本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4441 | 2025-10-05 |
CCL5-producing migratory dendritic cells guide CCR5+ monocytes into the draining lymph nodes
2023-06-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20222129
PMID:36946983
|
研究论文 | 本研究揭示了分泌CCL5的迁移性树突状细胞通过CCR5引导单核细胞进入引流淋巴结的新机制 | 首次发现迁移性cDCs通过分泌CCL5引导表达CCR5的单核细胞进入淋巴结,突破了仅CCR7依赖迁移的传统认知 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证 | 探究单核细胞在缺乏CCR7表达情况下如何进入引流淋巴结的机制 | 树突状细胞、单核细胞、淋巴结单核吞噬细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用多种基因缺陷小鼠模型(Ccl5、Ccr2、Ccr5、Ccr7、Batf3缺陷型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4442 | 2025-10-05 |
Diagnostic Evidence GAuge of Single cells (DEGAS): a flexible deep transfer learning framework for prioritizing cells in relation to disease
2022-02-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01012-2
PMID:35105355
|
研究论文 | 提出一种名为DEGAS的深度迁移学习框架,可将疾病信息从患者层面迁移到细胞层面 | 引入'印象'概念作为可迁移信息,将个体细胞与疾病属性关联 | 仅使用模拟数据和有限的实际数据集进行验证 | 开发能够将疾病信息从患者迁移到细胞的深度学习框架 | 单细胞和患者批量组织转录组数据 | 机器学习 | 多形性胶质母细胞瘤,阿尔茨海默病,多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 深度迁移学习 | 转录组数据 | 十个不同的单细胞和患者批量组织转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 4443 | 2025-10-05 |
IV Immunoglobulin Is Associated With Epigenetic, Ribosomal, and Immune Changes in Pediatric Acute-Onset Neuropsychiatric Syndrome
2025-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200467
PMID:40953324
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析静脉注射免疫球蛋白对儿童急性发作神经精神综合征患者外周免疫细胞基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示PANS患者接受IVIg治疗前后的表观遗传、核糖体和免疫通路变化 | 样本量较小(5例患者,4例对照),采用开放性标签设计 | 研究IVIg对PANS患者细胞特异性基因表达的影响 | 儿童急性发作神经精神综合征患者的外周免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 儿童急性发作神经精神综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5名PANS儿童患者(治疗前后配对样本)和4名对照儿童 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4444 | 2025-10-05 |
Chd4 remodels chromatin to control retinal cell type specification and lineage termination
2025-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204697
PMID:40905097
|
研究论文 | 本研究通过构建视网膜特异性Chd4条件性敲除小鼠,揭示了Chd4依赖的核小体重塑在视网膜细胞类型时序性生成和谱系终止中的关键作用 | 首次证明Chd4通过重塑染色质可及性调控视网膜发育的时序性转换,特别是对谱系终止过程的特异性调控 | 研究主要聚焦于Chd4在视网膜发育中的作用,未涉及其他神经发育过程;机制研究主要基于基因组可及性分析,功能验证有待深入 | 探究染色质重塑因子Chd4在神经前体细胞时序性分化中的调控机制 | 小鼠视网膜发育过程中的神经前体细胞和分化细胞类型 | 发育生物学 | NA | CUT&RUN-seq, ATAC-seq, 单细胞转录组测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因组可及性数据,单细胞转录组数据 | 视网膜特异性Chd4条件性敲除小鼠 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 4445 | 2025-10-05 |
APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model
2025-Oct, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03036-7
PMID:40307424
|
研究论文 | 本研究通过临床前模型证明APOE缺陷可抑制淀粉样蛋白驱动的tau病理和神经退行性变 | 首次在ATN模型中系统证明APOE缺陷通过多效性机制抑制淀粉样蛋白驱动的tau病理进展 | 研究基于小鼠模型,需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究APOE在淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变中的作用机制 | 5xFAD与TauP301S杂交小鼠构建的ATN模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,组织染色 | 动物模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4446 | 2025-10-05 |
Functional defects in FOXG1 variants predict the severity of brain anomalies in FOXG1 syndrome
2025-Oct, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03077-y
PMID:40524015
|
研究论文 | 本研究通过分析FOXG1基因变异的功能缺陷与大脑异常严重程度之间的关联,建立了FOXG1综合征患者分层预测模型 | 首次结合蛋白表达、COUP-TFI抑制能力和神经元迁移功能评估,建立了能够预测FOXG1综合征严重程度的患者分层范式 | 样本量较小(仅14名患者),需要在更大队列中验证模型的普适性 | 探究FOXG1基因变异功能缺陷与大脑异常严重程度的关系,建立患者分层预测方法 | 14名FOXG1变异患者、小鼠胚胎大脑 | 神经发育疾病研究 | FOXG1综合征 | 荧光素酶报告基因检测、单细胞RNA测序、子宫内电穿孔 | NA | 基因测序数据、蛋白表达数据、脑成像数据 | 14名FOXG1变异患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4447 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions
2025-Oct, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6457
PMID:40778592
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索存档FFPE样本中神经母细胞瘤微环境的细胞间通讯 | 首次在存档FFPE样本中应用空间转录组学技术,发现神经母细胞瘤微环境中新的旁分泌相互作用和信号轴 | 研究仅基于两名患者的样本,样本量有限 | 探索神经母细胞瘤微环境的空间异质性和细胞间通讯机制 | 高风险神经母细胞瘤患者的存档FFPE组织样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 2名患者(未经治疗和化疗治疗的高风险神经母细胞瘤) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4448 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomics of intraductal carcinoma of the prostate
2025-Sep-18, Histopathology
IF:3.9Q1
DOI:10.1111/his.15551
PMID:40964799
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析前列腺导管内癌的基因表达谱和拷贝数变异 | 首次使用Visium空间基因表达平台对前列腺导管内癌进行空间转录组学分析,揭示了IDC-P的独特分子特征 | 样本量较小(n=6),需要更大规模研究验证 | 表征前列腺导管内癌的分子特征及其与预后的关系 | 前列腺导管内癌组织和邻近非导管内癌组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学,拷贝数变异分析,差异基因表达分析 | 主成分分析,InferCNV | 空间基因表达数据 | 6例前列腺癌患者样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium Spatial Gene Expression平台 |
| 4449 | 2025-10-05 |
A complete Sigmodon hispidus genome and dynamic single-cell transcriptomics reveal evolutionarily conserved responses to RSV infection
2025-Sep-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adw7535
PMID:40961223
|
研究论文 | 本研究通过构建完整的棉鼠基因组和单细胞转录组图谱,揭示了RSV感染过程中的进化保守反应 | 首次报道棉鼠染色体基因组和呼吸道单细胞转录组图谱,揭示了RSV感染的靶细胞类型和宿主-病毒相互作用机制 | 研究主要关注棉鼠模型,人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探索棉鼠作为RSV感染模型的分子机制和进化保守性 | 棉鼠(Sigmodon hispidus)和人类呼吸道合胞病毒(RSV) | 单细胞转录组学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序,系统发育分析 | NA | 基因组数据,单细胞转录组数据 | 棉鼠呼吸道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4450 | 2025-10-05 |
PD-1-targeted cis-delivery of an IL-2 variant induces a multifaceted antitumoral T cell response in human lung cancer
2025-Sep-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adr3718
PMID:40961225
|
研究论文 | 本研究通过PD1-IL2v融合蛋白在人类肺癌模型中诱导多方面的抗肿瘤T细胞反应 | 开发了PD1-IL2v融合蛋白,通过靶向PD-1的顺式递送IL-2变体,同时激活CD8和CD4 T细胞 | 主要基于人类模型系统和肺癌患者来源的肿瘤片段平台,需要进一步临床验证 | 研究PD1-IL2v融合蛋白在人类肿瘤中的免疫调节机制 | 人类肺癌模型、T细胞亚群(CD8 T细胞和常规CD4 T细胞) | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据 | 肺癌患者来源的肿瘤片段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4451 | 2025-10-05 |
Caloric restriction promotes resolution of atherosclerosis in obese mice, while weight regain accelerates its progression
2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI172198
PMID:40627456
|
研究论文 | 本研究通过建立肥胖小鼠模型,揭示了热量限制促进动脉粥样硬化消退而体重反弹加速其进展的细胞机制 | 首次发现Fcgr4+巨噬细胞亚群在热量限制期间积累于脂肪组织和动脉斑块中,并证实其通过清除坏死核心促进动脉粥样硬化消退 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中验证;短期热量限制的效果可能不同于长期干预 | 探究体重减轻和反弹如何直接影响动脉粥样硬化炎症过程 | 肥胖高胆固醇小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,机制研究 | 动物模型 | 基因表达数据,组织学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4452 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome analysis suggests cells of the tumor microenvironment as a major discriminator between brain and extracranial melanoma metastases
2025-Sep-16, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00691-2
PMID:40954493
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较脑转移和颅外转移黑色素瘤,发现肿瘤微环境是主要差异来源 | 采用单核RNA测序数据重新分析,避免插补处理,揭示肿瘤细胞高度同质而微环境显著差异的新发现 | 样本量相对有限(15例脑转移和10例颅外转移),且为回顾性数据分析 | 探究脑转移和颅外转移黑色素瘤的分子差异机制 | 黑色素瘤脑转移和颅外转移患者的肿瘤组织 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单核RNA测序 | 细胞类型特异性伪批量分析 | 单细胞转录组数据 | 25例样本(15例脑转移,10例颅外转移) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4453 | 2025-10-05 |
Uncovering essential lncRNAs through transcriptome-scale CRISPR-Cas13 screening
2025-Sep-15, Advanced biotechnology
DOI:10.1007/s44307-025-00082-8
PMID:40952596
|
研究论文 | 开发了一种转录组规模的CRISPR-Cas13筛选平台CaRPool-seq,用于系统性鉴定功能性长链非编码RNA | 首次建立直接靶向RNA的转录组规模CRISPR-Cas13筛选平台,克服了传统方法的效率、特异性和可扩展性限制 | 未在论文摘要中明确说明研究局限性 | 系统性鉴定人类细胞中具有重要功能的长链非编码RNA | 人类细胞系中的长链非编码RNA | 功能基因组学 | 癌症 | CRISPR-Cas13筛选,单细胞转录组测序 | CRISPR-Cas13筛选平台 | RNA测序数据 | 多种人类细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CaRPool-seq(转录组规模CRISPR-Cas13筛选平台) |
| 4454 | 2025-10-05 |
Comprehensive analysis of the tumor immune microenvironment in gastric cancer and peritoneal metastasis based on single-cell RNA sequencing analysis
2025-Sep-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13892-6
PMID:40954153
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序分析胃癌及腹膜转移中的肿瘤免疫微环境 | 首次通过单细胞RNA测序揭示胃癌腹膜转移中TAMs向肥大细胞分化的潜力,并鉴定CCL5-CCR1通路作为潜在免疫检查点 | 样本量有限(20个样本),数据来源于公共数据库GEO | 探究胃癌及其腹膜转移的分子机制和生物学过程,寻找临床治疗新靶点 | 胃癌细胞和腹膜转移细胞 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | SeuratV5, CytoTRACE, CellChat, Monocle3 | 单细胞RNA测序数据 | 20个单细胞RNA测序样本,包含2,626,594个腹膜转移细胞和17,894个胃癌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4455 | 2025-10-05 |
Integrative genome-wide analysis unveils the genetic landscape of gallstone disease and highlights novel loci with therapeutic potential
2025-Sep-14, BMJ open gastroenterology
IF:3.3Q2
DOI:10.1136/bmjgast-2025-001976
PMID:40953858
|
研究论文 | 通过整合基因组分析揭示胆石症的遗传图谱并发现具有治疗潜力的新位点 | 发现UGT1A4和FADS1/3等新的胆石症易感位点,首次通过孟德尔随机化证实不饱和脂肪酸水平与胆石症的因果关系 | 研究主要基于欧洲和日本人群数据,可能缺乏种族多样性 | 识别胆石症相关的新遗传位点并探索其临床意义和治疗潜力 | 胆石症患者群体 | 基因组学 | 胆石症 | 全基因组关联研究(GWAS)、meta分析、孟德尔随机化、转录组关联研究 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | UK Biobank、FinnGen R11、Biobank Japan等多个大型生物样本库数据 | NA | 单细胞转录组学、bulk RNA-seq | NA | 肝脏细胞图谱单细胞转录组数据集、基因型-组织表达项目 |
| 4456 | 2025-10-05 |
Efficacy and safety of adjuvant TTFields plus pembrolizumab and temozolomide in newly diagnosed glioblastoma: A phase 2 study
2025-Sep-12, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2025.100708
PMID:40466642
|
研究论文 | 评估肿瘤治疗电场联合帕博利珠单抗和替莫唑胺在新诊断胶质母细胞瘤中的疗效和安全性的二期临床研究 | 首次证明肿瘤治疗电场与免疫检查点抑制剂在胶质母细胞瘤中的协同作用机制,通过T1IFN通路促进原位免疫 | 样本量较小(31例患者),为单臂二期研究 | 评估TTFields联合帕博利珠单抗和替莫唑胺在新诊断胶质母细胞瘤患者中的疗效和安全性 | 新诊断胶质母细胞瘤患者 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序,T细胞克隆分型 | NA | 临床数据,转录组数据 | 31例新诊断胶质母细胞瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4457 | 2025-10-05 |
Dual checkpoint blockade of glioblastoma with Anti-PD-1 and Anti-LAG-3 promotes expansion of tumor-reactive T cell clones along a unique pathway of differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674490
PMID:40964361
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示双免疫检查点抑制剂治疗胶质母细胞瘤时肿瘤反应性T细胞的克隆动态和分化路径 | 首次绘制胶质母细胞瘤双免疫检查点阻断治疗后T细胞克隆动态和分化的全面图谱,揭示GZMK+ TRC通过独特分化途径从外周募集到肿瘤微环境的新机制 | 样本量有限,主要关注T细胞反应而未全面分析其他免疫细胞亚群 | 探究双免疫检查点抑制剂对胶质母细胞瘤T细胞转录景观和受体库的影响 | 胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 未治疗新诊断胶质母细胞瘤和复发胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4458 | 2025-10-05 |
[Single-cell sequencing reveals the temporal expression characteristics of key molecules related to tooth agenesis and dental hard tissues in mouse molars]
2025-Sep-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术解析小鼠磨牙发育过程中与牙齿发育不全和牙硬组织形成相关关键分子的时间表达特征 | 构建了从E13.5到P7.5完整发育期的小鼠磨牙细胞图谱,揭示了关键调控基因的时序表达模式 | 研究仅基于公共数据库的测序数据,缺乏实验验证 | 解析牙齿发育不全和牙硬组织形成的分子机制 | 小鼠下颌磨牙牙胚 | 单细胞测序分析 | 牙齿发育不全 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle | 单细胞RNA测序数据 | 5个发育阶段(E13.5, E14.5, E16.5, P3.5, P7.5)的小鼠磨牙样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4459 | 2025-10-05 |
[Advances in animal models and multi-omics technologies for cleft palate research]
2025-Sep-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
综述 | 本文综述了动物模型与多组学技术在腭裂研究中的应用进展 | 重点探讨动物模型与单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质组学和表观基因组学等多组学技术的整合应用 | 未提及具体研究局限性 | 揭示腭裂形成的多维分子机制,为早期诊断和治疗策略提供理论基础 | 非综合征性单纯腭裂畸形 | 多组学研究 | 腭裂 | 单细胞RNA测序, 转录组学, 蛋白质组学, 表观基因组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学技术 | NA | NA |
| 4460 | 2025-10-05 |
Short Chain Fatty Acid Supplementation After Traumatic Brain Injury Attenuates Neurologic Injury Via the Gut-Brain-Microglia Axis
2025-Sep-09, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002706
PMID:40961414
|
研究论文 | 本研究探讨短链脂肪酸补充剂通过肠-脑-小胶质细胞轴减轻创伤性脑损伤后神经损伤的作用机制 | 首次系统验证短链脂肪酸补充对创伤性脑损伤后神经保护作用,揭示其通过调节肠道微生物组和小胶质细胞转录组发挥治疗效果的机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,样本量有限(n=52),缺乏人类临床试验验证 | 探究短链脂肪酸补充对创伤性脑损伤后神经功能恢复的治疗效果及作用机制 | 14周龄雄性C57BL/6小鼠创伤性脑损伤模型 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 16s核糖体RNA基因扩增子测序,单细胞RNA测序,3D对比增强MRI | 小鼠创伤性脑损伤模型 | 基因测序数据,神经影像数据,行为学数据 | 52只14周龄雄性C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序,16s rRNA测序 | NA | NA |