单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 4521 - 4540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4521 | 2025-10-06 |
Regulation of revival stem cell differentiation by CREPT/RPRD1B during intestinal regeneration
2025-Jul-07, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01434-6
PMID:40624542
|
研究论文 | 本研究揭示了CREPT/RPRD1B在肠道再生过程中调控复苏干细胞分化的机制 | 首次发现CREPT/RPRD1B蛋白在肠道再生过程中对复苏干细胞分化的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究肠道再生过程中复苏干细胞分化的调控机制 | 小鼠肠道复苏干细胞 | 干细胞生物学 | 肠道损伤修复 | 单细胞转录组分析,谱系追踪,基因敲除 | Villin-Cre介导的CREPT敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4522 | 2025-10-06 |
Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner
2025-Jul-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03112-y
PMID:40618309
|
研究论文 | 本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢与肿瘤免疫抑制微环境的关系，发现胶质瘤通过ANXA1以甲硫氨酸代谢依赖的方式促进巨噬细胞免疫抑制表型 | 首次揭示胶质瘤细胞通过甲硫氨酸代谢上调ANXA1表达，促进巨噬细胞M2极化和免疫抑制微环境形成 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证 | 探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 胶质瘤患者队列、胶质瘤细胞、巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 体外实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 胶质瘤患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4523 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation
2025-Jul-06, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04491-3
PMID:40619426
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示急性肝损伤模型中线粒体自噬动态及间充质干细胞移植的作用 | 首次构建了急性肝衰竭的单细胞转录组图谱，揭示了不同细胞类型中线粒体自噬的差异状态及MSCs治疗的调节机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化价值需要进一步验证 | 探索MSCs治疗急性肝衰竭过程中肝细胞和巨噬细胞中线粒体自噬的不同状态 | 健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和人脐带间充质干细胞移植小鼠的肝组织 | 单细胞组学 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三组小鼠肝组织样本（健康组、ALF组、hUC-MSC移植组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4524 | 2025-10-06 |
Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication
2025-Jul-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03677-5
PMID:40619422
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，系统评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响 | 首次系统性地将scRNA-seq与空间转录组学结合，评估空间生态位对细胞转录模式和细胞间通讯的影响 | 使用scRNA-seq数据捕捉生态位特异性分子相互作用存在局限性，即使利用空间信息也难以完全揭示细胞间通讯动态 | 研究空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯 | 乳腺癌、大脑皮层和心脏组织样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 配体-受体对分析 | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4525 | 2025-10-06 |
The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview
2025-Jul-04, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00387-0
PMID:40616144
|
综述 | 概述T细胞在免疫相关肝病中的作用机制及最新治疗策略 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术揭示T细胞在肝纤维化进程中的新功能 | 未涉及病毒性肝病，且存在领域内尚未解决的重要需求 | 探讨T细胞在非病毒性免疫相关肝病中的生物学作用及治疗靶点 | 自身免疫性肝炎、原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性胆管炎和代谢相关脂肪性肝炎 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 人类和小鼠组织小样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4526 | 2025-10-06 |
Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data
2025-Jul-04, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00672-5
PMID:40616164
|
研究论文 | 通过生物信息学分析揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的分子机制和诊断标志物 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据系统描绘糖尿病足溃疡的氧化应激景观，发现BCL2和FOXP2作为诊断标志物，并揭示成纤维细胞在氧化应激中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对初步，需要进一步的功能实验确认机制 | 揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的分子机制和潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者组织样本 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, 体外实验 | SVM-RFE, LASSO, RF | 基因表达数据, 单细胞数据 | 31,787个细胞（来自10个不同细胞群） | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 4527 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation
2025-Jul-03, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-025-06399-z
PMID:40611059
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析p75NTR基因在神经嵴来源外胚间充质干细胞成牙和成骨分化中的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示p75NTR通过调控细胞因子网络影响外胚间充质干细胞迁移、增殖和分化的分子机制 | 研究仅使用小鼠胚胎模型，未在人类样本中验证结果 | 探索p75NTR对颌面部发育过程中硬组织形成的影响机制 | p75NTR基因敲除和野生型小鼠胚胎的外胚间充质干细胞 | 单细胞组学 | 颌面部发育异常 | 单细胞RNA测序, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | p75NTR-/-和p75NTR+/+小鼠胚胎外胚间充质干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4528 | 2025-10-06 |
Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML
2025-Jul-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03649-9
PMID:40604857
|
研究论文 | 提出一种基于最大似然推断的时间尺度细胞谱系树重建方法LAML，用于分析动态谱系追踪数据 | 开发了概率混合类型缺失模型来描述动态谱系追踪系统特征，首次实现同时推断树拓扑结构和代表实验时间的分支长度 | NA | 从动态谱系追踪数据中准确推断细胞谱系树结构 | 细胞谱系树和细胞迁移时间 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞测序，基因组编辑 | 最大似然估计，概率混合类型缺失模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序，动态谱系追踪 | NA | NA |
| 4529 | 2025-10-06 |
scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf244
PMID:40622484
|
研究论文 | 提出一种基于锚点图的单细胞多组学聚类方法scAGCI，整合scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 通过动态锚点统一过程捕获特定和共享锚点图，挖掘高阶共享信息以完善组学表示 | NA | 开发单细胞多组学聚类方法以解决数据噪声和异质性障碍 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 锚点图模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 4530 | 2025-10-06 |
Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus
2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.28.662120
PMID:40631279
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和T细胞受体测序揭示小鼠胸腺组织结构随年龄变化的动态过程 | 首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，系统揭示胸腺衰老过程中组织结构、细胞互作和免疫功能的动态变化 | 研究仅基于小鼠模型，样本量相对有限(21个胸腺样本) | 探究胸腺衰老过程中组织结构与免疫功能衰退的机制 | 小鼠胸腺组织 | 空间转录组学 | 免疫衰老 | 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据, TCR序列数据 | 21个小鼠胸腺样本，覆盖整个生命周期 | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 4531 | 2025-10-06 |
Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-07, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51
PMID:40153321
|
研究论文 | 通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定并验证类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA-seq和多种机器学习方法系统筛选成纤维细胞相关RA生物标志物 | 研究样本量有限，需要进一步临床验证 | 鉴定类风湿关节炎中成纤维细胞相关生物标志物 | 类风湿关节炎患者样本 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE55235, GSE55457, GSE77298) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4532 | 2025-10-06 |
scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357
PMID:40581778
|
研究论文 | 提出一种基于图变换器的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT | 利用原始数据集中相关性特征增强的图结构来协调多组学数据表示，能够整合数百万细胞的数据集 | NA | 开发单细胞多组学数据整合算法，实现准确的标签转移和生物变异保留 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图变换器(Graph Transformer) | 单细胞多组学数据 | 数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 4533 | 2025-10-06 |
ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability
2025-Jun-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877
PMID:40505628
|
研究论文 | 通过建立携带自闭症相关拷贝数变异的小鼠胚胎干细胞模型，揭示细胞类型特异性翻译脆弱性 | 建立了包含63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系的标准化生物资源库，首次系统揭示不同神经元类型中UPF3B表达降低的共同表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析自闭症谱系障碍的细胞类型特异性发病机制 | 63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，神经分化 | 小鼠胚胎干细胞模型 | 单细胞转录组数据 | 63个干细胞系，其中12个代表性细胞系进行详细分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4534 | 2025-10-06 |
DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327
PMID:40444783
|
研究论文 | 开发了一种用于个体水平单细胞RNA测序数据快速差异表达分析的统计工具DiSC | 通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制错误发现率 | NA | 开发高效且统计功效强大的个体水平差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术 | 统计模型, 置换测试 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4535 | 2025-10-06 |
Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350
PMID:40511994
|
研究论文 | 提出一种基于深度学习的空间转录组学数据整合方法GSI，通过表征学习提取基因空间分布特征并消除批次效应 | 首次将基因空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并有效解决多样本批次效应问题 | 方法主要关注空间分布特征，可能未充分利用其他空间信息如细胞邻近性 | 开发空间转录组学数据分析方法，提升多样本整合分析性能 | 人类背外侧前额叶皮层组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞分析 | 自编码器 | 空间转录组数据 | 包含样本151673和151672等多人脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4536 | 2025-10-06 |
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358
PMID:40581358
|
研究论文 | 开发了一个名为SeuratIntegrate的R软件包，用于扩展Seurat中的单细胞数据整合方法 | 在R环境中集成了Python方法，提供自动化Python环境管理、跨语言对象转换和整合基准测试工具 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的多数据集整合流程 | 单细胞RNA测序数据整合方法和工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 4537 | 2025-10-06 |
Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration
2025-Jun, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01467-4
PMID:40490493
|
研究论文 | 本研究通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在促进肌肉再生中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一个表达Gpnmb基因的特殊巨噬细胞亚群，该亚群在肌肉再生过程中发挥关键作用 | 巨噬细胞表型多样性的理解仍不完整，特殊亚群向消退期巨噬细胞转化的机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞在骨骼肌修复过程中的表型多样性及其在再生中的作用机制 | 骨骼肌损伤模型中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的骨骼肌单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4538 | 2025-10-06 |
Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan
2025-Apr-30, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013
PMID:40311830
|
综述 | 本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍中的作用及研究进展 | 首次系统评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的现有临床前证据，重点关注单细胞RNA测序研究和星形胶质细胞异质性 | 对星形胶质细胞生物学和酒精相互作用的知识存在空白，需要进一步研究确定易受酒精影响的星形胶质细胞亚群和分子 | 评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的参与机制及其在酒精使用障碍发展中的作用 | 星形胶质细胞、酒精使用障碍(AUD)、胎儿酒精谱系障碍(FASD) | 神经科学 | 酒精使用障碍、胎儿酒精谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本综述 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4539 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07887-2
PMID:40251274
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了光氧化应激下成年小鼠视网膜中区域特异性基因表达变化及其对视网膜退化的驱动作用 | 首次识别出距视神经头约800µm的特定区域是视网膜分子变化的关键驱动区域，并发现了新的血管生成信号通路 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中得到验证 | 探究光氧化应激下视网膜退化的空间分子机制 | 成年小鼠视网膜 | 空间转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4540 | 2025-10-06 |
Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00361-z
PMID:40240339
|
研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的补体C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化驱动实验性牙周炎进展的机制 | 首次通过单细胞测序确定牙周炎中C3的主要来源是成纤维细胞，并阐明C3a通过巨噬细胞极化和破骨细胞分化促进牙周组织破坏的新机制 | 研究主要基于动物模型，人类数据的验证相对有限 | 探究补体C3在牙周炎进展中的来源、作用和分子机制 | 小鼠牙周炎模型和人类牙周炎患者的牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类患者牙周组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |