单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 4521 - 4540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4521 | 2025-10-06 |
scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf244
PMID:40622484
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研究论文 | 提出一种基于锚点图的单细胞多组学聚类方法scAGCI，整合scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 通过动态锚点统一过程捕获特定和共享锚点图，挖掘高阶共享信息以完善组学表示 | NA | 开发单细胞多组学聚类方法以解决数据噪声和异质性障碍 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 锚点图模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 4522 | 2025-10-06 |
Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.28.662120
PMID:40631279
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和T细胞受体测序揭示小鼠胸腺组织结构随年龄变化的动态过程 | 首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，系统揭示胸腺衰老过程中组织结构、细胞互作和免疫功能的动态变化 | 研究仅基于小鼠模型，样本量相对有限(21个胸腺样本) | 探究胸腺衰老过程中组织结构与免疫功能衰退的机制 | 小鼠胸腺组织 | 空间转录组学 | 免疫衰老 | 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据, TCR序列数据 | 21个小鼠胸腺样本，覆盖整个生命周期 | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 4523 | 2025-10-06 |
Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-07, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51
PMID:40153321
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研究论文 | 通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定并验证类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA-seq和多种机器学习方法系统筛选成纤维细胞相关RA生物标志物 | 研究样本量有限，需要进一步临床验证 | 鉴定类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 类风湿关节炎患者样本 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE55235, GSE55457, GSE77298) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4524 | 2025-10-06 |
scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357
PMID:40581778
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研究论文 | 提出一种基于图变换器的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT | 利用原始数据集中相关性特征增强的图结构来协调多组学数据表示，能够整合数百万细胞的数据集 | NA | 开发单细胞多组学数据整合算法，实现准确的标签转移和生物变异保留 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图变换器(Graph Transformer) | 单细胞多组学数据 | 数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4525 | 2025-10-06 |
ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability
2025-Jun-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877
PMID:40505628
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研究论文 | 通过建立携带自闭症相关拷贝数变异的小鼠胚胎干细胞模型，揭示细胞类型特异性翻译脆弱性 | 建立了包含63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系的标准化生物资源库，首次系统揭示不同神经元类型中UPF3B表达降低的共同表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析自闭症谱系障碍的细胞类型特异性发病机制 | 63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，神经分化 | 小鼠胚胎干细胞模型 | 单细胞转录组数据 | 63个干细胞系，其中12个代表性细胞系进行详细分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4526 | 2025-10-06 |
DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327
PMID:40444783
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研究论文 | 开发了一种用于个体水平单细胞RNA测序数据快速差异表达分析的统计工具DiSC | 通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制错误发现率 | NA | 开发高效且统计功效强大的个体水平差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术 | 统计模型, 置换测试 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4527 | 2025-10-06 |
Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350
PMID:40511994
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研究论文 | 提出一种基于深度学习的空间转录组学数据整合方法GSI，通过表征学习提取基因空间分布特征并消除批次效应 | 首次将基因空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并有效解决多样本批次效应问题 | 方法主要关注空间分布特征，可能未充分利用其他空间信息如细胞邻近性 | 开发空间转录组学数据分析方法，提升多样本整合分析性能 | 人类背外侧前额叶皮层组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞分析 | 自编码器 | 空间转录组数据 | 包含样本151673和151672等多人脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4528 | 2025-10-06 |
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358
PMID:40581358
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研究论文 | 开发了一个名为SeuratIntegrate的R软件包，用于扩展Seurat中的单细胞数据整合方法 | 在R环境中集成了Python方法，提供自动化Python环境管理、跨语言对象转换和整合基准测试工具 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的多数据集整合流程 | 单细胞RNA测序数据整合方法和工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 4529 | 2025-10-06 |
Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration
2025-Jun, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01467-4
PMID:40490493
|
研究论文 | 本研究通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在促进肌肉再生中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一个表达Gpnmb基因的特殊巨噬细胞亚群，该亚群在肌肉再生过程中发挥关键作用 | 巨噬细胞表型多样性的理解仍不完整，特殊亚群向消退期巨噬细胞转化的机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞在骨骼肌修复过程中的表型多样性及其在再生中的作用机制 | 骨骼肌损伤模型中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的骨骼肌单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4530 | 2025-10-06 |
Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan
2025-Apr-30, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013
PMID:40311830
|
综述 | 本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍中的作用及研究进展 | 首次系统评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的现有临床前证据，重点关注单细胞RNA测序研究和星形胶质细胞异质性 | 对星形胶质细胞生物学和酒精相互作用的知识存在空白，需要进一步研究确定易受酒精影响的星形胶质细胞亚群和分子 | 评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的参与机制及其在酒精使用障碍发展中的作用 | 星形胶质细胞、酒精使用障碍(AUD)、胎儿酒精谱系障碍(FASD) | 神经科学 | 酒精使用障碍、胎儿酒精谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本综述 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4531 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07887-2
PMID:40251274
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了光氧化应激下成年小鼠视网膜中区域特异性基因表达变化及其对视网膜退化的驱动作用 | 首次识别出距视神经头约800µm的特定区域是视网膜分子变化的关键驱动区域，并发现了新的血管生成信号通路 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中得到验证 | 探究光氧化应激下视网膜退化的空间分子机制 | 成年小鼠视网膜 | 空间转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4532 | 2025-10-06 |
Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00361-z
PMID:40240339
|
研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的补体C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化驱动实验性牙周炎进展的机制 | 首次通过单细胞测序确定牙周炎中C3的主要来源是成纤维细胞，并阐明C3a通过巨噬细胞极化和破骨细胞分化促进牙周组织破坏的新机制 | 研究主要基于动物模型，人类数据的验证相对有限 | 探究补体C3在牙周炎进展中的来源、作用和分子机制 | 小鼠牙周炎模型和人类牙周炎患者的牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类患者牙周组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4533 | 2025-10-06 |
Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta
2025-01, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011
PMID:39733647
|
研究论文 | 本研究比较单细胞RNA测序和单核RNA测序在检测先兆子痫胎盘分子失调方面的效果 | 首次系统比较scRNA-seq和snRNA-seq在胎盘研究中的敏感性差异，发现单核测序无法检测疾病相关应激和炎症信号 | 样本量相对较小，仅针对早发型先兆子痫进行研究 | 评估单核RNA测序在检测先兆子痫胎盘分子失调方面的有效性 | 人类胎盘组织 | 单细胞基因组学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 45,836个细胞和27,078个核，来自10例早发型先兆子痫和5例对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 4534 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732
PMID:40625751
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和m6A甲基化分析揭示脓毒症中血小板介导的免疫调节机制 | 首次整合单细胞RNA测序与m6A甲基化测序数据，系统揭示脓毒症进程中血小板功能重塑的m6A依赖性调控机制，并鉴定出关键靶基因RPA1 | 研究基于公共数据集GSE167363，样本来源和数量可能受限，需要进一步实验验证 | 探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制 | 脓毒症患者的外周血单个核细胞，包括健康对照、存活者和非存活者 | 单细胞生物学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, m6A甲基化测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传学数据 | GSE167363数据集中的脓毒症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 甲基化测序 | NA | NA |
| 4535 | 2025-10-06 |
Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf106
PMID:40626041
|
观点文章 | 讨论调控和系统基因组学领域的最新进展与挑战，重点关注顺式调控元件的解码方法 | 整合3D染色质组织研究与序列到功能神经网络，提出构建跨细胞类型和个体的通用顺式调控模型策略 | 存在知识空白、技术限制和计算方法基准测试的挑战 | 解码顺式调控代码，预测遗传变异对表型结果的影响 | 顺式调控元件、基因调控网络、遗传变异 | 基因组学 | 人类疾病 | 空间转录组学、基因组学分析 | 序列到功能神经网络 | 基因组序列数据、3D染色质结构数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4536 | 2025-10-06 |
CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1592985
PMID:40626177
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研究论文 | 通过多组学整合分析识别CYLD作为心肌梗死向心力衰竭转变的关键调控基因 | 首次通过多组学整合分析揭示CYLD在心肌梗死向心力衰竭转变中的关键调控作用 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探索心肌梗死向心力衰竭转变的分子机制 | 心肌梗死和心力衰竭患者基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析, 单细胞转录组测序, 机器学习 | 随机森林, WGCNA, Limma | 基因表达数据 | 5个GEO数据集(GSE59867, GSE62646, GSE168281, GSE267644, GSE269269) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4537 | 2025-10-06 |
Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance
2024-12, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2024.2411854
PMID:39419485
|
研究论文 | 研究通过中和自噬抑制因子DBI/ACBP来增强抗癌免疫监视 | 首次发现DBI/ACBP可作为自噬检查点，其中和能增强效应T细胞浸润并改善癌症控制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚不充分 | 探索DBI/ACBP在癌症免疫监视中的作用机制 | 癌症患者血浆样本和小鼠癌症模型 | 癌症免疫学 | 乳腺癌、非小细胞肺癌、肉瘤 | 单细胞RNA测序、单克隆抗体中和 | NA | 血浆样本、基因表达数据 | 癌症易感综合征患者和普通癌症患者群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4538 | 2025-10-06 |
The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development
2024-10-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52809-1
PMID:39366945
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研究论文 | 本研究揭示了Dhx36解旋酶通过调控启动子G-四链体结构在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用 | 首次发现Dhx36通过解析启动子G-四链体结构调控关键心脏基因网络，影响心室传导系统发育和心肌细胞分化 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究Dhx36在心脏传导系统发育和心肌细胞分化中的分子机制 | 胚胎期和新生期小鼠心脏组织 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 4539 | 2025-10-06 |
Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614841
PMID:39386468
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术识别了果蝇侧角亮氨酸激肽神经元中整合睡眠与代谢状态的关键基因 | 首次在单神经元水平揭示饥饿状态下睡眠-代谢相互作用的转录调控机制 | 研究仅聚焦于果蝇特定神经元类型，结果在其他物种中的普适性有待验证 | 探究睡眠与代谢状态相互作用的细胞分子机制 | 果蝇侧角亮氨酸激肽神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, Patch-seq, CEL-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 果蝇LHLK神经元（饱食与24小时饥饿状态对比） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4540 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing in pediatric research: Focusing on differentiation trajectories and immune microenvironment of neuroblastoma
2024-Sep, Pediatric discovery..
DOI:10.1002/pdi3.61
PMID:40625458
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在神经母细胞瘤研究中的应用，重点关注分化轨迹和肿瘤免疫微环境 | 系统总结了单细胞测序技术在神经母细胞瘤研究中揭示肿瘤分化轨迹、异质性和免疫微环境的新发现 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在儿科神经母细胞瘤研究中的应用价值 | 神经母细胞瘤 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |