单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4521	2025-01-28	Exploring RNA-Seq Data Analysis Through Visualization Techniques and Tools: A Systematic Review of Opportunities and Limitations for Clinical Applications 2025-Jan-12, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010056 PMID:39851330	综述	本文系统回顾了RNA测序数据分析中的可视化技术和工具，探讨了其在临床应用中的机会和限制	提供了RNA-seq数据可视化技术和工具的全面概述，特别是针对不同类型RNA-seq数据的可视化方法	仅包括2017年至2024年间发表的英文全文研究，可能遗漏了其他语言或更早期的重要研究	探讨RNA-seq数据可视化技术在临床推理中的应用及其潜力	RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	126项研究，其中33项符合纳入标准
4522	2025-01-28	Identification of Downregulated MECR Gene in Parkinson's Disease Through Integrated Transcriptomic Analysis and Validation 2025-Jan-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020550 PMID:39859268	研究论文	本研究通过整合转录组分析，识别了与帕金森病相关的脂质代谢基因，并验证了MECR基因的下调	首次整合微阵列和单细胞RNA测序数据，识别并验证了MECR基因在帕金森病中的下调，并探索了其潜在的治疗途径	研究结果需要进一步的实验验证和临床研究来确认其治疗潜力	识别与帕金森病相关的脂质代谢基因，并探索其治疗潜力	帕金森病患者和健康对照的转录组数据	生物信息学	帕金森病	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习算法	转录组数据	帕金森病患者和健康对照的样本
4523	2025-01-31	Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models 2025-Jan-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020204 PMID:39857986	研究论文	本文研究了在胰腺导管腺癌（PDAC）模型中，通过阻断LIF和PD-L1结合化疗来增强治疗效果	首次评估了化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在PDAC模型中的抗肿瘤效果，并发现该联合疗法显著提高了治疗效果	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	探索化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在PDAC中的抗肿瘤效果	胰腺导管腺癌（PDAC）模型	癌症研究	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据、基因表达数据	临床前PDAC模型
4524	2025-01-31	CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data 2025-Jan-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739 PMID:39788105	研究论文	本文介绍了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于在单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序	CSI-GEP方法在真实和模拟的单细胞RNA测序数据集中能够恢复真实的基因表达程序，显著优于包括基于GPT的神经网络在内的前沿方法	NA	开发一种可扩展且一致的无监督学习方法，用于单细胞RNA测序数据的基因表达程序恢复	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督学习	单细胞RNA测序数据	220万个小鼠脑细胞和人类肿瘤及细胞系的整合单细胞RNA测序图谱
4525	2025-01-31	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的丢失事件问题	CCI方法通过基因采样子集进行聚类，并利用相似细胞的信息来插补基因表达水平，提高了下游分析的性能	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下缺乏鲁棒性	解决scRNA-seq数据中的丢失事件问题，提高数据插补的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	scRNA-seq	共识聚类	基因表达数据	NA
4526	2025-01-31	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本文通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，该机制由一个顺式调控元件决定	揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，并确定了一个关键的顺式调控元件	研究主要集中于Capsella果实，可能不适用于其他植物或器官的形态发生	研究Capsella果实形状决定的分子机制	Capsella果实	植物生物学	NA	全器官活细胞成像, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	图像, RNA序列数据	NA
4527	2025-01-31	Ex Vivo Regional Gene Therapy Compared to Recombinant BMP-2 for the Treatment of Critical-Size Bone Defects: An In Vivo Single-Cell RNA-Sequencing Study 2025-Jan-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010029 PMID:39851303	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了区域基因治疗与重组BMP-2在治疗临界大小骨缺损中的效果	首次使用单细胞RNA测序技术分析了区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的细胞和转录机制差异	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	比较区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的效果及其机制	六只大鼠的临界大小股骨缺损	数字病理	骨缺损	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	六只大鼠，每组2393个过滤细胞
4528	2025-01-31	The Prognostic Significance of TRs in Hepatocellular Carcinoma: Insights from TCGA and GEO Databases 2025, Biomarker insights IF:3.4Q2 DOI:10.1177/11772719251315321 PMID:39866810	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验研究，探讨了甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	首次结合TCGA和GEO数据库，通过Kaplan-Meier分析、Cox回归和逻辑回归分析，发现THRB低表达与HCC患者总体生存率降低显著相关，并通过功能实验验证了THRB在抑制HCC细胞增殖和迁移中的作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且实验部分未详细说明样本来源和数量	探讨甲状腺激素受体（TRs）在肝细胞癌（HCC）中的预测价值	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	Kaplan-Meier分析、Cox回归分析、逻辑回归分析、伤口愈合实验、CCK-8实验、Transwell迁移实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
4529	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Cellular Heterogeneity from Deep Fascia in Necrotizing Fasciitis Patients 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496650 PMID:39867946	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性	首次报道了坏死性筋膜炎患者深筋膜中的细胞异质性，并发现了与抗感染相关的关键细胞亚群和蛋白质	样本量较小（NF组3例，对照组4例），可能需要更大规模的研究来验证结果	研究坏死性筋膜炎患者深筋膜中细胞的变化及其在抗感染中的作用	坏死性筋膜炎患者和健康志愿者的深筋膜样本	数字病理学	坏死性筋膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重染色、多光谱成像和免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	NF组3例，对照组4例
4530	2025-01-28	Single-cell transcriptomics identifies the common perturbations of monocyte/macrophage lineage cells in inflammaging of bone marrow 2025-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.09.013 PMID:39868348	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，识别了骨髓炎症衰老中单核/巨噬细胞系的共同扰动	首次在多种衰老和炎症小鼠模型中，通过scRNA-Seq技术揭示了单核/巨噬细胞系通过App-Cd74轴激活的共同病理途径	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探讨骨髓炎症衰老中是否存在共同的病理途径	骨髓中的单核/巨噬细胞系	生物信息学	老年病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	多种小鼠模型（TERCko/ko、5×FAD、Dmp1 Cre -DTA ki/wt、高脂饮食喂养小鼠、腰椎5神经压迫小鼠）
4531	2025-01-31	Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage 2025-Jan, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70041 PMID:39868438	研究论文	本研究探讨了骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）通过细胞外囊泡（EVs）增强小胶质细胞吞噬能力，促进脑出血后血肿清除的机制	揭示了BMDMs通过EVs传递ARG1增强小胶质细胞吞噬能力的新机制，为脑出血治疗提供了新的治疗靶点	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证	研究脑出血后小胶质细胞吞噬能力的调控机制	骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和小胶质细胞	生物医学	脑出血	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、RNA测序数据	NA
4532	2025-01-31	Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70377 PMID:39868675	研究论文	本文结合机器学习和单细胞RNA测序技术探索了胶质瘤肿瘤微环境，并通过全基因组关联研究和孟德尔随机化方法发现了影响癌症和心血管疾病结果的TME元素相关遗传变异	利用机器学习技术分析高维数据，获得新的分子亚型和生物标志物，揭示了TME中的潜在血管生成和免疫原性特征，为精准肿瘤学治疗提供信息	NA	探索胶质瘤肿瘤微环境，识别影响癌症和心血管疾病结果的遗传变异，并发现新的分子亚型和生物标志物	胶质瘤肿瘤微环境（TME）	机器学习	胶质瘤, 心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 全基因组关联研究（GWAS）, 孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	NA
4533	2025-01-31	Identifying Key Biomarkers Related to Immune Response in the Progression of Diabetic Kidney Disease: Mendelian Randomization Combined With Comprehensive Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482047 PMID:39871959	研究论文	本研究通过孟德尔随机化结合转录组学和单细胞测序分析，识别了与糖尿病肾病（DKD）进展相关的关键免疫反应生物标志物	结合孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序分析，识别了与DKD进展相关的关键基因，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需进一步在人类样本中验证	识别DKD发病和进展中的关键基因，并探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病肾病（DKD）患者和小鼠模型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化、转录组学分析、单细胞测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据、单细胞数据	DKD小鼠模型
4534	2025-01-31	Tumour heterogeneity and personalized treatment screening based on single-cell transcriptomics 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.12.020 PMID:39877290	研究论文	本文基于单细胞转录组学数据，研究了肿瘤异质性及其对个性化治疗的影响	通过整合多种生物信息学分析，构建了多种癌症的肿瘤细胞异质性蓝图，并识别了肿瘤细胞亚群特异性生物标志物和潜在治疗药物	研究仅基于五种癌症的单细胞转录组数据集，样本类型和数量有限	探索肿瘤细胞异质性在单细胞水平上的生物学差异，并为个性化治疗提供新的见解	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌和肝癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	五种癌症的单细胞转录组数据集
4535	2025-01-31	Transcriptional Profiling of Testis Development in Pre-Sexually-Mature Hezuo Pig 2024-Dec-29, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47010010 PMID:39852125	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对合作猪（HZP）青春期前一个月龄的睾丸进行了转录组分析，揭示了不同细胞类型在精子发生过程中的转录变化	首次在合作猪中应用单细胞RNA测序技术，揭示了睾丸发育过程中不同细胞类型的转录变化，为理解精子发生和睾丸细胞生物学提供了新的见解	研究仅针对一个月龄的合作猪睾丸，未涵盖更广泛的发育阶段或不同品种的猪	探索合作猪青春期前睾丸发育过程中的细胞类型和转录变化	合作猪（HZP）一个月龄的睾丸	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	14,276个细胞
4536	2025-01-31	Application of Spatial Transcriptomics in Digestive System Tumors 2024-Dec-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15010021 PMID:39858416	综述	本文综述了空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用，包括其在揭示肿瘤空间结构、异质性、肿瘤微环境及细胞间相互作用方面的作用，以及在诊断、预后和治疗中的应用	结合空间转录组学与单细胞RNA测序（scRNA-seq）、人工智能和机器学习在消化系统癌症研究中的重要性	技术挑战和应用前景仍需进一步探讨	探讨空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其前景	消化系统肿瘤	数字病理学	消化系统肿瘤	空间转录组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4537	2025-01-31	SSL5-AnxA5 Fusion Protein Constructed Based on Human Atherosclerotic Plaque scRNA-Seq Data Preventing the Binding of Apoptotic Endothelial Cells, Platelets, and Inflammatory Cells 2024-Dec-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010008 PMID:39857592	研究论文	本文基于人类动脉粥样硬化斑块的单细胞RNA测序数据，构建了SSL5-AnxA5融合蛋白，用于防止凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞的结合	通过单细胞测序分析，识别了SAP和ACS患者斑块中annexin V和P-selectin糖蛋白配体1通路的显著变化，并构建了SSL5-AnxA5融合蛋白，展示了其在防止细胞间相互作用中的潜力	NA	研究SSL5-AnxA5融合蛋白在防止动脉粥样硬化斑块破裂后局部炎症中的作用	凋亡内皮细胞、血小板和炎症细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、PCR、Western blot、流式细胞术、免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据	SAP和ACS患者的斑块样本
4538	2025-01-31	Disruption of immune responses by type 1 diabetes exacerbates SARS-CoV-2 mediated lung injury 2024-Dec-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00250.2024 PMID:39320093	研究论文	本文研究了1型糖尿病（T1DM）对COVID-19肺炎严重程度的影响，通过小鼠模型发现高血糖小鼠表现出更严重的肺损伤和免疫反应受损	引入了一种新技术，用于将高度固定的组织消化成单细胞悬液，适用于流式细胞术分析，并揭示了T1DM小鼠肺部T细胞募集减少和炎症性巨噬细胞的特征	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类数据，且样本量未明确说明	评估1型糖尿病是否加剧COVID-19肺炎的严重程度，并探索其潜在机制	野生型小鼠感染小鼠适应的SARS-CoV-2病毒	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术	小鼠模型	转录组数据、流式细胞数据	NA
4539	2025-01-31	Deciphering cell states and the cellular ecosystem to improve risk stratification in acute myeloid leukemia 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf028 PMID:39865982	研究论文	本文通过构建急性髓性白血病（AML）单细胞转录组图谱，提出sciNMF工作流程，系统解析细胞异质性，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	提出了sciNMF工作流程，识别了26种与临床变量、突变和预后相关的白血病和免疫细胞状态，并开发了ACE特征（ACEsig）以预测AML预后	NA	提高急性髓性白血病（AML）的风险分层精度	急性髓性白血病（AML）患者	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	sciNMF	单细胞转录组数据	公共RNA-seq队列
4540	2025-01-31	A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08002-x PMID:39415002	研究论文	本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，揭示了非免疫细胞与免疫细胞之间的相互作用在皮肤形态发生中的关键作用	首次构建了产前人类皮肤的多组学参考图谱，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的非传统功能	皮肤器官模型缺乏免疫细胞，且内皮细胞异质性和数量显著减少	研究产前人类皮肤的形态发生机制，特别是免疫细胞在其中的作用	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型	生物医学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	皮肤器官模型（SkO）	单细胞和空间转录组数据	产前人类皮肤（7-17周）和皮肤器官模型