单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-06-18	Exercise alters transcriptional profiles of senescence and gut barrier integrity in intestinal crypts of aging mice 2025-Jun-13, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00242-z PMID:40514364	research paper	研究探讨了运动如何通过影响衰老小鼠肠道隐窝中的转录组来延缓肠道干细胞衰老并改善肠道屏障功能	首次在衰老小鼠模型中系统揭示了运动通过调控DNA复制、细胞周期及Wnt信号通路等多途径抑制肠道干细胞衰老的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究运动对衰老过程中肠道干细胞功能维持的影响机制	衰老小鼠的肠道隐窝细胞（包括肠道干细胞、过渡扩增细胞和潘氏细胞）	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	衰老小鼠模型（具体数量未明确说明）
442	2025-06-18	Resolving spatial subclonal genomic heterogeneity of loss of heterozygosity and extrachromosomal DNA in gliomas 2025-Jun-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59805-z PMID:40514380	研究论文	该研究通过整合空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序和批量RNA测序技术，解析了胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织	开发了一个综合框架来识别胶质瘤中染色体外DNA（ecDNA）的局部扩增和亚克隆肿瘤异质性，揭示了ecDNA在快速扩增癌基因和增强肿瘤适应性中的作用	样本量较小（初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤），可能限制结果的普遍性	解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织，以理解驱动发病机制的分子和细胞过程	胶质瘤（包括不同病理类型的11例初始队列和6例高级别胶质母细胞瘤复制队列）	基因组学	胶质瘤	空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序、批量RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤
443	2025-06-18	Gαi3: a crucial biomarker and therapeutic target in bladder cancer 2025-Jun-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00989-4 PMID:40514424	研究论文	本研究探讨了Gαi3在膀胱癌中的表达、功能及其机制，揭示了其作为生物标志物和治疗靶点的重要性	首次发现Gαi3在膀胱癌中过度表达，并通过单细胞测序数据确认其在膀胱癌上皮细胞中的表达，同时揭示了Gαi3通过Akt-mTOR通路促进癌症进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究Gαi3在膀胱癌中的作用及其潜在的治疗应用	膀胱癌细胞和组织	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	多种膀胱癌细胞系和裸鼠异种移植模型
444	2025-06-18	Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Jun-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02970-w PMID:40514625	research paper	本研究通过多种生物信息学方法识别与肝内胆管癌肿瘤微环境中耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物	整合BayesPrism去卷积、WGCNA和SMR方法，结合单细胞RNA测序数据，发现与耗竭CD8+T细胞相关的关键基因	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量未明确说明	寻找肝内胆管癌肿瘤微环境中的生物标志物和治疗靶点	肝内胆管癌肿瘤微环境中的细胞亚群，特别是耗竭CD8+T细胞	生物信息学	肝内胆管癌	scRNA-seq, WGCNA, Mendelian randomization, BayesPrism	NA	基因表达数据	NA
445	2025-06-18	Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer 2025-Jun-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03843-6 PMID:40514677	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肝癌中肝脏昼夜节律基因的广泛失调，并开发了一个基于四个关键基因的预后预测模型	首次将昼夜节律基因失调与肝癌进展联系起来，并发现RBM17通过促进癌症干细胞表型影响肝癌进展和顺铂耐药性	未明确说明样本量大小，且机制研究可能还不够全面	阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制，并开发预后预测模型	肝癌及其与昼夜节律基因的关系	癌症研究	肝癌	多组学分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	预后预测模型	转录组数据	NA
446	2025-06-18	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2025-Jun-12, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	research paper	介绍了一个名为MatriCom的scRNA-Seq数据挖掘工具，用于推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统	开发了一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用	NA	推断ECM组件之间以及不同细胞群体与ECM之间的通信	scRNA-Seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
447	2025-06-18	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2025-Jun-12, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	本研究通过单核和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，以及这些细胞在招募中性粒细胞中的作用	首次在Sweet综合征皮肤中识别出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在招募中性粒细胞中的不同作用	研究依赖于存档的临床皮肤样本，可能限制了样本的新鲜度和实验的灵活性	定义Sweet综合征皮肤的细胞和分子景观，并探索其与其他中性粒细胞性皮病的区别	Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照者的皮肤样本	数字病理学	Sweet综合征	单核转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	来自Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照者的存档临床皮肤样本
448	2025-06-18	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	介绍了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	提出了一种新的贝叶斯融合建模框架，能够在局部和全局水平上估计分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	NA	解决空间组学数据中检测空间变化共表达的统计方法不足的问题	空间组学数据集中的分子共表达	空间组学	癌症	空间转录组学和质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA
449	2025-06-18	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	research paper	本文提出了一种名为TORC的策略，用于构建单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别的参考数据	开发了目标导向的参考数据构建方法（TORC），解决了参考数据与目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异问题	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟和真实数据分析
450	2025-06-18	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的重要作用	发现了一个表达GPNMB的巨噬细胞亚群，该亚群在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞
451	2025-06-18	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，通过液滴微流控技术提升单细胞多模态测序的通量和适应性	UDA-seq通过后索引步骤增强通量，并系统性地适配现有的基于液滴的单细胞多模态方法，解决了现有方法需要针对单个模态定制协议的问题	NA	开发一种通用的单细胞多模态测序工作流程，以平衡成本、可扩展性、鲁棒性和可访问性	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	单细胞测序	癌症	液滴微流控技术，单细胞多模态测序	NA	单细胞RNA、VDJ、染色质和CRISPR扰动数据	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
452	2025-06-18	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-Jun, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	研究论文	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在阴道分娩损伤诱导的压力性尿失禁（SUI）大鼠模型中的治疗机制	首次在单细胞分辨率下探索MAP疗法对SUI的治疗机制，揭示了其对细胞增殖、肌肉再神经支配及细胞衰老的调控作用	研究基于动物模型，结果可能无法直接外推到人类	探索MAP疗法治疗SUI的分子机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学	压力性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理研究	SUI大鼠模型	单细胞转录组数据、生理功能数据	未明确说明样本数量（SUI大鼠模型）
453	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	research paper	本研究探讨了ETV2在人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞中高效指定内皮细胞的机制	揭示了ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外实验，未涉及体内验证	阐明内皮细胞谱系定向分化的分子机制	人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	developmental biology	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
454	2025-06-16	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70365 PMID:40515443	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
455	2025-06-18	[Single-cell transcriptomics combined with bioinformatics for comprehensive analysis of macrophage subpopulations and hub genes in ischemic stroke] 2025-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:40525338	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学方法分析缺血性卒中中巨噬细胞亚群及其关键基因	首次结合scRNA-seq和hdWGCNA技术鉴定缺血性卒中特异性巨噬细胞亚群(MSM)，并发现CCL6-CCR1信号轴在神经炎症中的潜在作用	未进行实验验证关键基因的功能机制，样本来源和数量未明确说明	探究缺血性卒中后巨噬细胞亚群的特征及其在疾病中的作用	缺血性卒中患者的巨噬细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	scRNA-seq, hdWGCNA, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据, 微阵列数据	NA
456	2025-06-18	Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma 2025-May-29, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024781 PMID:39912779	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，识别出在多发性骨髓瘤中过表达的CLPP基因，并探讨其作为治疗靶点的潜力	首次将CLPP基因识别为高风险多发性骨髓瘤的关键致病因子，并验证其作为治疗靶点的有效性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点	CD138+肿瘤性浆细胞	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含新诊断和复发/难治性病例样本
457	2025-06-18	Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2025-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17111799 PMID:40507280	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并表征了与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	开发了一个五基因特征的Macrophage-Associated Prognostic Signature (MAPS)，为胶质母细胞瘤的免疫生物学提供了新的见解，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	研究未明确说明样本量大小及具体基因名称，可能影响结果的普适性	识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调节相关的免疫相关基因特征	胶质母细胞瘤的免疫微环境	数字病理学	胶质母细胞瘤	批量和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
458	2025-06-18	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	本文探讨了使用条形码标记的单克隆胚胎体（EBs）作为解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题的潜在方案	开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码技术，提高了转录因子（TF）扰动效果的量化能力，并减少了EB分化过程中的克隆复杂性损失	研究结果在生物重复中不可重现，表明存在细胞瓶颈效应，限制了统计功效和嵌合体筛选的解释	加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现，改进嵌合体器官筛选方法	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
459	2025-06-18	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-05-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中进行验证	探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制	NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NZBWF1小鼠及其肾小球巨噬细胞
460	2025-06-18	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的微胶质细胞激活可逆性	首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，揭示了微胶质细胞激活的可逆性	研究仅观察了移植后3天的短期反应，缺乏长期追踪数据	探究视网膜移植后宿主微胶质细胞/巨噬细胞的激活机制和异质性	人类胚胎干细胞分化的视网膜神经节细胞(RGC)和宿主视网膜髓系细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNAseq)，10X Genomics Chromium平台，RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据	每样本多达10,000个活细胞，使用3-6月龄knock-in小鼠