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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4541 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing in pediatric research: Focusing on differentiation trajectories and immune microenvironment of neuroblastoma
2024-Sep, Pediatric discovery..
DOI:10.1002/pdi3.61
PMID:40625458
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在神经母细胞瘤研究中的应用,重点关注分化轨迹和肿瘤免疫微环境 | 系统总结了单细胞测序技术在神经母细胞瘤研究中揭示肿瘤分化轨迹、异质性和免疫微环境的新发现 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在儿科神经母细胞瘤研究中的应用价值 | 神经母细胞瘤 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4542 | 2025-10-06 |
Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf6484
PMID:37824669
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研究论文 | 本研究通过病毒遗传标记和Patch-seq技术系统表征了人类新皮质中多种GABA能中间神经元的形态电生理特性 | 揭示了PVALB和SST亚类之间的过渡特征,发现了丰富转录组类型中的形态异质性,识别了灵长类特化的双束细胞多个空间独特类型 | 研究基于脑切片样本,可能无法完全反映在体状态下的神经元特性 | 完善新兴的转录组细胞类型分类并理解人类脑细胞类型的保守和特化特性 | 人类新皮质中的GABA能中间神经元 | 神经科学 | NA | 病毒遗传标记,Patch-seq(膜片钳电生理学加单细胞RNA测序) | NA | 电生理数据,单细胞转录组数据,形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4543 | 2025-10-06 |
Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity
2023-05-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033
PMID:36948206
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研究论文 | 本研究通过分析人脑数据集和果蝇模型,探索神经元身份对α-突触核蛋白和tau蛋白毒性的影响 | 发现神经元易损性与α-突触核蛋白或tau蛋白表达水平无关,揭示了突触和钙稳态相关基因作为tau毒性调节因子 | 研究主要基于果蝇模型,需要在哺乳动物系统中进一步验证 | 确定对α-突触核蛋白或tau蛋白毒性反应最敏感的细胞环境 | 人脑神经元和果蝇活神经元类型 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,深度表型分析 | 果蝇模型 | 基因表达数据,转录组数据 | 超过200种活神经元类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4544 | 2025-10-06 |
SigEMD: A powerful method for differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data
2018-08-01, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2018.04.017
PMID:29702224
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研究论文 | 提出一种名为SigEMD的新方法,用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | 结合数据插补方法、逻辑回归模型和基于Earth Mover's Distance的非参数方法,并利用基因互作网络信息减少假阳性 | NA | 开发单细胞RNA测序数据中差异表达基因的精确识别方法 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归模型, 非参数方法 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4545 | 2025-10-06 |
Sirtuin 2 regulates NOD-like receptor protein 3/nuclear factor kappa B axis to promote cartilage repair in osteoarthritis
2025-Sep, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.70031
PMID:40620356
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研究论文 | 本研究揭示了SIRT2通过调节NF-κB/NLRP3信号轴促进骨关节炎软骨修复的分子机制 | 首次阐明SIRT2通过去乙酰化NF-κB p65抑制NLRP3炎症小体激活,从而促进软骨修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未进行人体临床试验验证 | 阐明SIRT2在骨关节炎中调节NLRP3/NF-κB信号轴促进软骨修复的作用机制 | 骨关节炎小鼠模型和软骨细胞培养物 | 分子生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 实时PCR, 共免疫沉淀, 染色质免疫沉淀 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4546 | 2025-10-06 |
Cluster-guided contrastive learning with masked autoencoder for spatial domain identification based on spatial transcriptomics
2025-Jul-07, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3586483
PMID:40622835
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研究论文 | 提出一种结合掩码自编码器和聚类引导对比学习的自监督学习框架STMCCL,用于空间转录组数据的空间域识别 | 首次将掩码自编码器与聚类引导对比学习相结合,并引入多聚类视角模块同时考虑几何和结构关系 | NA | 开发更准确的空间域识别方法以分析空间转录组数据 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 掩码自编码器, 对比学习 | 基因表达谱, 空间信息 | 7个公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4547 | 2025-07-09 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Jul-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08451-8
PMID:40624286
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4548 | 2025-10-06 |
Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma
2025-Jul-07, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序分析揭示了骨肉瘤中二硫化物死亡相关分子亚型并建立了新的预后系统 | 首次在骨肉瘤中探索二硫化物死亡的作用,建立了基于DRG的预后模型并发现POLR1D的致癌功能 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析,实验验证相对有限 | 研究二硫化物死亡相关基因在骨肉瘤预后分层和治疗策略中的作用 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,Western blotting,qRT-PCR,细胞迁移和侵袭实验 | Cox回归,LASSO回归,聚类分析 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 公共数据库中的骨肉瘤样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4549 | 2025-10-06 |
Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Jul-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10456-6
PMID:40617965
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研究论文 | 本研究通过识别食管鳞状细胞癌中六个乳酸相关枢纽基因,探索了乳酸代谢与肿瘤预后和免疫特征的关系 | 首次在食管鳞状细胞癌中系统识别了六个乳酸相关枢纽基因,并建立了乳酸化评分系统用于评估肿瘤免疫微环境 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证基因特征的预测价值 | 探索乳酸代谢相关基因在食管鳞状细胞癌预后预测和免疫特征分析中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, CellChat分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 食管鳞状细胞癌样本和正常样本,两个ESCC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4550 | 2025-10-06 |
Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery
2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01261-y
PMID:40618046
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研究论文 | 本研究探索通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以恢复急性胰腺炎中葡萄糖代谢的方法 | 首次发现PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢紊乱中的关键作用,并开发纳米囊泡递送系统进行靶向治疗 | 研究主要基于动物和细胞模型,尚未进行临床试验验证 | 探索PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢调节中的作用及纳米囊泡递送治疗的潜力 | 急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢机制 | 生物医学工程 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4551 | 2025-10-06 |
Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes
2025-Jul-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00436-x
PMID:40615376
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研究论文 | 本研究通过高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型,探索了糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 首次在单细胞水平揭示糖尿病状态下骨骼神经支配减少对骨骼转录组的改变,并重建了神经-骨骼信号传导相互作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 高脂饮食喂养的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4552 | 2025-10-06 |
Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03068-z
PMID:40608205
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TMEM71是预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物 | 首次系统揭示TMEM71在乳腺癌中的免疫调节功能及其对免疫治疗反应的预测价值 | TMEM71的具体作用机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫浸润分析 | ssGSEA, CIBERSORT, GSEA | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集的多个数据库整合 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
4553 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02909-1
PMID:40608217
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示TSC-AML中雌激素相关的异质性,发现雌激素通过调控免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤形成在女性患者中的特殊作用机制 | 样本量较小(仅4例患者),缺乏功能验证实验 | 探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者组织样本 | 单细胞组学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序 | AUCell分析, CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 4例TSC-AML患者(2女2男) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4554 | 2025-10-06 |
Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05191-x
PMID:40610502
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析肾移植活检组织,发现与T细胞介导排斥反应相关的分子特征 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术分析肾移植排斥反应,识别出CD8效应记忆T细胞亚群和STAT1枢纽基因 | 样本量较小(仅6例患者),空间分析仅比较两名患者 | 研究肾移植中T细胞介导排斥反应的分子机制 | 肾移植患者的血液单核细胞和肾移植活检组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 6例患者(4例排斥反应患者,2例无排斥反应对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4555 | 2025-10-06 |
Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10056-4
PMID:40610613
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研究论文 | 通过机器学习辅助的多维转录组分析,研究细胞骨架相关分子在肝细胞癌中的预后价值 | 首次构建基于细胞骨架相关基因的五基因预后模型,并结合单细胞测序和空间转录组学揭示其与免疫抑制微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后价值和治疗潜力 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | LASSO回归,随机森林 | 转录组数据 | TCGA-LIHC数据集加上两个独立验证队列(ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4556 | 2025-10-06 |
The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03066-1
PMID:40610765
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研究论文 | 本研究系统探讨了JPT1在肝细胞癌中的表达特征、预后价值及其通过调控微管动力学和免疫微环境促进肿瘤进展的潜在机制 | 首次在肝细胞癌中系统研究JPT1的功能机制,结合空间转录组学揭示其与免疫微环境的关联,并证实其作为诊断生物标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证JPT1的具体分子机制 | 阐明JPT1在肝细胞癌进展中的作用机制及其临床意义 | 肝细胞癌患者组织样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析,空间转录组学,功能富集分析 | Cox比例风险模型,Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据,临床病理数据,空间转录组数据 | TCGA-LIHC和GEO(GSE14520)数据库的肝细胞癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4557 | 2025-10-06 |
Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf317
PMID:40618351
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研究论文 | 提出一种名为Magic的自训练对比学习模型,用于从组织学图像预测空间基因表达 | 采用基于动量的模块生成伪目标以减少噪声影响,并利用基于transformer的解码器预测基因表达 | 仅在乳腺癌和结直肠癌样本上验证,需要进一步验证在其他癌症类型的适用性 | 开发从全切片图像直接预测空间基因表达分布的计算方法 | 乳腺癌和结直肠癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌,结直肠癌 | 空间转录组学 | 对比学习,transformer | 图像,基因表达数据 | 训练集: 56个乳腺癌切片中的75,760个点; 验证集: 5个独立切片中的11,026个点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4558 | 2025-10-06 |
Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf309
PMID:40618350
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研究论文 | 提出基于方差分解分析的单细胞转录组基因共表达网络推断方法GCNVDA | 通过引入基因水平方差和残差误差的随机效应项,有效解决单细胞数据噪声和稀疏性问题 | 未明确说明方法计算复杂度和对大规模数据的适用性 | 从单细胞转录组数据推断基因共表达网络以探索基因调控机制 | 基因共表达网络和功能模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 方差分解分析模型 | 单细胞转录组数据 | 三个真实世界单细胞数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4559 | 2025-10-06 |
Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jun-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5352
PMID:40620806
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研究论文 | 提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织的高质量单细胞RNA测序的优化组织解离方案 | 使用深共晶溶剂在组织解离前稳定RNA,避免了解离过程中温度和酶处理引起的转录变化 | 仅针对三种医学重要昆虫载体进行了验证,未在其他物种中测试 | 开发适用于非模式生物的高质量单细胞RNA测序组织解离方法 | 蚊子和沙蝇的中肠组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 三种医学重要昆虫载体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4560 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses
2025-Jun, Liver research (Beijing, China)
DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002
PMID:40620502
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示硫丹诱导肝损伤的细胞分子机制,发现肝星状细胞与CD8+ T细胞间相互作用的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证;暴露时间较短(两周) | 阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制 | C57BL/6小鼠肝脏细胞 | 单细胞组学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肝脏样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |