单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 4501 - 4520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4501 | 2025-02-05 |
scEVOLVE: cell-type incremental annotation without forgetting for single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae039
PMID:38366803
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scEVOLVE的新方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型增量注释，旨在解决现有方法在持续知识获取方面的限制 | 首次提出并制定了一个端到端的算法框架，用于解决细胞类型增量注释这一新任务，通过对比样本回放和分区置信度最大化原则，有效缓解了灾难性遗忘问题 | 数据流样本只能观察一次，可能导致灾难性遗忘 | 开发一种能够持续增强细胞类型知识的增量注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 4502 | 2025-02-05 |
Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae063
PMID:38426323
|
研究论文 | 本文开发了一种基于实例的迁移学习框架，用于调整单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以改善空间转录组学（ST）数据的细胞类型分解 | 提出了一种新的基于实例的迁移学习框架，用于调整scRNA-seq数据以匹配ST数据的细胞类型特异性基因表达，从而减少分布差异并提高细胞类型分解的准确性 | 未提及具体局限性 | 改善空间转录组学数据的细胞类型分解 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | 迁移学习框架 | 基因表达数据 | 模拟和真实数据集 |
| 4503 | 2025-02-05 |
Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae004
PMID:38305455
|
研究论文 | 本文提出了一种新的物种无关的迁移学习方法，用于跨物种转录组数据的整合，无需依赖基因同源信息 | 提出了一种不依赖基因同源信息的跨物种知识转移方法，通过异质域适应的方式整合不同物种的数据，并识别潜在空间中影响最大的基因的功能注释 | NA | 解决跨物种转录组数据整合中的信息丢失问题，实现无需基因同源信息的跨物种知识转移 | 小鼠、斑马鱼等模型生物与人类的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 迁移学习 | 转录组数据 | 四个不同的单细胞测序数据集 |
| 4504 | 2025-02-05 |
BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae045
PMID:38385877
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为BiGATAE的双分图注意力自编码器，用于从单切片到多切片增强空间转录组数据中的空间域识别 | BiGATAE通过利用相邻组织切片的基因表达信息，扩展了现有单切片分析方法的适用性，使其能够进行多切片聚类 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和适用性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 双分图注意力自编码器（BiGATAE） | 基因表达数据 | 三个不同的数据集 |
| 4505 | 2025-02-05 |
Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae047
PMID:38388681
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，通过持续微调预训练语言模型来适应新出现的单细胞RNA测序数据 | CANAL工具结合了持续学习和预训练语言模型，解决了现有工具无法从新数据中扩展知识的问题，并有效缓解了灾难性遗忘的困境 | NA | 开发一种能够持续适应新数据的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 预训练语言模型 | RNA测序数据 | NA |
| 4506 | 2025-02-05 |
scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad523
PMID:38300515
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scMMT的深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞注释、蛋白质预测和嵌入 | 提出了一种新的特征提取技术，并构建了一个基于GradNorm方法的多任务学习框架，以增强对具有挑战性的免疫细胞的识别，并通过细胞类型注释和蛋白质预测任务之间的相互促进来减少标签噪声的影响 | 未明确提及具体限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性，以促进生物学和医学研究，特别是在理解疾病进展和肿瘤微环境方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 |
| 4507 | 2025-02-05 |
From G1 to M: a comparative study of methods for identifying cell cycle phases
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad517
PMID:38261342
|
综述 | 本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中识别细胞周期阶段的不同方法，并提出了一个误差函数来评估这些方法的准确性 | 提出了一个误差函数来评估细胞周期阶段识别方法的准确性，并探讨了将具有多个已知细胞周期阶段的基准数据整合到分析中的潜在好处 | 未提及具体方法的局限性，仅强调了参考数据与目标数据集之间的兼容性对方法有效性的影响 | 比较和评估scRNA-seq数据中识别细胞周期阶段的不同方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 包含人类和小鼠数据的多个基准数据集 |
| 4508 | 2025-02-05 |
ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease
2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573893
PMID:38260408
|
研究论文 | 本文研究了ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中对突触完整性的保护作用 | 通过CRISPR/Cas9基因编辑技术生成斑马鱼模型，揭示了ABCA7依赖性神经肽Y信号在维持突触完整性和星形胶质细胞增殖中的新机制 | 研究主要依赖于动物模型，人类临床数据的验证仍需进一步扩展 | 探讨ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中的作用机制 | 斑马鱼模型和人类临床数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞转录组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因表达数据、临床数据 | 斑马鱼模型和人类临床样本 |
| 4509 | 2025-02-05 |
Comprehensive analysis of disulfidptosis-related genes and the immune microenvironment in heart failure
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1516898
PMID:39897078
|
研究论文 | 本文通过生物信息学分析探讨了与二硫化物凋亡相关基因（DRGs）如何影响心力衰竭（HF）的免疫微环境 | 首次将二硫化物凋亡与心力衰竭的免疫微环境联系起来，并开发了一个基于DRGs的预测模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨二硫化物凋亡相关基因对心力衰竭免疫微环境的影响 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 |
| 4510 | 2025-02-04 |
Eliminating the persistent HIV reservoir based on biomarker expression - How do we get there?
2025-Feb, Virology
IF:2.8Q3
DOI:10.1016/j.virol.2024.110368
PMID:39721194
|
研究论文 | 本文讨论了基于生物标志物表达消除持久性HIV病毒库的挑战和未来方向 | 提出了识别共同表达蛋白质以减少生物标志物面板中蛋白质数量的新策略，并强调了空间转录组学和蛋白质组学等新技术在未来的应用 | 目前缺乏特定的分子标志物来定义所有潜伏感染的HIV细胞，且病毒库的异质性增加了消除的难度 | 研究目标是识别和开发能够定义所有HIV病毒库子集的最小蛋白质集合，以实现病毒库的靶向消除 | 研究对象是潜伏感染的HIV细胞及其生物标志物 | 生物医学 | HIV/AIDS | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 蛋白质表达数据、转录组数据 | NA |
| 4511 | 2025-02-04 |
Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin
2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022
PMID:39894688
|
研究论文 | 本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）皮肤病变中的CD8+ T细胞反应，揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用 | 通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群，并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异 | 研究主要基于皮肤样本，未涉及其他器官或系统的免疫反应 | 分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制，特别是CD8+ T细胞反应 | 弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者的皮肤样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据 | dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本 |
| 4512 | 2025-02-04 |
Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal
2025-Jan-30, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2457039
PMID:39882751
|
研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，超载（superloading）对多路复用数据的影响，特别是对T细胞受体（TCR）数据的分析 | 研究了超载对多路复用单细胞基因表达和TCR数据的影响，并提出了基于TCR配置的双重去除步骤以提高T细胞分析的准确性 | 超载可能导致高多重率和样本复杂性，影响计算分析的准确性 | 评估超载对多路复用单细胞RNA测序数据的影响，特别是对T细胞受体数据的分析 | 人类胸腺和血液样本中的T细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据和T细胞受体（TCR）数据 | 来自不同捐赠者的人类胸腺和血液样本 |
| 4513 | 2025-02-04 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634618
PMID:39896674
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ARTEMIS的生成模型，结合变分自编码器（VAE）和不平衡扩散薛定谔桥（uDSB），用于从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化 | ARTEMIS首次将VAE与uDSB结合，通过解决薛定谔桥问题重建细胞轨迹，并引入漂移函数捕捉基因表达趋势，同时使用神经网络估计单细胞沿轨迹的时间依赖性死亡率，从而恢复细胞群体变化 | ARTEMIS依赖于单细胞测序数据，而单细胞测序的高成本和破坏性限制了数据的获取，且模型在复杂生物过程中的泛化能力仍需进一步验证 | 研究目标是开发一种能够从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化的生成模型 | 研究对象包括胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的上皮-间质转化（EMT）等过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）与不平衡扩散薛定谔桥（uDSB）结合 | 时间序列单细胞数据 | 三个scRNA-seq数据集（胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的EMT） |
| 4514 | 2025-02-04 |
DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634317
PMID:39896594
|
研究论文 | 本文研究了人类滋养层细胞对七种致畸病毒的反应，发现疱疹病毒诱导了DUX4刺激基因（DSGs）的表达，这些基因在滋养层细胞中具有独特的抗病毒功能 | 揭示了DUX4及其刺激基因（DSGs）在滋养层细胞中作为抗疱疹病毒防御机制的关键作用，填补了滋养层细胞对致畸病毒反应理解的空白 | 研究仅限于七种致畸病毒，且主要关注疱疹病毒，未涵盖所有可能的病毒类型 | 探讨滋养层细胞对致畸病毒的抗病毒反应机制 | 人类滋养层细胞 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类滋养层细胞器官样体 |
| 4515 | 2025-02-04 |
CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634479
PMID:39896630
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4516 | 2025-02-04 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
|
研究论文 | 本研究探讨了在血管紧张素II（AngII）驱动下，近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源上的转录差异 | 揭示了在AngII诱导的胸主动脉病变前期，平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源上的转录差异较小，并发现了一个新的成纤维细胞亚群 | 研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变前期，未涉及病变后期的变化 | 探讨AngII诱导的胸主动脉病变中，不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞的转录差异 | 近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠的近端胸主动脉样本 |
| 4517 | 2025-02-04 |
Accurate tiling of spatial single-cell data with Tessera
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633630
PMID:39896464
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4518 | 2025-02-04 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4519 | 2024-12-21 |
Metalloproteinase inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury
2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164997
PMID:39699962
|
研究论文 | 本文研究了金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆管祖细胞在肝损伤器官模型中的作用 | 揭示了TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的作用，并提出了金属蛋白酶抑制剂调控胆管细胞分化和肝祖细胞保存的新机制 | NA | 研究肝细胞命运调控机制，以推进肝病的细胞治疗 | 肝祖细胞（LPC）和胆管祖细胞 | NA | 肝病 | RNA-seq | NA | RNA | NA |
| 4520 | 2025-02-04 |
Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830
PMID:39288081
|
研究论文 | 本研究探讨了自噬抑制与树突状细胞招募相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了自噬抑制在癌细胞中诱导树突状细胞激活的机制，并提出了三重疗法（氯喹、Flt3配体和抗LAG3抗体）显著抑制胰腺导管腺癌生长的创新治疗策略 | 自噬抑制在癌细胞中同时诱导了CD8+ T细胞耗竭，这可能限制了其长期疗效 | 研究自噬抑制与树突状细胞激活相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和人类PDAC肿瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |