本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4441 | 2025-10-06 |
Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice
2025-05-28, Bioscience reports
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BSR20241235
PMID:40440080
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析血管紧张素II诱导的小鼠腹主动脉瘤组织,识别与动脉瘤相关的关键细胞群 | 首次在腹主动脉瘤中发现由内皮细胞转化的特殊细胞群(恶性ECs),并揭示Cxcl12-Cxcr4/Ackr3炎症轴在动脉瘤形成中的作用 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,样本量有限(不同年龄组样本数为21和7) | 探究腹主动脉瘤形成过程中起关键作用的特定细胞群 | C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 28只C57BL/6J小鼠(14周龄21只,32周龄7只) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4442 | 2025-10-06 |
Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning
2025-Apr-18, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042184
PMID:40258762
|
研究论文 | 本研究整合单细胞测序和机器学习方法探究牛黄活性成分治疗脓毒症的作用机制 | 首次结合网络药理学、RNA测序、单细胞测序和多种机器学习模型系统研究牛黄治疗脓毒症的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探究牛黄活性成分治疗脓毒症的分子作用机制 | 脓毒症相关基因和牛黄活性成分靶点 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | XGBoost,SVM,Decision Tree,KNN | 基因表达数据 | 来自中国国家基因库数据库和GSE65682数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
4443 | 2025-10-06 |
FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy
2025-Mar, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00905-6
PMID:39910249
|
研究论文 | 本研究揭示FLASH放疗通过重编程巨噬细胞脂质代谢逆转肿瘤免疫抑制,并增强CAR-T细胞疗法对髓母细胞瘤的疗效 | 首次发现FLASH放疗通过调节脂质代谢影响巨噬细胞免疫表型,并证明其与CAR-T细胞疗法的协同作用 | 研究基于基因工程小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索FLASH放疗对肿瘤免疫的影响及其与CAR-T细胞疗法的联合治疗效果 | 髓母细胞瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4444 | 2025-10-06 |
Targeting mitophagy in diabetic retinopathy: novel insights into SQSTM1/BNIP3L pathway regulated by luteolin
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1593213
PMID:40635752
|
研究论文 | 本研究探讨了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬对糖尿病视网膜病变的保护作用 | 首次揭示木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬的新机制,并发现单核细胞活性与VISFATIN信号通路在DR进展中的新联系 | 木犀草素的确切分子机制仍未完全阐明 | 探索木犀草素治疗糖尿病视网膜病变的局部和全身免疫机制 | 糖尿病视网膜病变患者的PBMC和视网膜组织 | 生物医学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序,分子对接模拟,DCFDA测定,H&E染色,PAS染色,ELISA,免疫荧光,免疫组化,Western blotting | NA | 单细胞RNA测序数据,分子对接数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4445 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and bulk RNA dequencing to identify and validate prognostic genes related to T Cell senescence in acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1606284
PMID:40635996
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别并验证与急性髓系白血病中T细胞衰老相关的预后基因 | 首次结合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,系统分析T细胞衰老相关基因在AML预后中的作用 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索T细胞衰老相关基因在急性髓系白血病进展中的作用并构建预后模型 | 急性髓系白血病患者和T细胞 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RT-qPCR | 风险模型, UMAP, 回归分析 | 基因表达数据, 生存数据 | TCGA-LAML队列和多个GEO数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
4446 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome and multi-omics integration reveal ferroptosis-driven immune microenvironment remodeling in knee osteoarthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1608378
PMID:40636124
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和多组学整合分析,揭示铁死亡驱动的免疫微环境重塑在膝骨关节炎中的作用 | 首次在单细胞分辨率下探索铁死亡与免疫功能障碍的相互作用,并鉴定出铁死亡活跃的稳态软骨细胞作为FGF介导滑膜炎和ECM重塑的关键枢纽 | 样本量相对有限(单细胞数据n=11,批量RNA-seq队列样本数较少),需要更大规模验证 | 解析膝骨关节炎中铁死亡驱动的免疫重塑机制并鉴定诊断生物标志物 | 膝骨关节炎患者的软骨细胞和免疫微环境 | 生物信息学 | 膝骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 | LASSO-SVM诊断模型 | 基因表达数据 | 单细胞数据11个样本,批量RNA-seq队列:GSE114007(20例KOA/18例对照),GSE246425(8例KOA/4例对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
4447 | 2025-10-06 |
Investigating the role of tumor cell heterogeneity and angiogenesis genes in the prognosis of multiple myeloma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1610833
PMID:40636123
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,探讨肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因在多发性骨髓瘤预后中的作用 | 首次发现C1亚群中CREB3L2高表达与血管生成抑制及肿瘤细胞增殖迁移的关联,并构建了基于血管生成和转录因子的预后模型 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性验证 | 探索肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因对多发性骨髓瘤预后的影响 | 多发性骨髓瘤患者 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, CNV分析, 转录因子分析, 细胞通讯分析, 免疫浸润分析 | 预后预测模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4448 | 2025-10-06 |
A bibliometric analysis of studies related to the nuclear factor kappa B signaling pathway in knee osteoarthritis between 2004 and 2023
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1572161
PMID:40636390
|
文献计量分析 | 对2004-2023年间核因子κB信号通路在膝骨关节炎研究中发表文献进行文献计量分析 | 首次系统分析NF-κB信号通路在膝骨关节炎领域的研究趋势和热点演变 | 缺乏实时可视化NF-κB活性的体内成像技术 | 识别NF-κB信号通路在膝骨关节炎研究中的主要领域和趋势 | 752篇相关研究文献 | 文献计量学 | 膝骨关节炎 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 752篇研究文献 | NA | 单细胞转录组, 空间转录组 | NA | NA |
4449 | 2025-10-06 |
Delineation of single-cell Altas provides new insights for development of coronary artery lesions in Kawasaki disease: bad and good signaling molecules
2025, Frontiers in pediatrics
IF:2.1Q2
DOI:10.3389/fped.2025.1596643
PMID:40636515
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析川崎病冠状动脉病变患者的免疫细胞图谱,揭示疾病发展的分子机制 | 首次在单细胞水平系统描绘川崎病冠状动脉病变患者的免疫细胞图谱,发现SPI1和MT2A的表达异常与B细胞发育紊乱相关 | 样本量较小(仅12个样本),缺乏独立验证队列 | 探索川崎病冠状动脉病变发展的分子机制 | 川崎病患者的周围血单核细胞 | 单细胞组学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析,细胞通讯分析 | 单细胞RNA测序数据 | 12个样本(3组KD非CAL患者治疗前后,3组KD CAL患者治疗前后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4450 | 2025-10-06 |
Identification of Shared Biomarkers in Chronic Kidney Disease and Diabetic Nephropathy Using Single-Cell Sequencing
2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S514319
PMID:40636753
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术识别慢性肾脏病和糖尿病肾病的共享生物标志物 | 首次在单细胞水平系统比较CKD和DN的共享生物标志物,发现MX1、IRF7、STAT1和ISG15在两种疾病中的共同表达特征 | 样本量较小(仅9例),仅使用血液样本而未包含肾脏组织样本 | 识别慢性肾脏病和糖尿病肾病的共享生物标志物,探索其诊断和治疗潜力 | 人类血液样本中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 差异表达分析,蛋白质相互作用网络分析 | 单细胞转录组数据 | 9例人类血液样本(3例对照,3例CKD,3例DN) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4451 | 2025-10-06 |
MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems
2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627834
PMID:39763937
|
研究论文 | 开发了一个名为MatriCom的scRNA-Seq数据挖掘工具,用于推断ECM-ECM和细胞-ECM通讯系统 | 基于独特的MatriComDB数据库(包含25,000多个经过整理的相互作用),专门针对基质组蛋白相互作用设计,能考虑ECM蛋白相互作用的特定规则 | NA | 开发工具以挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯 | 哺乳动物基质组基因(约1,000个基因中的80%)及其相互作用 | 生物信息学 | 癌症或纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 整合了46个scRNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4452 | 2025-10-06 |
Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses
2024-Dec, ILIVER..
DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132
PMID:40635861
|
研究论文 | 通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析,建立肝纤维化预后模型并研究IER3+巨噬细胞在肝纤维化中的作用 | 首次建立包含IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1四个基因的肝纤维化巨噬细胞相关预后特征模型,并通过单细胞分析发现IER3在髓系细胞中的特异性表达 | 研究依赖于公共数据库数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能够预测肝纤维化预后的关键遗传标志物 | 肝纤维化患者样本和健康对照 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的三个数据集(GSE84044、GSE130970、GSE15654) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4453 | 2025-10-06 |
The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL
2024-10-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8760
PMID:39365855
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞来源的TRAIL在介导缺血条件下稳定微血管生成中的关键作用 | 首次发现内皮细胞来源的TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新功能,并证明TRAIL-R2激动剂在治疗缺血中的潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验,临床转化仍需进一步验证 | 探究TRAIL在缺血条件下介导新生血管形成和血管稳定的分子机制 | 内皮细胞、周细胞、小鼠模型、患者动脉样本 | 血管生物学 | 外周动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4454 | 2025-10-06 |
Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset
2024-09-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj1252
PMID:39321281
|
研究论文 | 本研究深入探讨了类风湿关节炎患者、风险人群和健康对照者滑膜组织的髓系细胞景观 | 首次在RA临床发病前发现CD40表达巨噬细胞群的富集,识别了早期致病性髓系特征 | 样本量相对有限,需要进一步验证这些发现 | 研究类风湿关节炎发病前的滑膜组织巨噬细胞稳态变化 | 类风湿关节炎患者、风险人群和健康对照者的滑膜组织细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 流式细胞术,RNA测序,代谢分析,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 67,908个RA和HC滑膜组织细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4455 | 2025-10-06 |
Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling
2024-09-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm9582
PMID:39321290
|
研究论文 | 研究维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响 | 首次揭示维生素D信号通过调控Aire表达影响胸腺上皮细胞分化,并发现其缺失导致胸腺早衰 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 探究维生素D信号在胸腺上皮细胞分化和胸腺衰老中的作用机制 | Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺组织 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4456 | 2025-10-06 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
|
研究论文 | 本研究探讨了肝脏肿瘤中CD8+ T细胞功能异常及其在肝转移形成中的作用机制 | 发现肝脏肿瘤中肿瘤特异性CD8+ T细胞数量丰富但功能耗竭,并鉴定出SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞在促纤维化区域的相互作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者数据,需要更大样本验证 | 阐明肝脏肿瘤微环境中免疫细胞功能异常的机制 | 小鼠肿瘤模型和人类结肠癌肝转移患者 | 免疫学 | 结肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学CODEX, 多组学分析 | 差异伪时间轨迹推断分析 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 多个小鼠肿瘤模型和患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4457 | 2025-10-06 |
Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn0597
PMID:39141739
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示蜘蛛大壶腹丝纤维的起源、结构和组成 | 首次识别出18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质,并通过单细胞和空间转录组学发现丝腺分泌上皮存在六种细胞类型,这些细胞类型局限于三个不同的腺体区域 | NA | 理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成成分 | 蜘蛛大壶腹丝腺及其产生的丝纤维 | 生物信息学 | NA | 基因组学,蛋白质组学,单细胞RNA测序,空间转录组学,图像分析 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据,组织切片图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4458 | 2025-10-06 |
Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis
2024-08-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado0424
PMID:39151009
|
研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术,在海葵中鉴定表达生殖系相关标记的细胞群体,并证明Nanos2对生殖系形成不可或缺 | 首次在刺胞动物中证明Nanos2在体细胞和生殖系干细胞中的保守作用,揭示了刺胞动物干细胞系统的共同进化起源 | 研究仅聚焦于海葵这一特定物种,需要更多刺胞动物物种验证结果的普适性 | 表征海葵中保守的干细胞标记基因,探索刺胞动物干细胞系统的进化起源 | 海葵Nematostella vectensis的干细胞群体 | 发育生物学 | NA | 转基因报告基因,单细胞转录组学,基因敲除 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4459 | 2025-10-06 |
Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma
2024-07, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15375
PMID:38886907
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,构建了M2肿瘤相关巨噬细胞相关基因特征,用于探索EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并预测免疫治疗反应 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建M2-TAM相关基因特征,用于EGFR阴性肺腺癌的免疫治疗预测 | 研究基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证 | 改善EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果 | EGFR阴性肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
4460 | 2025-10-06 |
Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon
2024-05-28, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043
PMID:38489234
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示Sézary综合征中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及单核细胞功能障碍机制 | 发现I型干扰素联合抗CCR4抗体可激活单核细胞吞噬功能并清除Sézary细胞 | 疾病发病机制理解仍存在局限性 | 探索Sézary综合征的发病机制及优化联合治疗方案 | Sézary综合征患者样本中的恶性CD4+ T细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |