单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4501	2025-01-31	Fetal fibroblast heterogeneity defines dermal architecture during human embryonic skin development 2025-Jan-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.12.027 PMID:39880186	研究论文	本研究通过分析人类胎儿皮肤中的成纤维细胞异质性，揭示了不同发育阶段的成纤维细胞群体及其动态相互作用	首次通过单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术，揭示了人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在发育过程中的空间分布和动态变化	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	研究人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在皮肤发育过程中的作用	人类胎儿皮肤中的成纤维细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 单分子荧光原位杂交	NA	RNA测序数据, 空间分布数据	8和16孕周的人类胎儿皮肤样本
4502	2025-01-31	Intratumor heterogeneity of HPV integration in HPV-associated head and neck cancer 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56150-z PMID:39865078	研究论文	本文研究了HPV相关头颈癌中HPV整合的肿瘤内异质性	揭示了HPV整合的肿瘤内异质性，发现了四种HPV物理状态，并指出至少49%的肿瘤在没有整合的情况下进展	样本量相对较小，仅51个肿瘤	探讨HPV在头颈鳞状细胞癌中的整合机制及其对肿瘤发展的影响	HPV阳性头颈鳞状细胞癌（HPV HNSCC）	基因组学	头颈癌	全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序，免疫组织化学	NA	基因组数据，RNA数据	51个肿瘤样本
4503	2025-01-31	Statistical identification of cell type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56280-4 PMID:39865128	研究论文	本文介绍了一种名为Celina的统计方法，用于系统检测细胞类型特异性空间变异基因（ct-SVGs）	Celina方法利用空间变化系数模型，准确捕捉每个基因在组织位置上的空间表达模式，确保有效的I型错误控制和高功率	NA	识别空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	空间转录组学数据	生物信息学	肺癌, 肾癌, 阿尔茨海默病	空间转录组学	空间变化系数模型	空间转录组学数据	五个真实数据集
4504	2025-01-31	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages determines strain-specific synergistic responses to LPS epigenetically 2025-Jan-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56379-8 PMID:39863579	研究论文	本文研究了不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞（TRMs）对IL-4激活和LPS暴露的协同反应	揭示了C57BL/6和BALB/c小鼠TRMs在IL-4激活和LPS暴露下的表观遗传重编程差异及其对协同反应的遗传背景依赖性	研究仅限于雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs，未涉及其他组织或性别差异	探讨遗传背景如何影响组织驻留巨噬细胞对多种刺激的整合反应	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔组织驻留巨噬细胞（TRMs）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs
4505	2025-01-28	Reverse-engineering the FLT3-PI3K/AKT axis to enhance TILs function and improve prognosis in ovarian and cervical cancers 2025-Jan-25, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01592-8 PMID:39863894	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，探索了卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的关键调节作用	首次提供了FLT3在卵巢癌和宫颈癌中免疫调节作用的空间解析证据，将其定位为有前景的免疫治疗靶点	研究中涉及的样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探索卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的作用	卵巢癌和宫颈癌	数字病理学	卵巢癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	Seurat, Harmony	RNA测序数据, 空间数据	NA
4506	2025-01-31	Single-cell RNA-seq analysis reveals microenvironmental infiltration of myeloid cells and pancreatic prognostic markers in PDAC 2025-Jan-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01830-x PMID:39847195	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中髓系细胞的微环境浸润及其预后标志物	首次在单细胞水平上分析了PDAC中髓系细胞的异质性，并构建了一个8基因风险模型，用于预测生存结果和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究PDAC中髓系细胞的异质性及其对治疗反应和预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集变异分析（GSVA），CIBERSORT，LASSO分析，Cox分析	8基因风险模型	RNA测序数据	来自Tumor Immune Single-cell Hub、TCGA和GEO数据库的样本
4507	2025-01-25	A Functional Variant rs2122031 in ATG7 Is Associated with the Risk of Radiation Pneumonitis 2025-Jan-23, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0238OC PMID:39847703	研究论文	本研究探讨了自噬相关基因的功能性遗传变异与放射性肺炎（RP）风险之间的关系	首次发现ATG7基因的功能性变异rs2122031与放射性肺炎风险降低相关，并揭示了ATG7在放射性肺炎中的潜在干预作用	样本量较小（301名患者），且仅研究了5个自噬相关基因的13个SNPs，可能未涵盖所有相关遗传变异	研究自噬相关基因的遗传变异是否与放射性肺炎风险相关	301名接受放疗的患者	遗传学	放射性肺炎	MassArray、Sanger测序、qRT-PCR、免疫组化分析、单细胞RNA测序	NA	基因型数据、表达数据、影像数据	301名患者
4508	2025-01-31	From Genes to Clinical Practice: Exploring the Genomic Underpinnings of Endometrial Cancer 2025-Jan-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020320 PMID:39858102	综述	本文探讨了子宫内膜癌（EC）的基因组基础，从基因到临床实践的转化	整合了单细胞基因组学和空间转录组学等多组学技术，提供了识别新型生物标志物和治疗靶点的全面视角	患者反应存在变异性，基因组数据整合到临床工作流程中仍存在挑战，以及伦理考虑	探索子宫内膜癌的基因组基础，以改善诊断、治疗和患者预后	子宫内膜癌（EC）	基因组学	子宫内膜癌	单细胞基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据	NA
4509	2025-01-31	Integrative Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies a Macrophage-Related Prognostic Signature for Predicting Prognosis and Therapy Responses in Colorectal Cancer 2025-Jan-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020811 PMID:39859524	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，并构建了一个由15个具有预后价值的巨噬细胞相关基因组成的预后标志物（MRPS），用于预测结直肠癌患者的预后和治疗反应	整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个新的巨噬细胞相关预后标志物（MRPS），并验证了其在多个数据集中的预测性能，同时揭示了其在巨噬细胞分化中的潜在作用	研究未明确说明样本的具体来源和数量，且未进行大规模临床试验验证MRPS的临床应用效果	识别与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，构建预后标志物以预测患者预后和治疗反应	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	机器学习框架	RNA测序数据	NA
4510	2025-01-31	Novel Assignment of Gene Markers to Hematological and Immune Cells Based on Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020805 PMID:39859519	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，研究了人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并开发了一种优化的计算工作流程来分析大规模单细胞RNA测序数据集	开发了一种优化的计算工作流程，用于分析大规模单细胞RNA测序数据集，并提出了新的基因标记来区分特定的细胞类型	未提及具体的研究局限性	研究人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并找到最佳的基因标记来定义每个细胞群体	骨髓和外周血中的不同细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林（Random Forest）	单细胞RNA测序数据	分析了三个不同的单细胞数据集
4511	2025-01-31	Cellular Senescence in Hepatocellular Carcinoma: Immune Microenvironment Insights via Machine Learning and In Vitro Experiments 2025-Jan-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020773 PMID:39859485	研究论文	本研究通过机器学习和体外实验探讨了肝细胞癌（HCC）中细胞衰老在免疫微环境中的作用	利用三种机器学习方法（KNN、SVM、RF）识别了八个关键的HCC细胞衰老标志物（HCC-CSMs），并通过单细胞RNA测序数据研究了免疫微环境	研究主要基于体外实验和机器学习模型，尚未进行大规模临床验证	探讨细胞衰老在HCC免疫微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境	机器学习	肝癌	RNA干扰、单细胞RNA测序、共培养实验	KNN、SVM、RF	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体外实验和单细胞RNA测序数据
4512	2025-01-31	Primitive to visceral endoderm maturation is essential for mouse epiblast survival beyond implantation 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111671 PMID:39868030	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胚胎植入后原始内胚层向内脏内胚层转变的分子机制及其对胚胎外胚层存活的重要性	揭示了BMP信号通路的激活和Sox7表达的短暂增加在原始内胚层向内脏内胚层转变中的关键作用，并发现Hnf1b基因缺陷导致的内脏内胚层发育延迟和营养运输途径的严重失调	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他哺乳动物或人类胚胎	探讨小鼠胚胎植入后原始内胚层向内脏内胚层转变的分子机制及其对胚胎外胚层存活的影响	小鼠胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	胚胎日龄5.0的小鼠胚胎
4513	2025-01-31	Investigation of Exome-Wide Tumor Heterogeneity on Colorectal Tissue-Based Single Cells 2025-Jan-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020737 PMID:39859451	研究论文	本文通过单细胞测序工作流程研究了结直肠癌组织中的肿瘤异质性	首次在单细胞水平上研究结直肠癌的肿瘤异质性，并比较了全外显子组测序、cfDNA测序和单细胞测序方法的性能	研究局限于结直肠癌组织，未涉及其他类型的癌症	研究结直肠癌组织中的肿瘤异质性模式	健康结肠组织、肿瘤相关正常组织和结直肠癌组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、全外显子组测序、cfDNA测序	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及健康结肠组织、肿瘤相关正常组织和结直肠癌组织
4514	2025-01-31	SwarmMAP: Swarm Learning for Decentralized Cell Type Annotation in Single Cell Sequencing Data 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632775 PMID:39868099	研究论文	本文介绍了SwarmMAP，一种使用Swarm Learning在单细胞测序数据中分散训练机器学习模型进行细胞类型分类的方法	SwarmMAP采用Swarm Learning技术，在不交换原始数据的情况下，实现了跨数据集的细胞类型注释标准化和自动化	NA	开发一种隐私保护的方法，用于标准化和自动化单细胞测序数据中的细胞类型注释	人类心脏、肺和乳腺的单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序	Swarm Learning	单细胞测序数据	人类心脏、肺和乳腺数据集
4515	2025-01-31	PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway in alveolar macrophages: Mechanisms of lipid dysregulation and therapeutic targets in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e41628 PMID:39866448	研究论文	本文研究了肺泡巨噬细胞中的PPARG/SPP1/CD44信号通路在特发性肺纤维化（IPF）中的脂质代谢失调机制及其治疗靶点	提出了肺泡巨噬细胞中PPARG/SPP1/CD44信号通路的新机制，并发现了几种靶向PPARG的草药化合物作为潜在治疗机会	研究主要基于RNA-seq数据分析，缺乏实验验证	探讨特发性肺纤维化（IPF）中脂质代谢失调的分子机制及其治疗靶点	肺泡巨噬细胞（AMs）	机器学习和生物信息学	特发性肺纤维化（IPF）	RNA-seq	机器学习	RNA-seq数据	12个bulk RNA-seq数据集和2个单细胞RNA-seq数据集
4516	2025-01-31	The Progression of Mycosis Fungoides During Treatment with Mogamulizumab: A BIO-MUSE Case Study of the Tumor and Immune Response in Peripheral Blood and Tissue 2025-Jan-14, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010186 PMID:39857770	研究论文	本文通过BIO-MUSE试验的一个案例研究，探讨了在Mogamulizumab治疗期间蕈样肉芽肿（MF）的进展，并揭示了疾病进展相关的独特分子特征	结合组织和血液的多组学分析，揭示了疾病进展的分子机制，并提出了恶性克隆和免疫反应共同研究的策略	研究仅基于一个患者的案例，样本量有限，可能无法推广到所有MF患者	探索蕈样肉芽肿（MF）在治疗期间的进展机制，以改善患者预后和精准医学的发展	一名蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	蕈样肉芽肿	10×基因组学单细胞RNA测序、T细胞受体测序、GeoMx数字空间分析	NA	RNA测序数据、空间分析数据	一名患者的多个时间点的血液和组织样本
4517	2025-01-31	Debiasing Sinkhorn divergence in optimal transport of cellular dynamics 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632566 PMID:39868085	研究论文	本文通过最优传输算法分析单细胞RNA-seq数据，探讨细胞分化、谱系决定和重编程的发育机制，并利用Sinkhorn散度平衡算法偏差	提出使用Sinkhorn散度来平衡最优传输算法中的熵正则化偏差，从而改善细胞动态轨迹的预测	Sinkhorn散度的有效性依赖于时间点的稀疏性，对于某些特定细胞类型或时间点稀疏的情况，其优势不明显	研究单细胞RNA-seq数据中细胞动态的最优传输问题，并优化其预测准确性	小鼠胚胎成纤维细胞和表皮形态发生的单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq分析	最优传输算法	单细胞RNA-seq数据	涉及小鼠胚胎成纤维细胞和表皮形态发生的单细胞数据，具体样本规模未明确说明
4518	2025-01-31	Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632860 PMID:39868116	研究论文	本文通过细菌单细胞RNA测序技术，研究了人类病原菌在噬菌体感染下的转录组变化，揭示了细菌群体中不同细胞对噬菌体感染的异质性反应	首次在单细胞水平上量化了噬菌体感染的异步进程，并重建了感染时间线，发现了未感染细菌亚群及其保护性宿主因子	研究仅限于一种人类病原菌和一种裂解性噬菌体，未涉及其他细菌或噬菌体类型	探究细菌群体中个体细胞对噬菌体感染的异质性防御机制及其组合效应	人类病原菌及其在噬菌体感染下的单细胞转录组	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约50,000个细胞
4519	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Robust Glial Cell Transcriptional Changes in Methamphetamine-Administered Mice 2025-Jan-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020649 PMID:39859365	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了甲基苯丙胺对小鼠胶质细胞转录组的深远影响	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析甲基苯丙胺对小鼠皮质区域胶质细胞转录组的影响，揭示了多个关键通路和转录因子的显著失调	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未探讨这些转录变化对神经功能的直接影响	探讨甲基苯丙胺如何破坏胶质细胞功能，并参与神经发育和神经退行性过程	小鼠皮质区域的胶质细胞	生物信息学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4000个胶质细胞相关基因的转录组数据
4520	2025-01-28	Identifying MTHFD1 and LGALS4 as Potential Therapeutic Targets in Prostate Cancer Through Multi-Omics Mendelian Randomization Analysis 2025-Jan-13, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010185 PMID:39857769	研究论文	本研究通过多组学孟德尔随机化分析，识别出MTHFD1和LGALS4作为前列腺癌的潜在治疗靶点	首次通过整合eQTL和pQTL数据，结合多种MR分析方法，识别出MTHFD1和LGALS4作为前列腺癌的潜在治疗靶点，并在多组学水平上提供了证据	需要未来的实验来评估这些候选蛋白的实用性和有效性	改善前列腺癌的诊断和治疗前景，通过药物靶点筛选	前列腺癌	生物信息学	前列腺癌	eQTL分析, pQTL分析, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据	eQTLGen Consortium, UK Biobank Proteome Plasma Proteins (UKB-PPP), deCODE health datasets, TCGA, GSE176031数据集