单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4441	2025-02-06	Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury 2023-Jan-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157837 PMID:36472908	研究论文	本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系	首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性	样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性	研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制	COVID-19患者的肺组织样本	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	NA	基因表达数据	3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞
4442	2025-02-06	Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression 2023-01-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723 PMID:36444722	研究论文	本研究探讨了Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发了一种创新的纳米疗法，通过靶向巨噬细胞Epsins来治疗动脉粥样硬化	开发了一种新型的S2P共轭脂质纳米颗粒，用于封装小干扰RNA以抑制Epsins，并揭示了Epsins通过结合CD36促进脂质摄取和通过溶酶体促进ABCG1降解的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发针对Epsins的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、MEBOCOST算法、纳米颗粒技术	LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型	RNA测序数据、生物医学数据	使用LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型进行研究
4443	2025-02-06	Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts 2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041 PMID:36239989	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络	首次详细描述了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用及其在免疫抑制中的作用	研究主要关注微卫星稳定的结直肠癌肝转移，可能不适用于其他类型的结直肠癌	研究结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞变化及其对肿瘤生长的影响	结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织、正常肝组织和外周血单核细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重空间成像、细胞去卷积	NA	RNA测序数据、空间成像数据	一系列微卫星稳定的结直肠癌肝转移样本及其配对的正常肝组织和外周血单核细胞
4444	2025-02-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	本文通过单细胞转录组分析比较了肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），并揭示了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1	通过单细胞RNA测序数据集分析，识别了肥胖和瘦小鼠ASPCs中的差异基因，并发现这些基因在3T3-L1细胞分化中的表达变化，以及木犀草素对这些基因表达的逆转作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	识别与肥胖相关的脂肪生成基因，并探讨木犀草素对这些基因的影响	肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）	生物信息学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个独立的单细胞RNA测序数据集
4445	2025-02-05	The next generation of regenerative dentistry: From tooth development biology to periodontal tissue, dental pulp, and whole tooth reconstruction in the clinical setting 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.002 PMID:39885872	review	本文综述了牙齿发育的基础过程、基础研究的最新发现以及牙科再生医学中的临床应用，探讨了实现牙齿和牙周组织完全再生的潜力	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学等最新技术，探讨了从牙齿发育生物学到牙周组织、牙髓及全牙重建的再生牙科新方向	尽管技术进展显著，但牙齿和牙周组织的完全再生在临床应用中仍未实现	探讨实现牙齿和牙周组织完全再生的科学基础和临床潜力	牙齿、牙周组织、牙髓及全牙重建	再生医学	牙科疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	分子数据	NA
4446	2025-02-05	Hepatic HSD17B6 is dispensable for diet-induced fatty liver disease in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101924 PMID:39896111	研究论文	本研究探讨了HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	首次揭示了HSD17B6在肝脏中的表达与脂肪肝疾病的相关性，并发现其肝脏特异性缺失不影响脂肪肝疾病的发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	小鼠模型	代谢疾病研究	脂肪肝疾病	单细胞RNA测序, AAV8介导的基因编辑	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据, 蛋白质组数据	小鼠模型
4447	2025-02-05	Single-cell RNA sequencing provides new insights into the interaction between astrocytes and neurons after spinal cord injury in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101917 PMID:39896108	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠脊髓损伤后不同阶段及正常组织中星形胶质细胞和神经元亚型的动态变化及其功能，揭示了特定星形胶质细胞亚型在脊髓损伤过程中可能向神经元转化的机制	发现了一种特定亚型的星形胶质细胞，其具有独特的基因表达特征，并在脊髓损伤过程中可能转化为神经元，同时揭示了糖酵解途径在这一细胞转化过程中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脊髓损伤后星形胶质细胞与神经元之间的相互作用及其在疾病进展中的机制	小鼠脊髓损伤模型中的星形胶质细胞和神经元	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脊髓损伤模型及正常组织样本
4448	2025-02-05	Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111708 PMID:39898054	研究论文	本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱，涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段，重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境	通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子，并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现，特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用	研究主要基于小鼠模型，尽管部分发现可转化至人类，但仍需进一步验证	揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化	雄性小鼠的垂体	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本
4449	2025-02-05	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Feb-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，揭示了不同成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩中的不同作用	首次利用单细胞RNA测序技术深入研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，并识别出POSTN+间充质成纤维细胞和IGFBP2+成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的不同作用	样本量较小，仅包括三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本	研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，探索新的抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本
4450	2025-02-05	Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer through neogenesis of tumor stem cells 2025-Feb-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181595 PMID:39656543	研究论文	本研究揭示了Fusobacterium nucleatum通过激活LY6A+复兴干细胞（RSCs）并促进其转化为肿瘤干细胞，从而加速结直肠癌（CRC）发生的机制	发现了F. nucleatum通过LY6A受体上调RPS14，驱动RSCs过度增殖和肿瘤转化的新信号轴	研究主要基于小鼠模型和临床样本分析，尚未在人体中进行干预实验验证	探讨Fusobacterium nucleatum在结直肠癌发生中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型中的肠道隐窝细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞测序分析	小鼠模型	基因表达数据	结直肠癌患者和小鼠模型
4451	2025-02-04	Exploring the tumor microenvironment of colorectal cancer patients post renal transplantation by single-cell analysis 2025-Feb, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16409 PMID:39623744	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，探索了肾移植后结直肠癌患者的肿瘤微环境，揭示了免疫抑制药物对肿瘤免疫微环境的影响	首次在肾移植后结直肠癌患者中应用单细胞RNA测序技术，详细比较了移植与非移植患者的肿瘤免疫微环境差异，并发现了CD8效应T细胞和CD4FOXP3调节T细胞的功能变化	样本量较小，仅包括4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者的数据	研究肾移植后结直肠癌患者的肿瘤免疫微环境变化及其对免疫治疗策略的影响	肾移植后结直肠癌患者的肿瘤和正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者
4452	2025-02-05	MAZ-mediated tumor progression and immune evasion in hormone receptor-positive breast cancer: Targeting tumor microenvironment and PCLAF+ subtype-specific therapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102280 PMID:39805182	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了激素受体阳性乳腺癌的肿瘤亚型，揭示了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用，并提出了新的预后模型	通过单细胞RNA测序技术识别了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型，并发现MAZ在该亚型中的关键作用，提出了基于PCLAF+/MAZ调控网络的新型预后模型	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证	揭示激素受体阳性乳腺癌的分子机制，特别是肿瘤异质性和肿瘤微环境的变化，以克服治疗耐药性并开发新的治疗靶点	激素受体阳性乳腺癌（HR+BC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	NA
4453	2025-02-05	Histone methyltransferase KMT2A promotes pulmonary fibrogenesis via targeting pro-fibrotic factor PU.1 in fibroblasts 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70217 PMID:39888275	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶KMT2A在肺纤维化中的作用及其通过调控PU.1转录因子促进纤维化的机制	揭示了KMT2A通过催化PU.1基因启动子区域的H3K4me3修饰来上调PU.1表达，从而促进肺纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨KMT2A在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点价值	肺纤维化患者和小鼠模型中的成纤维细胞	表观遗传学	肺纤维化	微阵列分析、单细胞测序、生物信息学分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	IPF患者和小鼠模型的肺组织样本
4454	2025-02-05	Molecular characterization of ovarian mesonephric-like adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing and mitochondrial metabolism 2025-Feb, Gynecologic oncology reports IF:1.2Q3 DOI:10.1016/j.gore.2024.101670 PMID:39895896	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对卵巢中肾样腺癌（MLA）进行了分子特征分析，并与高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）进行了比较	首次使用单细胞RNA测序技术对卵巢MLA进行分子特征分析，揭示了其与HGSOC的差异，并提出了针对MAP激酶和PI3K/AKT/mTOR通路的联合治疗策略	需要在更大规模的队列中进行验证以支持临床应用	揭示卵巢MLA的分子特征及其与HGSOC的差异，探索潜在的治疗靶点	卵巢中肾样腺癌（MLA）和高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一个卵巢MLA样本和HGSOC的单细胞RNA测序数据集
4455	2025-02-02	MetaQ: fast, scalable and accurate metacell inference via single-cell quantization 2025-Jan-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56424-6 PMID:39885131	研究论文	本文介绍了一种名为MetaQ的元细胞算法，旨在解决大规模单细胞测序数据分析中的计算障碍	MetaQ通过将细胞量化为离散码本，实现了线性运行时间和恒定内存使用，显著降低了计算复杂度，同时保持或超越了现有元细胞算法的性能	未明确提及具体限制	开发一种能够高效、准确地推断元细胞的算法，以支持大规模单细胞测序数据的分析	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	数百万个细胞的数据集
4456	2025-02-05	Role of hepatocyte RIPK1 in maintaining liver homeostasis during metabolic challenges 2025-Jan-31, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96798 PMID:39886919	研究论文	本研究揭示了肝细胞中RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的关键作用	首次发现肝细胞特异性RIPK1缺失会加剧短期禁食引起的肝损伤和炎症反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的机制	肝细胞特异性RIPK1缺失的小鼠	代谢研究	肝病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	雄性及雌性小鼠
4457	2025-02-05	Assessment of XCI skewing and demonstration of XCI escape region based on single-cell RNA sequencing: comparison between female Grave's disease and control 2025-Jan-31, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-025-00533-z PMID:39891056	研究论文	本文通过单细胞RNA测序评估了X染色体失活（XCI）偏斜和逃逸现象，并比较了女性Grave's病患者与正常女性的差异	首次基于单细胞RNA测序技术，系统评估了XCI偏斜和逃逸在女性Grave's病中的表现，揭示了与XCI相关的基因	样本量较小，仅包括一名Grave's病患者和一名正常女性，可能影响结果的普适性	研究X染色体失活偏斜和逃逸现象对自身免疫性疾病性别差异的影响	女性Grave's病患者和正常女性	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	一名Grave's病患者和一名正常女性
4458	2025-02-05	Flexible analysis of spatial transcriptomics data (FAST): a deconvolution approach 2025-Jan-31, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06054-y PMID:39891065	研究论文	本文提出了一种名为FAST的新型无参考解卷积方法，用于分析空间转录组数据，结合基因表达数据、空间信息和组织学信息	FAST方法基于正则化非负矩阵分解（NMF），能够有效整合基因表达数据、空间信息和组织学信息，减少分布假设，利用组织空间结构信息，并鼓励可解释的分解结果	现有无参考方法依赖于分布假设、标记基因或缺乏利用组织学和空间信息的能力，FAST方法虽然解决了这些问题，但仍需进一步验证其在不同数据集上的适用性	开发一种高度灵活、稳健且用户友好的无参考解卷积方法，用于分析空间转录组数据，以揭示组织中的复杂细胞类型组成	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	正则化非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据、空间信息、组织学信息	NA
4459	2025-02-05	Multi-omics analysis reveals that neutrophil extracellular traps related gene TIMP1 promotes CRC progression and influences ferroptosis 2025-Jan-31, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03643-y PMID:39891145	研究论文	本文通过多组学分析揭示了与中性粒细胞胞外陷阱（NETs）相关的基因TIMP1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其对铁死亡的影响	首次通过机器学习筛选出与NETs相关的核心基因TIMP1，并验证了其在CRC增殖、侵袭和迁移中的作用	研究中未涉及TIMP1在其他类型癌症中的作用，且样本来源和数量可能限制了结果的普适性	探索基于NETs的新标志物以辅助CRC治疗	结直肠癌（CRC）患者及癌细胞	生物信息学	结直肠癌	RNA转录组分析、单细胞转录组分析、小干扰RNA敲低实验、Western blot、Transwell实验、细胞划痕实验、细胞克隆形成实验	机器学习	RNA转录组数据、单细胞转录组数据	大样本RNA转录组数据和单细胞转录组数据
4460	2025-02-05	Exploratory analysis of a Novel RACK1 mutation and its potential role in epileptic seizures via Microglia activation 2025-Jan-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03350-5 PMID:39891152	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和全外显子组测序技术，发现RACK1基因及其新突变RACK1-p.L206P与癫痫发作相关，并揭示了该突变通过增强小胶质细胞的增殖、迁移、吞噬能力和炎症激活，影响神经元兴奋性和突触功能，最终导致癫痫症状	首次发现RACK1-p.L206P突变与癫痫发作的关联，并揭示了其通过小胶质细胞激活影响神经元功能的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索RACK1基因突变在癫痫发作中的分子机制	RACK1基因及其突变RACK1-p.L206P，小胶质细胞，神经元	神经科学	癫痫	单细胞转录组测序（scRNA-seq），全外显子组测序（WES），CRISPR/Cas9基因编辑	小鼠模型	基因序列数据，细胞功能数据	NA