间隙连接蛋白β5（GJB5）在宫颈癌中的表达及其功能意义，揭示了其通过Gαi3促进Akt激活和癌细胞生长的机制	首次发现GJB5与Gαi3的相互作用，并阐明其在Akt-mTOR信号通路激活中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化仍需进一步验证	寻找宫颈癌的新治疗靶点	宫颈癌细胞和肿瘤组织	癌症生物学	宫颈癌	shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据、蛋白质相互作用数据	TCGA数据库中的宫颈癌组织样本、原代人类宫颈癌细胞、异种移植模型
457	2025-06-24	scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration 2025-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03639-x PMID:40537825	研究论文	介绍了一个名为scExtract的框架，利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据的分析，包括预处理、注释和整合	利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析，并引入了scanorama-prior和cellhint-prior方法，整合先验注释信息以改进批次校正	NA	自动化单细胞RNA测序数据的分析，提高数据注释和整合的效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	大型语言模型	单细胞RNA测序数据	14个数据集，共440,000个细胞
458	2025-06-24	Single-Cell Sequencing Screening of Biomarkers Associated with Lipophagy in the MPTP Model Mice of Parkinson's Disease 2025-Jun-19, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05014-0 PMID:40537664	研究论文	通过单细胞测序技术筛选与帕金森病模型中脂噬作用相关的生物标志物	首次在帕金森病模型中利用单细胞测序技术筛选与脂噬作用相关的生物标志物，并发现Ubb、Gapdh、Cox4i1和Hsp90aa1作为潜在生物标志物	样本量较小（PD组和对照组各3只小鼠），可能影响结果的普遍性	探索脂噬作用在帕金森病发病机制中的具体作用机制	MPTP诱导的帕金森病模型小鼠脑组织	数字病理学	帕金森病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	单细胞转录组数据	6只小鼠（PD组3只，对照组3只）
459	2025-06-24	Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease 2025-Jun-19, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05140-9 PMID:40537665	研究论文	本研究通过单细胞核RNA测序技术分析了阿尔茨海默病患者前额叶皮层样本中可转座元件的转录模式	首次报道了阿尔茨海默病不同脑细胞类型中可转座元件转录的特异性模式	研究仅基于前额叶皮层样本，未涵盖其他脑区	探究可转座元件转录在阿尔茨海默病发病机制中的作用	阿尔茨海默病患者前额叶皮层细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞核RNA测序(sc/snRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	143,951个细胞
460	2025-06-24	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jun-19, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示其与疾病发病机制的关系	首次通过单细胞RNA测序技术分析非梗阻性无精子症中免疫相关基因的表达模式，并发现多个关键基因的异常表达	研究主要基于基因表达数据，缺乏功能实验验证这些基因在疾病中的具体作用机制	研究非梗阻性无精子症的发病机制，特别是免疫失调在其中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集的分析，具体样本数量未明确说明