单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4561	2025-02-04	scMLC: an accurate and robust multiplex community detection method for single-cell multi-omics data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae101 PMID:38493339	研究论文	本文提出了一种名为scMLC的单细胞多模态Louvain聚类框架，用于有效整合单细胞多组学数据进行细胞聚类	scMLC通过构建多层次的单模态和跨模态细胞网络，捕捉模态特异性和一致性信息，并采用鲁棒的多重社区检测方法获得可靠的细胞聚类	NA	解决单细胞多模态测序数据整合和细胞聚类的挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多模态测序技术	Louvain聚类框架	单细胞多组学数据	七个真实数据集，同时测量基因表达和染色质可及性
4562	2025-02-04	Effective multi-modal clustering method via skip aggregation network for parallel scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae102 PMID:38493338	研究论文	本文提出了一种有效的多模态聚类方法scEMC，用于并行处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据	提出了一种跳跃聚合网络，同时学习细胞间的全局结构信息并整合来自不同模态的数据，通过跳跃连接将scRNA数据与聚合表示连接，以保护整合细胞表示的质量，并引入基于零膨胀负二项式的去噪自编码器以适应包含合成噪声的损坏数据	未明确提及具体限制	探索细胞亚群和肿瘤微环境	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据	生物信息学	肿瘤	scRNA-seq, scATAC-seq	跳跃聚合网络, 零膨胀负二项式去噪自编码器	单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量
4563	2025-02-04	scGIR: deciphering cellular heterogeneity via gene ranking in single-cell weighted gene correlation networks 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae091 PMID:38487851	研究论文	本文介绍了一种名为scGIR的新算法，用于通过单细胞基因相关网络评估基因重要性，以解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题	提出了一种新的算法scGIR，利用加权基因相关网络和随机游走模型来评估基因重要性，有效克服了单细胞RNA测序中的技术噪声	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题，提高细胞类型识别和发育轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机游走模型，PageRank算法	基因表达数据	九个真实的单细胞RNA测序数据集
4564	2025-02-04	scDOT: enhancing single-cell RNA-Seq data annotation and uncovering novel cell types through multi-reference integration 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae072 PMID:38436563	研究论文	本文介绍了一种名为scDOT的创新细胞类型注释方法，通过整合多个参考数据集和发现新细胞类型来增强单细胞RNA-Seq数据的注释	scDOT引入了基于距离度量学习和最优传输的新优化框架，并开发了一个可解释的评分系统，用于精确识别数据中以前未见过的细胞类型	NA	解决单细胞RNA-Seq数据中细胞类型注释的挑战，特别是在处理多个参考数据集和识别新细胞类型时	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq	距离度量学习和最优传输	单细胞RNA-Seq数据	使用了两组包含不同组织、测序技术和多样细胞类型的基准数据集
4565	2025-02-04	SPANN: annotating single-cell resolution spatial transcriptome data with scRNA-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad533 PMID:38279647	研究论文	本文提出了一种名为SPANN的注释方法，用于将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞类型标签转移到新生成的单细胞分辨率空间转录组数据中，并从空间数据中发现新细胞	SPANN能够自动检测未见过的细胞类型中的新细胞，同时在已知细胞类型上保持高注释准确性，并找到空间转录组样本与RNA数据原型之间的映射，从而实现细胞类型级别的对齐	现有工具在整合两种数据模态时未明确考虑细胞类型映射，且缺乏检测新细胞的能力	开发一种计算工具，用于整合和注释单细胞分辨率空间转录组数据与scRNA-seq数据	单细胞分辨率空间转录组数据和scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	来自各种空间平台的数据集
4566	2025-02-04	Self-supervised deep learning of gene-gene interactions for improved gene expression recovery 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae031 PMID:38349062	研究论文	本文提出了一种自监督深度学习框架，通过利用基因间的相互作用来提高基因表达恢复的准确性	创新点在于将基因重新定位到二维网格中，以反映其相互作用关系，并采用自监督2D卷积神经网络提取这些相互作用的上下文特征，从而填补缺失的基因表达值	需要进一步验证在更广泛的实验数据集上的性能	提高单细胞RNA测序数据中基因表达恢复的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	2D卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	模拟和实验scRNA-seq数据集
4567	2025-02-04	scAMAC: self-supervised clustering of scRNA-seq data based on adaptive multi-scale autoencoder 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae068 PMID:38426327	研究论文	本文提出了一种基于自适应多尺度自编码器的自监督聚类方法scAMAC，用于单细胞RNA测序数据的分析	scAMAC利用多尺度注意力机制融合自编码器各层的特征信息，探索同一尺度内的细胞相关性并捕捉不同尺度的深层特征，同时采用自适应反馈机制监督参数更新，获得更有效的细胞特征表示	NA	开发一种新的自监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自适应多尺度自编码器	单细胞RNA测序数据	NA
4568	2025-02-04	scHybridBERT: integrating gene regulation and cell graph for spatiotemporal dynamics in single-cell clustering 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae018 PMID:38517692	研究论文	本文提出了一种名为scHybridBERT的新架构，用于通过整合时空嵌入和细胞图来提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scHybridBERT架构结合了图学习模型和Performer模型，以处理细胞图和时空嵌入，从而在单细胞聚类任务中提高了准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scHybridBERT, 图学习模型, Performer模型	基因计数矩阵	基准scRNA-seq数据集
4569	2025-02-04	GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad529 PMID:38261340	研究论文	本文提出了一种名为GMFGRN的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中准确推断基因调控网络（GRNs）	GMFGRN结合了矩阵分解和图神经网络（GNN），通过学习基因的代表性嵌入来推断转录因子-基因对的相互作用，显著提高了推断的准确性和效率	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	八个静态scRNA-seq数据集和四个时间序列数据集
4570	2025-02-04	Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.03.560700 PMID:37873349	研究论文	本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）的作用及其对肾脏修复的影响	发现了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过抑制MCT4来恢复适应性肾脏修复的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的研究仍需进一步验证	探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞中PHD酶的作用及其对肾脏修复的影响	小鼠和人类肾脏内皮细胞	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏样本
4571	2025-02-03	Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232123 PMID:39888328	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了Cd34和Dpt作为肝成纤维细胞特异性基因，并揭示了它们在肝纤维化和肝内胆管癌中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	小鼠肝脏中的成纤维细胞	生物医学	肝纤维化, 肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肝脏组织样本
4572	2025-02-03	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-Feb-02, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	本文研究了机械刺激对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械传导中的作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本的研究较少	探讨机械刺激对牙周韧带基因表达的影响及Mkx的作用	大鼠和人类的牙周韧带细胞	生物医学	牙周疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	大鼠牙周韧带细胞（0天、1周、2周）和人类牙周韧带细胞
4573	2025-02-03	Combining Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization to Explore Novel Drug Targets for Parkinson's Disease 2025-Jan-31, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04700-3 PMID:39890696	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，探索帕金森病的新药物靶点	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，系统地探索了帕金森病中T细胞相关基因的因果效应，并提出了新的药物靶点	需要进一步的实验验证和临床试验来确认这些药物靶点的有效性	探索帕金森病的新药物靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 孟德尔随机化 (MR), GWAS	NA	RNA测序数据	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞样本
4574	2025-02-03	Sp3 ameliorated experimental autoimmune encephalomyelitis by triggering Socs3 in Th17 cells 2025-Jan-28, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.051 PMID:39884649	研究论文	本研究探讨了Sp3在Th17细胞介导的实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的作用及其分子机制	揭示了Sp3通过上调Socs3抑制RORγt表达及Stat3和Smad2/3的磷酸化，从而改善EAE症状的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索Sp3对Th17细胞介导的EAE的影响及其分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型小鼠及Th17细胞	免疫学	多发性硬化症	scRNA-seq数据分析、流式细胞术、ELISA、PCR、WB、免疫荧光和报告基因技术	NA	基因表达数据、细胞数据	Sp3+/+CD4Cre小鼠和Sp3+/-基因敲除小鼠
4575	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
4576	2024-10-12	A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278980.124 PMID:39142810	研究论文	本文通过转录抑制后进行bulk和单细胞RNA测序，直接测量了秀丽隐杆线虫胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率，揭示了不同细胞类型和发育阶段的mRNA稳定性差异	首次在秀丽隐杆线虫胚胎中进行了时空分辨的mRNA降解速率的全转录组测量，并发现了mRNA降解速率与基因表达时间上的峰值相关	NA	研究胚胎发育过程中mRNA降解的时空模式及其对基因表达的调控作用	秀丽隐杆线虫胚胎中的mRNA降解速率	基因表达调控	NA	RNA测序	NA	转录组数据	秀丽隐杆线虫胚胎的全转录组数据
4577	2024-10-12	Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277066.122 PMID:39147582	研究论文	本文评估了在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上使用批量和单细胞变异检测方法的性能	本文首次系统地比较了批量和单细胞变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的性能，并发现了单细胞层面的变异检测在Chromium库中的局限性	本文主要集中在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上，未涵盖其他单细胞测序技术	评估不同变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的有效性和挑战	Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组数据	匹配的批量全基因组测序样本库
4578	2025-02-03	Developmental regulation of dermal adipose tissue by BCL11b 2024-Sep-19, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351907.124 PMID:39266447	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了小鼠胚胎发育过程中真皮白色脂肪组织（dWAT）的发育调控机制，发现BCL11b通过调节Wnt信号微环境促进真皮脂肪细胞的分化	揭示了BCL11b在真皮脂肪组织发育中的调控作用，并阐明了不同解剖位置脂肪组织在胚胎发育和成年肥胖刺激下的不同调控途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	研究真皮脂肪组织的胚胎起源及其发育调控机制，以理解其在代谢疾病中的作用	小鼠胚胎发育过程中的真皮白色脂肪组织	发育生物学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠胚胎发育过程中的细胞群体
4579	2025-02-03	Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease 2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.0000000000000276 PMID:37533147	研究论文	本文通过分子研究分析了一名糖尿病肾病患者肾活检样本，揭示了肾小球新生血管化的分子特征	使用三维免疫荧光成像和空间转录组学技术，揭示了标准组织病理学方法低估的肾小球周围新生血管化，并发现了与血管生成信号、内皮细胞增殖和存活以及新血管成熟和稳定性相关的基因表达特征	研究仅基于单一病例，样本量有限，可能无法推广到所有糖尿病肾病患者	通过分子研究揭示糖尿病肾病患者肾小球新生血管化的分子特征，以补充和丰富肾活检的组织病理学诊断	一名66岁女性糖尿病肾病患者的肾活检样本	数字病理学	糖尿病肾病	三维免疫荧光成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	1名患者的肾活检样本
4580	2025-02-03	Prostacyclin Mitigates Renal Fibrosis by Activating Fibroblast Prostaglandin I 2 Receptor 2024-02-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000286 PMID:38062563	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2（PGI2）及其受体PTGIR在肾脏纤维化和慢性肾病（CKD）进展中的作用	提供了PGI2在肾脏损伤/修复过程中通过减少纤维化和保护肾功能的新证据，并提出了PGI2/PTGIR作为CKD潜在治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	研究PGI2及其受体PTGIR在肾脏纤维化和CKD进展中的作用	PGI2、PTGIR、肾脏纤维化、慢性肾病	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	P tgis 和 Ptgir 缺陷小鼠模型及CKD患者的肾脏样本