单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4541	2025-04-04	Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 2024-12-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.4c00635 PMID:39582226	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术，鉴定出糖基化表位LacNAc作为膀胱癌患者外周T细胞的潜在表面效应标记物	首次系统整合了单细胞转录组、T细胞受体(TCR)库和糖基化表位LacNAc分析，揭示了LacNAc在外周T细胞中的新功能	研究仅针对膀胱癌患者，未验证其他癌症类型中LacNAc的功能	探索外周血免疫细胞在肿瘤进展中的表型变化及其分子机制	膀胱癌患者的外周血T细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞多组学分析、化学酶标记、DNA条形码	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据、糖基化数据	膀胱癌患者的外周血样本
4542	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids 2024-Nov-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04124-z PMID:39592612	研究论文	本研究利用来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)在四个发育阶段(40、90、150和200天)的视网膜类器官(ROs)，通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了71,096个细胞，探索RPGR相关视网膜变性的机制	首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源的视网膜类器官的单细胞转录组数据集，为探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制提供了数据资源和参考	研究仅针对RPGR相关视网膜色素变性，可能无法推广到其他类型的视网膜疾病	探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制，支持靶向治疗的开发	来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)的视网膜类器官(ROs)	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	71,096个细胞(33,839个来自对照组，37,257个来自RPGR突变组)
4543	2025-04-04	Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages 2024-Nov-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181686 PMID:39405117	研究论文	本研究揭示了PADI2和PADI4在脓毒症诱导的急性肺损伤(ALI)中的关键作用及其通过调控NLRP3+巨噬细胞促进炎症消退和组织修复的机制	首次发现PADI2和PADI4双敲除通过抑制NLRP3+促炎巨噬细胞并促进Chil3+髓系细胞向抗炎巨噬细胞分化来改善脓毒症ALI，揭示了PADIs/NLRP3/Ym1通路作为潜在治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制	铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型	免疫学	脓毒症/急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，基因敲除实验	基因敲除小鼠模型(Padi2-/- Padi4-/- DKO)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型
4544	2025-04-04	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624210 PMID:39605632	研究论文	本文通过器官靶向单细胞RNA测序技术，揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的主导作用，为探索非传统机械活性器官（如脂肪组织）中的机械感觉功能开辟了新途径	研究主要基于小鼠模型，人类脂肪组织中PIEZO2的功能尚需进一步验证	阐明脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织感觉神经支配的背根神经节（DRG）神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4545	2025-04-04	Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019 PMID:39321807	研究论文	通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据分析，识别了人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的表面标记物CD38，并研究了其在年龄相关T细胞重塑中的作用	首次通过CD38蛋白表达明确识别CD8和CD4 RTE，并揭示了年龄相关的转录重编程和细胞因子产生的变化	研究样本量相对有限（158人），且未涉及不同疾病状态下的RTE变化	探索人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的精确定义及其在免疫衰老中的作用	人类T细胞，特别是CD8和CD4 RTE	免疫学	NA	单细胞RNA-seq/ATAC-seq，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	158名个体
4546	2025-04-04	Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus 2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202400542 PMID:38593309	研究论文	开发了一种超分子纳米纤维水凝胶HAS2@DexP-Gel，用于增强骨关节炎关节内源性透明质酸的产生并抑制滑膜炎症	使用地塞米松磷酸钠作为载体递送编码透明质酸合成酶2的慢病毒，通过调节滑膜细胞亚群比例和滑膜成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用优化滑膜组织微环境	研究仅在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型水凝胶治疗策略，用于骨关节炎的治疗	骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
4547	2025-04-04	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	research paper	该研究探讨了肥胖与乳腺癌预后之间的关系，以及TREM2在瘦弱、肥胖和减肥小鼠中对乳腺癌肿瘤生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦弱小鼠中减缓肿瘤生长的机制，并发现了肥胖和减肥条件下免疫反应的显著差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肥胖与乳腺癌预后之间的机制，以及TREM2抑制的潜在疗效	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型中的乳腺癌肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，VDJ测序	基因功能缺失模型	RNA测序数据，免疫细胞数据	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型
4548	2025-04-04	Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation 2024-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6304 PMID:39049595	research paper	该研究分析了两种具有神经母细胞分化的组合性Merkel细胞癌（MCC），并对其形态学、免疫组化、转录组学、遗传学和表观遗传学特征进行了全面表征	首次报道了两种罕见的组合性MCC与神经母细胞分化的病例，并提供了全面的分子特征分析，揭示了T抗原表达缺失可能导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化	研究样本量较小（仅2例），可能限制了结论的普遍性	探讨组合性MCC中神经母细胞分化的分子机制	两种具有神经母细胞分化的组合性MCC肿瘤	digital pathology	Merkel cell carcinoma	全外显子测序、空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	组织样本、基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	2例组合性MCC/神经母细胞瘤（来自老年男性患者）
4549	2025-04-04	The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 2024-08-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161356 PMID:39195246	研究论文	该研究分析了表皮PPARγ缺陷小鼠的转录组变化，揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键作用	首次通过单细胞测序验证了PPARγ缺失导致基质区室的变化，并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中共同受抑制的典型通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据来源于公开数据库，可能需要进一步实验验证	探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制	PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本	肿瘤生物学	皮肤鳞状细胞癌	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	PPARγ缺陷小鼠模型	转录组数据	PPARγ缺陷小鼠和公开数据库中的人类/小鼠AKs和SCCs样本
4550	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型
4551	2025-04-04	Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial 2023-12-01, JAMA oncology IF:22.5Q1 DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015 PMID:37824131	研究论文	评估TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合治疗转移性软组织肉瘤的安全性和免疫调节效果	首次在转移性软组织肉瘤患者中研究TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合使用的安全性和免疫调节作用	样本量较小（12例患者），且为非随机对照试验	评估IT GLA-SE与放疗联合治疗的安全性和有效性	转移性软组织肉瘤患者	肿瘤免疫治疗	软组织肉瘤	免疫组织化学、T细胞受体（TCR）测序、单细胞测序	NA	临床数据、测序数据	12例患者（中位年龄65岁，8例女性）
4552	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection 2023-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182295 PMID:37759517	综述	本文总结了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在定义结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的免疫图谱方面取得的进展	使用scRNA-seq技术揭示TB和HIV共感染中的宿主-病原体相互作用、HIV发病机制的异质性以及用于模拟疾病的动物模型	未提及具体的实验样本量或数据集的详细描述	探索TB和HIV共感染的免疫图谱，寻找潜在的生物标志物和转录特征	结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）共感染	数字病理学	结核病/HIV共感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
4553	2025-04-03	Single‑cell RNA‑Seq reveals PBMC profile alterations in a patient following a radiation accident 2025-May, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2025.12846 PMID:40165803	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了一名辐射事故患者外周血单核细胞的动态变化	首次应用单细胞RNA测序技术分析辐射暴露后PBMCs的动态变化，揭示了细胞比例变化和信号通路失调	样本量较小，仅包含一名辐射患者和10名健康对照	探究辐射暴露对人体血液免疫反应的影响	辐射事故患者和健康对照者的外周血单核细胞(PBMCs)	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	1名辐射患者(两个时间点)和10名健康对照者，共计24,440个细胞
4554	2025-04-03	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	本文探讨了钙蛋白酶-2在内皮细胞粘附破坏中的作用及其与胸主动脉夹层（TAD）的关系	首次揭示了钙蛋白酶-2通过调节内皮粘附蛋白在TAD早期病理过程中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步研究	阐明胸主动脉夹层早期发病机制并寻找潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	患者单细胞RNA测序数据及小鼠模型
4555	2025-04-03	Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis 2025-Apr-02, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01416-6 PMID:40172742	研究论文	本研究通过多组学和孟德尔随机化方法，探讨了骨关节炎（OA）与衰老之间的潜在联系和分子机制	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序数据、孟德尔随机化、共定位分析和细胞功能分析，揭示了单核细胞在OA和衰老中的关键作用，并鉴定了与OA有因果关系的四个关键标记基因	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	探索OA与衰老之间的潜在联系和分子机制	OA患者、衰老患者和对照组的单核细胞	生物信息学	骨关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析	NA	RNA测序数据	OA、衰老和对照组的scRNA-seq数据
4556	2025-04-03	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2025-Apr, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5/LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并探讨了它们在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调	首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并揭示其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联	缺氧/促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，可能限制了对其在胎盘功能不全发病机制中作用的深入理解	探究LGR5/LGR4及其信号伴侣在胎盘中的表达及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的作用	人类胎盘组织、滋养层干细胞(hTSCs)及单细胞转录组数据	分子生物学	先兆子痫、胎儿生长受限(FGR)	原位杂交、单细胞转录组测序、RNA测序	NA	mRNA表达数据、单细胞转录组数据	胎盘样本：早期先兆子痫(n=81)、晚期先兆子痫(n=20)、FGR(n=34)及对照组(n=19-33)
4557	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
4558	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4559	2025-04-03	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	介绍了一种基于图神经网络的细胞分割工具segger，用于提高成像空间转录组学数据中转录本分配的准确性和效率	提出了一种基于异构图表示的图神经网络方法，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配	未明确提及具体局限性	提高成像空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率	成像空间转录组学数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组学	图神经网络	图像	多个Xenium数据集基准测试
4560	2025-04-03	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	research paper	研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果	椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠	NA	椎间盘退变	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠椎间盘退变模型	分子生物学数据、影像学数据	NA