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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4461 | 2025-10-06 |
Comprehensive molecular characterization of craniopharyngiomas using whole transcriptome and spatial transcriptomics approaches
2025-Jul-09, Brain tumor pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s10014-025-00509-z
PMID:40634824
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研究论文 | 通过全转录组和空间转录组学方法对颅咽管瘤进行全面的分子特征分析 | 首次结合全转录组测序和空间转录组学技术系统分析颅咽管瘤两种亚型的分子差异 | 样本量相对较小(24个肿瘤样本),健康组织数据来自外部数据库 | 分析颅咽管瘤两种亚型的分子差异,为诊断和治疗提供依据 | 颅咽管瘤肿瘤样本(ACP和PCP亚型)及健康垂体组织 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序, 空间转录组学, Sanger测序 | CTAT突变分析流程 | 转录组数据, 空间基因表达数据 | 24个肿瘤样本,外加GTEx数据库中的健康垂体数据 | NA | 全转录组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4462 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the malignant characteristics of tumour cells and the immunosuppressive landscape in HER2-positive inflammatory breast cancer
2025-Jul-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03454-z
PMID:40624675
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术揭示HER2阳性炎性乳腺癌肿瘤细胞的恶性特征和免疫抑制微环境 | 首次在单细胞水平系统比较HER2阳性炎性乳腺癌与非炎性乳腺癌的肿瘤微环境差异,发现PTN分子过表达与肿瘤侵袭性及免疫抑制微环境的强相关性 | 样本量较小(仅3例患者),缺乏功能性实验验证 | 阐明HER2阳性炎性乳腺癌肿瘤微环境的细胞组成和分子特征 | HER2阳性炎性乳腺癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例HER2阳性炎性乳腺癌患者,共15,832个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4463 | 2025-10-06 |
Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data to Investigate Tumor Cell Heterogeneity in Uroepithelial Bladder Cancer and Predict Immunotherapy Response
2025-Jul-08, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
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研究论文 | 通过分析膀胱尿路上皮癌的单细胞RNA测序数据,研究肿瘤细胞异质性并预测免疫治疗反应 | 识别了与血管生成和肿瘤转移相关的缺氧肿瘤亚群,并基于肿瘤干细胞基因构建了免疫检查点抑制剂反应预测模型 | 研究基于现有数据集进行meta分析,需要进一步实验验证 | 研究膀胱尿路上皮癌中肿瘤干细胞与肿瘤微环境的相互作用及其对免疫治疗反应的影响 | 膀胱尿路上皮癌单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,机器学习 | 多种机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4464 | 2025-10-06 |
Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics
2025-Jul-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008
PMID:40056911
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺内分泌祖细胞顶端-基底极性动态调控α和β细胞命运选择的机制 | 首次发现顶端-基底极性是调控多能胰腺内分泌祖细胞向α或β细胞分化的主要决定因素 | NA | 探索细胞外信号如何通过顶端-基底极性调控多能祖细胞分化命运 | 人类胰腺Neurogenin3内分泌祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4465 | 2025-10-06 |
Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain
2025-Jul-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.014
PMID:40367951
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研究论文 | 本研究通过构建羊膜动物大脑单细胞图谱,揭示了细胞类型在进化过程中的保守性与多样性 | 首次创建了涵盖龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的130多万个端脑和小脑细胞的单细胞空间转录组图谱,发现了鸟类特异性浦肯野细胞亚型 | 研究仅涵盖五种代表性物种,可能无法完全代表所有羊膜动物的进化多样性 | 探索羊膜动物大脑在3.2亿年进化过程中细胞类型多样化的基因组演化机制 | 龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的端脑和小脑细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据、空间转录组数据 | 超过130万个细胞,来自5个物种 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4466 | 2025-10-06 |
Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01590-w
PMID:40622473
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和孟德尔随机化分析探讨了血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制 | 首次结合单细胞测序与孟德尔随机化方法系统研究血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的作用机制 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 阐明血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发生发展中的分子机制 | 血管周围巨噬细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据 | 基于GSE264648和eQTLGen数据库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4467 | 2025-10-06 |
Single-nucleus rna sequencing identifies universal camk1d upregulation and dysregulated c-ltmr subtypes as key drivers of paclitaxel-induced neuropathy
2025-Jul-07, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-10065-z
PMID:40622640
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研究论文 | 通过单核RNA测序揭示紫杉醇诱导神经病变的关键分子机制 | 首次发现Camk1d基因普遍上调及C-LTMR亚型失调是紫杉醇诱导神经病变的关键驱动因素 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究紫杉醇诱导神经性疼痛的分子机制 | 小鼠背根神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 神经病变 | 单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 紫杉醇处理小鼠的背根神经节细胞 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
4468 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analysis identifies systemic immunosuppressive myeloid cells and local monocytes/macrophages as key regulators in polytrauma-induced immune dysregulation
2025-Jul-07, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00444-x
PMID:40623986
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了多发性创伤诱导免疫失调的关键调控细胞群及其分子机制 | 首次同时研究全身和局部免疫细胞,识别出TIM细胞群和CD1d标志物,发现Anxa1-Fpr2和Spp1-Cd44信号轴 | 基于大鼠模型的研究,需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究多发性创伤诱导免疫失调的细胞和分子基础及其对骨愈合的影响 | 多发性创伤大鼠模型中的血液、骨髓和局部缺损软组织 | 单细胞组学 | 创伤后骨不连 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多发性创伤大鼠模型的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4469 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling of immune landscape in triple-negative breast cancer during neoadjuvant chemotherapy
2025-Jul-07, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00549-3
PMID:40624003
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析三阴性乳腺癌新辅助化疗过程中的免疫景观变化 | 首次在S100АMHC单核细胞群中发现髓源性抑制细胞特征并建立MDSC评分系统 | 样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 探究三阴性乳腺癌新辅助化疗疗效与免疫系统功能状态的关系 | 三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 响应者和非响应者TNBC患者,以及独立验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4470 | 2025-10-06 |
Integrated bioinformatics analysis identifies CHAD association with osteoporosis and in vitro chondrogenic effects of Wogonin
2025-Jul-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05861-w
PMID:40624035
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析鉴定CHAD与骨质疏松症的关联,并验证汉黄芩素在体外对软骨形成的促进作用 | 首次采用多组学生物信息学方法识别CHAD作为骨质疏松症的潜在关键基因,并结合中药化合物进行实验验证 | 仅进行了体外初步实验验证,缺乏动物模型和临床数据支持 | 探索骨质疏松症的新型治疗靶点和中药替代疗法 | 骨质疏松症相关差异表达基因和中药化合物 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 整合生物信息学分析,分子对接,单细胞RNA测序,qRT-PCR | 分子对接模型 | 基因表达数据,化合物结构数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4471 | 2025-10-06 |
Neurogenomic and behavioral principles shape freezing dynamics and synergistic performance in Drosophila melanogaster
2025-Jul-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61313-z
PMID:40624091
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研究论文 | 本研究通过大规模行为实验和基因组分析揭示了果蝇集体防御行为的神经基因组机制 | 首次发现果蝇群体中遗传多样性通过视觉神经元发育相关基因(Ptp99A和kirre)调控冻结行为,提出基因组水平高阶关联研究新方法 | 研究主要聚焦果蝇模型,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究集体防御行为的神经和遗传基础 | 黑腹果蝇(Drosophila melanogaster) | 神经科学, 行为遗传学 | NA | GWAS, 单细胞转录组测序, 功能验证实验, 动物-计算机交互实验, 基于代理的模拟 | NA | 行为数据, 基因组数据, 转录组数据 | 大规模果蝇群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4472 | 2025-10-06 |
Novel single-cell preservation and RNA sequencing technology unlocks field studies for Plasmodium natural infections
2025-Jul-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08765-x
PMID:40624152
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研究论文 | 开发并验证了适用于疟原虫自然感染现场研究的单细胞RNA保存和测序技术 | 首次将单细胞RNA测序技术应用于疟原虫自然感染现场研究,解决了在资源有限环境中开展单细胞研究的挑战 | 目前仅在恶性疟原虫中验证,尚未在其他疟原虫物种中广泛应用 | 开发适用于现场研究的疟原虫单细胞RNA保存和测序方法 | 恶性疟原虫单细胞 | 单细胞测序 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个样本,包含22,345个恶性疟原虫单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4473 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of polytranscriptomics reveals TNFSF ligand genes in pancreatic cancer prognosis and immune regulation
2025-Jul-07, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00733-4
PMID:40624624
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研究论文 | 通过整合分析胰腺癌中的TNFSF配体基因表达模式,揭示其在预后和免疫调控中的作用 | 首次基于TNFSF配体表达谱对胰腺癌进行分子分型,并发现TNFSF4在B细胞中的特异性表达与免疫治疗反应相关 | 研究主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证TNFSF4的具体作用机制 | 研究TNF配体超家族成员在胰腺癌中的表达模式和预后意义 | 胰腺癌患者样本和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,qRT-PCR,非负矩阵分解聚类,ssGSEA,KEGG通路分析 | NMF聚类模型,生存分析模型 | 基因表达数据,临床生存数据 | GSE212966单细胞数据集和TCGA-PAAD批量RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
4474 | 2025-10-06 |
Microgravity modulates keratinocyte, fibroblast, and endothelial cell communication during wound healing
2025-Jul-06, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123842
PMID:40628314
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综述 | 探讨微重力环境下皮肤伤口愈合过程中角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞间的相互作用机制 | 首次系统阐述微重力通过调节角质形成细胞迁移、成纤维细胞增殖和内皮细胞形态基因表达影响伤口愈合的新视角 | 主要基于模拟微重力研究,缺乏真实太空环境的验证数据 | 阐明微重力对皮肤伤口愈合细胞通讯的调控机制 | 角质形成细胞、成纤维细胞、内皮细胞 | 空间生物学 | 皮肤创伤 | 单细胞转录组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4475 | 2025-10-06 |
The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution
2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03452-1
PMID:40616096
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研究论文 | 本研究评估SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞和肿瘤微环境的双重调控作用 | 首次在单细胞水平系统揭示SMAC模拟物同时靶向胶质瘤干细胞并重编程免疫抑制微环境的双重机制 | 研究主要基于临床前模型,需进一步临床验证 | 开发同时靶向胶质瘤干细胞和重编程肿瘤微环境的新型胶质母细胞瘤治疗策略 | 人源和小鼠源胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,活力测定,原位移植模型 | NA | 基因表达数据,生存数据 | 人源和小鼠源胶质母细胞瘤干细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4476 | 2025-10-06 |
Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02662-x
PMID:40481364
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研究论文 | 提出一种基于深度学习的高精度斑点检测方法Spotiflow,用于荧光显微镜图像分析 | 将斑点检测建模为多尺度热图和立体流回归问题,支持2D和3D图像,具有跨成像条件的泛化能力 | NA | 开发高效准确的斑点检测方法以提升空间转录组学分析效果 | 荧光显微镜图像中的斑点状结构 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 立体流回归模型 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4477 | 2025-10-06 |
dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364
PMID:40581357
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研究论文 | 开发了一个专门用于注释单细胞ATAC-seq数据中超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用的数据库资源 | 首次构建了基于scATAC-seq数据的综合性单细胞数据库,整合了改进的机器学习算法识别超级增强子和增强子-基因相互作用 | NA | 解决scATAC-seq数据中超级增强子/典型增强子和基因标记探索不足的问题,提供细胞类型特异性顺式调控元件注释资源 | 来自13个物种的1028种组织/细胞类型中的1,668,076个单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 机器学习 | 改进的机器学习算法 | 表观基因组数据 | 1,668,076个单细胞,涵盖1028种组织/细胞类型和13个物种 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
4478 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment
2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998
PMID:40609836
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研究论文 | 本研究开发了一种基于癌症相关成纤维细胞来源的细胞外囊泡递送GLUT1抑制剂的新型联合免疫疗法,通过降解基质硬度和重塑肿瘤微环境来抑制肿瘤生长 | 首次利用CAFs来源的细胞外囊泡作为GLUT1抑制剂BAY-876的靶向递送载体,并证明其与抗PD-L1治疗的协同作用 | 研究主要基于小鼠肺肿瘤模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发通过靶向肿瘤微环境代谢来增强免疫治疗效果的新策略 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)、肺肿瘤细胞系、小鼠肺肿瘤模型 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、治疗反应数据 | 公共数据集中的单细胞RNA测序数据和小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4479 | 2025-10-06 |
The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011752
PMID:40627675
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇foraging基因通过协调大脑和心脏网络调控社交线索间隔时间行为的机制 | 首次发现foraging基因通过非神经组织(心脏)的钙动态和肽能信号调控间隔时间行为,揭示了基因在神经与非神经组织间的协同作用 | 研究主要聚焦于果蝇模型,机制在高等生物的普适性仍需验证 | 探究foraging基因在间隔时间行为调控中的多效性作用机制 | 黑腹果蝇及其foraging基因的等位基因变异体(rover和sitter) | 神经遗传学 | NA | 单细胞RNA测序,基因敲低,CaLexA钙信号检测 | NA | 基因表达数据,钙成像数据,行为数据 | 果蝇不同基因型群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4480 | 2025-10-06 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2025-Jun-20, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004
PMID:40578359
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组-转录组联合分析揭示了卵巢交界性肿瘤的分子景观及其向侵袭性进展的机制 | 首次整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学技术,系统解析卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌的演进过程 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭性进展的分子机制 | 卵巢浆液性交界性肿瘤(SBT)和低级别浆液性癌(LGSC)患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |