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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4481 | 2025-10-06 |
Microgravity modulates keratinocyte, fibroblast, and endothelial cell communication during wound healing
2025-Jul-06, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123842
PMID:40628314
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综述 | 探讨微重力环境下皮肤伤口愈合过程中角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞间的相互作用机制 | 首次系统阐述微重力通过调节角质形成细胞迁移、成纤维细胞增殖和内皮细胞形态基因表达影响伤口愈合的新视角 | 主要基于模拟微重力研究,缺乏真实太空环境的验证数据 | 阐明微重力对皮肤伤口愈合细胞通讯的调控机制 | 角质形成细胞、成纤维细胞、内皮细胞 | 空间生物学 | 皮肤创伤 | 单细胞转录组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4482 | 2025-10-06 |
The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution
2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03452-1
PMID:40616096
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研究论文 | 本研究评估SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞和肿瘤微环境的双重调控作用 | 首次在单细胞水平系统揭示SMAC模拟物同时靶向胶质瘤干细胞并重编程免疫抑制微环境的双重机制 | 研究主要基于临床前模型,需进一步临床验证 | 开发同时靶向胶质瘤干细胞和重编程肿瘤微环境的新型胶质母细胞瘤治疗策略 | 人源和小鼠源胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,活力测定,原位移植模型 | NA | 基因表达数据,生存数据 | 人源和小鼠源胶质母细胞瘤干细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4483 | 2025-10-06 |
Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02662-x
PMID:40481364
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研究论文 | 提出一种基于深度学习的高精度斑点检测方法Spotiflow,用于荧光显微镜图像分析 | 将斑点检测建模为多尺度热图和立体流回归问题,支持2D和3D图像,具有跨成像条件的泛化能力 | NA | 开发高效准确的斑点检测方法以提升空间转录组学分析效果 | 荧光显微镜图像中的斑点状结构 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 立体流回归模型 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4484 | 2025-10-06 |
dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364
PMID:40581357
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研究论文 | 开发了一个专门用于注释单细胞ATAC-seq数据中超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用的数据库资源 | 首次构建了基于scATAC-seq数据的综合性单细胞数据库,整合了改进的机器学习算法识别超级增强子和增强子-基因相互作用 | NA | 解决scATAC-seq数据中超级增强子/典型增强子和基因标记探索不足的问题,提供细胞类型特异性顺式调控元件注释资源 | 来自13个物种的1028种组织/细胞类型中的1,668,076个单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 机器学习 | 改进的机器学习算法 | 表观基因组数据 | 1,668,076个单细胞,涵盖1028种组织/细胞类型和13个物种 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
4485 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment
2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998
PMID:40609836
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研究论文 | 本研究开发了一种基于癌症相关成纤维细胞来源的细胞外囊泡递送GLUT1抑制剂的新型联合免疫疗法,通过降解基质硬度和重塑肿瘤微环境来抑制肿瘤生长 | 首次利用CAFs来源的细胞外囊泡作为GLUT1抑制剂BAY-876的靶向递送载体,并证明其与抗PD-L1治疗的协同作用 | 研究主要基于小鼠肺肿瘤模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发通过靶向肿瘤微环境代谢来增强免疫治疗效果的新策略 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)、肺肿瘤细胞系、小鼠肺肿瘤模型 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、治疗反应数据 | 公共数据集中的单细胞RNA测序数据和小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4486 | 2025-10-06 |
The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011752
PMID:40627675
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇foraging基因通过协调大脑和心脏网络调控社交线索间隔时间行为的机制 | 首次发现foraging基因通过非神经组织(心脏)的钙动态和肽能信号调控间隔时间行为,揭示了基因在神经与非神经组织间的协同作用 | 研究主要聚焦于果蝇模型,机制在高等生物的普适性仍需验证 | 探究foraging基因在间隔时间行为调控中的多效性作用机制 | 黑腹果蝇及其foraging基因的等位基因变异体(rover和sitter) | 神经遗传学 | NA | 单细胞RNA测序,基因敲低,CaLexA钙信号检测 | NA | 基因表达数据,钙成像数据,行为数据 | 果蝇不同基因型群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4487 | 2025-10-06 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2025-Jun-20, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004
PMID:40578359
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组-转录组联合分析揭示了卵巢交界性肿瘤的分子景观及其向侵袭性进展的机制 | 首次整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学技术,系统解析卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌的演进过程 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭性进展的分子机制 | 卵巢浆液性交界性肿瘤(SBT)和低级别浆液性癌(LGSC)患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
4488 | 2025-10-06 |
Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway
2025-Jun-19, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323
PMID:40537024
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的神经调节蛋白-1在缺血性脑卒中后通过Akt-mTOR通路促进血管生成的作用机制 | 首次发现外周血巨噬细胞是脑卒中后神经调节蛋白-1的来源,并阐明其通过Akt/mTOR/VEGF信号通路促进血管生成的神经保护机制 | NA | 探究神经调节蛋白-1在缺血性脑卒中中的来源、功能及分子机制 | 急性缺血性脑卒中患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序 | NA | 临床样本数据、动物实验数据 | 急性缺血性脑卒中患者的配对血栓和外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4489 | 2025-10-06 |
The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs
2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.658716
PMID:40611896
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研究论文 | 构建首个跨人类器官系统的多模态亚细胞分辨率健康成人组织参考图谱 | 首次创建多模态、亚细胞分辨率的人类组织空间图谱,整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征 | NA | 建立人类组织空间参考图谱以支持空间诊断和精准医学 | 健康成人多个器官系统的组织样本 | 空间生物学 | 结直肠癌,炎症性肠病 | 空间转录组学,蛋白质组学,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,蛋白质组数据,组织学图像 | 超过100名捐赠者的1500多万个细胞 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP | CosMx空间分子成像仪, 10x Xenium原位分析系统, GeoMx数字空间分析系统 |
4490 | 2025-10-06 |
Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.20.639313
PMID:40060435
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研究论文 | 本研究通过全脑转录组分析揭示了怀孕和产后经历通过多巴胺依赖的转录机制诱导持久神经适应的分子机制 | 首次确定多巴胺是调控怀孕和产后神经适应的核心调节因子,发现H3多巴胺化这一新型组蛋白修饰在介导神经可塑性中的关键作用 | 研究主要聚焦于海马背侧形成区,其他脑区的适应性变化可能未被完全探索 | 阐明怀孕和产后经历诱导持久神经适应的分子机制 | 小鼠和人类的海马背侧形成区,特别是背侧下托 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,全脑转录组分析,化学遗传学 | NA | 转录组数据,表观基因组数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4491 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases
2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009
PMID:40451386
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因子 | 首次使用Dp16小鼠模型结合单细胞转录组技术系统研究21号染色体三体对肺部疾病的影响机制 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探索21号染色体三体导致唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制 | Dp16小鼠模型(携带人类21号染色体同源区域片段重复) | 单细胞生物学 | 唐氏综合征相关肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Dp16小鼠和对照小鼠的肺组织细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4492 | 2025-10-06 |
Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification
2025-May-07, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008
PMID:40339790
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠模型揭示PRMT5在表皮发育中的关键作用,发现其缺失会导致基底角质形成细胞出现衰老样表型和表皮分层缺陷 | 首次在体内证明PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老,并鉴定出一类非典型的基底角质形成细胞样细胞群体 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类皮肤中验证;敲除时间较早(胚胎期7.5天),可能影响整个表皮发育 | 探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用机制 | 条件性敲除Prmt5的小鼠模型及其表皮组织 | 发育生物学 | 先天性皮肤疾病 | 单细胞RNA测序,ATAC-seq,条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据,组织学图像 | 条件性敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
4493 | 2025-10-06 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1
PMID:40321764
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研究论文 | 开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型,用于连接组织病理学图像与转录组学数据 | 首次提出将转录组数据转化为“句子”形式,并开发了整合组织学图像与转录组学的视觉-组学基础模型 | NA | 开发能够整合组织病理学图像与转录组学数据的计算方法 | 组织切片图像和转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基础模型 | 图像, 文本 | 220万对组织图像和转录组数据,涵盖32个器官 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组数据 |
4494 | 2025-10-06 |
Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00261.2024
PMID:39832482
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研究论文 | 本研究探讨臭氧暴露对年轻、中年和老年小鼠肺组织的结构和免疫反应影响,特别关注表面活性蛋白C突变的影响 | 首次结合年龄因素和SP-C基因突变,利用空间转录组学分析臭氧暴露对肺组织的区域特异性影响 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类外推需谨慎;仅考察了急性暴露效应,缺乏长期暴露数据 | 理解臭氧暴露在老年和遗传易感群体中加剧肺损伤的机制 | 年轻(8-14周)、中年(44-52周)和老年(>80周)小鼠,包括野生型和SP-C突变型 | 呼吸毒理学 | 呼吸系统疾病 | 流式细胞术, 空间转录组学 | 动物模型 | 图像, 转录组数据, 流式细胞数据 | 多年龄段小鼠群体(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4495 | 2025-10-06 |
Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00360.2024
PMID:39903192
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研究论文 | 本研究通过恒河猴模型探讨母体食用THC对后代肺发育和功能的影响 | 首次在灵长类动物模型中系统评估产前食用THC对后代肺发育的长期影响,并整合影像学、肺功能测试和多组学分析 | 样本量有限,仅使用恒河猴模型,结果外推到人类需谨慎 | 确定子宫内THC暴露是否对后代肺发育和功能产生有害影响 | 怀孕恒河猴及其后代婴儿 | NA | NA | 磁共振成像, 肺功能测试, 批量RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间RNA测序 | NA | 影像数据, 生理功能数据, 分子数据 | 怀孕恒河猴及其后代婴儿 | NA | 批量RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4496 | 2025-10-06 |
SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf076
PMID:40627366
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研究论文 | 介绍SeuratExtend——一个基于Seurat框架构建的综合性R软件包,通过整合关键工具和数据库来简化单细胞RNA测序数据分析 | 在广泛采用的Seurat框架基础上构建,通过统一R接口整合多种Python工具和数据库,提供优化的可视化功能和精心设计的配色方案 | NA | 开发一个集成化、直观的单细胞RNA测序数据分析框架 | 单细胞RNA测序数据分析工具和数据库 | 生物信息学 | 肿瘤相关疾病,自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4497 | 2025-10-06 |
Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850
PMID:40630954
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CHCHD2P9是胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物,其高表达与不良预后相关 | 首次发现CHCHD2P9在胶质瘤进展中的关键作用,并建立基于CHCHD2P9的风险预后模型 | 未明确说明样本具体数量,机制研究可能不够深入 | 探究胶质母细胞瘤异质性及预后相关分子机制 | 胶质母细胞瘤亚群细胞 | 数字病理学 | 脑癌/胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 细胞实验, 流式细胞术 | 风险预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4498 | 2025-10-06 |
Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903
PMID:40630963
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞测序识别并验证了心力衰竭中三个免疫原性细胞死亡相关生物标志物 | 首次系统识别并验证了心力衰竭中CD163、FPR1和VSIG4这三个免疫原性细胞死亡相关生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证 | 识别心力衰竭中免疫原性细胞死亡相关生物标志物并探索其机制 | 心力衰竭患者和动物模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 实时定量PCR | 机器学习, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE57338、GSE3586、GSE5406、GSE183852) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
4499 | 2025-10-06 |
Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439
PMID:40630945
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析,揭示了膀胱癌中牛磺酸代谢失调如何重塑肿瘤微环境并驱动免疫抑制 | 开发了牛磺酸代谢失调指数(TMs)作为预后生物标志物,揭示了牛磺酸代谢通过Notch信号和EGFR通路促进免疫抑制的新机制 | 研究主要基于计算分析和体外共培养验证,需要进一步的体内实验验证 | 阐明牛磺酸代谢在膀胱癌免疫抑制中的作用机制,为免疫治疗提供新靶点 | 膀胱癌患者样本和肿瘤微环境中的各类细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组分析, 共培养系统 | 机器学习, 生存模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | TCGA队列患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
4500 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus
2024-12, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2023.2281228
PMID:38347676
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的组成和转录特征差异 | 首次在单细胞水平比较儿童和成人系统性红斑狼疮患者的PBMC组成和转录特征,识别出潜在治疗靶点和生物标志物 | 发病机制仍不明确,样本量未明确说明 | 比较儿童和成人系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的组成和转录特征差异 | 儿童和成人系统性红斑狼疮患者及匹配的健康捐赠者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |