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当前共找到 39915 篇文献，本页显示第 4561 - 4580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4561 | 2026-03-31 |
Spatial Transcriptomics Decodes Breast Cancer Microenvironment Heterogeneity: From Multidimensional Dynamic Profiling to Precision Therapy Blueprint Construction
2025-07-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15081067
PMID:40867511
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术在乳腺癌研究中的应用，重点探讨其在解析肿瘤异质性、表征肿瘤微环境、阐明疾病进展与转移机制以及预测治疗反应方面的作用 | 系统性地将空间转录组学定位为整合多组学数据的枢纽技术，并提出了其在构建乳腺癌精准治疗蓝图中的路线图 | 作为一篇综述文章，其局限性在于主要总结现有研究，而非提出新的原始数据或实验验证 | 旨在综合空间转录组学在乳腺癌研究中的应用，并探索其如何连接分子图谱与临床转化以推动精准治疗 | 乳腺癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4562 | 2026-03-31 |
Targeting Sodium Transport Reveals CHP1 Downregulation as a Novel Molecular Feature of Malignant Progression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Insights from Integrated Multi-Omics Analyses
2025-07-15, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15071019
PMID:40723891
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了钠离子转运相关基因CHP1下调是透明细胞肾细胞癌恶性进展的新分子特征 | 首次通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学等多组学数据，系统揭示了CHP1在ccRCC恶性进展中的下调模式及其作为预后生物标志物的潜力，并筛选出靶向CHP1的候选化合物 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的体内外实验验证CHP1的功能机制和候选化合物的治疗效果 | 构建ccRCC的细胞和转录组全景图，揭示恶性进展过程中的基因表达动态 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC） | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学，免疫组化，分子对接，虚拟筛选 | 伪时间轨迹分析，Mfuzz聚类，细胞间通讯建模 | 单细胞转录组数据，蛋白质组数据，免疫组化图像，细胞系数据 | 90个scRNA-seq样本，包含534,227个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 4563 | 2026-03-31 |
Podocyte YAP and TAZ hyperactivation drives glomerular epithelial proliferative diseases in mice and humans
2025-Jun-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adq3852
PMID:40560997
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研究论文 | 本研究通过免疫染色和空间转录组学分析，揭示了足细胞中YAP和TAZ的异常过度激活是驱动肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同机制 | 首次发现足细胞YAP-TAZ过度激活是多种肾小球上皮增殖性疾病的共同驱动因子，为这类疾病提供了统一的致病机制解释 | 研究主要基于小鼠模型和人类活检样本，需要进一步验证在更广泛人群中的普适性 | 探究肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同致病机制 | 人类肾活检样本（塌陷性肾小球病和ANCA血管炎诱导的新月体性肾小球肾炎患者）及小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 免疫染色，空间转录组学 | NA | 图像，空间转录组数据 | 人类肾活检样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4564 | 2026-03-31 |
Pseudoassembly of k-mers
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.11.653354
PMID:40463286
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研究论文 | 本文介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法，并实现了名为klue的程序进行伪组装 | 提出基于彩色de Bruijn图的伪组装方法，能够从单细胞RNA-seq数据中识别细胞类型特异性变异 | NA | 开发一种识别基因组序列变异的新方法 | 小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | 彩色de Bruijn图 | 基因组序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4565 | 2026-03-31 |
Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore
2025-05-11, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15050701
PMID:40427594
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综述 | 本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别聚焦于两种主要酵母模型，并总结了通过单细胞RNA-seq、蛋白质组学分析和活细胞成像等多方面方法揭示的基因表达、蛋白质组组成和活力的动态变化 | 整合了分子和生物物理视角，特别是通过研究细胞质流动性变化来理解休眠细胞调控，提供了对休眠和休眠打破过程的新理解 | NA | 阐明休眠和休眠打破的分子和生物物理原理 | 酵母孢子作为模型系统，以及广泛的物种如细菌、真菌、植物和缓步动物 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学分析, 活细胞成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4566 | 2026-03-31 |
Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00721-5
PMID:39633094
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研究论文 | 本研究开发了Annotatability框架，通过监测深度神经网络在单细胞和空间组学数据上的训练动态，来识别注释不匹配并表征生物数据结构 | 提出了一种基于深度神经网络训练动态的新方法，用于评估细胞注释的可靠性并揭示生物信号结构，结合信号感知图嵌入技术进行下游分析 | 未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的可扩展性，且依赖于预定义的细胞注释，可能受注释主观性影响 | 解决单细胞和空间组学数据注释中的模糊性和错误问题，以更好地解释细胞类型、状态和异质性 | 单细胞和空间组学数据中的细胞注释和生物信号结构 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，空间组学 | 深度神经网络 | 单细胞RNA测序数据，空间组学数据 | 八个单细胞RNA测序和空间组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 4567 | 2026-03-31 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
|
研究论文 | 本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示，以映射基因空间 | 首次系统性地提出基因嵌入问题，并开发了基于细胞-细胞图的扩散小波字典的GSPA方法，实现了基因在细胞流形上的模式化和定位表征 | 未明确提及方法在特定疾病或大规模数据集上的验证限制 | 开发计算方法来映射单细胞测序分析中的基因空间，并评估基因表示的有效性 | 单细胞测序数据中的基因 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 图信号处理（GSPA） | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4568 | 2026-03-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2
2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.31.551349
PMID:37577518
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症（PPASC）中髓系细胞的免疫特征和代谢变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了PPASC患者外周血单核细胞中髓系细胞的转录组特征，并发现了与纤维化、免疫抑制和代谢改变相关的基因表达模式 | 样本量相对较小，且主要关注外周血细胞，未直接分析肺部组织；研究为观察性，需进一步功能验证 | 探究SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症（PPASC）的免疫学机制 | SARS-CoV-2感染后出现慢性肺部症状的患者（PPASC）与未感染对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过34,139个外周血单核细胞，整合了公开数据集（GSM4509024） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |
| 4569 | 2026-03-31 |
Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System
2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10040423
PMID:37106610
|
研究论文 | 本研究建立了一个微流控组织芯片系统，用于培养人输卵管上皮细胞并收集其分泌的小细胞外囊泡，首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白，并揭示了这些蛋白与输卵管组织转录组之间的相关性 | 首次利用微流控平台培养人输卵管上皮细胞进行sEV收集，并通过质谱蛋白质组学分析，首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白质，并关联了sEV蛋白谱与组织空间转录组数据 | 研究受限于生物材料的可用性和适当的培养方法，且样本规模可能较小 | 研究人输卵管上皮细胞来源的小细胞外囊泡的蛋白质组成及其功能，探索其在卵巢癌发生和生殖功能中的作用 | 人输卵管上皮细胞及其分泌的小细胞外囊泡 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析，空间转录组学分析 | 微流控组织芯片系统 | 蛋白质组数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx Cancer Transcriptome Atlas | NA |
| 4570 | 2026-03-31 |
Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples
2022-Mar-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041
PMID:36475567
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用抗体标记的哈希寡核苷酸（Ab-HTO）和10x Genomics技术进行小鼠胸腺和脾脏样本的多重单细胞RNA测序方法 | 利用Ab-HTO标记样本，结合10x Genomics平台实现多重单细胞RNA测序，以降低成本、避免批次效应，并促进细胞双联体去除与数据整合 | 未明确说明样本数量或实验重复次数，可能限制结果的统计稳健性 | 研究小鼠胸腺细胞和脾脏T淋巴细胞的发育过程 | 小鼠胸腺和脾脏样本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics技术用于单细胞基因表达分析 |
| 4571 | 2026-03-31 |
Single-cell transcriptomics identifies multiple pathways underlying antitumor function of TCR- and CD8αβ-engineered human CD4+ T cells
2020-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz7809
PMID:32923584
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了TCR和CD8αβ工程化改造的人CD4+ T细胞获得抗肿瘤功能的多重分子通路 | 首次在单细胞分辨率下系统解析了TCR8工程化CD4 T细胞获得抗肿瘤功能的转录组基础，并发现其能同时激活细胞毒性、共刺激、氧化磷酸化和增殖相关基因，同时减少分化和耗竭 | 研究主要基于体外实验和小鼠异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究TCR和CD8αβ共表达工程化CD4 T细胞获得抗肿瘤功能的分子机制 | 经过TCR和CD8αβ（TCR8）工程化改造的人CD4+ T细胞和CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量，涉及工程化T细胞的体外实验和小鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4572 | 2026-03-30 |
The plastic stomatal development in grasses and its implications in crop improvement
2026-Apr, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2026.154748
PMID:41849825
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综述 | 本文综述了禾本科植物气孔发育的物种特异性机制及其在作物改良中的应用潜力 | 系统总结了禾本科植物四细胞气孔复合体的独特发育机制、可塑性及其关键调控因子，并强调了整合单细胞RNA-seq、空间转录组学、泛基因组学和人工智能等多组学方法在加速新型调控因子发现和基因型-表型关联研究中的应用 | NA | 阐明禾本科植物气孔发育的物种特异性机制，为通过遗传改良提高作物水分利用效率和抗旱性提供理论框架和可行靶点 | 禾本科植物（特别是谷物作物）的气孔发育 | 植物生物学与作物遗传改良 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、泛基因组学、全基因组关联研究、人工智能驱动的数据挖掘 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4573 | 2026-03-30 |
A Tumor Microenvironment-Derived CAF-VEGF Model and Its Application in Biomarker Screening for HCC
2026-Apr, Cell biochemistry and function
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/cbf.70204
PMID:41902797
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研究论文 | 本研究构建了一个基于肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞和血管内皮生长因子的预后评分模型，用于评估肝细胞癌患者的预后，并筛选出关键生物标志物 | 首次结合单细胞测序数据构建了CAF-VEGF预后评分模型，并发现ESCO2和WDHD1两个新基因通过调控血管生成促进肝细胞癌进展 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌预后评估模型并筛选关键生物标志物 | 肝细胞癌组织及其邻近正常组织 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | COX回归模型，LASSO回归模型 | 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量（使用GEO数据库数据） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4574 | 2026-03-30 |
Bulk and single-cell transcriptome analyses combined with molecular simulations identify ferritinophagy as a key target for resveratrol in osteoarthritis
2026-Mar-28, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05244-6
PMID:41902854
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研究论文 | 本研究通过整合转录组数据、机器学习方法和分子模拟，揭示了白藜芦醇通过抑制NCOA4介导的铁蛋白自噬来缓解骨关节炎软骨细胞损伤的分子机制 | 首次结合批量与单细胞转录组分析及分子模拟，将铁蛋白自噬确定为白藜芦醇治疗骨关节炎的关键靶点，并验证了其通过调控NCOA4等核心蛋白发挥保护作用 | 研究主要基于体外细胞实验和计算模拟，缺乏体内动物模型验证，且样本来源和规模有限 | 探究白藜芦醇是否通过调控铁蛋白自噬网络保护软骨，为骨关节炎治疗提供新靶点 | 人类关节软骨细胞（在IL-1β诱导的炎症模型中） | 生物信息学与计算生物学 | 骨关节炎 | 转录组测序、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、透射电子显微镜、免疫荧光 | 机器学习方法（如加权基因共表达网络分析） | 转录组数据（批量与单细胞）、蛋白质表达数据、细胞图像数据 | 未明确具体样本数量，涉及人类关节软骨细胞体外模型 | NA | 转录组测序 | NA | NA |
| 4575 | 2026-03-30 |
February in focus in HCB: spatial transcriptomics
2026-Mar-28, Histochemistry and cell biology
IF:2.1Q2
DOI:10.1007/s00418-026-02467-9
PMID:41902844
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4576 | 2026-03-30 |
PTBP1 knockdown reprograms glioma stem cells into neuronal-like cells and suppresses tumorigenesis via the DUSP5-ERK1/2 signaling pathway
2026-Mar-28, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag068
PMID:41903206
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研究论文 | 本研究通过深度学习形态分类、单细胞RNA-seq分析和实验验证，揭示了PTBP1通过DUSP5-ERK1/2信号通路调控胶质瘤干细胞增殖和分化的新机制，并开发了一种靶向PTBP1的纳米治疗策略 | 首次将胶质瘤细胞形态与患者生存时间关联，并发现PTBP1通过调控DUSP5表达和ERK1/2磷酸化动态影响胶质瘤干细胞命运，同时将白血病药物venetoclax重新用于胶质瘤治疗 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证 | 探究胶质瘤干细胞增殖和分化的调控机制，并开发新的治疗策略 | 胶质瘤患者样本、小鼠模型、胶质瘤干细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 深度学习形态分类、组织透明化3D成像、转录组分析、单细胞RNA-seq、慢病毒敲低、基于结构的药物筛选 | 深度学习模型 | 图像、转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | 65例胶质瘤患者H&E染色标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4577 | 2026-03-30 |
Geometric quantification of cell phenotype transition manifolds with information geometry
2026-Mar-27, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101564
PMID:41903532
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SCIM的几何引导方法，利用信息几何学量化细胞表型转换（CPT）的低维流形 | SCIM方法首次将单细胞基因表达谱嵌入为高斯分布，并自然定义Fisher度量，从而直接量化CPT流形的几何特性 | 方法依赖于RNA速度计算信息速度，可能受限于RNA速度估计的准确性 | 量化细胞表型转换过程中的低维流形几何结构 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 信息几何学方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4578 | 2026-03-30 |
Genome-wide identification and characterization of QTLs for transcriptional noise in human midbrain cells
2026-Mar-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117151
PMID:41903140
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研究论文 | 本研究通过分析155名个体的诱导多能干细胞来源中脑细胞的单细胞RNA测序数据，在全基因组范围内识别并表征了转录噪声的数量性状位点，揭示了其与精神分裂症等人类性状的关联 | 首次在全基因组范围内系统识别转录噪声的数量性状位点，并发现其与精神分裂症关联信号的富集，以及疾病状态下特定神经元类型的转录噪声显著改变 | 研究主要基于诱导多能干细胞来源的细胞模型，可能无法完全反映体内复杂环境；样本量相对有限；功能验证有待进一步深入 | 探究遗传变异如何调控基因表达的细胞间变异（转录噪声），及其与人类性状（特别是精神分裂症）的关联机制 | 155名个体的诱导多能干细胞来源的中脑细胞，以及精神分裂症患者的大脑单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序，全基因组关联研究 | NA | 单细胞RNA测序数据，基因型数据 | 155名个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4579 | 2026-03-30 |
Mitochondria orchestrated immune microenvironment and response in health and disease-clinically relevant outlook and recommendations
2026-Mar-26, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.03.048
PMID:41903791
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综述 | 本文系统综述了线粒体与免疫微环境之间的相互作用，包括线粒体在免疫细胞中的调控模式、细胞间线粒体通讯机制、疾病中的线粒体-免疫重塑病理机制、新型分析技术及靶向治疗策略 | 打破线粒体仅作为细胞能量工厂的传统认知，强调其通过代谢重编程、动力学重塑、自噬调控和细胞间通讯等多种方式精确调控免疫细胞功能，并指出线粒体-免疫重塑在多种疾病中存在三个保守检查点，为通用治疗靶点提供新视角 | NA | 深入理解线粒体的免疫调控功能，为开发新型免疫治疗策略提供理论支持和临床参考 | 线粒体与免疫微环境的相互作用，涵盖免疫细胞、细胞间通讯及多种疾病模型 | NA | 心血管疾病、自身免疫疾病、肿瘤、衰老 | 单细胞测序、多组学分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4580 | 2026-03-30 |
Lipid Metabolism and Neurodegeneration: Mechanistic Insights and Therapeutic Targets
2026-Mar-26, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2026.103114
PMID:41903861
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综述 | 本文综述了脂质代谢在维持大脑稳态中的作用及其与神经炎症和神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）进展的关联，并探讨了靶向脂质通路的治疗策略 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核转录组学等先进技术揭示了不同细胞类型中脂质代谢的特异性改变，并提出了脂质组学作为早期诊断和治疗监测的生物标志物来源 | NA | 探讨脂质代谢与神经退行性疾病之间的机制联系，并识别潜在的治疗靶点 | 大脑中的脂质代谢途径、神经炎症过程以及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病） | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转录组学、脂质组学 | NA | 转录组数据、脂质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、单核转录组学 | NA | NA |