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当前共找到 38157 篇文献，本页显示第 4561 - 4580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4561 | 2026-01-29 |
Cancer cachexia-related monocytic myeloid-derived suppressor cells impair T-cell negative selection and predict immune-related adverse events
2025-Dec, Liver research (Beijing, China)
DOI:10.1016/j.livres.2025.10.001
PMID:41602130
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研究论文 | 本研究探讨了癌症恶病质与免疫相关不良事件（irAEs）之间的关联及其潜在机制，发现恶病质相关的单核髓系来源抑制细胞（M-MDSCs）通过诱导胸腺上皮细胞凋亡损害T细胞阴性选择，从而促进自身免疫反应 | 首次揭示了癌症恶病质通过M-MDSCs损害胸腺T细胞阴性选择、导致自身免疫性T细胞浸润并增加irAEs风险的机制，并提出了M-MDSCs作为irAEs预测生物标志物的新观点 | 研究样本量相对较小（64例患者），且主要聚焦于肝细胞癌小鼠模型，结论在其他癌种中的普适性有待进一步验证 | 探索癌症恶病质与免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）的相关性及其分子机制 | 恶病质肝细胞癌（HCC）小鼠模型、接受抗PD-1/L1抗体治疗的晚期癌症患者 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫荧光、苏木精-伊红（H&E）染色 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、组织病理图像、临床数据 | 64例接受抗PD-1/L1治疗的晚期癌症患者及恶病质HCC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4562 | 2026-01-29 |
Multi-Omics Dissection of TIMP1 in Monocytes/Macrophages Reveals Pathogenic Mechanisms and Therapeutic Opportunities in Ankylosing Spondylitis
2025-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502830R
PMID:41082174
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研究论文 | 本研究通过整合蛋白质组学、miRNA分析和单细胞测序数据，揭示了TIMP1在单核/巨噬细胞中下调通过RHOA途径促进强直性脊柱炎发病的机制，并筛选出多种潜在治疗化合物 | 首次通过多组学整合分析系统阐明TIMP1在AS单核/巨噬细胞中的表达调控网络及下游RHOA信号通路机制，并筛选出包括传统中药成分在内的多种靶向TIMP1的潜在治疗化合物 | 研究主要基于生物信息学分析和体外模型验证，缺乏在体动物模型或临床样本中的功能验证实验 | 阐明强直性脊柱炎的发病机制并探索潜在治疗靶点 | 强直性脊柱炎患者样本（推测）及慢性炎症模型中的椎旁韧带肌肉组织 | 生物信息学 | 强直性脊柱炎 | 蛋白质组学, miRNA分析, 单细胞测序, qPCR | NA | 蛋白质组数据, miRNA表达数据, 单细胞转录组数据, qPCR数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4563 | 2026-01-29 |
Comprehensive Analysis of Epigenetic Signatures in Non-Small Cell Lung Cancer: Development and Validation of an Epigenetics-Based Prognostic Model for Drug Sensitivity Prediction
2025-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502391R
PMID:41085960
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，开发并验证了一个基于表观遗传特征的NSCLC预后模型，用于预测药物敏感性 | 首次系统整合单细胞RNA测序与批量转录组数据，构建基于表观遗传特征的预后模型，并实验验证了关键基因LYPD3的致癌功能 | 样本量相对有限，单细胞数据仅来自42个NSCLC和11个正常样本，模型在其他癌症类型中的泛化能力需进一步验证 | 开发一个基于表观遗传特征的预后模型，用于预测NSCLC的药物敏感性和临床结局 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本，包括肿瘤组织和邻近正常组织 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，qRT-PCR，免疫组化 | 随机生存森林（RSF） | 基因表达数据，表观遗传数据 | 单细胞数据：42个NSCLC样本和11个正常样本；批量转录组数据：TCGA-NSCLC队列993例，GSE13213队列110例，GSE42127队列176例 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 4564 | 2026-01-29 |
Interplay of PRMTs and Identification of Biomarkers Through Machine Learning Algorithms in Pan-Cancer, Highlighting PRMT3 as a Biomarker in Pancreatic Cancer
2025-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500729R
PMID:41099588
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法探索PRMTs在泛癌中的作用，并识别PRMT3作为胰腺癌的潜在预后生物标志物 | 首次结合三种机器学习算法系统分析PRMTs在泛癌中的预后价值，并通过单细胞RNA测序数据验证PRMT3在胰腺癌中的功能 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于胰腺癌模型，需进一步体内外实验确认 | 探究PRMTs在癌症中的调控机制并识别相关预后生物标志物 | 泛癌数据集及胰腺癌细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，分子对接，Transwell实验，伤口愈合实验 | 机器学习算法 | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 泛癌数据集及胰腺癌单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4565 | 2026-01-29 |
COL6A1, LAPTM5, and ZFAND2A as Crucial Biomolecules Driving Immunoregulation in Human Nucleus Pulposus Degeneration
2025-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500320R
PMID:41124083
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了椎间盘退变中关键的免疫调控生物分子及其作用机制 | 首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化分析相结合，系统性地识别了与椎间盘退变风险显著相关的关键基因（COL6A1、LAPTM5、ZFAND2A），并阐明了它们在免疫微环境中的调控作用 | 样本量较小（仅4名患者），且研究结果主要在蛋白水平进行了验证，缺乏更深入的体内功能实验验证 | 探究椎间盘退变的免疫调控机制，并识别驱动该过程的关键生物分子 | 人类髓核组织 | 生物信息学 | 椎间盘退行性疾病 | 单细胞RNA测序，转录组学，孟德尔随机化分析，eQTL分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，转录组数据，基因组关联数据 | 4名椎间盘退变患者的髓核样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4566 | 2026-01-29 |
A Lactylation-Based Diagnostic Model Reveals Molecular Subtypes and Therapeutic Targets in Dilated Cardiomyopathy
2025-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502739R
PMID:41137708
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研究论文 | 本研究通过整合转录组数据和乳酸化相关基因，构建了一个基于乳酸化的诊断模型，用于扩张型心肌病的分子分型和治疗靶点识别 | 首次将蛋白质乳酸化与扩张型心肌病诊断模型结合，利用集成机器学习算法识别核心乳酸化相关基因，并揭示了两种分子亚型及免疫代谢重塑机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏大规模前瞻性临床队列验证，且治疗化合物的预测需进一步实验证实 | 开发基于乳酸化相关基因的扩张型心肌病诊断模型，探索分子亚型及潜在治疗靶点 | 扩张型心肌病患者及小鼠心肌组织的转录组和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 集成机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个外部队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4567 | 2026-01-29 |
Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma
2025-Oct-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf128
PMID:40424600
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研究论文 | 本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤中如何通过调节肿瘤细胞内在代谢及与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态及治疗抵抗 | 揭示了SAT1及其产物N1-乙酰亚精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞代谢活动中的新作用，共同促进胶质母细胞瘤的间充质/多代谢状态和治疗抵抗 | NA | 研究多胺代谢重编程如何影响胶质母细胞瘤的恶性细胞内在及微环境依赖的生物学过程，以阐明其亚型分类的基础 | 人类和小鼠的胶质母细胞瘤肿瘤及细胞系 | NA | 胶质母细胞瘤 | 液相色谱/串联质谱法、单细胞RNA测序、代谢谱分析 | NA | 代谢物定量数据、单细胞RNA测序数据、代谢谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4568 | 2026-01-29 |
β-cell heterogeneity and molecular plasticity in type 2 diabetes: multi-omics perspectives and the role of gut microbiota
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1698296
PMID:41584842
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综述 | 本文综述了利用多组学技术揭示2型糖尿病中β细胞的异质性与分子可塑性，并探讨了肠道微生物群在其中的作用及潜在治疗策略 | 整合单细胞转录组学、表观基因组学、空间转录组学等多组学视角与肠道微生物组研究，提出了理解β细胞功能失调与微生物群介导代谢调控的综合框架 | 作为一篇综述文章，主要整合现有证据而非提出新的原始数据，且微生物群与β细胞功能间的因果机制仍需更多实验验证 | 阐明2型糖尿病中β细胞的异质性、分子可塑性及其与肠道微生物群的相互作用，以寻找潜在治疗靶点 | 胰腺β细胞、胰岛其他内分泌细胞、免疫细胞、基质细胞、胰腺外分泌部分以及肠道微生物群 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞转录组学、表观基因组学、空间转录组学、多组学整合分析 | NA | 转录组数据、表观基因组数据、空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4569 | 2026-01-29 |
Single-cell analysis of microglial activation after traumatic brain injury reveals immune signaling pathways linked to mitochondrial dysfunction and brain aging
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1657523
PMID:41583003
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学绘制了创伤性脑损伤后小胶质细胞动态响应的图谱，并验证了与线粒体功能障碍和脑衰老相关的关键免疫信号通路 | 首次整合多个组织和时间点，提供了创伤性脑损伤后小胶质细胞-髓系细胞相互作用的单细胞转录组图谱，并将小胶质细胞信号与线粒体功能障碍和神经炎症联系起来 | 研究主要基于公开数据集和体外模型验证，缺乏体内功能验证，且样本量有限 | 绘制创伤性脑损伤后小胶质细胞的动态响应图谱，并验证关键信号通路 | 小鼠的皮质、海马体和血液样本中的髓系细胞（包括单核细胞、巨噬细胞和小胶质细胞） | 数字病理学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞转录组学，qPCR | NA | 转录组数据 | 35只小鼠（11个血液样本，12个皮质样本，12个海马体样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4570 | 2026-01-29 |
ULMnet: inferring physical cell-cell communication networks from scRNAseq data using univariate linear models
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1722504
PMID:41583424
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为ULMnet的计算方法，利用单变量线性模型从单细胞RNA测序数据中推断物理细胞间通信网络 | 通过识别scRNAseq中的多重体（尤其是双联体）来推断物理细胞间相互作用，克服了传统方法因组织解离而无法捕获直接接触的局限性 | 方法在预测已知成分的双联体时灵敏度约为56%，虽然精度高（~99%），但灵敏度相对较低，可能漏检部分多重体 | 开发一种计算工具，从scRNAseq数据中推断物理细胞间通信网络，以揭示组织中的直接细胞相互作用 | 单细胞RNA测序数据，包括细胞对、部分解离组织以及健康和癌症组织的常规scRNAseq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 单变量线性模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集，包括细胞对、部分解离组织以及健康和癌症组织的scRNAseq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4571 | 2026-01-29 |
Liquid-liquid phase separation-driven molecular subtyping and prognostic modeling in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1741979
PMID:41583431
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研究论文 | 本文通过构建与液-液相分离相关的预后模型，对结直肠癌患者进行风险分层并指导个体化治疗策略 | 首次将液-液相分离相关基因应用于结直肠癌的分子亚型分型和预后建模，揭示了LLPS在结直肠癌进展中的作用 | 研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证LLPS机制在结直肠癌中的具体作用 | 探究液-液相分离在结直肠癌进展中的作用并构建预后模型 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 基因表达分析，空间转录组学分析，加权基因共表达网络分析 | Cox回归，LASSO回归，逐步AIC算法 | 基因表达数据，空间转录组数据 | 566个结直肠癌样本和19个正常对照（来自GSE39582数据集），以及COAD、READ和GSE17536验证队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4572 | 2026-01-29 |
Advances in the identification of novel cell signatures in benign prostatic hyperplasia and prostate cancer using single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1684895
PMID:41583437
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在良性前列腺增生和前列腺癌中识别新型细胞亚群和分子标志物的最新进展 | 整合单细胞RNA测序技术解析BPH和PCa中共享的细胞异质性和分子机制，为精准诊断和治疗提供新见解 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要依赖已有研究进行总结，可能受限于当前scRNA-seq技术的分辨率和样本量 | 探讨BPH和PCa的分子发病机制，识别新型细胞亚群和生物标志物以改善临床管理 | 良性前列腺增生和前列腺癌中的前列腺细胞及免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4573 | 2026-01-29 |
Cuproptosis-driven reprogramming of fibroblast communication by GK is associated with the immune microenvironment in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1687806
PMID:41583446
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了铜死亡相关基因GK在糖尿病足溃疡成纤维细胞-免疫细胞通讯重塑及免疫微环境调控中的关键作用 | 首次将铜死亡与糖尿病足溃疡的成纤维细胞通讯及免疫微环境联系起来，并鉴定GK作为新型诊断生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，缺乏临床样本的直接功能验证 | 探究铜死亡在糖尿病足溃疡免疫微环境调控中的作用机制 | 糖尿病足溃疡患者的皮肤组织及SD大鼠伤口模型 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 机器学习, PCR, Western blot | LASSO, SVM-RFE, Random Forest | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 33,095个细胞（质量控制后25,198个），9只SD大鼠（正常/伤口/糖尿病伤口各3只） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4574 | 2026-01-29 |
The role of 5-methylcytosine regulator-related genes in diagnostic and immune regulatory functions in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1636323
PMID:41583468
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研究论文 | 本研究通过分析动脉粥样硬化(AS)中5-甲基胞嘧啶(m5C)RNA修饰及其调控基因的作用，识别了五个潜在的诊断生物标志物，并揭示了m5C调节因子NSUN3在巨噬细胞功能中的关键作用 | 首次系统性地将m5C RNA修饰调控基因与动脉粥样硬化的诊断和免疫调节功能联系起来，并识别了五个新的潜在诊断生物标志物 | 研究主要基于公共微阵列数据库，需要进一步实验验证生物标志物的临床实用性 | 阐明m5C修饰及其相关基因在动脉粥样硬化中的作用，并识别潜在的诊断生物标志物 | 动脉粥样硬化患者样本数据、人类髓系白血病单核细胞(THP-1)以及巨噬细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列分析、LASSO逻辑回归、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR | LASSO逻辑回归模型、WGCNA | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE90074、GSE27034、GSE59421、GSE159677)，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序、微阵列 | NA | NA |
| 4575 | 2026-01-29 |
PANoptosis in urological diseases: molecular mechanisms, pathological roles, and emerging therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1729348
PMID:41583472
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综述 | 本文综述了PANoptosis在泌尿系统疾病中的分子机制、病理作用及新兴治疗机会 | 首次系统阐述PANoptosis作为一种整合性炎症程序性细胞死亡通路在泌尿系统疾病中的双重作用及作为治疗靶点的潜力 | NA | 探讨PANoptosis在泌尿系统疾病发病机制中的角色及作为诊断和治疗靶点的可能性 | 泌尿系统疾病，包括急慢性肾损伤、前列腺癌、肾癌和睾丸疾病 | NA | 泌尿系统疾病 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4576 | 2026-01-29 |
A novel prognostic model based on epithelial cell progression genes identifies OAS1 as a suppressor of bladder cancer aggressiveness
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1716130
PMID:41584451
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研究论文 | 本研究基于上皮细胞肿瘤进展相关基因构建了一个新的膀胱癌预后模型，并发现OAS1是抑制膀胱癌侵袭性的关键基因 | 利用单细胞RNA测序数据识别上皮细胞亚群及其恶性进展轨迹，并基于此构建了一个四基因特征的预后模型，同时通过体外实验验证了关键基因OAS1的功能 | 模型验证依赖于公共数据库的回顾性数据，需要在前瞻性临床队列中进一步验证；体外实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 识别驱动膀胱癌进展的关键上皮细胞来源特征基因，构建可靠的预后模型，并探索关键基因OAS1的生物学功能 | 膀胱癌患者（来自TCGA和GEO数据库）及膀胱癌细胞系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，LASSO Cox回归，CCK-8，Transwell，伤口愈合实验 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA-seq数据，批量RNA-seq数据，临床数据 | TCGA膀胱癌队列及独立GEO验证队列（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4577 | 2026-01-29 |
A robust ammonia metabolism gene signature identified by machine learning predicts prognosis and immunotherapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1709096
PMID:41584585
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法，识别了一个与氨代谢相关的基因特征，用于预测透明细胞肾细胞癌的预后和免疫治疗反应 | 首次利用机器学习整合多组学数据，构建了氨代谢风险评分模型，并验证了其在预测预后和免疫治疗反应中的有效性，同时通过体外实验验证了关键基因CSAD的功能 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证模型的普适性 | 开发一个能够预测透明细胞肾细胞癌患者预后和免疫治疗反应的生物标志物 | 透明细胞肾细胞癌患者 | 机器学习 | 肾细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, TMB分析 | 随机森林, LASSO, 多元Cox回归 | RNA-seq数据, 多组学数据 | TCGA数据库中的患者数据，以及外部验证队列和免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4578 | 2026-01-29 |
Berberine suppresses hepatocellular carcinoma progression by blocking IL-4-JAK1-STAT6-mediated M2 polarization of macrophage
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1734201
PMID:41585886
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研究论文 | 本研究揭示了小檗碱通过阻断IL-4-JAK1-STAT6信号轴抑制巨噬细胞M2极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制 | 首次阐明小檗碱通过直接结合JAK1蛋白的FERM结构域并稳定该蛋白，进而抑制IL-4诱导的巨噬细胞M2极化，并与抗PD-L1抗体联合治疗显示出协同抗肿瘤效应 | 研究主要基于H22荷瘤小鼠模型和体外实验，缺乏临床患者样本验证；联合治疗策略的长期安全性和疗效需进一步评估 | 探究小檗碱是否通过调节肿瘤炎症微环境抑制肝细胞癌进展 | 肝细胞癌（HCC）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、H22肿瘤细胞系、荷瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、蛋白质稳定性测定、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据、细胞表型数据 | H22荷瘤小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4579 | 2026-01-29 |
Integrative transcriptomic analysis reveals microglial metabolic-inflammatory crosstalk of HK2-HSPA5-TNF axis after intracerebral hemorrhage
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1740715
PMID:41601478
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学数据，揭示了脑出血后小胶质细胞中HK2-HSPA5-TNF轴介导的代谢-炎症相互作用 | 首次通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据，系统揭示了脑出血后小胶质细胞中葡萄糖代谢与炎症反应之间的时空动态调控网络 | 研究主要基于转录组学数据，缺乏蛋白质水平的功能验证；动物模型与人类组织的直接可比性有待进一步确认 | 探究脑出血后葡萄糖代谢失调如何促进神经炎症的发病机制 | 脑出血后的小胶质细胞代谢-炎症调控网络 | 生物信息学 | 脑血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 加权基因共表达网络分析, 伪时间轨迹重建, 细胞间通讯推断 | 转录组数据 | 人类血肿周围组织和小鼠脑出血模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4580 | 2026-01-29 |
SpaLLM: a general framework for spatial domain identification with large language models
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1713975
PMID:41601479
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研究论文 | 提出SpaLLM框架，通过整合大语言模型生成的基因描述嵌入与空间转录组学数据，改进空间域识别 | 首次将大语言模型生成的基因功能描述嵌入整合到空间转录组学分析中，利用预计算的GenePT嵌入创建生物学信息丰富的基因表示，从而增强空间域识别的准确性 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 改进空间转录组学中的空间域识别方法 | 空间转录组学数据，包括基因表达矩阵和空间坐标 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 大语言模型 | 基因表达矩阵、空间坐标、基因功能描述文本 | 12个基于测序的Visium切片和一个独立的基于成像的osmFISH数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 基于测序的Visium切片 |