单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4521	2025-02-05	Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09509-1 PMID:39073709	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞（Treg）在药物诱导的过敏反应中的异质性及其关键免疫调节作用	首次揭示了FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3过表达可减轻过敏反应	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究FOXP3+ Treg细胞在药物诱导过敏反应中的异质性及其免疫调节作用	FOXP3+ Treg细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	转录组数据	NA
4522	2025-02-05	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者中特定免疫细胞群与临床特征之间的关联	研究主要基于外周血和滑液样本，可能无法全面反映所有类风湿性关节炎患者的免疫状态	探究类风湿性关节炎患者的免疫环境及其与临床特征的关系	类风湿性关节炎患者的外周血单核细胞和滑液样本	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
4523	2025-02-05	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-10, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了结直肠癌（CRC）中的基因表达和免疫特征，揭示了肿瘤微环境中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫激活的关联	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌中T细胞受体克隆型的动态变化及其与免疫细胞信号网络的相互作用	样本量较小（30对CRC和正常组织），可能限制了结果的普适性	研究结直肠癌中基因表达和免疫特征，特别是T细胞受体克隆型在肿瘤微环境中的作用	结直肠癌患者及其匹配的正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据和T细胞受体序列数据	30对结直肠癌和正常组织样本
4524	2025-02-05	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文提供了一个详细的协议，用于从人类胃肌层分离单个免疫细胞，以进行单细胞分析	提出了一个详细的协议，专门用于从人类胃肌层分离免疫细胞，并进行单细胞RNA测序分析	未提及样本量或具体实验结果	研究胃肌层免疫细胞的多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层的免疫细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未提及具体样本量
4525	2025-02-05	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	本文探讨了ABCA7基因在阿尔茨海默病（AD）中的功能，特别是其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的作用	首次使用CRISPR-Cas9技术生成abca7基因敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7通过神经肽Y（NPY）依赖的BDNF/NGFR信号通路在AD中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元，可能无法完全反映人类AD的复杂性	探讨ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能及其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的机制	斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9基因编辑技术、单细胞转录组学	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
4526	2025-02-05	An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer 2024-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02761-0 PMID:38997406	研究论文	本研究通过分析前列腺癌中的内皮细胞异质性，构建了一个与复发相关的18基因内皮细胞特征，用于预测肿瘤进展和去势抵抗	首次构建了一个与前列腺癌复发相关的18基因内皮细胞特征，并验证了其在预测肿瘤复发和去势抵抗中的独立预测能力	研究依赖于多个转录组数据集，但未涉及更大规模的临床验证	探索内皮细胞异质性在前列腺癌复发和去势抵抗中的预后和治疗意义	前列腺癌患者的内皮细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量转录组分析	机器学习算法（11种）	RNA测序数据	8个批量转录组数据集和4个单细胞RNA测序数据集
4527	2025-02-05	Probing Dermal Immunity to Mycobacteria through a Controlled Human Infection Model 2024-09-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2400053 PMID:39283647	研究论文	本文通过控制性人类感染模型探讨了皮肤对分枝杆菌的免疫反应	首次在未接触过M. bovis卡介苗的人群中，通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术揭示了非免疫细胞在皮肤免疫反应中的潜在作用	样本量较小（10名参与者），且未观察到治疗组之间的差异	提高对皮肤免疫反应的理解，以启发新的治疗方法	10名接受M. bovis卡介苗皮内注射的参与者	免疫学	分枝杆菌感染	流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	血液样本、皮肤活检样本	10名参与者
4528	2025-02-05	Bioinformatics analysis of the tumor microenvironment in melanoma - Constructing a prognostic model based on CD8+ T cell-related genes: An observational study 2024-Aug-09, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038924 PMID:39121331	研究论文	本研究旨在探索黑色素瘤肿瘤微环境，并通过关注CD8+ T细胞相关基因构建预后模型	利用单细胞测序数据和多种生物信息学工具，构建了一个基于CD8+ T细胞相关基因的黑色素瘤预后模型，并通过多组学和免疫浸润分析验证了模型的有效性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	构建黑色素瘤的预后模型，并探索其肿瘤微环境	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序、COX回归分析、LASSO回归分析、多组学分析	预后模型	单细胞测序数据、多组学数据	GSE65904和GSE35640数据集
4529	2025-02-05	Exploit Spatially Resolved Transcriptomic Data to Infer Cellular Features from Pathology Imaging Data 2024-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.05.606654 PMID:39149252	研究论文	本文提出了一种利用空间分辨转录组数据标注病理图像的新方法，并开发了一个名为STpath的迁移学习神经网络模型，用于预测细胞类型比例或分类肿瘤微环境	创新性地利用配对的转录组数据来标注病理图像，并开发了STpath模型，该模型在有限的训练数据下表现出色	模型在训练数据有限的情况下表现良好，但可能仍需更多数据以进一步提升性能	旨在通过深度学习模型从病理图像中提取有意义的特征，以辅助病理学家进行诊断	乳腺癌数据集中的病理图像和空间分辨转录组数据	数字病理学	乳腺癌	空间分辨转录组学	迁移学习神经网络模型（STpath）	图像和转录组数据	三个不同的乳腺癌数据集
4530	2025-02-05	Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex 2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546949 PMID:39071320	研究论文	本文提出了一种使用空间转录组数据识别组织中空间同质区域（SHRs）的方法，并展示了该方法在多种组织类型中寻找SHRs的高效性和有效性	创新点在于开发了一个名为concordex的工具，该工具基于k近邻（kNN）图分析，能够有效识别空间同质区域，并可用于非空间转录组数据的分析	未明确提及具体局限性	研究目的是开发一种方法，用于识别组织中空间同质区域	研究对象是组织中的空间同质区域	数字病理学	NA	空间转录组学	kNN图分析	空间转录组数据	NA
4531	2025-02-05	Characteristics of splenic PD-1+ γδT cells in Plasmodium yoelii nigeriensis infection 2024-06, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-023-09441-w PMID:38265549	研究论文	本文研究了在Plasmodium yoelii nigeriensis感染的小鼠中，表达PD-1的γδT细胞的表型和功能特征，并探讨了其分子机制	首次揭示了RORα在调节PD-1表达γδT细胞中的作用，并发现RORα通过减弱NF-κB信号来调节宿主免疫反应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨PD-1在γδT细胞中的功能及其在Plasmodium yoelii nigeriensis感染中的调节机制	Plasmodium yoelii nigeriensis感染的小鼠脾脏中的PD-1+ γδT细胞	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞表型数据、基因表达数据	Plasmodium yoelii nigeriensis感染的C57BL/6小鼠
4532	2025-02-05	BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549951 PMID:37503097	研究论文	本文提出了一种名为BuDDI的新方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性的扰动效应	BuDDI利用变分自编码器（VAE）学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异性和剩余变异性，从而模拟细胞类型特异性的扰动响应	BuDDI在训练过程中未使用单细胞扰动数据，仅依赖批量数据，可能在某些复杂实验设计中存在局限性	研究目的是通过整合批量数据和单细胞RNA测序数据，推断细胞类型特异性的扰动效应	研究对象为批量数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	批量数据和单细胞RNA测序数据	模拟和真实数据，实验设计复杂度逐渐增加
4533	2025-02-05	The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer 2024-Apr-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504 PMID:38294344	研究论文	本文研究了KRAS抑制剂MRTX1133在胰腺导管腺癌（PDAC）中的疗效，并探讨了肿瘤微环境对治疗效果的影响	研究发现ITGB1是增强MRTX1133治疗反应的靶点，并在3D细胞培养和体内模型中验证了MRTX1133的显著疗效，揭示了KRASG12D抑制在调节肿瘤微环境中的免疫反应	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	开发新的胰腺导管腺癌治疗策略	胰腺导管腺癌细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型	肿瘤学	胰腺癌	CRISPR-Cas9功能缺失筛选、单细胞测序、多光谱成像	NA	基因表达数据、肿瘤组织数据	多个PDAC细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型
4534	2025-02-05	Transcript-specific enrichment enables profiling rare cell states via scRNA-seq 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.27.587039 PMID:38586040	研究论文	本文介绍了一种名为PERFF-seq的可扩展检测方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来定义复杂细胞混合物中的亚群，并进行单细胞RNA测序分析	提出了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术和测序技术实现对特定RNA转录本定义的细胞亚群的可编程富集，解决了传统流式分选在稀有细胞状态研究中的局限性	需要进一步验证该方法在不同组织和细胞类型中的广泛适用性	开发一种可扩展的方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来富集和描述复杂细胞混合物中的稀有细胞亚群	免疫细胞群体和新鲜冷冻及福尔马林固定石蜡包埋的脑组织	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, RNA Flow-FISH	NA	RNA测序数据	141,227个细胞和29,522个细胞核
4535	2024-08-07	Correction to: Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae155 PMID:38581651	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4536	2025-02-05	scEVOLVE: cell-type incremental annotation without forgetting for single-cell RNA-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae039 PMID:38366803	研究论文	本文提出了一种名为scEVOLVE的新方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型增量注释，旨在解决现有方法在持续知识获取方面的限制	首次提出并制定了一个端到端的算法框架，用于解决细胞类型增量注释这一新任务，通过对比样本回放和分区置信度最大化原则，有效缓解了灾难性遗忘问题	数据流样本只能观察一次，可能导致灾难性遗忘	开发一种能够持续增强细胞类型知识的增量注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习	单细胞RNA测序数据	NA
4537	2025-02-05	Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae063 PMID:38426323	研究论文	本文开发了一种基于实例的迁移学习框架，用于调整单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以改善空间转录组学（ST）数据的细胞类型分解	提出了一种新的基于实例的迁移学习框架，用于调整scRNA-seq数据以匹配ST数据的细胞类型特异性基因表达，从而减少分布差异并提高细胞类型分解的准确性	未提及具体局限性	改善空间转录组学数据的细胞类型分解	单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	迁移学习框架	基因表达数据	模拟和真实数据集
4538	2025-02-05	Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae004 PMID:38305455	研究论文	本文提出了一种新的物种无关的迁移学习方法，用于跨物种转录组数据的整合，无需依赖基因同源信息	提出了一种不依赖基因同源信息的跨物种知识转移方法，通过异质域适应的方式整合不同物种的数据，并识别潜在空间中影响最大的基因的功能注释	NA	解决跨物种转录组数据整合中的信息丢失问题，实现无需基因同源信息的跨物种知识转移	小鼠、斑马鱼等模型生物与人类的转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	迁移学习	转录组数据	四个不同的单细胞测序数据集
4539	2025-02-05	BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae045 PMID:38385877	研究论文	本文介绍了一种名为BiGATAE的双分图注意力自编码器，用于从单切片到多切片增强空间转录组数据中的空间域识别	BiGATAE通过利用相邻组织切片的基因表达信息，扩展了现有单切片分析方法的适用性，使其能够进行多切片聚类	NA	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和适用性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	双分图注意力自编码器（BiGATAE）	基因表达数据	三个不同的数据集
4540	2025-02-05	Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae047 PMID:38388681	研究论文	本文提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，通过持续微调预训练语言模型来适应新出现的单细胞RNA测序数据	CANAL工具结合了持续学习和预训练语言模型，解决了现有工具无法从新数据中扩展知识的问题，并有效缓解了灾难性遗忘的困境	NA	开发一种能够持续适应新数据的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	预训练语言模型	RNA测序数据	NA