单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4501	2025-02-05	Epithelial cell diversity and immune remodeling in bladder cancer progression: insights from single-cell transcriptomics 2025-Jan-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06138-6 PMID:39885578	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的动态变化，包括糖酵解增强、T细胞耗竭和免疫细胞重塑，这些变化有助于免疫逃逸和肿瘤进展	首次在单细胞水平上详细描述了膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的异质性和动态变化，并识别了关键的细胞群体和通路作为潜在的治疗靶点	样本量较小（11个膀胱癌样本），且未涵盖所有膀胱癌亚型	研究膀胱癌进展过程中肿瘤微环境的异质性和动态变化，以识别潜在的治疗靶点	膀胱癌样本（包括非肌层浸润性膀胱癌和肌层浸润性膀胱癌）及邻近正常组织	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组学、RNA-seq、免疫组织化学（IHC）、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、RNA-seq数据、蛋白质表达数据	11个膀胱癌样本（4个NMIBC、4个MIBC、3个邻近正常组织）
4502	2025-02-05	Bioinformatics combining machine learning and single-cell sequencing analysis to identify common mechanisms and biomarkers of rheumatoid arthritis and ischemic heart failure 2025-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e41641 PMID:39897930	研究论文	本研究结合机器学习和单细胞测序分析，旨在识别类风湿性关节炎（RA）和缺血性心力衰竭（IHF）的共同机制和生物标志物	通过整合多个RA和IHF数据集的RNA测序数据，识别出177个共同差异表达基因，并通过PPI网络分析和机器学习确定了五个枢纽基因，揭示了炎症免疫反应在RA患者IHF进展中的关键作用	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	识别RA和IHF的共同机制和生物标志物，为早期诊断、个性化治疗和预防策略提供方向	类风湿性关节炎（RA）和缺血性心力衰竭（IHF）患者	生物信息学	类风湿性关节炎, 缺血性心力衰竭	RNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	五个RA和IHF数据集
4503	2025-02-05	scSMD: a deep learning method for accurate clustering of single cells based on auto-encoder 2025-Jan-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06047-x PMID:39881248	研究论文	本文提出了一种基于自编码器的深度学习模型scSMD，用于单细胞RNA测序数据的精确聚类	SMD模型结合了非线性降维技术和多孔扩张注意力门组件，能够有效捕捉单细胞聚类特征并动态调整特征权重	NA	探索深度学习在单细胞数据聚类中的应用，特别是处理稀疏高维数据	单细胞RNA测序数据	机器学习	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	卷积自编码器	RNA测序数据	公共数据集和专有的骨肉瘤数据
4504	2025-02-05	Exploring the role of oxidative stress in carotid atherosclerosis: insights from transcriptomic data and single-cell sequencing combined with machine learning 2025-Jan-29, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00600-7 PMID:39881407	研究论文	本研究通过结合转录组数据和单细胞测序技术，探讨了氧化应激在颈动脉粥样硬化中的作用，并利用机器学习模型分析了关键氧化应激相关基因和免疫细胞浸润的关系	结合单细胞测序和机器学习模型，揭示了氧化应激相关基因在颈动脉粥样硬化斑块形成和进展中的关键作用，为潜在治疗靶点的识别提供了新见解	未提及样本量或数据集的详细信息，可能限制了结果的普适性	探讨氧化应激和免疫炎症在颈动脉粥样硬化斑块形成、进展和稳定中的作用	颈动脉粥样硬化斑块中的氧化应激相关基因和免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、转录组数据分析、机器学习	机器学习模型	转录组数据、单细胞数据	NA
4505	2025-02-05	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-Jan-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本文研究了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞的糖萼低岩藻糖基化特征	揭示了前体细胞和黑色素细胞在角膜缘干细胞微环境中糖萼的低岩藻糖基化特征，并发现抑制岩藻糖基化可刺激角膜缘上皮细胞的增殖潜力	研究主要基于体外实验，未在体内验证其治疗效果	探讨糖萼在成人干细胞自我更新和分化中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的上皮细胞	细胞生物学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）结合单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
4506	2025-02-05	Inhibition of Retinal Neovascularization by BEZ235: Targeting the Akt/4EBP1/Cyclin D1 Pathway in Endothelial Cells 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.66 PMID:39888634	研究论文	本研究探讨了BEZ235（一种双重PI3K/mTOR抑制剂）在抑制氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型中的病理性新生血管形成中的治疗效果，并探讨了cyclin D1在内皮细胞周期调控中的作用	首次使用BEZ235通过抑制PI3K/Akt/mTOR通路和4EBP1磷酸化来下调cyclin D1表达，从而抑制视网膜新生血管形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探讨BEZ235在抑制视网膜新生血管形成中的治疗效果及其作用机制	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）和人视网膜微血管内皮细胞（HRMECs）	生物医学	视网膜病变	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光染色、H&E染色、ERG	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞活性数据、组织学数据	OIR小鼠模型、HUVECs、HRMECs
4507	2025-02-05	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	本文通过CRISPR筛选和单细胞转录组学技术，研究了人类CD4 T细胞中动态基因调控网络，揭示了MED12在调控T细胞静息和激活状态中的关键作用	首次在多种人类CD4 T细胞环境中进行CRISPR筛选，揭示了MED12作为动态调控因子的关键作用，并构建了状态特异性调控网络	研究主要集中于CD4 T细胞，未涉及其他免疫细胞类型	研究T细胞中动态基因调控网络，以理解T细胞静息和激活状态的调控机制	人类CD4 T细胞	分子生物学	免疫相关疾病	CRISPR筛选, 单细胞转录组学, 免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据	多种人类CD4 T细胞环境
4508	2025-02-05	Multi-omics analysis of core E3 ubiquitin ligase identifies prognostic biomarkers associated with immune infiltration and drug sensitivity in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104837 PMID:39895786	研究论文	本文通过多组学分析核心E3泛素连接酶，识别了与肺腺癌免疫浸润和药物敏感性相关的预后生物标志物	首次系统研究了E3泛素连接酶在肺腺癌中的表达、预后、免疫浸润、药物敏感性及潜在分子机制，并发现其与不良预后和特定免疫细胞浸润相关	研究主要基于数据库分析和计算机模拟，缺乏实验验证	研究E3泛素连接酶在肺腺癌中的调控作用及其作为预后和药物敏感性标志物的潜力	肺腺癌（LUAD）患者及肿瘤细胞系	生物信息学	肺癌	多组学分析、免疫荧光分析、免疫组化、单细胞分析、空间转录组学、分子对接	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	NA
4509	2025-02-05	Integrating of Radiomics and Single-cell Transcriptomics Uncovers the Crucial Role of γδ T Cells in Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105586 PMID:39895781	研究论文	本研究通过整合放射组学和单细胞转录组学，揭示了γδ T细胞在肺腺癌中的关键作用	首次结合多组学数据研究γδ T细胞在肺腺癌中的功能，并建立了基于放射组学的预测模型	γδ T细胞在肿瘤中的双重作用及其对肺腺癌的影响仍存在争议	探讨γδ T细胞在肺腺癌中的功能及其对免疫治疗的影响	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	放射组学、单细胞转录组学	预测模型	CT图像、单细胞转录组数据	NA
4510	2025-02-05	Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptomes to Identify a Poor Prognostic Tumor Subgroup to Predict the Prognosis of Patients with Early-stage Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105926 PMID:39895784	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，识别了早期肺腺癌的不良预后肿瘤亚群，并构建了预后模型	首次利用单细胞RNA测序技术研究早期肺腺癌的肿瘤微环境特征，并开发了一个基于KRT8和PERP的新型预后模型	研究主要依赖于已发表的文献和数据库中的细胞标记物，可能限制了新细胞类型的发现	研究早期肺腺癌的肿瘤微环境特征并开发预后模型	早期肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR），蛋白质印迹（western blot）	预后模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量
4511	2025-02-05	Integrated Multi-omics Data Analysis and In Vitro Validation Reveal the Crucial Role of Glycogen Metabolism in Gastric Cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104424 PMID:39895799	研究论文	本研究旨在探讨胃癌中的糖原代谢，并开发基于糖原的风险评分模型以预测胃癌预后	首次整合多组学数据分析和体外验证，揭示了糖原代谢在胃癌中的关键作用，并开发了一个新的糖原风险评分模型	研究中使用的数据集主要来自公开数据库，可能缺乏某些特定人群的代表性	研究胃癌中的糖原代谢及其对预后的影响	胃癌患者及其相关数据	生物信息学	胃癌	ssGSEA方法、共识聚类分析、单细胞测序	糖原风险评分模型	基因表达数据、单细胞测序数据	33种肿瘤类型的患者表达谱、4个胃癌批量测序数据集、1个单细胞测序数据集、IMvigor210免疫治疗队列
4512	2025-02-05	Crotonylation-Related Prognostic Model of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S493800 PMID:39895826	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了crotonylation相关基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用，并构建了预后模型	首次在ESCC中研究了crotonylation相关基因的作用，并利用单细胞测序分析评估了细胞通讯和伪时间动态	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探讨crotonylation相关基因在ESCC中的作用及其预后价值	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	转录组分析、单细胞测序分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个ESCC数据集，包含24个crotonylation相关基因
4513	2025-02-05	Sonic hedgehog medulloblastoma cells in co-culture with cerebellar organoids converge towards in vivo malignant cell states 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae218 PMID:39896075	研究论文	本研究通过将Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞与小脑类器官共培养，探讨了非恶性肿瘤微环境对SHH-MB细胞表型特性的影响	开发了一种新型的体外SHH-MB模型，揭示了微环境对肿瘤细胞状态的非细胞自主性诱导作用	研究仅基于两种SHH-MB细胞系，可能无法完全代表所有SHH-MB亚型的特性	识别由非恶性肿瘤微环境驱动的SHH-MB细胞表型特性	Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两种SHH-MB细胞系与小脑类器官共培养
4514	2025-02-05	Single-cell analysis reveals islet autoantigen's immune activation in type 1 diabetes patients 2025-Jan, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-86 PMID:39896168	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，全面检测了1型糖尿病患者外周血单核细胞在GAD、IA-2和胰岛素抗原重叠肽刺激下的基因表达和T细胞受体库	首次在单细胞水平上揭示了1型糖尿病患者胰岛自身抗原的免疫激活机制，并发现了T细胞受体β链在特定配对中的单克隆增加	样本量较小，仅包括20名男性患者，且仅对其中4名进行了BD Rhapsody系统分析	研究1型糖尿病的发病机制，寻找潜在的治疗靶点	1型糖尿病患者的外周血单核细胞	单细胞测序	1型糖尿病	单细胞测序，T细胞受体库分析	NA	单细胞基因表达数据，T细胞受体序列数据	20名男性1型糖尿病患者，其中4名进行了BD Rhapsody系统分析
4515	2025-02-05	CLEC11A-Driven Molecular Mechanisms in Intervertebral Disc Degeneration: A Comprehensive Multi-Omics Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505296 PMID:39897524	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CLEC11A在椎间盘退变（IVDD）中的分子机制	结合MR、转录组测序和单细胞转录组学，首次揭示了CLEC11A通过调控炎症介质ARTN和血清代谢物在IVDD中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	揭示IVDD的遗传发病机制和关键驱动因素	椎间盘退变（IVDD）	生物信息学	椎间盘退变	MR、转录组测序、单细胞转录组学	NA	基因表达数据、单细胞数据	NA
4516	2025-02-05	NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells 2024-Dec-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014 PMID:39733935	研究论文	本文研究了NFATc1在过敏性接触性皮炎中的作用，特别是其对IL-17产生的CD8 T细胞的影响	揭示了NFATc1在调控CD8 T细胞向Tc17细胞分化中的关键作用，并提出了NFATc1作为减轻CD8 T细胞介导的过敏反应的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨NFATc1在过敏性接触性皮炎中的分子机制	小鼠模型中的CD8 T细胞	免疫学	过敏性接触性皮炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	Nfatc1xCd4-cre小鼠和野生型小鼠
4517	2025-02-05	Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01794-1 PMID:39496796	研究论文	本研究通过深度单细胞RNA测序技术探索人类体感神经元的分子基础，揭示了16种神经元类型及其功能特性	首次对人类背根神经节（DRG）神经元进行单细胞RNA测序，揭示了人类特有的神经元类型及其温度感知特性	技术难度导致样本获取和处理存在挑战，可能影响结果的广泛适用性	探索人类体感神经元的分子基础及其功能特性	人类背根神经节（DRG）神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、RNAscope原位杂交	NA	RNA测序数据	多个人类DRG神经元样本
4518	2025-02-05	Development of a deep learning-based 1D convolutional neural network model for cross-species natural killer T cell identification using peripheral blood mononuclear cell single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, Veterinary world IF:1.7Q2 DOI:10.14202/vetworld.2024.2846-2857 PMID:39897371	研究论文	本研究开发了一种基于一维卷积神经网络（1DCNN）的模型，用于跨物种识别自然杀伤T细胞（NKT细胞），并利用外周血单核细胞（PBMC）的单细胞RNA测序数据进行验证	首次应用1DCNN模型进行跨物种NKT细胞识别，并成功识别了人类、犬类和猪类PBMC中的NKT细胞	需要进一步研究验证这些发现，并且模型在其他细胞类型识别中的应用尚未验证	开发一种用于跨物种NKT细胞识别的深度学习模型	人类、犬类和猪类的外周血单核细胞（PBMC）	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	1DCNN	RNA测序数据	人类、犬类和猪类的PBMC数据集
4519	2025-02-05	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.603613 PMID:39091762	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了库蚊中肠在西尼罗河病毒感染期间的细胞类型及其对病毒的易感性	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了特定细胞类型对西尼罗河病毒感染的增强或限制作用	未在全中肠水平检测到显著的西尼罗河病毒感染诱导的典型蚊虫抗病毒免疫基因上调	研究库蚊中肠在西尼罗河病毒感染期间的细胞类型及其对病毒的易感性	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4520	2025-02-05	Graph contrastive learning of subcellular-resolution spatial transcriptomics improves cell type annotation and reveals critical molecular pathways 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf020 PMID:39883515	研究论文	本文介绍了一种名为Focus的半监督图对比学习方法，用于改进基于成像的空间转录组学（iST）中的细胞类型注释，并揭示关键的分子通路	首次明确建模RNA的亚细胞分布和社区结构，以改进细胞类型注释，并在多个空间转录组学平台上显著优于现有算法	当前方法主要依赖于基因表达信息，而忽略了RNA在细胞内的空间分布	改进细胞类型注释并揭示细胞类型特有的亚细胞调控机制	基于成像的空间转录组学（iST）数据	数字病理学	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	图对比学习	空间转录组学数据	NA