单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4521	2025-04-05	PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae661 PMID:39710434	研究论文	本文提出了一种基于单细胞和批量转录组数据融合的scPAGE2方法，用于提高脓毒症诊断模型的泛化能力	升级了scPAGE方法，通过迁移学习将单细胞转录组信息有效转移到批量转录组数据中，构建了性能优越的脓毒症诊断模型	NA	提高脓毒症诊断模型的泛化能力	脓毒症患者的转录组数据	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, FACS, 下一代测序, 微阵列	scPAGE2	转录组数据	7个数据集，涉及3个转录组平台和FACS数据
4522	2025-04-05	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控的自动化检测方法Digital-GPA，用于单抗生素耐药细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	开发了Digital-GPA方法，能够高效分离和测序荧光D-氨基酸标记的抗生素耐药细菌，提供高质量的单细胞扩增基因组，识别微小和主要突变	未提及方法的具体操作复杂度和成本，可能限制其在临床中的广泛应用	全面分析抗生素耐药细菌的基因型和表型特征，以更好地理解抗生素耐药性	抗生素耐药细菌	数字病理学	细菌感染	数字微流控技术、全基因组测序、荧光D-氨基酸标记	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本中的耐药病原体
4523	2025-04-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	research paper	该研究探讨了炎症如何通过表观遗传印记影响肠道干细胞（ISCs）的代谢和再生能力	揭示了炎症通过琥珀酸积累重编程ISCs表观基因组，从而影响其分化和再生能力的机制	研究主要基于GI GVHD模型，可能不适用于其他炎症条件	探究炎症对肠道干细胞适应性和再生能力的长效影响	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量
4524	2025-04-05	Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms 2024-06-01, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.110936 PMID:38554980	研究论文	通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的细胞亚群及其潜在治疗机制	首次对手术切除的血肿中的细胞进行全面分类，并探讨其与CSDH复发的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	分析CSDH患者外周血和血肿部位的细胞亚群及其对疾病的影响	慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的外周血和手术切除的血肿	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
4525	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
4526	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
4527	2025-04-04	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Effect of MIF on Myeloid-Derived Suppressor Cells in Multiple Myeloma 2025-Apr-02, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14473 PMID:40176414	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了MIF在多发性骨髓瘤中对髓系来源抑制细胞（MDSCs）的影响	首次揭示了MIF在MDSCs中的表达差异及其与多发性骨髓瘤的关联	研究样本量有限，且仅基于GSE124310数据集进行分析	探索骨髓微环境中MIF与MDSCs之间的关系	多发性骨髓瘤患者和正常对照的骨髓样本	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE124310数据集中的MM和正常样本
4528	2025-01-20	Unlocking the potential of spatial transcriptomics with custom microfluidic chips 2025-Apr, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2771-9 PMID:39826037	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4529	2025-04-04	Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 2025-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70166 PMID:40170749	研究论文	本研究分析了BCG诱导的小鼠结核性胸膜炎模型中CD4+ T细胞和巨噬细胞的DNA甲基化和转录组数据，揭示了免疫细胞在结核性胸膜感染过程中的动态变化和调控特性	首次揭示了结核性胸膜感染过程中免疫细胞DNA甲基化的动态变化及其对Th1、Th17和Th22细胞分化的调控作用，并发现C1q在感染过程中的表达增加及其调控机制	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类结核性胸膜感染尚需进一步验证	探究结核性胸膜感染过程中免疫细胞的DNA甲基化动态变化及其调控机制	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	免疫学	结核病	DNA甲基化分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	DNA甲基化数据、转录组数据	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型在特定时间点（第0、1、7和14天）的胸膜灌洗液样本
4530	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官
4531	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
4532	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
4533	2025-04-04	LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643710 PMID:40166238	研究论文	本研究探讨了LSD1抑制在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以促进抗肿瘤免疫的机制	发现LSD1抑制通过上调MHC-I和诱导树突状细胞产生CXCL9，进而通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8+ T细胞产生IFNγ，揭示了LSD1在抗肿瘤免疫中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明LSD1在HNSCC抗肿瘤免疫中的作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）小鼠模型和人类HNSCC细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA-seq分析	小鼠HNSCC模型、人类HNSCC细胞与PBMCs共培养模型	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类PBMCs共培养实验
4534	2025-04-04	Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643146 PMID:40161827	研究论文	本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合	CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNAseq	对比学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
4535	2025-04-04	Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia 2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.14.25323827 PMID:40162239	研究论文	该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动	整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联	样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域	阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制	精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织	神经科学	精神分裂症	单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS）	NA	转录组数据	85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核
4536	2025-04-04	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	research paper	该研究探讨了AIMP蛋白家族在胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中对抗血管生成治疗反应的影响	首次揭示了AIMP1/2/3在胶质瘤血管生成中的作用，并发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物	研究为回顾性分析，需要前瞻性临床试验验证AIMP2的预测价值	探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	digital pathology	glioblastoma	multi-omic分析（转录组学、表观遗传学、蛋白质组学）和单细胞转录组学	Cox比例风险模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和单细胞转录组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
4537	2025-04-04	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-22, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	该研究通过分析1012个mCRPC组织样本，识别了与临床结果相关的五种基因表达通路簇，并探讨了其预后意义	首次全面分析了mCRPC中预后相关基因表达通路，并揭示了AR信号丢失、高增殖和糖酵解表型作为不良预后通路	仅272例患者有生存数据，样本量相对有限	探究mCRPC中基因表达通路与临床预后的关联	转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个mCRPC组织样本(来自769名患者)
4538	2025-04-04	A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0652 PMID:40171018	research paper	开发了一种基于月经血的无创诊断平台，用于子宫内膜异位症的检测，结合了数字液滴酶联免疫吸附试验（ddELISA）和单细胞RNA测序技术	首次将月经血作为无创诊断样本，开发了高灵敏度的ddELISA方法，并结合单细胞RNA测序验证了月经血中子宫内膜细胞的炎症和免疫特性与子宫内膜异位症病变相似	研究中未提及样本的具体数量，且新方法的临床实用性尚需进一步验证	开发一种高特异性、无创的体外诊断方法，用于子宫内膜异位症的检测	月经血中的遗传和炎症标志物	digital pathology	endometriosis	digital droplet enzyme-linked immunosorbent assay (ddELISA), single-cell RNA sequencing	NA	genetic and inflammatory markers, RNA sequencing data	NA
4539	2025-04-04	Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549237 PMID:40171265	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了胆固醇代谢在结直肠癌免疫治疗耐药中的关键作用	首次通过空间转录组学技术系统分析了肿瘤微环境中胆固醇代谢与免疫治疗耐药的关系	研究样本量相对较小(16个肿瘤)，且基于小鼠模型(Mc38)的结果需要进一步在人类样本中验证	探索结直肠癌免疫检查点抑制剂(ICI)治疗耐药的分子机制	MC38同源肿瘤模型(小鼠结直肠癌模型)	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学、bulk-RNA测序	MC38同源肿瘤模型	空间转录组数据、bulk-RNA测序数据	16个肿瘤样本，48,636个转录组测序点
4540	2025-04-04	Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570647 PMID:40171266	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了自然杀伤细胞(NK细胞)在肝细胞癌(HCC)预后中的异质性	首次基于NK细胞标志物建立了两基因预后特征，并揭示了其在肿瘤微环境(TME)中的作用，为免疫治疗策略提供了新见解	研究样本量有限，且仅基于特定数据集进行分析	探究NK细胞在HCC肿瘤微环境中的作用及其预后价值	肝细胞癌(HCC)患者及其肿瘤微环境中的NK细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, ssGSEA	预后风险评分模型	RNA-seq数据	来自GSE149614和TCGA数据集的样本(具体数量未明确说明)